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洪武二十年，北元太尉纳哈出归降大明，被朱元璋封为“海西侯”，盘踞在大明北疆的又一个大威胁消失了。遗憾的是，纳哈出的部众并没有全数归降，一支劲旅依然视明军为死敌。这就意味着辽东的平定只是暂时的，明廷上下始终不敢对来自草原的威胁掉以轻心，他们迫切需要一个长期经略辽东的方案，一个能保证河北地区不被侵略的防御体系，而这个防御体系的核心便是新加筑的军事要塞——大宁城。
大明帝国对大宁的重视其实早有端倪，从洪武八年到洪武十二年的四年间，也就是明廷委任马云、叶旺经略辽东半岛的那段时间，明军的主攻方向从来都不是北元余寇盘踞的东边，而是连接河北的辽东西部地区。如果从目的性上推断，辽东明军向西发展是急于打通盖、金等州与北平的联系，建立一条能走陆路的补给线。因为辽东明军的粮饷长期依靠走海路的山东，海上风浪多变、气候反复无常，明军运输船队已经多次沉没海底，损失的民工、物资不计其数，不能算是稳定的补给线，建立新的交通线便成了当务之急。
建立从辽东到河北的新交通线，等同于在两地之间加了一段走廊，走廊的南方是海洋，北边却是北元骑兵来回驰骋的草原，运输车队这回不用担心风浪、天气的威胁了，可天灾不用担心，人祸却又成了新问题，如何才能保证运输车队不被北元骑兵骚扰、打劫呢？最简单的办法就是在走廊上安排“警卫”，时刻保护往来的明军运输车队，于是大宁城的位置便显得更加重要了。
大宁城，位于今内蒙古赤峰市宁城县，该处向西可至开平、北平，向东直抵沈阳、盖州，向南便是山海关。其中，大宁距山海关的距离最近，只有一百七十八公里左右，按照骑兵五十至七十公里的日行军来算三天即可抵达山海关。至于东、西两线，大宁距北平约三百公里，距离盖州、沈阳大概也有三百公里，基本位于河北至辽东一线的中心，而金山作为纳哈出曾经割据的大本营，距离大宁也有五百公里的路程。
不管北元袭击辽东还是河北，大宁的距离都可以快速驰援，因此冯胜奉命修筑大宁、宽河、会州、富峪四座城池，作为大明帝国控制从河北至辽东一线的枢纽，使得明军可以把兵力部署在蒙古草原以东的辽阔区域，从而以更近的距离威胁北元最后的王庭。
洪武二十年末，经过长达二十年的北伐战争，河北、山西、陕西、甘肃、辽东终于全数成为大明帝国的北疆，北元王庭也从大都相继败退开平、应昌，如今已经遁入草原深处，曾经从东、北、西三面包围大明帝国的战略威慑已经不复存在，明廷就此下定了追亡逐北的决心，势要打垮北元最后的骄傲，让草原彻底臣服。
这一年，朱元璋调整了明军的领导班子，以永昌侯蓝玉为大将军，延平侯唐胜宗为左副将军，武定侯郭英为右副将军，都督佥事耿忠、孙恪为左右参将，领兵十万北伐草原，开启了第三次肃清沙漠之战。由于当年冬季天气异常寒冷，贸然进入草原腹地会增加后勤补给方面的压力，因此明军全数集结在大宁，暂时没有动兵，而是征调山东、河北、河南等地的粮草物资，让战马养精蓄锐，准备在来年开春全军出征。
洪武二十一年（1388年）四月，明军从大宁开拔直至庆州，从抓获的蒙古人口中得到了一个非常重要的情报，即是北元皇帝脱古思帖木儿的王庭就在蒙古东北的捕鱼儿海。这个名为“捕鱼儿海”的地方就是今天的贝尔湖，位于蒙古草原的东侧，距离大宁约六百一十九公里，虽说距离依然不短，但比起草原中部的和林，对明军而言可谓近在咫尺。
大将军蓝玉当即率部向捕鱼儿海方向极速前进，沿途气温越来越低，风雪交加，明军在雪域中艰难行军，始终没有遭遇任何敌军，直到抵达距离捕鱼儿海四十余里的百眼井，冻死的明军士兵越来越多，而派出去的侦察骑兵依然没有发现任何蒙古人，更不要说北元王庭了。看来即便路程相对近一些，深入草原依然是可怕的，前景也是不明朗的。
蓝玉打起了退堂鼓，迟迟下不了继续深入的决心，反而决定班师回朝。这也情有可原，一支十万人的大军，在沿途没有补给，没有城池、村庄，甚至连人都看不见的情况下，谁能不害怕、不忧虑？如果粮草耗尽了怎么办？撑不到抵达边境了怎么办？任谁都想及早退回到安全的地方。难道第三次肃清沙漠之战就这样草率结束了吗？这时，有一个人站出来反对了。
