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中医学方法论是指中医认识疾病和治疗疾病的方法的理论。中医方法论也有哲学方法论、一般方法论和具体学科方法论之分。因在中医学理论体系中，哲学方法论和一般方法论往往融合在一起，而具体学科如内科、外科、妇科等不同疾患的方法论又以临床理论的形式出现，故通常所言中医学方法论，主要指和一般方法论结合的哲学方法论。方法论和医学观是一致的，一定的医学观原则在认识过程和实践过程中的运用表现为方法。方法论则是有关这些方法的理论。方法和方法论还是随着实践的拓展不断发展的。例如，20世纪以后中医学产生了中西医结合派别，并运用了流行病调查群体分析方法和实验研究方法，这就改变了经典方法独为一尊的局面。关于中医学方法论的称谓，最早见诸于20世纪70年代末期，在20世纪50年代和60年代的中医论文中，仅有“说理工具”的提法。对方法论的研究将有助于认识中医学的科学特征和理论源流。值得提及的是，本节中所介绍的阴阳、五行、术数和五运六气等，不仅仅是方法论，还具有观念、原理、法则等理论含义。
阴阳是中国古代哲学的基本范畴，是哲学“本体论”的主要内容，无论言气、言理、言道都不能离弃阴阳。在《汉书·艺文志》中就有阴阳16家，凡文249篇、图10卷。阴阳的观念很早就被医生们运用和发展，成为中医学医学观的主要内容，进而归纳出一些基本规律，但并不止于此，之后又在这些规律基础上，演为观察疾病、分析疾病、治疗疾病的方法论了。以阴阳为方法论在中医学的运用，获得了很多新的认识，又丰富了哲学的阴阳学说。可以说，关于阴阳学说的理论直到目前仍是中医学的重要理论内容之一。
阴阳学说是中医学的理论根基。整套中医理论和中医学说史，离不开阴阳二字。关于阴阳观念的产生，任继愈先生指出与草原文化的生殖崇拜有关，他在所著《中国哲学史》第一卷中写道：“万物在阴阳势力的推动、矛盾中产生、变化的过程里通过交感。这一概念的形成，可能是由男女交合产生子女的普遍现象概括出来的原则。”认为阴阳以人的生殖而外推的概念，当源于北方草原文化，在狩猎、驯养中人的交媾、生殖与其产业的动物交媾、生殖是一致的。因此，在这种文化中，把人的男女普遍化为阴阳两种属性，把男女交媾普遍化为阴阳交媾——阴阳相交，把人类生殖普遍化为万物化育的原则。之后，又在长期的生产生活实践中，把阴阳与时间、空间观念联系起来。最早提出阴阳概念的，从流传下来的资料看是《国语·周语》：周宣王即位（前827年），大臣虢文公劝谏宣王不可废弛籍田的仪节。他说，每年春耕时令一到，稷官“则遍诫百姓，纪农协功，曰：‘阴阳分布，震雷出滞，土不备垦，辟在司寇’”。周幽王二年（前780年）有地震，伯阳父曰：“周将亡矣，夫天地之气，不失其序，若过其序，民乱之也。阳伏而不能出，阴迫而不能蒸，于是有地震，今三川实震，是阳失其所而镇阴也。阳失而在阴，川源必塞。”从《周语》这两个材料可以看出，西周晚期，人们已用阴阳的矛盾运动来解释节气、地震等多种自然现象。值得注意的是，伯阳父对天地系统的秩序性和阴阳两种力量的平衡给予了高度重视。秩序和相对平衡对于任何系统的稳定和正常运转都具有决定意义，自然界秩序和平衡的破坏意味着混乱和灾难。伯阳父的这一认识是对《易经》的发挥，标志着中国系统思维在继续深入、前进。如果说，《易经》以六十四卦严整的编排从正面向人们显示秩序和结构对于系统运动的重要，那么伯阳父则以其破坏而导致的不良后果，从反面说明了它们之间的本质联系。
阴阳概念有很强的生命力。又由于它与八卦的爻象有关，所以很快被人们接受并广泛应用起来。至迟春秋时，医家开始将阴阳概念用于医道。秦朝医和在为晋侯诊病时发表了一番议论：“天有六气，降生五味，发为五色，徵为五声。淫生六疾。六气曰阴、阳、风、雨、晦、明也。分为四时，序为五节，过则为灾；阴淫寒疾，阳淫热疾，风淫末疾，雨淫腹疾，晦淫惑疾，明淫心疾。”医和把阴阳与影响气候的六气以及四时、五节联系起来，认为构成天地系统的任何一种要素都必须适度而不可“过”，过则为灾，引起疾病。这段论述表明，天地是一个整体，万物“同类相应”，人体与自然环境相统一，天地系统的不协调会影响人体出现不适。
中医学的阴阳学说认为，世界上无论有形的物体或无形的太虚，无论宇宙中的天体或大地上的物类，都发生着普遍的联系，处在无休止的运动之中，而一切事物的变化都是在两种对立势力的相互作用之下发生的。诸如天与地，日与月，水与火，昼与夜，明与暗，寒与热，动与静，表与里，上与下，生与死等等，无不是一些相互联系而又相互矛盾的事物和现象。整个世界就是由这样一些矛盾着的事物和现象构成的。在阴阳学说看来，所有相互对立的事物尽管千差万别，但他们有着共同的特点，就是矛盾的双方在形态上总表现出两类特定的相反趋向：一类趋向为明亮、活跃、向前、向上、温热、充实、外露、伸张、扩散、开放等；另一类趋向为晦暗、沉静、向后、向下、寒凉、虚空、内藏、压缩、凝聚、闭阖等。古人把前一类形态称之为阳，把后一类性态称之为阴。由于阴阳是从具体事物与现象中抽象出来，用以标示事物形态的范畴，并不代表某种具体的事物，所以《灵枢·阴阳系日月》说：“且夫阴阳者，有名而无形。”
对于阴阳这两类属性，《素问·阴阳应象大论》认为可以用“水”和“火”的特性来代表。它说“水火者，阴阳之征兆也”。在古人看来，火性炎热、升腾、轻浮、活动，集中体现了阳性特征；水性寒冷、沉静、下降，正好反映出阴质的本性。因此可以利用水和火这对形象的矛盾，来理解阴阳这对抽象的概念。
阴阳学说认为，阴阳两个方面之间存在着对立统一的关系，二者既相互对立又相互依存，并且在一定条件下相互转化。例如：季节上寒与暑虽然是相互排斥的，然而它们之间又有相互关系，当寒冷到达顶点的时候，就蕴含着向暑热转变的契机，接着寒冷逐渐为温暖、炎热的气候代替；当暑热到达顶点的时候，又为寒冷气候的出现准备好条件。于是，暑热逐渐为寒冷的气候代替。一年四季寒来暑往，体现了气候上的阴阳双方相互依存和相互转化。又如，在气化理论中形与气的矛盾，气主动，主散，属阳；形主静，主凝，属阴。动与静、散与凝是相互对立的，但是形为气合而成，气为形散而来，因此二者相互依存、相互转化。《素问·天元纪大论》说：“动静相召，上下相临，阴阳相错，而变由生也。”动静、上下都是阴阳的具体表现，就是说，正是阴阳的对立统一引起了世界的运动和变化。
在阴阳学说看来，阴阳关系是普遍存在的。这种普遍存在表现在事物之间的关系无论多么复杂，都可以纳入到阴阳这两类范畴中去。《素问·阴阳离合》说：“阴阳者，数之可十，推之可百，数之可千，推之可万，万之大，不可胜数，然其要一也。”意思是，五光十色变化万千的事物和现象，无一不是阴阳矛盾的展开和体现。明代张介宾说：“阴阳者，一分为二也。”肯定任何事物都包含着阴和阳两个矛盾的方面。阴阳关系的普遍性，不仅表现在空间方面，而且表现在时间方面。就是说，万物的产生和消灭，自始至终贯穿着阴阳矛盾。正如《素问·四气调神》所说：“阴阳四时者，万物之终始也，死生之本也。”认为阴阳矛盾存在于一切事物的全过程之中。
依据阴阳学说，阴阳矛盾无处不存、无时不在。阴阳这两种势力此消彼长，此长彼消，互相制约，互相转化，由此推动着世界万物的运动、变化和发展，所以《素问·阴阳应象大论》说：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。”断定阴阳，是一切事物运动的泉源和动因，是世界的根本规律。
由于万事万物发生着错综复杂的联系，从而使阴阳在划分上具有相对性和灵活性。就是说，事物的阴阳属性不是绝对不变的，它通过与自己的对立面相比较而确定，随着时间、地点和条件的变更而发生改变。在某种场合属阴的事物，在另一种场合则属阳；在某种场合属阳的事物，在另一场合则属阴。例如六腑位居胸腹腔之内，四肢显露于机体之外，二者相对，六腑属阴，四肢属阳。但在内部脏器之中，六腑“传化物而不藏”、五脏“藏精气而不泻”，腑以通为用，脏以藏为主，所以就腑与脏说来则脏属阴，腑又属阳。阴阳的划分具有变化性，但是在变化之中包含着不变，灵活之中不能违背一定的原则，在每一特定的场合，阴阳划分是确定的，不是任意的。如上面所举的例子，当六腑与五脏相对时属阳，而与四肢相对时属阴，这是根据阴阳概念和事物本身的实际性质划分的，不能更动。
物质世界纵横交错的复杂关系还使事物表现出无限多的层次，具有无穷可分的特性。阴阳学说对于这一点也作出了朴素的反映，它指出，把事物或现象分解为阴阳两个方面以后，对这两个方面还可再进行分解，继续找出它们各自所包含的阴阳矛盾。所谓阴阳之中复有阴阳就是这个意思。例如《素问·金匮真言》说：“平旦至日中，天之阳，阳中之阳也；日中至黄昏，天之阳，阳中之阴也；合夜至鸡鸣，天之阴，阴中之阴也；鸡鸣至平旦，天之阴，阴中之阳也。”白天为阳，黑夜为阴。白天可分日中之前和日中之后两部分，前半日阳光越来越充足，故为阳中之阳；后半日阳光越来越减弱，故为阳中之阴。同样道理，黑夜也可分前后两部分，鸡鸣之前，夜色和寒气越来越深沉，故为阴中之阴；鸡鸣之后，夜色逐渐消退，晨曦慢慢来临，故为阴中之阳。再如根据其功能性质，五脏相对于六腑属阴。而五脏中又可再分阴阳：心、肺在横膈以上属阳，肝、脾、肾在其下属阴。不仅如此，各脏内部还可分阴阳，如心阴、心阳，肾阴、肾阳等。阴阳学说通过阴阳之间既对立又统一的关系，反映了矛盾法则的基本要点，是我国古代朴素的对立统一理论。它把自然界纷纭众多的事物和现象归纳成为阴阳两大类，提出阴阳是宇宙的根本规律，这对于指导人们提纲挈领地认识世界，把握事物的本质，在一定程度上辩证地理解事物的矛盾运动具有积极意义。
《内经》不仅以阴阳为“天地之道也，万物之纲纪”，而且提出一系列关于养生保健方面的基本规律，主要有：
（1）阴阳相贯。是阴中有阳，阳中有阴，即《素问·阴阳应象大论》之“阴在内，阳之守也；阳在外，阴之使也”。《灵枢·营卫生会》也说“营在脉中，卫在脉外，营周不休，五十而复大会，阴阳相贯，如环无端”。阴内阳外，阳左阴右。阴阳连系在一起，互相贯通。
（2）阴阳相错。《淮南子·天文训》有“阴阳相错，四维乃通”，阴阳要点是运动，有动静之分才有阴阳。《素问·天元纪大论》所谓：“动静相合，上下相临，阴阳相错，而变由生也。”又称为阴阳动静，明代张景岳在《类经》中深入阐述阴阳相错和动静的含义，指出：“一动一静，互为其根”，“天下之万理，出乎一动一静”。
（3）阴阳匀平。《素问·调经论》说：“阴阳匀平，以充其形，九候若一，命曰平人。”以阴阳的平衡观念定义为健康人，称为平人，《灵枢·终始》说：“所谓平人者不病，不病者，脉口人迎应四时也。上下相应而俱往来也，六经之脉不结动也，本末之寒温之相守司也，形肉血气必相称也，是谓平人。”民国初期的恽铁樵说：“健体本无阴阳可见。”
（4）阴阳乖戾。《素问·生气通天论》所谓：“阴阳乖戾，疾病乃起。”人体阴阳平衡的破坏，呈偏盛偏衰状态为疾病。宋代的《圣济总录》也说：“偏阴偏阳谓之疾。”
（5）阴阳离合。《吕氏春秋·大乐篇》说：“太乙出两仪，两仪出阴阳，阴阳变化，一上一下，合而成章，混混沌沌，离则复合，合则复离，是谓天常。”《素问·阴阳离合论》指出阴阳有离有合生命才能“气里形表而为相成也”。
（6）阴阳相移。阴阳之运动除有离有合外，或有相移甚至转化的情形，如《素问·热论》说：“阴阳上下交争，虚实更作，阴阳相移。”在相移中消长，消长到一定程度，即《素问·阴阳应象大论》指出的“重阴必阳，重阳必阴”。
（7）阳生阴长，阳杀阴藏。这是《内经》概括的生物生长规律。句出《素问·阴阳应象大论》。《素问·天元纪大论》也说：“天以阳生阴长，地以阳杀阴藏。”原意是上半年天气主之，阳生阴长，就是阳生阴也生；下半年地气主之，阳藏阴也藏。如农作物，春夏之际，阴阳二气均旺盛，秋冬之际，阴阳二气均衰败。如人类，在儿童、少年、青年之际，阴阳均旺盛，壮年、老年阴阳均衰退。这里论述了阴阳二者的统一性，实际揭示了生物生长的规律。
（8）阴阳合和。这是《内经》继承古代儒道各家的中和观而确立的。《周易》提出“保和太和”的思想。春秋时的史伯说：“和实生物，同则不继。”《老子》说：“道始于一，一而不生，故分为阴阳，阴阳含而万物生。”对于阴阳之和，《内经》的作者正是吸收了上述的观念，从天人之和、正邪之和、食药之和中上升为阴阳之和。《素问·生气通天论》说：“凡阴阳之要，阳固乃密，两者不和，若春无秋，若冬无夏，因而和之，是谓圣度。”所谓“圣度”是最高的准则。《内经》以调阴阳至和为治疗原则，故《素问·至真要大论》说：“谨调阴阳之所在而和之，以平为期。”后世医家也谨遵此论，如《伤寒论》之58条云：“阴阳自和必自愈。”
