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自《神农本草经》问世以来，“本草”二字就有了特殊的含义。中药学在1840年以前叫作本草学，药物学专著称为本草书，药学史称为本草史。究其原因，是由于“诸药中草类最众也”。《墨子·贵义》说：“譬若药然草之本”，可以说是最先用“本草”言药者。
人类最初也有诸如用火、用砭石等医疗手段，但药的概念主要是与接触植物有关。《说文解字》云：“药，治病草也，从草。”反映了古人造字之初只有植物药的状况。
我国的药物学导源很早，远在原始社会，人们在采集和渔猎的过程中便逐渐发现了植物药和动物药。《淮南子·修务训》中有神农“尝百草之滋味”“一日而遇七十毒”的记载，《尚书·说命》篇亦有“药不瞑眩，厥疾弗瘳”的论述，即服药后如无反应，病是不会好的，表明古人在尝试和探索药物的过程中，不可避免地会出现某些中毒性的反应。到了夏商时代，奴隶们就发明了酿酒，而“毉”字从“酉”（酉就是酒，其字像酒坛之形），说明古代的药物与酒是分不开的，后世的酊剂与酒精消毒便是它的必然发展。梁朝陶弘景曾经正确地指出，“藕皮止血，起自庖人；牵牛逐水，近出野老”，意即藕皮的止血作用是厨师的发现，而牵牛子的逐水利尿功能则是老农的认识。上述事例雄辩地证明了一条真理：药物学知识来源于劳动人民的实践。
在先秦的大量文化典籍里，涉及药物学知识的就不少。例如，《诗经》曾谈到葛、蒿、芩、芍药、芣苡（车前草）等多种植物药，在《山海经》里记载了动物、植物、矿物各类药物120多种，所治疾病达50种以上。《五十二病方》所载药物，基本上反映了先秦时期用药状况，植物类药多，动物、矿物类药次之。
药物名称的产生是文字发展到一定程度的产物。最早应为单字名，如姜、兰、术、艾、虻、杞、蒿、芩、茶等。随着物品和药物名称的增多，根据其固有特征，逐步加一些修饰形容词，多以色泽加在前面。如白蒿、黄芩、白术、赤芍等。形声字在药物名称中应用最多。《五十二病方》中的药物名称已趋成熟。
春秋、战国时期的科学文化已有相当的发展，本草学已具雏形。《神农本草经》是当时的代表作之一，是前人用药的经验总结。实际上《神农本草经》之前，已有不少关于药学的文字记载，由于种种原因未被保存下来。这时的植物类药明显增多，认识到了植物药的优点：疗效显著和易得、易服、易保存等。动物、矿物类药物也有所发展。汞剂、砷剂的出现是当时化学发展的标志。本草的品种具有一定规模，《神农本草经》只是受当时的阴阳五行学说和天人相应思想的影响，才取舍为365种。药物品种将远多于此，《五十二病方》中所载的药物不见于《神农本草经》《名医别录》两书者的接近一半。这证明在先秦时期还有许多民间常用药物，绝不是《神农本草经》的365种药物所能概括的。
对于本草，医家如欲应用，得把握两方面的内容，一是把诸多的药物进行分类，使其“从乱到有秩序，从杂糅到有条理”，即作“分别科条，区畛物类”的工作；二是掌握各药的药性，按照药性理论制方用药。这两者都是构建中药学理论的工作。我们已经知道，中医学理论的构建是以哲学理论为框架，医学经验襻附其上，便形成中医理论，药学理论也是这样，如《神农本草经》的三品分类法，以及四气、五味、归经之论也皆如此。
