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陶侃南下广州的第二年秋天，也即晋愍帝建兴四年（316年）八月，匈奴人兵临长安城下，大军如同一条巨大的蟒蛇，层层缠绕着长安磨牙吮血。晋愍帝无力退敌，于十一月十一日献城投降，成为继晋怀帝之后被异族俘虏的第二个皇帝。西晋王朝至此灭亡，国祚五十一年。
从陶侃南下广州到晋愍帝被俘的这段时间里，陶侃旧部和王敦的战争一直没有停止过，晋愍帝被俘这种举国蒙羞的大事，也没有影响到战车的狂暴冲撞。
噩耗传到江东，已经是呵气成冰的冬天。建康城外草木萧瑟的旷野上，司马睿举行了一次阅兵大典，做了一场催人泪下且慷慨激昂的誓师演说，随后传檄四方，呼吁为国复仇。
司马睿既没有北伐的意愿，也没有北伐的实力，举办阅兵大典并传檄四方，只是掩人耳目的闹剧。没过几天，他就以延误军用物资的运输日期为由，处死了一个后勤部门的主管官员，悄无声息地停止了雷声大雨点小的北伐。行刑当天，就有许多人意识到这个可怜的后勤主管只是替死鬼和挡箭牌。司马睿知道这是一起冤案，但为了名正言顺地停止北伐，他需要这样一个冤死鬼的存在。
次年二月下旬，一个从长安逃出来的官员来到建康，声称晋愍帝在长安沦陷前夕曾经颁布诏书，委托司马睿统摄机要，光复河山，雪洗被胡人欺凌的奇耻大辱。三月，司马睿独处一室，一连三天没有处理政务，为长安的沦陷和晋愍帝的被俘默哀。第四天，一些官员联名上书，请他继承帝位。经过一番古老而程式化的劝进，司马睿答应统摄机要，即晋王位（原先为琅琊王），但是拒绝称帝——这是建武元年（317年）春季的事，东晋由此正式开国。
帝位近在咫尺，而司马睿逡巡不前，一方面是时机不成熟，仓促登基容易招致非议，另一方面则是王敦的态度不明朗。
随着西晋政权的覆灭，晋室的政治中心必须转移到江东，王敦对此并无异议，他只是不同意由司马睿担任新政权的第一任皇帝。对于新生的东晋政权，他有自己的构想。在他规划的蓝图里，皇帝只能是一个唯唯诺诺的应声虫，自己才是这个新政权的首脑。在他看来，表面低调沉默、实际上胸有城府的司马睿并非合适的人选。如今的司马睿只是一个藩王，他控制起来都力不从心，一旦司马睿登基称帝，那么他控制一个皇帝的难度可就远远不是控制一个藩王所能比的。
王敦虽然没有公然表露反对司马睿称帝的意图，只是私下和王导交换了意见，但他并没有随同其他官员一起劝进，这足以让司马睿寝食难安。
同年夏季，一个叫温峤的年轻人突然来到建康，给困坐愁城的司马睿带来了转机。
江南多雨，温峤南下建康的这一年，扬州却是大旱之年。炽热的空气中飘浮着干燥的浮尘，黏在汗水涔涔的皮肤上，有一种令人窒息而躁动的感觉，就像司马睿的心情。
论资历和官职，温峤只是后辈和新人，但因为其特殊的身份和使命，他一来到江东就掀起了轩然大波。
去年年底，几乎与长安沦陷的同一时间，刘琨遭到了前所未有的惨败，被迫放弃在匈奴人的腹心地带苦心经营十一年的根据地，逃奔驻扎在蓟城（今北京市附近）的段氏鲜卑，与段氏鲜卑的首领段匹磾（dī）歃血为盟，立誓与匈奴人周旋到底。当时，中国北方有许多大大小小的武装集团与汉赵政权势如水火，与段匹磾结盟之后，刘琨设法联络这许多武装集团的首领，拟定了一封劝进书，与一百八十多人联名奏请司马睿尽快登基称帝，整合北方的各路武装力量。
温峤来到建康，是受刘琨的委托来劝进司马睿称帝的。在司马睿称帝的问题上，王敦的态度是一个风向标，他不表态，司马睿就忐忑不安。而温峤的到来，则恰好给司马睿解了燃眉之急。
六月中旬的一天，司马睿召集所有政要，安排了一次隆重的接见仪式。
温峤是刘琨的外甥，十八岁起就追随刘琨抗击胡人，到如今他已有十一年的抗胡经历，因才智机敏，很早就被刘琨视为头号智囊。温峤其貌不扬，但天性幽默豁达，言谈举止不拘小节，喜欢赌博、开玩笑，但在这个盛大的接见仪式上，他一反常态，表现得庄重肃穆，在众目睽睽之下侃侃而谈，语气时而沉重悲凉，陈述刘琨的忠诚和艰辛，时而慷慨激昂，激励众人奋发图强。演说进行到最后，他代表刘琨摆明了来意——国不可一日无主，请各位诚心诚意地拥立晋王登基称帝，光复河山。
这场演说很精彩，在场的众人心潮澎湃，无不为温峤的气度而心折。为了表达对温峤的崇敬，有一个姓桓的官员取他的姓氏，给出生不久的儿子命名为桓温。司马睿对温峤的精彩演说也颇为满意，在接见仪式结束后，他即刻派遣使者带着一把名刀渡江北上，送给刘琨，以示器重。
刘琨在北方抗胡多年，在许多人心中他就是一个神圣的精神图腾。作为他的代言人，温峤在建康也受到了特殊的待遇，以王家、谢家、庾家为首的北方士族纷纷设宴邀请，争先恐后地与他结交。