综上可见，中医的阴阳理论启导于哲学，但又以自家的创造而丰富，从而发展了阴阳学说。
五行也是中国古代的哲学概念。五行最早见于箕子答周武王问《尚书·洪范》。其后从五方、五材等观念发展为抽象的五行学说。春秋末年，晋国的史墨曾以“水胜火”来预断战争的胜负，到战国百家争鸣的时期，五行的流派很多，如墨家的五行交胜、相丽说，阴阳家的五德终始说等。其中交胜说提出了“五行毋常胜”的理论。《孙子兵法》也提出“五行无常胜”。最众多的为五行相胜派，其中又有天文学五行（按相生顺序排列，即木、火、土、金、水）、哲学五行（按天一生水排列，即水、火、木、金、土）和道家五行（按炼丹顺序排列，即金、木、水、火、土）。五行以阴阳家五行为主流，源于邹衍的“五德终始”，到西汉董仲舒吸收了阴阳家的五行，明确提出“五行相生”的观点，著有《五行相生篇》，使五行学说成为汉代的主流哲学。《汉书·艺文志》记载当时五行31家，凡652卷。五行学说以方法论的价值影响着医学，用以解释疾病的演变法则，甚至被确定为治疗规范。
五行学说的渊源很早。其滥觞可以追溯到商代的五方说。五方说把殷人所在地域称作“中商”，与“东土”“南土”“西土”“北土”相并列，说明那时已经有了东、南、西、北、中五个方位的观念，而且人们把春、夏、秋、冬四时风雨气候的变化与五个空间方向联系起来观察，认识到五个方位的重要意义，发现不同方向的风雨与不同的季候有着密切联系，对于农业生产会产生各不相同的影响。五方说显示出古人欲用五方概念总括空间整体的意向，这种思想包含着最早的整体观念的萌芽。
继五方说之后，西周出现了五材说。关于五材说，史书中有不少记载，如《尚书大传·周传》：“水火者，百姓之所饮食也；金木者，百姓之所兴作也；土者，万物之所滋生也，是为人用。”《左传·襄公二十七年》曰：“天生五材，民并用之，废一不可。”《国语·郑语》曰：“故先王以土与金、木、水、火杂，以成百物。”五材说总结当时的科学知识，认为金、木、水、火、土五种物质是构成和滋生万物的基础。五材说表明，古人试图从五种物质构成的关系上来把握一切有形物体的整体，反映了人们对物质多样性的认识。
五行学说是在五方说和五材说的基础上发展起来的。如果说五材之论还把木、火、土、金、水当作五种主要物质材料来赞颂，那么由于中国传统思维方式的影响，对这五种物质材料的性质方面的研究却没有深入下去，注意力很快集中到五材的动态功能及其属性的外在表现上，于是产生了五行学说。五行学说比它的前身已经有了质的变化。五行理论的提出，应以《尚书·洪范》为标志。它写道：“五行：一曰水，一曰火，三曰木，四曰金，五曰土。水曰润下，火曰炎上，木曰曲直，金曰从革，土爰稼穑。润下作咸，炎上作苦，曲直作酸，从革作辛，稼穑作甘。”这段话对五行中每一行的性质作了分析，并且说明，在五行理论中，水、火、木、金、土已主要不再是关于五种物质材料的概念，它们的主要含义已由五种物质材料升华为润下、炎上、曲直、从革、稼穑等五种功能属性。这五种功能属性并不单纯属于水、火、木、金、土五材，而且属于咸、苦、酸、辛、甘五味以及其他一些事物。《礼记·月令》《吕氏春秋》《黄帝内经》等著作把这五种功能属性抽象出来，作为五个相互关联的方面，分别由木、火、土、金、水来代表，形成一种稳定的结构模式。同时，这五个方面被提升为划分世界的五项标准，从而完成了五行与五方、五季、五气、五色、五味、五音、五化等等的配列。因此五行学说认为宇宙间万事万物统一地具有这种五行结构。正是基于这样的理论观点，形成了完整的五行学说。
在五行学说形成过程中，认识的重心发生了由五种物质材料向五种功能属性的转移，然而五材的名称没有改变。五行学说的基本特点是，它不研究自然界的实体究竟是什么材料构成的，也不考察事物之间具体的作用方式。五行学说着意研究的是事物内部和事物之间最一般的结构关系，并用五行结构观念构成关于自然的理论体系。木、火、土、金、水实际上变成了代表五种功能属性的符号，而与阴爻、阳爻、六爻、八卦相类似。
在五行结构中，五行之间的相生相克是最基本的关系。乘侮、胜复和制化关系是在相生相克的基础上产生出来的。相生，即滋助，养长，促进的意思；相克或相胜，则包含克制、压抑、约束之意。依照五行法则，相生相克关系是固定不变的，即木生火，火生土，土生金，金生水，水生木；木克土，土克水，水克火，火克金，金克木。可见，五行中的每一行，都承受着“生我”“我生”“克我”“我克”四种关系，虽然就任何两行之间的直接关系（或生或克）看来，是不平衡的。但是就每一行的关系总和以及五行结构整体看来，相生相克是平衡的。五行之间的这种生克关系，是事物在正常情况下的内在联系，它们维持着事物的正常生化和协调发展。这就是所谓五行制化。
相乘相侮，则属于事物的异常现象。所谓异常包括太过或不及两种情况。如木太过，则它对土会发生超过正常限度的克制，称之为相乘，并反过来对克它的金加以欺凌，名之曰相侮或反侮。如木不及，则金就会来乘木，土也会给木以反侮。相乘和相侮的出现，将造成五行系统的局部不平衡，但是一旦出现克制太过的情况，那么由于五行之间交错的连锁式的生克关系，在五行结构内部必然会产生出一种刚好相反的力量，将其压制下去，古人把超过限度的克制称作“胜气”，把反过来压制胜气的力量称作“复气”。经过复气对胜气的调节作用，最后仍然会使五行结构恢复相对平衡的状态。
五行学说认为，凡是具有五行结构的不同事物之间，也会按五行法则发生一定联系。属于同一行而不同种的事物，由于它们有一定的相同的功能属性，因而同气相求，相应相通。如五味入胃，各归其所喜攻，酸先入肝，苦先入心，甘先入脾，辛先入肺，咸先入肾。因为酸（木）、苦（火）、甘（土）、辛（金）、咸（水）依次与肝（木）、心（火）、脾（土）、肺（金）、肾（水）属于同一行。属于不同行的不同种事物，也可能发生一定的相生相克关系。如《素问·藏气法时》说：“夫邪气之客于身也，以胜相加。”意思是六淫邪气侵入人体，将按照五行相克的法则戕害五脏，即风淫伤脾（风属木，脾属土，木克土），暑淫伤肺（暑属火，肺属金，火克金），湿淫伤肾（湿属土，肾属水，土克水）等等。
为什么所有事物都具有五行结构，遵从五行法则呢？在五行学说看来，宇宙万物的运动并非杂乱无章，各行其是，而是步调相应，秩序井然。春、夏、秋、冬四时的更替和东、西、南、北、中五方的变换对于事物的形成和变化具有决定性影响。如《素问·四气调神论》说：“故阴阳四时者，万物之终始也，死生之本也。”“夫四时阴阳者，万物之根本也。”《素问·阴阳应象大论》说：“天有四时五行，以生长收藏，以生寒暑燥湿风。”一年四时为阴阳的消长所形成。它直接决定和影响着万物的生长、壮大、衰老和死亡，使万事万物的运动变化按照同一节奏进行。唐代王冰也解释道：“时序运行，阴阳变化，天地合气，生育万物，故万物之根悉归于此。”在直观所及的范围内，自然界经常有节律的变化，同时又是对万物和人体影响最大的变化，的确首推四时的更替，而四时的变换与来自不同方向的风雨又有密切关系，并且五方不同，气候也各异。
为了使时间观念与空间观念统一起来，适应古代已经流行的五方说和五材说，古人将四时也分为五个变化阶段，即在夏秋之间再独立出一个“长夏”又叫作“季夏”。古人认为，既然万物的生死取决于阴阳四时的变化，因此，万物的运动，必然随着季节的周而复始，表现出相应的周期性和阶段性。这种运动的周期性和阶段性，又使各种不同事物的内部必然统一形成相应的五行结构。这样，在古代天文学、地理学、气象学、物理学、生物学和哲学等多种知识的基础上，形成了五行学说，提出五行生克作为一切事物普遍适用的整体结构模型。
由上可见，五行学说把整个宇宙看作是一个按五行法则构成的庞大的五行母系统，它以四时和五方为核心，向外伸展开去。每一项具体事物各是一个五行子系统。它们和它们的每一部分按其不同的功能属性，各自配列到宇宙的五行体系之中。所有子系统都从属于母系统，它们之间具有鲜明的同构关系和统一的运动节奏。
古人把五行学说应用于医学，对研究和整理古代人民积累的大量临床经验，形成中医学特有的理论体系，起了巨大的推动作用。它促使人们从系统结构的观点观察人体，有助于比较辩证地认识人体局部与局部、局部与整体之间的有机联系，以及人体与生活环境的统一。五行学说的应用，使中医学的整体观念得到进一步加强和系统化。
五行学说在中医学中，不仅起到分类系统和理论框架的作用，而且还进一步引发或推导出一些重要的规律，特别是在阴阳学说结合以后，其理论的外延几乎涉及医学的各方面内容。五行理论在医学的发展主要有以下四方面。
（1）五行藏象，各异其性。五行学说从五材说发展为五种运动形式和五种属性以后，便和人体五脏结合起来。在《内经》里，在《灵枢·九宫八风》篇中有脏腑和八卦结合的八卦藏象论，《素问·六节藏象论》中脏腑和六节结合形成了六节藏象。《素问·三部九候论》中还有“神藏五、形藏四”的“九藏”。但唯有脏腑和五行结合者最富生命力而沿用下来。其中五脏和五行相配还经历了古文经学与今文经学相配的不同。肝心脾肺肾五脏，在古文经学中是分别与金、土、木、火、水相配，在今文经学中才是《内经》的样子，即分别与木、火、土、金、水相配。这是实践的选择，此种配法，能很好地说明脏腑间的关系及脏腑与其他事物的关系而促进了中医学的发展。
（2）化生有序，相关维系。《素问·玉机真藏论》：“五脏相通，皆有移次。”通过五行表明五脏中任何一脏都与其他四脏联系与沟通，互相影响。并且从五方、五时、五气、五化到人体的五脏、六腑、五体、五官、五色、五音、五味、五志等，形成五个系统。这五个系统的有关内容，体现了中医学理论合乎系统的有序性原理和联系性原理。
（3）生克乘侮，亢害承制。《内经》较多论述了相克，即制约、克服的关系。《素问·玉机真藏论》以“五脏受气于其所生”，论述了五脏相生，即五行间的资生助长关系。在《素问·五运行大论》中：“气有余，则制己所胜而侮所不胜；其不及，则己所不胜侮而乘之，己所胜轻而侮之。”提出了相乘与相侮的关系。相乘的是超过限度的克，相侮是反克。对生克关系的观察，《素问·六微旨大论》还提出了“亢则害，承乃制，制则生化，外列盛衰，害则败乱，生化大病。”《素问·天元纪大论》也说：“五行之治，各有太过不及也。故其始也，有余而往，不足随之；不足而往，有余从之。”从控制论而言，此二论即是负反馈原理，既符合自然现象之间的关系，也符合人体。明代张景岳深知“亢害承制”之理论的重要意义。他在《类经》中说：“造化之机，不可无生，也不可无制。无生则发育无由，无制则亢而为害。必生中有制，制中有生，才能运行不息，相反相成。”亢害承制是中医学发现的自然规律之一。
（4）旺休法时，圜道终始。五行也与四时联系，一年五个时节各有旺休。《素问·藏气法时论》说：“五行者，金木水火土也。更贵更贱，以知死生，以决成败，而定五脏之气，间甚之时，生之期也。”古人注意到，人的脏腑功能，在一年四季，功能各有旺衰，而且具有年周期的变化。古代医学家，把这种各脏盛衰年周期的变化，称为“脏气法时”，这是最早的“生物钟”学说。是世界最早的医学发现和理论概括。在这里还以五行的循环、轮次来描述周而复始的生命，《内经》称为终始。终始这样也能解释一些有关的医学现象，对临床也有一定指导作用。
但是，五行学说是有其缺陷的，例如把诸多事物全归于五类则失之于牵强，其生克程式难免演成封闭的机械循环。这一点，早在《内经》中，就曾多次运用五行无常胜的观点阐述病机。如《素问·六节藏象论》说：“太过，则薄所不胜，而乘所胜也……不及，则所胜妄行，而所生受病，所不胜薄之也。”《素问·水热穴论》也有言“金将胜火”。《素问·气厥论》则有“肾移寒于脾”“脾移寒于肝”“肝移寒于心”“心移寒于肺”“肺移寒于肾”等。后世医学家更有系统地阐述，例如新安医学家程艺田在《医学心传》中有《颠倒五行解》这么一章，专事反驳五行的机械循环论。我们如果认定五行是以方法论为主的理论，就可以在临床上摆脱其束缚了。