《神农本草经》将药物按君、臣、佐使分为上药、中药、下药。上药“主养命以应天”，中药“主养性以应人”，下药“主治病以应地”。这无疑是封建礼制思想在药学的反映。其时，在战国时代医生开方也循此秩序而制方。如《庄子·徐无鬼》说：“药也，其实堇（乌头）也，桔梗也，鸡痈（芡实）也，豕零（猪苓）也，是时为帝者（君药）也，何可胜言。”是说，可以根据病情选用各药为君药。三品分类笼统而带有封建等级观念，但一直为后世本草著作沿用，到明代李时珍著《本草纲目》时，才以16部的新分类法所取代。诚如李时珍在《本草纲目·神农本经名例》中说：“神农本草药分三品，陶氏别录倍增药品，始分部类；唐、宋诸家大加增补，兼或退出，虽有朱墨之别，三品之名，而实已紊矣。或一药而分数条，或二物而同一处，或木居草部，或虫入木部，水土共居，虫鱼杂处，淄渑罔辨，玉珷不分，名已难寻，实何由觅？今则通合古今诸家之药，析为十六部，当分者分，当并者并，当移者移，当增者增。不分三品，唯逐各部。物以类从，目随纲举。每药标一总名，正大纲也。大书气味、主治、正小纲也。分注释名、集解、发明、详其目也。而辨疑、正误、附录附之，备其体也。单方又附于其末，详其用也。大纲之下，明注本草及三品，所以原始也。小纲之下，明注各家之名，所以注实也。分注则各书人名，一则古今之出处不没，一则各家之是非有归，呈旧章似乎剖析，而支脉更觉分明，非敢僭越，实便讨寻尔。”
中药药性理论建立的方法，即是《周易》的取类比类。四气五味、升降浮沉和归经等皆是如此。《周易》的核心方法就是以象比附万物，其六十四卦能形象反映各种事物。根据这一原则，古人把万事万物都融进一个以易符号为核心的象的世界里。进而认为在同一个象的类别中，其性相通，尤其是矿物、植物、动物之间存在着互补关系，便成为中药理论的基本指导思想，具体表现在四气五味、升降浮沉和归经及功效等方面。
四气是指药物的寒、热、温、凉四种属性，五味是指药物的辛、甘、酸、苦、咸五种药味，但四气五味并非凭空产生，而是以象比类于四时五行的结果。如明代缪希雍在《本草经疏·续序例》上说：“天布令，主发生，寒热温凉，四时之气行焉，阳也；地凝质，主成物，酸苦辛咸甘淡，五行之味滋焉，阴也。”即把四时当作天的阴阳，随四季而变化，五味由地所生，随五行属性而分别。通过这种取象方式，中药基本性质与产地和采收时间密切地联系起来，并以象为媒纳入了能囊括万事万物的巨大符号体系。
总之，医家以五行理论为纽带，为动物、植物、矿物和人建立了普遍联系，并在五气互补思想的指导下，建立了中药的理论模式。即使易学在早期很少直接参与中药理论的建构，但“取象比类”的“易学”思维和阴阳、四象、五行的模型对中药学体系的建立在方法论方面起到了指导作用。更何况后来人们把八卦与五行相配，进而直接运用易理来分析药理，越到后来，这种联系就越密切，几近水乳交融。
据以上药性特征和中医临床对药物的使用情况，可以简要地概括以本草称谓的中药学，在理论上有如下三方面的特点：
一是药学理论与医学理论的嵌合对应。医学讲阴阳、藏象、经络，本草则讲究四气、五味、归经，二者一脉相连。
二是从功能论药性，无视其化学成分。各味药的功效，是从病人病后用药治疗的效果而知，是信息反馈的结果，包括一部分药的四气五味属性也是这样确定的。因此说，中药的药理是“形而上者的道”，而不是像化学成分那样的形而下者的“器”，这也反映中药理论重实用的一面。
三是中药的应用系主要以方剂形式联袂用药。虽然也有单味用药和提炼的某些化学制品，但主要应用的形式是复方，即所谓“药有个性之长，方有和群之妙”，其复方也按七情和合依君臣佐使的建制来构筑。这一切都体现中药药理和中国哲学、中国传统文化的密切关系。
（孟庆云）