等到任务完成，温峤也一一拜访了建康的名门望族。他收拾好行装，准备返回蓟城的时候，司马睿表达了挽留之意，这倒不是出于客套，而是发自真心的赏识。与鼙鼓震天的北方相比，留在相对比较安全的建康未尝不是一个更好的选择，但温峤委婉地拒绝了，执意要回到刘琨麾下。为了把他留下，司马睿苦苦相劝，指示重臣展开车轮战一般的劝说，温峤无奈，只好答应。此刻的温峤不知道的是，在他决定留在建康的这一刻，他与刘琨的缘分也到此为止了。这一生，他们再也没有见面的机会了。
王敦虽不在建康，但建康的一举一动都逃不过他的眼睛。就司马睿登基称帝一事，他私下派人与王导交换过意见，王导并没有因与他有兄弟之情而对他亦步亦趋，而是一口否决了他的提议，明确表示帝位继承人非司马睿莫属。兄弟之间的分歧已经让王敦很不愉快，刘琨突如其来的介入更让他大为光火。
不同意由司马睿出任最高统治者，这不是王敦第一次挑衅了，司马睿对他百般忍让，无非是碍于他在军界的影响力。随着刘琨的介入，局面发生了微妙的变化——王敦有兵，刘琨也有兵；王敦在军界有声望，那是靠打内战打出来的，而刘琨的声望是跟胡人一刀一枪拼出来的。两者对比，孰优孰劣，不言自明。
太兴元年（318年），温峤来到建康的第二年，匈奴人杀死了晋愍帝。司马睿这时没有再推托，大步流星地登上了皇帝的宝座。一个多月后，在幽暗潮湿的囚牢里，传奇英雄刘琨死在了一条白绫之下，害死他的是他的盟友段匹磾和对他嫉恨已久的王敦。
段匹磾产生歹意，主要是因为嫉妒心作祟，他怕自己的部下归心于刘琨。然而，毕竟刘琨的声望太大，他只是把刘琨投进了大牢，并不敢贸然下手。就在他犹豫不决的时候，王敦派来了煽风点火的使者，终于在使者的唆使下，他下定决心，用一条鬼气森森的白绫终结了刘琨这一生所有的梦想、痛苦与不甘。
王敦谋害刘琨，既是嫉妒，又是为了摧毁司马睿的外援。司马睿虽然很恼火，但他需要羁縻段匹磾，也害怕触怒王敦，只能息事宁人，即使温峤据理力争，他也不敢赐给刘琨谥号。直到一年多以后，当江北的局势再次发生变化，段匹磾被石勒击败的时候，司马睿才小心翼翼地给予刘琨身后哀荣。
中国北方的抗胡势力原先就是一盘散沙，即使再给刘琨几十年的寿命，也不见得能把这些大大小小的割据势力锻打成铁板一块。随着刘琨的猝然离世，各路抗胡势力更是风流云散，势如山崩。
刘琨与祖逖的友情，是中国历史上的一段佳话，闻鸡起舞的那一夜，他们风华正茂。二十年光阴弹指一挥，山河破碎风飘絮，国破家亡的时代洪流中，岁月的风霜染白了祖逖的双鬓，壮志未酬的刘琨却成了一抔黄土。幸运的是，英雄虽死，壮志不绝，刘琨之后，还有祖逖。
刘琨离世这一年，祖逖的北伐已经初见成效，他在黄河和长江之间的大地上缓慢而坚定地铺开了一道又一道防线，使石勒不敢轻易南下。但不幸的是，祖逖用心血锤炼的屏障在为东晋提供安全防护的同时，也为丑恶的权力斗争创造了相对安定的外部环境。
王敦虽长于弄权，但军事才能不算一流。截至刘琨离世，陶侃旧部在荆州掀起的动乱非但没有偃旗息鼓，反而有愈演愈烈的苗头。无奈之下，王敦只好向陶侃的亲家公周访求救，并许诺一旦动乱平息，就把荆州交给周访掌管。与此同时，司马睿也派人面见周访，做出了同样的承诺。
王敦觊觎荆州，是为了慑服下游的司马睿；司马睿盯着荆州，是为了压制居心叵测的王敦；周访不一样，如果东晋出师北伐，荆州是一个极为便利的出兵地，周访虽然厌恶乌烟瘴气的内部权力斗争，但志在北伐的他为了得到荆州，还是蹚进了险恶的浑水。
平定荆州动乱的过程中，周访打得很卖力，他不惜豁出性命，带着敢死队冲锋陷阵，用时将近一年，终于平定了荆州的局势。之后，王敦毫不意外地变卦，抢先一步派遣亲信接管了荆州。王敦自知理亏，派人携带重礼去安抚周访。周访暴怒，当着使者的面把礼物摔到了地上，从此视王敦为不共戴天的仇敌。
在东晋历史上，王敦控制荆州是一件具有里程碑意义的大事。前文已述，永嘉之乱后，南下的北方士族很难和江东士族分庭抗礼，司马睿和王导把王敦分出来，让他独自出外打拼，就是希望他占据长江中上游地区，凭借高屋建瓴的地理优势震慑江东士族。拥兵自重的王敦将荆州据为己有之后，凭借地理优势和军事力量，很快就压倒了江东士族。江东士族受制于人，只能无可避免地走上被边缘化的下坡路。在江东士族逐渐失势的同时，东晋也被笼罩到了更为强势的王敦的阴影里。
王敦在世期间权倾朝野，两次顺流东进，直捣皇城，依靠的就是地理优势和庞大的武装力量，在他之后的东晋历代权臣基本上也都是沿袭他的老路。
王敦之前，江东的主要政治矛盾是南北士族之争；王敦之后，则是荆州与扬州之争。之所以说他占据荆州是里程碑事件，原因就在这里。