术数是关于天文、历法、占卜等方面的学问。运用数理机制推断人事吉凶、解说自然现象、测定国运兴衰等活动。术数又称数术，汉代刘歆在编撰《七略》时，将天文、历谱、五行、蓍龟、杂占、刑法等统归入术数略。古人坚信“数”能代表事物的规律，认为万物皆有“定数”，并认为“数”可由“象”推出。这种理念来源于推演《易》学的占筮者，如《左传·僖公十五年》记韩简子云：“物生而后有象，象而后有滋，滋而后有数。”以象为主论述事物的有序性。“数”和“象”联系在一起。至于取象的方法主要靠占，占星以取天象，占龟取龟象，占筮取卦象，占候取气象等，正如《周易·系辞》谓：“夫象，圣人有以见天下之赜，而拟诸其形容，象其物宜，是故谓之象。”占以取象实际上是现象的类比，但它却深深地反映人类认识能力由感性向理性发展的一种萌动，“象”具有思辨和抽象的含义。周代的学者们就已运用象的概念。在春秋时期，演述《易》的学者们，已经有象数派和义理派之分，汉代象数派大兴于世，流布甚广，乃至汉人事事言象。在象数派的论述中，象指卦象、爻象，数指大衍数、蓍数。象数派在数术中占有重要地位，对医学理论的构建也产生重要而深远的影响。《素问·上古天真论》中开宗明义地道出，医生要“法于阴阳，和于术数”。除术数家的象数外，尚有“图书之学”，也即“河图”和“洛书”，虽然图书之学在先秦的典籍中就有其提法，但大兴于世还是宋代的事，由于图书的内容也被用于解说医理，甚至说成是五行学说的源始。现仅从象、数、图和医学的关联，以说明中医学理论的思想基础。
“象”是中国文化的原型系统之一。这种原型是超个人意识的，是集体的历史积淀物。从原始先民的“观物取象”，到《易经》，特别是《易经》关于“象”的诸多论述，“象”已成为中国古代科学、艺术、哲学等对认识原型的理论表述，其中最富于联系和富于传统的是，它是古老的象征系统。古代对“象”的观念发轫于占筮。《左传·僖公十五年》说：“龟，象也；筮，数也。物生而后有象，象而后有滋，滋而后有数。”“象”和“数”是通过占筮的形式表现出来的。象数之学，企图以符号、形象和数字来推测宇宙变化，当然也包括人。对“象”的认识由浅而深，其范畴从现象、意象而有法象。开始是“见乃谓之象”的直观所见，以后“拟诸形容，见其物宜”，用最简单的物象，经过“近取诸身，远取诸物”的守约而施博的过程，成为涵盖广大的事物演变规律，最后又据“易则易知，简则易从”的原则，以“象”为简约的模型，即《易传·系辞》所说的“象也者，效此者也”。《易经》之“象”，就是通过卦爻等抽象的符号或数字系统来表现事物的特征的。这样，“象”就从所见实物发展成为象征系统。其发展的结果，“象”规定了研究对象的层次。《易经》的卦爻之象，都是“效天下之动者也”，“象”是动态观察的结果，只有“象”才分阴阳，故“一阴一阳之谓道”。所谓“道”就是规律，是动态规律，但“道”所论述的是高层次的动态规律，而非低层次的实体和行止，故“形而上者谓之道，形而下者谓之器”。因此，在中国传统文化中，以动态功能之象为事物之本，重视规律的道，轻视器物。
《内经》的藏象来源有三：一是关于“藏”的知识；二是“象”的观念；三是联系“藏”和“象”及建立藏象学说的方法论。
对事物认识的一般过程是，对结构研究在先，功能研究在后。《内经》对深藏于内的人体脏腑的研究也是如此。古人对人体认识的一个主导观念是：人体的外部功能受体内脏腑的主宰，即有诸内必形于外。因此，所建立的藏象虽然是一个说明模型，也概然从内部实体研究入手。故《灵枢·经水》篇开宗明义地说：“若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可解剖而视之。”运用解剖学而获得了关于深藏于内的，诸如肝、心、脾、肺、肾、胃、胆、膀胱、肠等脏腑的形态学和体位方面的知识，也从形态结构中推测出脏腑的有关功能，如心主血脉、胃为水谷之海等等。
《内经》把“藏”和“象”联系起来建立藏象学说的方法论，是《灵枢·外揣》和《素问·阴阳应象大论》等所提出的“司外揣内”“以表及里”“由发知受”“以病知不病”和“阴阳应象”等方法，是把“所见于外，可阅者也”的象一一分组，把各组特征与“解剖而视之”的形体特征联系起来，从而形成了“藏居于内，形见于外”不同系统的藏象。每个系统都包含有形与神、精与气、生长化收藏等不同要素的综合模拟。但因“象”以“形而上者谓之道”，故藏象学说在发展中，对“形而下者谓之器”的解剖方面的研究逐渐冷漠。
以上论述表明，藏象学说的建立，是从解剖到功能，从经验到概念，从具体到抽象，从实体到模型的过程。
《内经》关于藏象有“脏”“腑”“器”“官”四种称谓，“脏”和“腑”已为诸篇所习用，“器”见于《素问·六节藏象论》：“脾、胃、大肠、小肠、三焦、膀胱者，仓廪之本，营之所居，名曰器。”把六脏合称为“器”以应一节，以司盛为主要功能；“官”即是《素问·灵兰秘典论》之“十二官”，乃脏腑功能之谓。“器”和“官”因其应用褊狭，渐被扬弃，此两篇在很大程度上为文献保存之模本而辑入。西医传入中国以后，翻译西医著作的学者，把人体脏器和独立的解剖功能单元笼统译为“器官”，以示与藏象学说中脏腑的区别。随着关于“藏”和“象”认识的发展，医学家在进行理论建制化之时，必须有一个框架，才能把诸理论要素串联成一个系统。最早在《周礼》中曾言“九藏”，《庄子》有“六藏”，《素问·三部九候论》及《素问·六节藏象论》也均提及“九藏”。《素问·三部九候论》以“九野为九藏，故神藏五，形藏四，合为九藏”，其意在于“九候之相应也”；《素问·六节藏象论》也言“九野为九藏”，但意在说明“六六九九之会也”。两篇所言之九藏均未形成完整系统，故流传不广。《庄子》六藏之说并无详论，因而“九藏”“六藏”都被其他的藏象模式所取代。在构建藏象学说时，随着传统文化发展的时代不同，也就有不同的理论模型，其构建思路不变，但框架不断递嬗，主要有三种：八卦藏象、六节藏象和五行全息藏象。
八卦藏象乃是从巫史文化之占病而孑遗于医学。《周礼·春官》言：“以八卦占筮八故”，依八种卦象推测所占之八事：征、象、与、谋、果、至、雨、瘳。其中的“瘳”就是推占病愈与否。从八卦之卦象来推占病变之脏腑，其各卦所应如《易传·说卦》所言：“乾为小肠，坤为脾，震为肝，艮为大肠，离为心，坎为肾，兑为肺，巽为胃。”这种占测脏腑的因迹在《灵枢·九宫八风》篇中有进一步的发挥，是篇从观测之八个方位而定八风，八风所伤害乃应于九宫八卦之位的八个脏腑：在离卦位之南方大弱风伤心，坤卦位之西南方谋风伤脾，兑卦位之西方刚风伤肺，乾卦位之西北折风伤小肠，坎卦位之北方大刚风伤肾，艮卦位之东北方凶风伤大肠，震卦位在东方婴儿风伤肝，巽卦位在东南方弱风伤胃。随着诊法的发展，八卦藏象之占测逐渐淡化而趋于消弭，但脏腑的“象”的内涵和时空方位的特征却作为合理的内核而被保存。例如，各种藏象学说都以离卦的特征指心，坎卦的特征指肾等等。
六节藏象是以复卦之六爻为原型，按“以象为本”的原则，建制起以六脏六器模拟六节的藏象理论。恪遵“人与天地相参”的命题，天与人被视为同源同构之物，故人之六脏六器，要与天地时序六节之三阴三阳相应。《素问·六节藏象论》指出六脏即：一是心，为阳中之太阳；二是肺，为阳中之太阴；三是肾，为阴中之少阴；四是肝，为阳中之少阴；五是统称为“器”的脏，为“至阴之类”（笔者认为至阴即阴中之太阴）；六是胆（原文中关于胆的三阴三阳属性阙如，笔者据文意分析，胆应为阴中之少阳），但对其功能则强调：“凡十一藏，取决于胆也。”其六器，即是脾、胃、大肠、小肠、三焦、膀胱六者。明代张景岳深知此篇立意是模拟六爻的藏象理论，故他在《类经图翼·医易义》中说：“故以爻象言之，天地之道，以六为节。”六节藏象比之八卦藏象，不仅在内容上有所完善，而且各脏与一年时间节律的对应，在逻辑上进一步契合。
秦、汉之际，五行之说盛行于世。西汉之初的易学家们就曾把易学的卦爻象数之学与五行相结合，例如：京房始创“纳甲说”，包融卦爻和五行。医学家们则沿此思路，建立了以易理为引导，以五行为核心的五脏六腑全息藏象论。
《易传·系辞》认为“天五地六”。“天五”可推测从五星到五行的类比系列；“地六”可衍为六气或六合的系列。医家遂以此象数为原象，应象出五脏六腑。即如《白虎通》所说：“人有五脏六腑，何法？法五行六合也。”《内经》宣称，它的方法论之一就是“法于阴阳，和于术数”。《素问·五藏别论》说：“五脏者，藏精气而不泻也，故满而不能实；六腑者，传化物而不藏，故实而不能满也。”“天五地六”以天统地，故与之相应的五脏六腑也以五脏统六腑。由此，五脏成为人体五行系统的核心，加之，五行能很好地表示横向的生克关系，用以为脏腑说明模型的原型是比较切合的。
以五行之理论说藏象，其配合方式也曾有其沿革。按古文经学所论的五脏与五行相配是：脾配木，肺配火，心配土，肝配金，肾配水。仅肾配水和《内经》的记载一致。《内经》关于五脏和五行相配，和今文经学的说法相同。汉代经学大师郑康成在《礼记·月令·祭先脾孔疏》中说：“今医疾之法，以肝为木，心为火，脾为土，肺为金，肾为水，则有瘳也；若反其术，不死为剧。”可见，《内经》确定的五脏与五行的配合方式，是实践的选择。
以五行为构架的藏象，除吸收八卦藏象和六节藏象中的合乎于实践的因素和优点外，更有新的发展。一是基于运用五行生克规律，使五脏所表述的人体功能，不再是简单的相加，而是通过彼此的生克制约，成为一个能够自调的稳态系统。二是具有多维和全息的特征，这是受西汉初象数派的易学的影响，特别是京房的“纳甲说”。“纳甲说”即是把阴阳、八卦、五行、月相和天干等诸因素结合为统一的象数图式。《素问·金匮真言论》等篇的作者按此思路，建立了以五脏为核心，以五行为构架，联系时间、空间等不同层次的多维的藏象理论。《易经》本身即含全息的思想，六十四卦已经构成一个全息系统。它的每一别卦，又潜含着所有六十四卦的内容；从时序而言，它有六爻；从演进而论，其太极、两仪、四象至八卦，有全部吉凶大业的演进过程；从空间方位看，每一别卦又隐藏着其他六十三卦阴阳推荡刚柔相摩的全部变化。可谓“象中有象”。现代全息理论指出，在一个有联系的整体中，任何一个局部都能反映出整体的属性。《灵枢·五色》篇的作者，在实践认识的基础上，创造性地发挥了《易经》的全息思想，提出了按五行藏象系列的面部五色诊的全息图。把《内经》各篇关于五脏六腑藏象的各种论述综合起来，则呈现出多维的和全息的特征，我们把这种藏象学说称为五脏六腑全息藏象。
中医学的经络学说的建立及经络的特征也和藏象一样，也有类比，也曾用外揣的“黑箱”方法建立，经络其实也是藏象。《内经》称此为“援物比类”。古代医家援用地理学之“穴”的概念来譬喻针灸在经络上的窍位，而称为孔穴。《说文解字》言“穴，土室也”。故穴位是类比地穴而来。《千金翼方》说：“凡诸孔穴，名不徒设，皆有深意”，这里所说的深意，很多是指穴位之名称系与地理地貌名称如山川、五陵、河谷等类比而来。其中有海（照海、小海、少海、气海），河（四渎），溪（太溪、后溪、解溪、侠溪、阳溪、元溪），沟（支沟），地（地仓），井（天井），泉（涌泉、阳陵泉、曲泉、廉泉、天泉），池（阳池、曲池、天池），山（承山、昆仑），丘（商丘、梁丘、丘墟），陵（大陵、下陵、外陵），谷（合谷、然谷、陷谷、通谷、阳谷、阴谷、前谷、漏谷）等。脉的称谓也是与地学的类比。物之贯通联络有条理而分布成一个系统的称为脉，如地脉、山脉、矿脉。《管子·水地》篇说：“水也者，地之血气，筋脉之通流者也。”古人最初把循经感传称为“脉”，继后又以人身之脉中流行气血以喻地脉流通的水而言经脉。宋代地理名家赖文俊在《披肝露胆经》中指出：地理上的龙脉与穴位概念至少在上古时代就有了，以此可以想到经络学说之“穴”与“脉”与地学类比的关系。“经络”一词也援引自地理学，《河图括地象》说：“荆山为地雌……岐山为地乳……汶山之地为井（经）络。”古人把人身之经络与大地纵横如网的通道相类比而有经络的称号。元代滑寿在《难经本义》中为“一难”所作的注文中说：“经者，径也；脉者，陌者。”用经道和阡陌来比喻经络的分布与功能。也是从他开始，把经与脉区别开来，将有专穴者称为经，无专穴者称为脉。因任、督之脉皆有穴位，故和十二经相提并论称为十四经，而阳维、阴维、阳跷、阴跷、冲脉、带脉只能称脉。此后经络概念分明。
黑箱方法进一步充实了经络功能又使十二经互相连接，方法论把内部结构一时无法直接观测而靠从外部去认识的现实系统称为黑箱。靠信息辨识来判断黑箱结构和功能的方法称为黑箱方法。它不仅是一种使复杂问题简化的方法，并且对黑箱的信息观察是以整体性和动态性为特征。古人靠观象识藏的黑箱方法建立了藏象学说，《内经》称此法为“外揣”。《灵枢·经脉》篇说：“经脉者，常不可见也，其虚实也，以气口知之。”因为经络也是居于内而象于外的，它在一般情况下是潜在的，自体无法觉察，这就只能从针刺感觉传导现象和疾病的对应关系来确定各条经脉的功能和所主的是动病，所生病，这即是“司外揣内”。《素问·经脉别论》明确指出了经脉的藏象特征：“帝曰：太阳藏何象？岐伯曰：象三阳也。帝曰：少阳藏何象？岐伯曰：象一阳也。”古人用黑箱方法把一些穴联成经或据经的特性推出经上孔穴的功能；根据每经的特性又配以相应的脏腑；按照阴阳对称的推理把十一经发展为十二经；又从黑箱的逻辑推理，十二条开放的经，必须连接闭合起来才能圆满地完成气血循行，于是经络如环无端，气血终始而行。临床疗效证实了靠黑箱方法建立的理论的可行性。
中国古代数学研究对象也是“象”，《左传·僖公十五年》记载简子云：“物生而后有象，象而后有滋，滋而后有数。”它以象为主论述客观事物的有序性，又以文辞数学形式为用，遵循着抽象性与应用辩证统一的道路不断发展，形成了以有机论数学观念为理念的非构造性数学体系。在古代，它也受传统经学的影响，致使数学方法的经学化与思想的哲学化，明显表现出重视归纳法的倾向与几何代数化的倾向，这与古希腊数学的重演绎法倾向和代数几何化倾向交相辉映。
中医学一直认定养生保健要循“法于阴阳，和于术数”的原则，中医学理论也应是数的阳奇阴偶及“象为主，数为用”的数字抽象象征的体现。例如，“1”是“道在于一”，又是五行中肾水的生数；“2”是两仪，是阴数之始，是五行心火的生数；“3”是《老子》“三生万物”的小成之数，《素问·三部九候论》言：“三而成天，三而成地，三而成人。”又是五行中肝木的生数；“4”是四象，五行中肺金的生数；“5”是天地之数的总概括，《易·系辞上》说：“天数五，地数五。”在五行又是脾土的生数；“6”是筮法老阴之数，阴爻称六，又为六合、六律、六吕之数相合。在五行为肾水之成数；“7”是《周易》“七日来复”之数，《伤寒论》也言热病七日转愈，在五行用为心火的成数；“8”为八风，在五行为肝木的成数；“9”是阳数的极数，阳爻用九为老阳，应九州、九野、九候的黄钟数，《灵枢·九针十二原》说制九针系“始于一，终于九”之应。在五行为肺金的成数；“10”是9以后晋上之数，在五行为脾土的成数。中医学除用数外，还用图以示数，即用河图、洛书表示阴阳、五行间各元的关系及人体五脏系列和四时、四方的关系，其在河图、洛书上的定位，规定了脏腑的生理特性。如肾位北方则主冬，生数一，成数六，则有补无泻。李中梓在《医宗必读》中提出了“现九会五”的规律，用生成数可以推导五脏补泻特征。
古代医学家在积累大量临床经验之后，以哲学和数学为理论化手段，数学对中医学的影响主要有以下四方面：
受《周易》影响，中国古代哲学以天人合一为特征，在数学和医学均持有机论的观念，在一致性的基础上，医学家坚信数的规律也是生命活动的规律，在“和于术数”意识的启发下，把数学模型作为人体模型。例如，用现代数学方法分析，五行是用群论的方法来说明稳态规则的数学模型，六经是运用集合论的方法来概述时序和热病关系的证候模型。中医学就把五行用于表述脏腑关系和特征，在《内经》建立了五行脏象论；把六经用于表述热病按病序演变的六种类型，在《伤寒论》作为六经辨证。此外在《灵枢·九宫八风》篇中，也有八卦数学模型的特征。
我国古代思想家很早就认识到生命存在的基本形式是空间和时间。《老子》称人为“神器”，由“神”和“器”二者构成。“神”是形而上者能变化妙用的生命机能，“神”体现于时间结构和功能；“器”则是形而下者的形体，包括器官、骨骼、肌肉、肢节等，是人体的空间结构。中医学独钟于神，生命机能称为“神机”，对医生的评价也“粗守形，上守神”，把主宰思维并统帅全身生命活动的作用称为“神明”。因于对“神”的重视，提出了生命是时间函数的数学关系的命题，即《素问·玉版论要》和《素问·玉机真脏论》都强调的“神转不回，回则不转”的策语箴言，恽铁樵称此语为《内经》全书的关键。《内经》关于“神”“器”之论，正承《老子》，以“神”为人体时间结构的功能体现，以“器”为人体的空间结构。《素问·六微旨大论》说：“器者生化之宇，器散则分之，生化息矣。”《素问·五常政大论》则说“神”的特性是“化不可代，时不可违”，指出时间的不可逆是生命特征。在物理学，时间是可逆的，在生命科学，时间是不可逆的。和西医学重视人的构造性（即空间结构）相比，中医学重视人体的时间结构，重视生命的过程、节律和节奏，以此认识了脏气法时，即生命节律和疾病应四时、应日月等生命现象特征，这是中医学对生命本质的揭示。
中医学理论体系以功能性认识为主，虽然具备一定的解剖学认识，但在发展过程中，研究人体也如数学的抽象一样，不刻意追求对构造性人体知识，视“守形”者为“粗工”，定量观念模糊，以辩证逻辑思维为主。这一方面与受“身体发肤，受之父母，不敢毁伤”的封建意识影响有关；另一方面，也因科学意识（包括数学意识）漠视人体的构造性，重综合分析，“不以数推，以象之谓”，特别是受中国数学思维方式的影响，形式逻辑不发达，致使中医学在漫长的古代中，没有走上实验科学的道路。数学是实验的孪生儿，中国数学在古代没有经过缩写阶段发展为符号数学，抽象性不强，分析思想不占主流，形式逻辑不发达，在古代没有形成推助医学向实验科学发展的动力，这也是中医学在近代驻足不前的原因之一。
古代中医学著作中存在的某些神秘主义及论述中思维的随意性与古代数学的影响不无关系。中医学“法于阴阳，和于术数”，一直坚信“数”的规律对人有先验性，甚至可以不从对人体的直接研究，用数的图式和模型，就可以援为人体模型，从河图、洛书、八卦、太极图等都可推用为人体模型的理论。以脏象模型为例，在《内经》中就有《素问·金匮真言论》的五行脏象模型、《素问·六节脏象论》的六脏六器模型和《灵枢·九宫八风》篇的模拟八卦的八脏模型等。至于经络，在《内经》则有四经、五经、六经、九经、十经、十一经、十二经等多种模式。数字神秘主义认为“数字不取决于被知觉或被描绘的物体的实际经验的多元性，相反是那样一些物体，其多元性是根据一个事先决定的数字（好像在一个预制的结构中那样）取得的形式来确定的”。中国古代的数字神秘主义把数字标识的易图（河图、洛书等）视为宇宙原型，用为各种学术的原始，甚至是终极真理。中医学也同样浸有此等神秘主义，因于坚信“数”和易图的价值，把临床经验与之附会，在建立理论模型时，因个人的经验不同随意援用，如明代孙一奎、张介宾、虞天民等人，都是模拟太极图，却分别提出了动气命门、水火命门、肾间命门等不同的命门学说，这些学说缺乏普遍性，难以被公认验证为确定的理论，仅是不能被实验证实的一家之言。
以上四点，前两项为中医学的特点，是中华民族智慧的体现，而后二点则有一定的负面作用，是中医学的不完备之处。中医学发展到今天，我们应该根据时代的需求，在大科学的背景下，充分利用现代科学技术，促进其不断完善和发展。有鉴于此，能够深刻认识中医学特质和正视某些不足，无疑是非常必要的。
“河图”“洛书”与太极的称谓虽然早在先秦的典籍中就有所见，但在典籍中见诸于图形还是宋代以后的事，在北宋时盛行有“河图”与“洛书”，称为“图书”之学，并成为易学的一支，南宋以后文献中又有太极图面世。三者都被术数家所运用，又被医学家援用于解说中医学理论，即成为阐释中医学理论的一种方法。太极图还成为道教和医学的志徽，道观、道服、道教和中医书籍上都印有太极图。明、清以后，在孔府的大成殿上，也画有太极图。太极的理论，深深影响着医生们的思维方式。
《周易大传·系辞》首先指出画八卦的依据是河图、洛书。孔安国、刘歆、马融、王肃、姚信等易学家也持此说。《汉书·五行志》云：“《易》曰：‘天重象，见吉凶，圣人象之；河出图，洛出书，圣人则之。’刘歆以为伏羲氏继天而王，受河图，则而画之，八卦是也；禹治洪水，赐洛书，法而陈之，《洪范》是也。”关于伏羲之来历，有待稽考，“继天而王”也难从信，但河图、洛书却可变易为八卦，古人据此而说河洛为八卦之源。因八卦又是六十四卦之经卦，便称河图、洛书为《周易》之先导。
河图是“天一生水，地六成之；地二生火，天七成之；天三生木，地八成之：地四生金，天九成之；天五生土，地十成之。”西汉杨雄在《太玄经·玄图》中的解说是：“一与六共宗，二与七为朋，三与八成友，四与九同道，五与十相守。”东汉郑玄在《易图书引》中也解释道：“天地之气各为五，五行之次：一曰水，天数也；二曰火，地数也；三曰木，天数也；四曰金，地数也；五曰土，天数也。以五者，阴无匹，阳无偶，故又合之地六为天一匹也，天七为地二偶也，地八为天三偶也，天九为地四偶也。”奇数为阳称天数，偶数为阴称地数。在图上，用小圈表示奇数，黑点表示偶数。这又蕴发出五行生成数的理论来：三和八在左，为木的生成数；四和九在右，为金的生成数；二和七在上，为火的生成数；一和六在下，为水的生成数；五和十在中央，为土的生成数。因河图共由1至10组成，故又称十数图。又有因其总和是55而称55数图者（河图图意解析略）。
洛书之图，即《黄帝九宫经》所说：“戴九履一，左三右七，二四为肩，六八为足，五居中宫，总御得失。”洛书是1至9组成，故又称九数图。其总和是45，也有称之为45数图者。
历代以来，研究《周易》的学者，多据朱熹的《周易本义》之图，把十数图称河图，把九数图称洛书，但与刘牧、朱震等人所传者正相反，刘牧、朱震以十数图为河图、九数图为洛书。此说法从宋代开始沿袭，清代易学家胡渭等经过考证，认定九数图为河图、十数图为洛书。主要理由有二：一是根据郑玄所说的“河图洛书盖取龟象”，龟象无非是象征天圆地方。龟背象征天圆，天为奇数，与1至9相合，九数图当为河图；龟腹四足象征地方，地为偶数，与1至10相合，十数图当为洛书。二是依据《汉书·五行志》引刘歆之语：“伏羲氏继天而王，河出图，则画之，八卦是也。禹治洪水，赐洛书以陈之，《洪范》是也。圣人行其道而宝其真。”九数图才可以直接演成八卦，故当为河图。十数图才能表示五行生成数，《尚书·洪范》是最早论述五行的，洛书与《洪范》相因，故十数图当是洛书。胡渭又依郑玄对《易纬·乾凿度》中对“故太一取其数，以行九宫，四正四维，皆合于十五”一段注文，论述了九数图与后天八卦图像相合，他在《易图明辨》卷2展示了其变换。
《文物》在1987年8期中的《阜阳双古堆西汉汝阴侯墓发掘简报》中介绍：从阜阳县汝阴侯墓出土的“太乙九宫占盘”审视，该盘分上下两盘，上为圆形，象征天圆，下为方形，象征地方。其上盘刻的河图正是九数图。由上而知九数图当是河图，也表明该图是八卦的先源。
十数图的意义如《周易大传·系辞上》所说：“天一、地二、天三、地四、天五、地六、天七、地八、天九、地十，天数五，地数五，五位相得，而各有合，天数二十有五，地数三十，凡天地之数五十有五，此所以成变化而行鬼神也。”所谓“天数五”指天一、天三、天五、天七、天九，五个奇数，“地数五”指地二、地四、地六、地八、地十，五个偶数。五位指上下左右中，“相得而各有合”，即五位各配上奇数与偶数。汉代易学家始把1、2、3、4、5这五个数看成“生数”，将6、7、8、9、10看作“成数”，十数图正好是生数与成数相配，它又能表述《尚书·洪范》所述之五行的方位和时间。清代傅以渐在《易经通注·系辞上传》中说：“河图（指十数图）中宫之五为衍母，十为衍子……四四数之，以象四时，迭运经过，来去相仍不穷也。”在十数图和五行都具有方位和时间含义的一致性基础上，五行学说中也有了生数和成数的概念，这也是八卦学说能和五行学说相结合的契机。在太乙九宫占盘的方形地盘上刻的十数图正是洛书。当代刘大钧、赵国华等学者均赞同九数图为河图、十数图为洛书。
宋代张浚就指出河图、洛书是作《易》的先至之祥。河图、洛书是先民从记号向八卦符号的一种过渡状态。如果把圈点的九数图变换成阳爻、阴爻便成为八卦了。又按《周髀》，九数图的圆和十数图的方可以互相变换。河图和洛书可以互相变易并变换为八卦再由八卦演为六十四卦。以此可以说，河图、洛书是《周易》之源。
象数学家认为，卦爻以及特定数字（如天地之数、大衍之数）能概括一切自然现象和社会现象的联系与发展、变化的规律。受此影响，“法于阴阳，和于术数”的医学家以河图、洛书为概括生命规律模式的原型。《内经》的作者们曾援用河图和洛书构建了有关医学理论。
十数图的河图在《内经》中有三种作用：一是表述阴阳五行之“阴道偶，阳道奇”及五行的时间、方位等和脏腑相配的规律。《素问·刺禁论》的“肝生于左，肺藏于右”，是说人体肝和肺的功能特征与河图中的位置一致。肝生数为三，成数为八，在河图左方，故主木，主春，主升发；肺生数为四，成数为九，在河图右方的位置，故主金，主秋，主肃降，与肝肺的解剖毫不相涉。二是由河图推演出的五行生成数来概指五脏的新（不及）陈（太过）代谢。生数为万物发生，成数为万物形成，即《内经》多次提到的“不及者其数生，太过者其数成”的规律，生成数相配，含阴阳交合才形成万物之理。三是以大衍数（《系辞》脱“有五”二字误为五十）作为人与天地相应整体观的抽象概括，例如“五十营”即是。大衍数虽然被术数家用为推筮的基数，但毕竟是推演天人相应的数学凭藉。对此，清代毛奇龄说：“河图即天地生成之图也。”
九数图的洛书在《内经》之用也有三：一是《内经》以“其生五，其气三”表述五脏与天地之气相应。洛书方阵又称九宫格，是数学上的三阶幻方。三行、三列及两对角线之和是5的3倍为15。九个格“三而成天，三而成地，三而成人”的天地人“三才”，十五则合“三五与一，天地至精”之义。在脉学上三部九候与之相应。将洛书矩阵的行列式展开计算等于360，为阴历一年的天数。《灵枢·九宫八风》依洛书格局配布脏腑和四时方位，并从观天象而推节候，据风向而预测脏腑受病；二是洛书可以概括五脏间的生克关系。如以五为中轴，水的生数1与金的成数9，水的成数6与金的生数4相对为金水相生；木的生数3与火的成数7，木的成数8与火的生数2为木火相生。从中央5起逆时针旋转为相克顺序：5（土）→ 1.6（水）→ 2.7（火）→ 9.4（金）→ 3.8（木）→ 5（土），示五行相克规律；三是洛书的数字运算，可阐发藏象全息理论。《周易》六十四卦中，任意一卦可具全卦之信息，具有全息思想。《灵枢·五色》《灵枢·师传》《灵枢·大惑论》等篇提出人体某一局部有全身缩影的全息特征。这一规律性的认识，恰好可用九宫格的数字乘方相加运算来表示。九宫格1到9的和是45，如把其中有格再三行三列分之共81个二级小格，每小格的行和列的总数是15的平方225；而81小格的和是45的平方2025。这种数字关系可以表述，在九宫格中任意一个局部小格，都与整体数字有按平方放大的层次性联系的规律。以此引喻人体局部和整体的缩影现象，洛书堪为人体全息构造特征的数学模型。
河图、洛书首次和阴阳五行交合赋予五行方位观和生成数的概念。西汉著名易学家京房，创立了纳甲说。例如京房把干支、二十八宿、八宫、五行、四气、世应、飞伏、律吕和卦气等纳入一个体系，使阴阳五行和卦气系列化。这一演进也渗透到《内经》之中。在《素问·阴阳应象大论》《素问·金匮真言论》中也多有记述，如“东方青色，入通于肝……其类草木……其数八”“南方赤色，入通于心……其音徵，其数七”等皆是医学吸收纳甲说的履迹。到东汉，又有虞翻、郑玄等以《周易》结合十二星辰发展为爻辰说，医学家们又把爻辰和河图的“天五地六”说结合起来，演为五运六气学说，贯穿于“七篇大论”之中。例如《素问·五常政大论》中的“木曰敷和，敷和之纪……其数八”，“火曰升明，升明之纪……其数七”等等，仍不离河图之数。此外，《内经》的脉诊理论，也以应河图的四时方位为规范，春脉弦、夏脉钩、秋脉浮（毛）、冬脉石（沉）的四时脉应河图。五脏脉的脉性诸如肾为“天一生水，地六成之”，故肾脉沉而濡滑，属水，为阴中之阴；心为“地二生火，天七成之”，故心脉浮而大散，属火，为阳中之阳等。综上所述，河图、洛书与《周易》有其源流关系，也是营建中医学理论的框架之一。从这点来说，古人所谓的“医易同源”并不悖谬。
太极图也是易学图像派内容之一。太极图在医学中兼具理论原型和思维方法两种作用。通称为太极图的有两种：一是周敦颐《太极图》。此图源自道家象数之论，由儒者推演其说以解《周易》，其图最上曰“无极而太极”，次曰“阳动而阴静”，次曰五行定位，次曰“乾道成男坤道成女”，次曰“化生万物”；又有《太极图说》一卷，论道体根源。一般认为是五代陈抟传种放，种放传穆修，穆修传周敦颐。此图融和了《老子》无中生有、阴阳和五行说，创造了一种完备的宇宙生成图式。另一种太极图即“阴阳鱼太极图”，其图为圆圈中有左白右黑，中间以S形曲线相隔，左白示阳其中又有小黑圈，右黑示阴其中又有小白圈。如以两小圈象征鱼眼的话，则左为阳鱼，右为阴鱼，左右交互，故称此太极图为阴阳鱼。文献记载朱熹托蔡元定入蜀寻找易图，蔡从蜀之隐者手中求得三图。有“河图”“洛书”，另一是“先天图”，多认为“先天图”即是“阴阳鱼太极图”。最早载有“阴阳鱼太极图”的是南宋张行成所著的《翼玄》，书中称此图为“易先天图”。此图又经过明代赵伪谦、章潢、赵仲全等人的改造，便成为现今这个样子。两种太极图中，流传广泛的又对中医学有深远影响的乃是“阴阳鱼太极图”。目前通称为太极图的就是阴阳鱼太极图，其图义和对中医学思想影响的内容大致有以下三点：
一是图解阴阳一分为二的关系，可看为阴阳二气消长变化的动态图解。而阴阳二气消长变化规律则是自然界变化的根本规律。天地之间万事万物都随着它的变化而变化。所以《素问·阴阳应象大论》曰：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。”作为人类生活在天地之间的首要之务是认识阴阳变化这个天地之道，遵循这个根本规律。仅此一图即表示阴阳之对立、消长、包含等关系。
二是图中S曲线表示“含三为一”和阴阳对峙互补。S曲线将圆分为黑白的二，如加上划分阴阳的S，即是“含三为一”，S为中介，“S”既是卦爻阴阳分立之后的中介联系，是《老子》生万物的“三”，又是对峙互补、对立统一律的唯象表述。太极图的O结构与S结构是密切关联的，有时两者趋于等同，有时两者各有侧重。为了叙述方便，姑且将S结构与对峙互补律结合在一起。S结构同O结构一样也是宇宙物质运动的一种普遍表现形态。宇宙生命运动凡出现正反向对旋、波浪式回旋、螺旋等循环形式都可看成是S结构。
三是鱼眼象征“阳中有阴，阴中有阳”及事物“至道在微”的全息规律。白鱼黑鱼，一阴一阳，它两个是相对的；白鱼中有黑眼，黑鱼中有白眼，这便是阳中有阴、阴中有阳。如一年四时之中，冬为阴，夏为阳。然而夏天之夜为阳中之阴，冬天之昼为阴中之阳。此鱼眼之局部圆圈，又可视为一太极图，其内又可有更小的阴阳鱼，鱼中又有鱼眼。鱼眼有整个太极图的全息。
自太极图问世以后，医学家引进太极图的思想以解说医理。明代张景岳以太极图来说明中医生理、病理，他在代表作《类经图翼》中将“太极图论”列为全书之冠，太极之学实为“理气阴阳之学”，是中医的“第一要义”。他诠释太极图含三为一：“夫一者，太极也；二者，阴阳也；三者，阴阳之交也。阴阳交而万物生矣。”清代的《医宗金鉴》也绘有阴阳鱼太极图，但图形与世传略异，图亦圆分黑白，不过不是简单地一分两半，而是由两条曲线，一条曲线由内圆下侧渐至外圆上侧，使白区由少而渐多；一条曲线由内圆上侧渐至外圆下侧，使黑区由少而渐多，内圆中空表太极。其注曰：“来知德《易经注》曰：对峙者数，流行者气，主宰者理。即此三句，而天地万物无不包括其中矣。”是说通过阴阳相对峙的数的变化，反映出阴阳二气的流行，起主宰作用的是太极之理。太极之理，指中间之空白圆。这里已经是动态地表现阴阳消长之理了。这个图可以说是最接近我们现在看到的太极图了。
五运六气，又称运气学说，它是以古代自然科学的观测和实践为基础，以“五六相合”的阴阳应象方法为推演格局，论述和推求大自然气候变化对生态系统，特别是对人类生命活动影响的一种理论。其内容除医学，尚包含着天文、历法、气象、生物、逻辑和哲学等，以其系统思维和独特的方法论称著，属于综合性的理论，以其深奥被历代医家称为“医门之玄机”。自宋、元至明、清，曾被广泛地应用于中医学而为防治疾病的理论之一。但其价值和存废问题，又一直是中医各家学说争论的焦点之一。
运气学说的系统理论，肇源于《素问》中《天元纪大论》《五运行大论》《六微旨大论》《气交变大论》《五常政大论》《六元正纪大论》《至真要大论》等七篇大论，又称“运气七篇”。“五运六气”之语，也出自《六元正纪大论》中“此天地五运六气之化”和“五运六气之应见”句。由于王冰在《素问·序文》中言及所补第71卷，乃是他“受得先师张公”的秘本，故自宋代林亿以来，多疑非《素问》原文，林氏根据《甲乙经》《隋书·经籍志》等史书，七篇卷帙浩大，“所载之事，与《素问》余篇略不相通”等，认为是王冰“并《阴阳大论》于《素问》中”，后人也因《太素》中无此内容，故赞成林氏之论者颇多，这就形成了“并论补亡”一派见解。
由于《阴阳大论》失传，在涉及有其印迹之《伤寒例第三》《甲乙经》等所载之文，均无与七篇之文相同者。故丹波元简言：“宋臣之说，乃难从焉。”有人认为其是王冰之前的道家委托之书，为王冰所信从。于是又有七篇为“后世所撰”的说法。如缪希雍在《本草经疏·论五运六气之谬》中，以张仲景、华佗之书“不载”为据，断言七篇“起于汉魏之后”。
还有一种见解，既肯定《素问》中有运气内容，又强调已经后世有所补充。如日人香川修德在《一本堂行余医书言》中说“疑是王冰所增加者不少”。日人物徂徕也言“亦多后人厕入之言”（见浅田惟常《牛渚漫录》）。
多数学者认为七篇是成书于东汉以前的古医经，它和《内经》属于一个理论系。其理由是：
第一，运气七篇和《内经》他篇都以整体恒动观和阴阳五行学说为指导思想，理论渊源一致。《内经》他篇也有许多与运气相似的内容。《灵枢·五变》说，要了解疾病形态，必须“先立其年，以知其时”；《素问·诊要经终论》中也有一年分六季的思想；《素问·阴阳应象大论》和《素问·六节藏象论》分别可为《五运行大论》《六微旨大论》之纲要；《素问·藏气法时论》与《气交变大论》都提出了五运太过之模型；《素问·四时刺逆从论》和《六元正纪大论》都有较一致的六气有余、不足之论等等。《诸氏遗书·辨书》所说“运气之宗，起于《素问》”是言而有据的。正是有这些互通之处，唐代王冰在次注《素问》时，发现七篇后，用之“一以参详，群疑冰释”，使《内经》理论完整了，这是王冰注本较全元起之《训解》优越之处，宋校正医书局理所当然地采用了王冰注本。
第二，运气学说的内容，并不是汉代医书不载。张仲景在《金匮要略》首篇中就运用了《素问·六微旨大论》中“有至而至，有至而不至”的理论，这在林亿“新校正”中早已提到，清代赵以德在《金匮衍义》中详加论述。张仲景在《金匮要略》中之论风，是对运气学说的六气为病的风的发展。张子和有《伤寒论》六经从六气之说。伤寒六气之为病，系经络之为病和六气之为病的综合含义，《伤寒论》在辨证论治中，都贯穿着运气学说中的“标本中气”理论原则。
第三，运气学说所运用的天文历法知识理论甚古，天文工作者认为，这“或是平行于秦汉时代已经失传的古代天文学理论”。从它已用干支纪年表明，它是东汉中晚期，即汉章帝颁布四分历至灵献时期的著作。
第四，从语言文字风格来看，运气七篇有不少“饶有古意”的韵语。《内经》多数文字是秦、汉以后的语词，多作后起义。故刘奎在《温疫论类编》中说《内经》：“今观其笔墨，半似秦汉文字。”在这一点上，七篇与《内经》他篇是一致的。《内经》诸篇就已引用古代文献了，如在《素问》中，《病能论》《气交变大论》《疏五过论》和《阴阳类论》都引用了《上经》，《病能论》和《阴阳类论》又都具体引用了不同的内容，不存在互相转引的问题，文风的相近和相用文献的相重，说明成书时相距不久。
从五运六气的框架和格局看，其渊源与《礼记·月令》的思想有相继关系，《礼记·月令》说：“孟春行夏令，则雨水不时，草木早落，国时有恐；行秋令，则其民大疫……行冬令，则水潦为败……”把时令、气象、农业生产等统理起来。其推步望气与《易经·通卦验》等有相近之处。如从历法角度审视，五运六气是一种医学气象历法，其思想体系，大抵与《三统历》的“太极元气，函三为一”的思路一致，其构架是“元气—三统—五运—六气”的系列模式。《三统历》是中国古代历法，西汉刘歆修订《太初历》而成，东汉郑玄最为熟悉与推崇。七篇大论中许多名词术语，诸如“天元纪”“气交”“六元”“七政”等语，其辞句均与郑玄注《礼记·月令》《易经·乾凿度》中的词语相同。“五运六气”之词，也系来自郑玄注《易经·河图数》中的：“五运皆起于月初，天气之先至乾，知大始也。六气皆起于月中，地气之后应坤，作成物也。”合此二句为“五运六气”，颇合乎郑玄联用五六的用词习惯。据此孟庆云曾撰文指出，七篇大论的作者可能是东汉郑玄及其弟子们，七篇即是《天文七政论》
。
五运六气格局是根据“人与天地相应”的整体观思想，运用阴阳五行学说的理论，以干支配合为推演要素，提出了运气等概念，论述自然界气候的产生和致病规律，进而确定人体对疾病防治原则的一套程式。
《天元纪大论》指出：“夫五运阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也，可不通乎！”明确地指出阴阳五行理论是统一万物的规律。并且还认为它可以引申推断，如《灵枢·阴阳系日月》篇说：“阴阳者有名而无形，故数之可十，离之可百，散之可千，推之可万。”运气学说就是立足于可以根据阴阳五行理论，按“推之可万”的规律来推导和认识有关事物的。
所谓五运，就是以木、火、土、金、水五行之气的属性来论述宇宙运动和变化，源于天主五星，自有规律。对五运的分析和推断，是用天干来表达的，叫作“十干统运”，即《天元纪大论》所说“甲己之岁，土运统之；乙庚之岁，金运统之；丙辛之岁，水运统之；丁壬之岁，木运统之；戊癸之岁，火运统之。”这里的天干以及表述六气的地支，即干支，是古代历法的纪年、纪月、纪时的符号。天干和五行配合的“十干统运”的关系，来自天象学“五运经天”的理论，它是古人实际观测宇宙大气中的五种颜色之气分属五行（丹天之气、黄天之气、苍天之气、素天之气、玄天之气）而来。此五色之气出现在星空二十八宿的某些星座有固定的联系，因星宿和干支也有相应的定位，这就推出天干和五行的关系了。可见，十干化运是依空间推时间，落实到历法上。
五运之用于候岁运，即说明每年气候的五行属行，如“土主甲己”就是说天干逢甲年或己年，其气候是属于“湿土”类型，此为大运，五年为一个周期。之外又有主运和客运。主运指一年分五季的常规季节，客运述五个季节的特殊气候变化。五个季节是依动植物在一年内的生、长、化、收、藏五个时序相应的，一般为平气，又有太过和不及之变，三者合之称为五运三气之纪。这种运季的划分，与农、牧业生产有一定联系。如果从逻辑学来分析，五气经天化五运所用的主要是归纳方法。六气为地面所应见之气，即三阴三阳，亦即风、寒、暑、湿、燥、火六种气候，从在一年内的时令季节来看，分别标以厥阴风木、太阳寒水、少阴君火、太阴湿土、阳明燥金、少阳相火。这种“因天之序”的季节划分，也是和五行相配合发展而来的，只不过是将火分为君火与相火。以三阴三阳为六步来主一年二十四节气称为主气，每步四个节气，经时60.875日，年年不变。各年气候的异常变化为客气。它可以表示全年度的主要变化特点，又以司天、在泉分别表示上、下半年的气候特征。如从一年分六季来考虑，司天、在泉和左右四个间气各分属一步（四个节气）的气候特点。司天之气可从年支的属性推出，即：子午年少阴君火司天，丑未年太阴湿土司天，寅申年少阳相火司天，卯酉年阳明燥金司天，辰戌年太阳寒水司天，己亥年厥阴风木司天。在泉与司天有相对应的关系，如少阴君火司天，则阳明燥金在泉，故可由司天而推出在泉。其原因在于客气运行是依一阴（厥阴）、二阴（少阴）、三阴（太阴）、一阳（少阳）、二阳（阳明）、三阳（太阳）的顺序进行的，一阴对应一阳，二阴对应二阳，三阴对应三阳。把一年分为三阴三阳六种气候类型，适合我国中原大部分地区。三阴三阳和十二地支相配合称为“十二支化气”，从逻辑学上看，这是一种演绎方法。
五运六气确定之后还要进一步分析五运和六气两个系统之间的制约关系。常分两方面来分析，一是把每年轮转的客气加在固定的主气上是为客主加临，依五行生克规律则有客主之气相生、客主同气、客气克主气等“相得”的情况和主气克客气的“不相得”情况。主气和客气二者，以客气为主，故《至真要大论》言“主胜逆，客胜从”。其在发病学上的意义，一般是“气相得则和，不相得则逆”，相得为正常之气，不相得为致病之气。在客主之气相生和客主同气的情况下，有逆顺之别，客气生主气为相得为致病之气。在客主之气相生和客主同气的情况下，又有逆顺之别，客气生主气为顺，客气大于主气（如客气是少阴君火，主气是少阳相火）亦为顺，反之为逆。顺、逆与相得、不相得同义，只不过有程度之差而已；二是五运和六气之间具有盛衰与同化关系，因五运和六气两者比较，以六气变化对人健康影响较大，故以六气为主，但又当具体分析。如在运盛气衰的情况下，运生气为小逆，运克气为不和，此时气候变化较大，推断全年气候当以五运为主。在气盛运衰时，气生运为顺化，气候变化较为和平；气克运为天刑，气候变化特别激烈。顺化和天刑之年，推断气候变化都应以六气为主。又有大运与客气或年支五行属性相同的运气同化关系，分别有天符、岁会、太乙天符、同天符、同岁会等情况。因同化是纯一之气的同气相加，有亢害为灾的致病可能。盛衰或同化的两种情况都可能有太过之运被气抑，或不及之运由气而得助，是为平气。平气之年皆属正常气候，即使有变化也很微弱。
运气学说以“五六相合”来论述宇宙间变化的一定节律和周期性。
在一年里，主宰生、长、化、收、藏的五季气候，和分司风、寒、热、湿、燥、火的六季气候各轮一遍，会合于显明即大寒日，为年周期，称“小运气”。从各年的特点来看，五运每五年一周，六气六年一转，即“五六相合”，集30年720节气为一纪，太过不及合起来为60年1440节气为一气象周期，称为“大运气”。大小运气都以五六相合为谐调周期是为五运六气格局。由此可推出60年中任何一年、一个月的气候情况，再根据值年气候的淫郁胜地复，可进一步确定六气致病的病源、病症流行情况乃至人体左右脉的应与不应和自然界的灾患、动植物的衰耗等。
预测学一般采用两种方法，即理论模型法与逻辑推演法，运气格局推演包括如下三步：①依天文知识确定历法的值年干支；②据干支格局推算五运、六气和太过、不及的各种气候、疾病模型；③根据各年气运特点进一步确定人体对疾病的防治和保健原则。这是依历象规律，索自然运气以防病的发生之故。本质上是理论模型法和逻辑推演法的综合。它立足于整体观，认识到宇宙变化有一定节律性和周期性，指出气候变化对疾病有重要影响。运气格局引喻比证的类推形式，是所谓“阴阳应象”的逻辑形式，其推断的结论，都是从一定的归纳分析方法得来。这种引喻比证的方法，在中国古代逻辑思想史中，也具有一定位置。
运气学说具有节律周期思想并非偶然，也不只是数学运算，而是与古代主要生产活动——农、牧业生产实践密切联系的。把一年分为生、长、收、化、藏五个生长阶段和风、寒、热、湿、燥、火六个运季，都和作物的生长收割、家畜的脱毛繁殖等生长周期有关。除年周期外，古人还观察到更大的周期，如战国时代的《计倪子》中就有农作物六年一丰收、十二年一欠收的记载；西周时期，天文学已发现岁星（木星）十二年运行一周天，开始用岁星来纪年，古籍中类似例子还很多，可为运气学说节律与周期的思想来源。现代物候学也注意到物候有一定节律与周期，如根据日本京都樱花开放1100多年记录，最早开花与最迟开花出现日期相隔62年；英国马绍姆家族祖孙五代连续纪录诺尔福克地方的物候达190年之久。经过详细分析得出物候有波动周期结论，其平均周期为12.2年，物候迟早与太阳黑子周期有关：太阳黑子活动最多年或为物候特早年，或为物候特迟年。太阳黑子活动周期为11—12年，平均11.2年，也近似地支数。古人综合了天文、历法、物候、医学等方面关于节律周期的知识，创立了运气学说。
从现代自然科学来分析，运气学说具有大系统理论的思想。它从整体出发，把涉及生态系统的广大复杂多变量的诸因素如时间、空间、气象、地理、体质、生物、疾病等，根据比较的原则，分属为木、火、土、金、水五个子系统和六种致病情况。根据动态观和互相联系的因果关系，把疾病流行周期和历法结合起来，它对历法的处理没有采用闰月的方法。通过格局的抽象推演，由博返约，把六气直接伤人和六气相兼致病所导致人体脏腑经脉病变的情况，包括内科、外科、妇科、眼科、口腔和耳鼻咽喉等各科400多个病证的关系综合起来，概括出六气致病的模型，最后定出病机和治则，把系统的最优化落实到对疾病的诊治上。上述六气致病的模型是具有普遍意义的，虽因时间和地域之不同，也总能“看与何年运气同，只向某年求治法”，而找到与其相近的一种模型，古代这种大胆的尝试对现代自然科学也深有启发。
运气学说以六气论发病，以气化阐发生理病理，并使用了病机的概念为诊治之枢要，又把中医的治则加以系统化，这些都促进了中医学的发展，对宋、元各家学派的形成有重要的影响，而且它的辩证法思想，也在中国哲学史上发生了深远的影响。
中医学很早就重视外界气候变化对人体的影响。《左传》中有医和述：“阴、阳、风、雨、晦、明”之六气。《素问·阴阳应象大论》中有“天、地、风、雷、谷、雨”致病的六气，但同篇也提到了对应五脏的“寒、暑、燥、湿、风”的五气。五气致病即是四时气候可以作为致病因素的思想，《素问·宣明五气篇》所述之五恶等均属此论。尽管《素问·阴阳应象大论》中已有火和热之别，然而把对应五脏的五气，发展为对应三阴三阳的六气，并指出它在正常情况下对人体是无害的全面论述首见于《素问》“七篇大论”。
运气学说中的六气理论是根据天象运动的规律而创立的。《素问·六微旨大论》指出六气盛衰是“因天之序”而出现的。《素问·至真要大论》说：“夫百病之生也，皆生于风、寒、暑、湿、燥、火，以之化之变也。”《素问·天元纪大论》称此六气为六元。六气气化异常或非其时而有其气者，就会直接或间接影响人体，引起疾病发生，是为六气淫胜，简称六淫。
六气之变即气运胜复，以太过、不及、齐化、兼化等几种情况概括天地四时气候之变，并可据格局推演来预测一定时间内六气的常变及盛衰生克规律。《素问·五常政大论》论述了六气司天引起气候变化及人体发病之规律。如：少阳司天，火气下临，肺气上从，此时多发病为咳嚏，鼻衄，鼻窒口疡，寒热腑肿；心痛，胃脘痛，厥逆，膈不通等。阳明司天，燥气下临，肝气上从，此时多发病为胁痛目赤，掉振鼓栗，筋萎不能立；小便变，寒热如疟，甚则心痛等。也分叙了太阳、厥阴、少阴、太阴等司天时，寒、风、热、湿等气引起人体之发病规律，指出了“天气制之，气有所从也”的六气致病模型。在《素问·六元正纪大论》里归纳出六气正常之化和异常之变之胜复致病的六种模型。在《至真要大论》里还提出了三阴三阳司天在泉客胜主胜的六种致病模型。上述论述全面地概括了气候环境对人体健康的影响情况、六气对人体脏腑经络的生理病理情况和致病流行情况，并总结出防治原则。这比单一对应五脏的五气致病的理论更复杂、更完备。实际上这是最早的医学气象学和流行病学理论。张仲景所著《伤寒论》就以六气致病而分别命名为太阳病、阳明病、少阳病、太阴病、少阴病、厥阴病的。吴鞠通所著《温病条辨》的首条，就引《六元正纪大论》中有关六气的七条以原温病之始。
历代医家对六气病的理论不断发展，如张仲景之论风寒，刘完素之论火热，张介宾之论暑，吴鞠通之论风，石寿棠之论燥湿等。六气之论，又是各家学说之渊源，如刘完素提出六气皆可以火化；朱丹溪以相火为人身动气，创阳有余阴不足之说；张子和的相火为龙火之见；李东垣以相火为阴火，有火与元气不两立之论，金元诸家已经把六气的概念由外感病因推广到内伤病因的范畴了。明代张介宾在《类经》中指出：“凡岁气之流行，即安危之关系，或疫气遍行，而一方面皆病风湿，或清寒伤脏则一时皆病风湿，或清寒伤脏则一时皆犯泻痢……以众人而患同病，谓非运气使然？”他已经思考到六气为病显然是有它的病原体为物质基础的。
在《内经》其他篇论里已经有气化的论述。如《素问·灵兰秘典论》言“气化则能出焉”，《素问·阴阳应象大论》指出“阳化气，阴成形”为形气转化之根源，并在“味归形，气归精，精归化”一段里，论述了形气转化的一般过程。他如《灵枢·营卫生会》等篇，具体论述了三焦和营卫气化，但明确气化要领又完整气化理论者，还应该说是演绎于运气学说。
运气学说以升降、出入、转化、循环之理来论述自然环境阴阳变化的规律和原因，以天地变化应象人体生理变化，这就导出了人体气化的概念，成为独特的气化学说。《气交变大论》把五运的特征、生化、运动、表现等原因归于“各从其气化也”。《六微旨大论》也说：“物之生，从于化；物之极，由乎变。”把物质代谢和功能的转化命名为气化，指出是生理活动之源，又是天地及诸身共具的普遍性质，因此说：“是以升降出入，无器不有。”自然界和人体之气化规律是左升右降、阳舒阴布。气之升降为“天地之更用”“升已而降，降者谓天；降已而升，升者谓地。天气下降，气流于地；地气上升，气腾于天。故高下相召，升降相因，而变作矣。”人体生命过程中，气血、津液、清浊也循此规律而升降。肝主升发为左升，肺敷津液为右降，脾胃为升降之枢。《五常政大论》以升降之理解释气候的寒温和人之夭寿：“东南方，阳也，阳者其精降于下，故右热而左温；西北方，阴也，阴者其精奉于上，故左寒而右凉。”与此相应，“阴精所奉其人寿，阳精所降其人夭”。气化学说所论之出入指人和自然界的物质交换，它是靠脏腑功能的直辖而实现的。《六微旨大论》以“出入废则神机化灭”来说明出入在气化过程的重要意义。出入过程又与精气的转化和循环密切相关。转化是指精与气之间、体与用之间的消长变化。《五运行大论》论述了五脏和五味、体表组织、情志的转化过程：“木生酸，酸生肝，肝生筋……在志为怒”“火生苦，苦生心，心生血，血生脾……其志为喜”等。五脏间的生化关系是和一年中六个季节气化转化相应的：“显明之右，君火之位也；君火之右，退行一步，相火治之；复行一步，土气治之；复行一步，金气治之：复行一步，水气治之；复行一步，君火治之。”与自然界气化相应，人体生、长、化、收、藏间的转化，也五气更立，如环无端地进行着。五脏间靠相互间的生克得以实现平衡：“五行之治，各有太过、不及也。故其始也。有余而往，不足随之，不足而往，有余从之。”这是负反馈自动调节的机制。当某一过季或人体某一脏腑的气化功能亢而无制则发生疾病，故《六微旨大论》说：“亢则害，承乃制，制则生化，外成盛衰，害则败乱，生化大病。”
气化学说在金元以后得到了发展，如李东垣以脾胃为升降之枢而立论，著有《脾胃论》。清代张志聪用气化学说注解《伤寒论》也卓然成家。
运气学说在阐述由气运变化推演防治原则时，首次提出病机的概念，用来概括五运致病和六气之为病的枢机，作为辨证论治的关键。《至真要大论》列举了19条，于是病机学说肇始于此。
病机的含义，不仅指疾病发生、发展的转变问题，还包括了病因、病位、病变和辨证等诸方面，它强调六气和五脏相互作用引起的病理变化，重视疾病的内在机理，以“审察病机，无失所宜”之语示人以规矩。
病机19条中，属于五脏应五运者为7条（包括属于上、下者各一条），属于六气致病者12条。从病证来看，虽然有眩晕瞀瘛、强直、泄泻、狂躁等40多个症状，但只是举例而言。这些症状都和五脏及六气致病特点密切相关，如风善行数变，证见掉眩；脾主湿，则病诸湿肿满。这对辨证具有提纲性的意义，因此论中强调，如欲“知其要者一言而终”地掌握五运六气致病规律，要“谨守病机，各司其属，有者求之，无者求之，盛者责之，虚者责之，必先五胜，疏其血气，令其调达，而致和平，此之谓也”。病机19条不仅在辨证时具有指导意义，它还成为祖国医学最早的辨证论治理论纲领。
病机学说受到后世医家的重视。如刘完素著《素问玄机原病式》，强调火热为病的广泛性，并倡用辛凉，对温病学说的诞生起到了先导作用；他以五运六气作为病证的分类提纲，比之巢元方的《诸病源候论》，简明扼要而强于系统性；他还补列了“诸涩枯涸，干劲皴揭，皆属于燥”一条，虽不因补引一条而完整所有病证之病机，但后世喻嘉言据此提出秋燥论。近年来有人根据病机19条“谨守病机”的精神，倡导辨证论治的规范化问题，提出按定位、定性、位性合、必先五胜、各司其属、治病求本、发于先机等七步分析疾病，以求辨证论治系统化起来，向更高阶段发展。
运气学说所论的治疗理论，是《内经》中论述治疗最系统者，主要有治病求本、三因制宜、药物性味之用和组方原则等几方面。
七篇大论在论述气候淫郁胜复的基础上，在《至真要大论》中概括了“伏其所主，先期所因”的治病求本的总则。从“正者正治，反者反治”两方面具体运用来调节阴阳寒热使之平衡：“高者抑之，下者举之，有余折之，不足补之，佐以所利，和以所宜，必安其主客，适其寒温，同者逆之，异者从之。”这不单适用于主客之气胜复的外感病，也可为中医治病的普遍原则。具体又有十二大法：“治诸胜复，寒者热之，热者寒之，温者清之，清者温之，散者收之，抑者散之，燥者润之，急者缓之，坚者软之，脆者坚之，衰者补之，强者泻之，各安其气，必清必静，则病急衰去，归为所宗，此治之大体也。”反治法有“热因热用”“寒因寒用”“通因通用”等以上之法，针药皆宜。之外，七篇中还有不少专题法的论述，如《五常政大论》中论及的“无使过伤其正”，《六元正纪大论》所提及的“大积大聚其可犯也，衰其大半而止”和“通郁五法”（“木郁达之，火郁发之，土郁夺之，金郁泄之，水郁折之”），《至真要大论》指出要防止长期片面用药造成“久而增气”等情况，都贯穿着治病求本，保护正气的精神。
运气学说把三因制宜的原则具体化了。《五常政大论》说：“故治病者，必明天道地理，阴阳更胜，气之先后，人之夭寿，生化之期，乃可以知人之形气矣。”强调在论治前要分析病者所处的时间、地域和体质等因素，又提出要根据每岁所见客气淫胜与多发病候联系起来分析病情，要“必先岁气，毋伐天和”。据六位之气盈虚不同，《六元正纪大论》指出逢寒热季节在用寒热药时尤应注意，是为用药“用畏”，即“用热无犯热，用寒无犯寒，用温无犯温，用凉无犯凉”，又指出“发表不远热，攻里不远寒”等治表里证时应注意之点。说明《内经》运气学说上主张灵活辨治用药，而非机械地按格局推病套药。
按整体观的思想，天有四时之气，人的脏腑也和四时相应，药物也有四气五味之异。《至真要大论》提出“五味阴阳之用”的理论：“辛甘发散为阳，酸苦涌泻为阴，淡味渗泄为阳。”在此基础上，又提出六气司天、在泉的调配之法。如诸气在泉时，“风淫于内，治以辛凉，佐以苦，以甘缓之，以辛散之。热淫于内，治以咸寒，佐以甘苦，以酸收之，以苦发之……”这是后世配伍用药理论的蒿矢，李时珍在《本草纲目》中所载《五运六淫用药式》即发挥此论。在讨论药性和配伍的基础上，《至真要大论》又论述了制方原则：“君一臣二，制之小也；君一臣三，制之中也；君一臣三佐九，制之大也。”这就把用药落实到方剂上，由此而奠定了中医学的治疗理论。
运气学中的气，既为物质，又具功能。它不仅表现为气候，乃构成万物的本源。《天元纪大论》说：“太虚寥廓，肇基化元”，认为万物始于元气，并说：“在天为气，在地成形，形气相感而化生万物。”气的运用和变化使物质世界具有多样性，《五常政大论》说：“气始而生化，气散而有形，气布而蕃育，气终而象变，其致一也。”气组成的万物虽多，但都以五运阴阳为纲纪，而具有统一性。天体的演化和气象现象及人体的生长、代谢、发育、情志等都是气化所致，这就比单用阴阳五行学说来解释人体更为深刻。永恒的运动是气的特点，如《六微旨大论》所说：“成败倚伏生乎动，动而不已，则变作矣。”形、知、气是互相转化的，终和始是不可分离的对立两极，“善言始者，必会于终”，故一切物质生成后就一定要毁灭，正因气散则分之，所以“无形无患”。
运气学说发展的气一元论对医学和哲学有很重要的意义。其一，它使中医学具有整体恒动观。以这种哲学原理为间架，脏腑、气化、病因、病机、诊断治则等医学内容都绊结于其上，形成了独特的理论体系；其二是它为古代唯物主义学说提供了论据，显示出自然科学是唯物主义哲学的天然同盟。特别是它形气转化的思想，尽管叙述得比较简单，但已潜藏着现代科学关于物质形态相互转化和物质既不能创生，也不能消灭的思想萌芽和猜测，后世哲学家张载、王夫之等人都深受此影响。
运气学说与中医各家学派的崛起饶有意义，“医之门户分于金元”。金元四大家在总结自己的经验而上升为理论时，都曾以运气的某些内容为据。刘完素在阐归病机19条的基础上，导出六气都从火化之论，从而主寒凉，为后世温病学派启示了途径。张子和在《儒门事亲》中所提的六门三法也是以运气理论为据。六门是把一切病因都概括于风寒暑湿燥火之下，既然病因在于六因，则“治病在于驱邪，邪去则正安”，而有汗、吐、下三法。李东垣补土派的理论，也是基于时运变迁所促成，诚如徐灵胎所说：“人之疾病随时运而变迁，乱世之民，苦而多劳，故体质多虚，因药宜偏于培补。”东垣为富家子弟，其社会接触多是富有之人，体质多虚弱。而操业时又逢元兵南下，征战围城，人民起居不定，饮食不调，营养不足，故其用补中益气多效。朱丹溪所创“滋阴降火”之说，其因正如他自己所说：“东南之人阴火易于上升，苟不如此，而徒守其法，则气之降者固可愈，而于其升者亦从而用之，吾恐其反增其病矣。”以上所述，金元四家的形成，其理论或借助于运气学说，或基于时代和环境之异而形成。陆九芝曾总结和推算了从金元至清代，从1144至1883年共13个甲子的运气年表，得到历代著名医学家凡生在燥火运中都主张用寒凉药，凡生在寒水运中都主张温补的结论，认为学派的不同完全由于岁运的转变。其结论虽有进一步探讨的必要，但他看到了气候地理种种自然条件的不同与医学实践有密切关系，以此探讨疾病与治疗的规律性，这是有实践意义的。正因如此，在古代医籍中，有不少成功应用运气理论为实践验证的记载。如清代叶天士的《临证指南医案》中，有200多案都运用运气理论论治疾病；于1955、1956、1958年在石家庄、北京、广州三地对乙型脑炎的治疗中用中药取得了较好的效果，也是由于灵活地运用运气学说的某些理论而成功的。自此以来，自然科学家沈括和医学家刘完素、张志聪、陆九芝等人都承认它，因它本身也是经验和实践淘汰的结果。
运气学说是历法、气象和医学相结合的综合性的理论。限于历史条件和科学水平，它有很多局限。它的格局推演方法是粗略而不完备的，它的周期循环理论是闭合的，一元论也给唯心主义留下了空隙，使之披上了一层神秘的外衣。
运气学说所阐述的气象内容，只是主观感觉和经验判定，没有定量参数和客观指标。它“五六相合”的60年大谐调周期也缺乏用统计学方法的证明。这种包括运用演绎法单链锁式的层层推理而来的远期气象和流行病预报，一方面夸大了演绎推理的作用，另一方面又把复杂的事物诸如气候和发病等看得过于简单了，事实上它们是多因素所定的，而不是线性函数关系，远非一个或几个公式所能概括。张介宾也曾说：“欲以有限之年辰，概无穷之天道，隐微幽显，诚非易见。”运气格局也认识到五运和六气两个系统有矛盾之处，因之在推演时采用了客主加临和气运胜复等多种分析方法，在一定程度上起到了相互补充的作用，但也由于结论导出而模棱两可，这也使推演方法烦琐到非用图表难以说清的程度。推演中又要求医者必须掌握古代已经失传或不用的历法，深奥难用往往使运气学说束之高阁，披上了神秘的外衣。
运气学说的60年大周期，认为气运变化是“五运相袭”“周而复始”“如环无端”等，这是形而上学机械循环的认识论。事实上，任何循环都有变化和发展，是螺旋式前进的而不是闭合不变的。
运气理论中的气一元论思想也不够完善。它把人的思想感情、伦理等精神心理现象，也视为升降出入的气而和天地之气加以类比应象。如在《气交变大论》有“省下”“省遗过”“议灾与其德”和“德者福之，过者伐之……大则喜怒迩，小则祸福远”之论，以天体星象亮度变化分析人类之祸福。
《内经》运气学说的上述局限给唯心主义留下了可乘的空隙。例如在宋代，由于程朱理学的影响，以机械不变的态度对待运气理论，《三因方》《圣济总录》等书大力提倡“司岁备物”，造成了某些医生不论病情和医理，不具体分析病情，机械地运用运气格局处方投药的风气。也有人如马宗素、程德斋、熊宗立等人发展为宿命论运气学说，断言天符岁会可以决死生。宋儒和宿命色彩的运气学说之步入唯心主义的歧途，不能归咎于《内经》中运气学说，但因它的理论不完备而给唯心主义留下空隙可乘。
综上所述，运气学说对中医学的发展是有贡献的。但是运气学说也是有其局限性的，主要在于它的格局推演是粗略而不完善的；它的机械的闭合循环论又限制了其理论的自身发展。然而，运气学说的思想精神比它的格局更重要，这是应该首先吸收的合理内核，对它的格局等，应通过长期实践来检验，有待于用现代自然科学方法加以研究。
（孟庆云）
易学与中医学的关系，历来有“医易同源”和“医源于易”等讲法，并有一些专门研究医易关系的专著。
易学被认为是中国古代研究宇宙根本原理及事物变化法则的学问，反映了古人对自然和社会普遍规律的总体认识。易学在中国传统文化中占有极重要的地位，班固在《汉书·艺文志》中称《易》为“大道之源”；《四库提要》谓“易道广大，无所不包，旁及天文、地理、乐律、兵法、韵学、算术，以逮方外之炉火，皆可援易以为说。”其影响了中国传统文化的各个方面。在以易学思想为学术源头的中国古代文化背景下形成的中医学，不可避免地打上了易文化的烙印。
1.首先，从自然观看，易学的自然观有两个基本特点：一是“天人合一”，认为天、地、人是相互联系的整体，天道和人事的运动变化规律具有一致性；二是以天地阴阳二气的交感变化为产生宇宙万物的本源，所谓“天地感而万物化生”
，认为“盈天地之间者唯万物”
。易学的这两个基本观点，在中医学中有充分体现。中医学的经典著作《黄帝内经》中反复论述了“人以天地之气生，四时之法成”“天地合气，命之曰人”
“人与天地相参也，与日月相应也”
等。将人与自然环境看作密切相关的统一体，依据人与自然的相应和协调关系来讨论人体的生理、疾病及摄生、治疗等一系列问题，这一大整体思维模式，是中医学的一大特色，而这一特色正是发挥了易学的自然观。
2.认识客观世界的思维方式。易学认识客观世界的途径，主要通过观察物象来体会客观事物的性能，用取象比类来归纳事物特性，立卦象以表达对客观世界的认识。《易·系辞》云“古者包牺氏之王天下也，仰则观象于天，俯则观法于地，观鸟兽之文，与地之宜，近取诸身，远取诸物，于是始作八卦，以通神明之德，以类万物之情……是故易者象也，象也者像也”
“圣人有以见天下之赜而拟诸形容，象其物宜，是故谓之象”“圣人立象以尽意，说卦以尽情伪，系辞焉以尽其言”
。中医学引卦象论病，可以上溯到春秋时期，《左传·昭公元年》记载秦国名医和为晋侯诊病，断为“蛊”病，并引《周易》蛊卦为说：“在《周易》，女惑男、风落山谓之蛊。”《黄帝内经》虽未直接引用卦象，但观物立象、取象比类、借象表意的思维方式与易学是一致的。《内经》“藏象”的“藏”，是“言腹中之所藏者”
，“象”是“所见于外可阅者也”
。藏象学说是通过人体外在的表现来推测人体内脏生理规律的学说，故《内经》所讲的五脏六腑，主要是对内脏功能系统反映于外的“象”的概括，是古人为内脏功能系统立的法象，不能等同于解剖学上的脏器实体。
3.阴阳辩证法思想的影响。《易·系辞》云：“一阴一阳之谓道”
，阴阳原理是卦爻组合排列的基本原则，易学反映了古代阴阳思想的最高范畴。从《左传》《老子》《庄子》《吕氏春秋》等大量先秦文献中可以看到，以易学为代表的阴阳学说，在先秦已相当流行。形成于这一时期的中医基本理论，受到阴阳学说的支配，也是显而易见的事实。《内经》强调指出：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。”
阴阳原理贯穿于中医理论的各个方面，例如，生理方面认为“人生有形，不离阴阳”
，“阴平阳秘，精神乃治，阴阳离决，精气乃绝”
，以阴阳的平秘和谐作为人体健康的最高准则；摄生方面强调“法于阴阳，和于术数”，才能“尽终其天年”
；诊法方面提出“善诊者，察色按脉，先别阴阳”
；治疗时要求“谨察阴阳所在而调之，以平为期”
等等。
要之，阴阳学说为中医学术的指导思想，而易学为阴阳学说之渊薮，《黄帝内经》虽然在文字上没有引用《易经》条文，但贯穿中医学术的阴阳学说明显是遵循易学原理的。
4.借取易学模式构建医学理论框架。易学对客观世界变化规律的表达，除了卦画外，还采用了一些图形模式，如河图、洛书、太极图等。从《内经》理论的一些具体内容看，明显借取了易学模式，例如藏象学说与四时五方的配应与河图模式相一致；肝气左升、肺气右降说源于河图洛书的天体左旋运动；《灵枢》九宫八风图是洛书九宫图的翻版；《内经》中出现的一些特定数字，如《金匮真言论》各脏的“其数×”，运气七大论中的“眚于×”“灾×宫”等的具体数字，均是河图洛书的方位数；三阴三阳的六经辨证模式依据河图洛书方位演绎；《素问·气厥论》中五脏寒热相移的次序遵循脏腑方位后天卦传先天卦的规律
等。由于河图洛书、先后天太极等内容在《易经》中无载而常被一些儒易学家所排斥。其实，易学的范围远不止今本《易经》。相传古有三易：连山、归藏、周易，“周易”只是三易之一；而通常所说的《周易》又已专指《易经》（包括易传）。《汉书·艺文志》列《易经》于儒家“六艺略”中，另有“周易”书数种，如《周易》38卷、《周易明堂》26卷、《周易随曲射匿》50卷等入“术数略”中，可证“周易”不止《周易》，今本《周易》只是“周易”流派中的一个分支——“儒家易”。因此，研究易学不能以《易经》为藩篱。可以认为，没有易学的河图洛书模式，就不会有《内经》现在这样的藏象系统。
《易》对中医基本理论体系形成的影响主要反映在《黄帝内经》中。据《汉书·艺文志》，《黄帝内经》只是西汉时期医学流派之一。在六朝、隋、唐时期，《内经》的流传还很有限，唐代王冰身居太仆令优越地位，为觅《素问》全本，“精勤博访，历十二年方臻理要”，则一般人欲见《内经》之难可以想见。汉末至宋初的医学著作大多为方书，理论著作相对较少，对易理的引述，除王冰的《素问》注外，其余只是偶有提及，例如《伤寒例》中用卦爻与时令的阴阳消长变化来阐述外感病的发病规律，《诸病源候论·风病诸候》中以八卦配邪气八风，《千金要方》中提出欲为大医者必须精熟《周易》等。
北宋以后，情况有了变化。一是《素问》经北宋政府校正医书局校定付印颁行后，成为学医者必读经典，《内经》理论被确立为中医学的基本理论。随着医家对《内经》理论研究的深入，蕴含在《内经》中的易理也逐渐引起医家的重视和讨论。二是受宋代理学大家周敦颐、二程、朱熹等热衷易学的影响，医家谈易也成为时风。宋、金元时期易学对医学的影响较著者有如下几端：
1.医学理论方面：各家理论著作中，常引易说作为方法论依据。例如，《圣济经》以坎离二卦阐释精与神；刘完素在《素问玄机原病式》中引易理论述鼻窒、鼽等病证的火热病机，又在《伤寒直格》中引《说卦》“乾为寒”为其主用寒凉的观点辩说；成无己在《注解伤寒论》中每引易象注释《伤寒论》；李东垣在《脾胃论》中以两仪四象阐释水谷气味的升降出入变化；朱丹溪在《格致余论》中多处援引易说，如《相火论》《夏月伏阴在内论》《房中补益论》等篇。
2.药性理论方面：张元素融易理于药理之中，创药物性味阴阳厚薄升降理论。李东垣继承发扬张氏学说，在《东垣试效方》中有“药象阴阳补泻之图”，把药物的四气、五味和升降浮沉配以十二消息卦，结合四时、五脏，构成一系统模式。李东垣还对单味药物借卦象推求药理，如《内外伤辨惑论》论枳术丸用荷叶云：“荷叶一物，中央空虚，象震卦之体。震者，动也，人感之生足少阳甲胆也。……胃气、谷气、元气，甲胆上升之气一也。……食药感此气之化，胃气何由不上升乎？”
张、李药性理论对后世医家影响较大，李时珍在《本草纲目》中称颂张元素为“灵素之下一人而已”，清代尤怡在《医学读书记》中撰有“制方用药必本升降浮沉之理”一文，对李东垣药性理论倍加推崇。清代医家对药物的易象分析进一步展开，吴鞠通在《温病条辨》中提出了“草木各得一太极论”；唐代宗海在《医易通说》中提出“凡辨药能详卦气，则更深远”“药物之升降浮沉，全视爻位为衡”
等论，并列举分析了大量药物的卦象。
金元医家在创立方剂时亦常蕴含易理，如刘完素的《伤寒直格》中的“天水散”，李东垣的《脾胃论》中的“交泰丸”，《兰室秘藏》中的“丽泽通气汤”等。后世此类方名不断出现，如“太极丸”“两仪膏”“坎离既济丸”“乾坤一气膏”等。至于清代沈金鳌在《杂病源流犀烛》中以六十四卦名作为治痧胀六十四方的代名，似很难将药方与卦义一一对应，只能看作是为了方便记忆而编的序号代码。
3.针灸方面：主要表现在子午流注针法。子午流注的纳干法和纳支法，可追溯到汉易家京房的纳甲、纳子法。经气运行有盛衰周期和经穴随时开阖的思想，虽在《内经》《难经》中已有论及，但形成完整的子午流注针法则在宋、金时期，显然是宋、金时期谈易风气盛行的产物。另外，窦杰的《针经指南》中论述“针灸避忌”也是依据了易学的洛书九宫方位学说。
4.诊断方面：张元素之子张璧所著《云岐子脉法》论“九道脉诀”时，以八卦加中土配九脉；张元素和李东垣的学生王好古在《此事难知》中载有《面部形色之图》，将后天八卦方位用于面部望诊。
明代中后期，医易研究进入新的阶段，出现了一批以善谈医易为特色的著名医家和论著，如孙一奎在《医旨绪余》中著有“太极图说”“不知易者不足以言太医论”“命门图说”“右肾水火辨”等专论；赵献可在《医贯》中通篇贯彻易理，张介宾则在《类经附翼》中撰有“医易”专卷，全面地阐述了医易关系，明确提出“医易同源”的观点。他们依据易理创立的命门学说，对中医学理论的发展产生了重大影响。
针灸方面，在子午流注针法以外又出现了“灵龟八法”和“飞腾八法”，更是直接采用八卦配八脉交会穴施行按时取穴。
推拿出现了“运八卦法”，主要用于小儿推拿。
诊断方面，虞抟在《苍生司命》中以八卦论寸口左右三部脉；李时珍在《濒湖脉学》中以乾、坎、离、坤、震五卦说浮、沉、洪、缓、弦五脉。王肯堂的《证治准绳》、傅仁宇的《审视瑶函》等将眼部“八廓”配以八卦之名，按后天八卦方位与脏腑相应。
清代中期以后，出现了一些论医易的专著，如金理的《医易图说》、茅松龄的《易范医疏》、李雨村的《医易引端》、邵同珍的《医易一理》、唐宗海的《医易通说》、芬余氏的《医源》等；还有一些单论某一专题的医易著作，如车宗辂和胡宪丰合著的《伤寒第一书》、葛自申的《医易脉部》等。这些专著的出现说明医易在清代已成为一门专学。
清代医易专著把易对医的影响提到了前所未有的高度。他们认为医理本于易理，因而提出了“医源于易”的命题。但这些专著大多偏重于易理和医理之间的沟通而缺少新的建树，具有临床实际意义的内容不多，故在中医学术中的影响也很有限。
民国时期论医易较著名的是恽铁樵的《群经见智录》。恽氏认为四时的变化规律是《内经》和《易经》的共同基础，并强调指出：“《内经》之理论，即《易经》之理论。易理不明，《内经》总不了了。”
综观易学对医学的影响，最主要的是在中医学基本理论形成阶段。宋以后出现过一些新的影响，较突出者有金元时期易水诸家的药性理论、明季温补派的命门学说和针灸方面的子午流注、灵龟八法、飞腾八法等。清代一些医易专著在阐述医中易理方面作了较多探索，在某些方面有助于对医理的认识，但也有一些著作过多地附会易理，难免牵强，实际意义和影响均不大。
1.关于“医易同源”。最先明确提出医易同源的是明末张介宾的《类经附翼·医易义》。张氏认为：“天地之道，以阴阳二气而造化万物；人生之理，以阴阳二气而长养百骸。易者，易也，具阴阳动静之妙；医者，意也，合阴阳消长之机。虽阴阳已备于《内经》，而变化莫大乎《周易》。故曰，天人一理者，一此阴阳也；医易同原者，同此变化也。岂非医易相通，理无二致？”
与张介宾同时而稍早的名医孙一奎虽未有“医易同源”的提法，但他在《医旨绪余》中有意思相仿的论述：“阴阳，气也；一气屈伸而为阴阳动静，理也。理者，太极也，本然之妙也。……但经于四圣则为《易》，立论于岐黄则为《灵枢》《素问》，辨难于越人则为《难经》，书有二而理无二也。……故深于《易》者，必善于医；精于医者，必由通于《易》。术业有专攻，而理无二致也。”
从张、孙两家的论述可知，医易同源之“源”，主要指的是阴阳太极变化之理。他们强调的是医易之间理无二致。故所谓“医易同源”，其实就是“医易同理”。因为同理，就可以“谨摭易理精义，用资医学变通”
。
2.关于“医源于易”。清代的一些医易著作中，常出现“医源于易”或“医本于易”的提法，今颇有人在医易同源和医源于易之间辩论是非，其实，两者并不矛盾。张介宾等所论医易同源之“易”，主要是指《周易》而言，这从上文孙一奎所云“经于四圣则为《易》”、张介宾将《内经》与《周易》对举等可知。而清代医家讲医源于易时，“易”的含义已由《周易》上溯到先《周易》而存在的易象，如章虚谷云：“易象为大道之源，医理、儒理俱在其中；《易》辞为儒者之言，可用治世不可治病也。”
这就清楚表明了“医源于易”的“易”不是指“不可治病”的《周易》。治世的《周易》与治病的医经同取法于易象，在易理上自然同源相通。若不了解“医易同源”之“易”是狭义的《周易》，而“医源于易”之“易”是广义之易，就会对两说并存无法理解。当然，“医源于易”说也不排除部分医理直接取法于《周易》。
3.一般认为，八卦符号来源于占筮，故有人把医易同源理解为医和易都起源于原始蒙昧时期的巫术。其实，作为历史素材的筮辞，经过一些思想家的研究整理，结合了天文、地理、气象、社会人事等知识，糅入了阴阳五行等常识，形成了中国思想史上最有影响的一门学问。尽管占筮卜卦等迷信活动仍在利用易说，但原始的占筮易与后来发展起来的作为一门学问的易学，是应该加以区别的。庄子云“易以道阴阳”
；荀子云“善为易者不占”
；医易同源说的最早倡导者孙一奎也说：“以卜筮视易者，亦蠡测之识，窥豹之观也”
，可见古人早就把易学与占筮区别了。
易学对中医学形成和发展的历史功绩不容置疑，但医学发展进入近现代阶段后，易学模式造成中医理论的局限性也逐渐显现，中医理论面临新的突破和完善。今人研究医易，有利于探究中医学理论的来龙去脉，加深对前人理论的认识，仍属必要，但应恰如其分地评估其现实意义。若过分拔高医易的地位，过多沉溺于对《周易》的研究，舍医理之实去易理之虚，对当代中医学的发展恐会带来负面影响。至于一些江湖术士的算卦看病和玄谈怪说，已属左道旁门，就不能归入学术性的医易研究了。
（顾植山）