王弼，定远人，骁勇善战，以双刀为兵器，挥舞起来呼啸生风。平江战役时，王弼随常遇春作战，包围了吴王张士诚。为了保护张士诚突围，其部下拼死力战，眼看就要突围时，王弼手持双刀纵马冲锋，连续击杀数员张士诚大将，以一人之力阻挡了敌军攻势，其作战勇猛，敌军转而败退，常遇春见状当即发动反击，大破敌军主力，张士诚本人也落入水中差点儿被淹死，王弼的“双刀王”绰号由此响彻明军。后来他又参与北征中原，平定山东，略定陕西、西番等战役，因功封为定远侯，食禄二千石。
定远侯王弼认为，朝廷组织了十万北伐军，又花了那么多粮饷，如果连敌军的面都没见着就班师回朝，朝廷的脸面何在？
更重要的是，朝廷会质疑蓝玉的指挥能力，还会继续让他担任大将军吗？这么一分析，蓝玉明白任何人都可以提出退兵，唯有他自己不行，无奈之下只能下令继续向北推进。
同时，王弼认为如果北元王庭真的在捕鱼儿海，大军这样大张旗鼓地行军，肯定会打草惊蛇，就算能遇见他们，也只是没能及时逃走的散兵游勇。因此，明军严禁喧嚣吵闹，连生火做饭都在地下挖的洞中进行，避免声音和烟火暴露自己的动向。事实证明，王弼的坚持是对的，明军抵达捕鱼儿海南端，侦察骑兵终于发现了北元王庭所在，即在捕鱼儿海东北八十里处，明军上下由此士气大振。
蓝玉以王弼为先锋，命令他率领一支精锐骑兵直奔北元王庭，准备在敌军没有发现时打对方一个措手不及。也是恰巧，北元方面以为天气寒冷且风雪交加，没有草原生活经验的汉人根本不可能抵达捕鱼儿海这样的苦寒之地，所以没有设防，大多数蒙古人都躲在帐篷里喝马奶酒，连负责警戒的哨兵也因为当天风沙过大，能见度太低，完全没有发现王弼的骑兵正快速接近自己。
等北元哨兵发现明军旗帜时，两军已经近在咫尺，北元太尉蛮子是唯一一个还能组织力量抵挡的，但在明军急如闪电、快比流星的突袭下，北元骑兵尚未摆开阵形就被一举击溃，太尉蛮子当场阵亡。不设防的营寨很快就被明军突破，里面的北元士兵东一个西一个，不知道该干什么，场面相当混乱，各部首领都忙着打包金银细软向北逃命，根本没有时间再组织一次抵抗。
慌乱之中，北元皇帝脱古思帖木儿与太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十人骑马逃走，而他的次子地保奴等六十四人和故太子亲眷五十九人，因为没有马匹躲在草丛中被擒。及时找到马匹的吴王朵儿只、代王达里麻、平章八兰等两千九百九十四名蒙古勋贵仍被明军精锐骑兵追上俘虏，另有北元兵卒、百姓等七万七千零三十七人投降，宝玺、图书、金银印章、马驼牛羊车辆等悉数被缴，明军原地烧毁了所有蒙古甲胄、兵器。
逃出生天的北元皇帝脱古思帖木儿一路向西逃窜，起初准备投奔盘踞在和林的北元丞相咬住，但北元王庭被端的消息很快就传到另一个蒙古首领也速迭儿那里，这个名叫也速迭儿的蒙古贵族与脱古思帖木儿同为成吉思汗后裔，却属于阿里不哥一脉，他们始终无法忘记元世祖忽必烈从阿里不哥手中夺走大汗之位的往事。
如今风水轮流转，忽必烈一脉式微，也速迭儿毫不客气地在土剌河伏击了脱古思帖木儿的人马，斩杀无数，只有脱古思帖木儿等十六骑逃走，直到遇到了太尉马儿哈咱的三千人马，他们才得以暂时休息。
可惜，得到三千援兵的脱古思帖木儿并没有安全，也速迭儿下定决心要杀死忽必烈的后裔，大军一路追赶，很快就追上了脱古思帖木儿等人。当时的天气与捕鱼儿海完全一样，大雪掩盖了远处骑兵奔驰的身影和烟尘，三千残兵很快就被包围歼灭，脱古思帖木儿再无脱逃的可能，最终惨遭俘虏。
忽必烈的子孙怎么都不会想到，他们没有死在大明帝国手中，却被同为成吉思汗后裔的也速迭儿用弓弦活活勒死，而太子天保奴等人也尽数被杀。侥幸逃生的知院捏怯来、丞相失烈门等人见北元王室覆灭，最终向南逃入大明投降。
然而，消灭了北元就意味着战争结束了吗？蒙古各部首领会臣服于大明皇帝，臣服于将他们赶回草原的汉民族吗？答案当然不会让大明君臣满意。
脱古思帖木儿作为忽必烈的后裔，是元帝国的合法继承人，他的存在是北元正统的象征，然而随着大明帝国一再发动肃清沙漠之战，北元王庭的势力已经大不如前，其下各部落首领的独立性也不断增加。位于蒙古西部地区的瓦剌在这一过程中不断壮大，有“四万卫拉特”
之称。
瓦剌虽然被认为是蒙古一部，实际上却不属于蒙古，他们一直想取代黄金家族（成吉思汗的家族）在草原上的政权，当时的瓦剌首领猛可帖木儿便有意扶持阿里不哥后裔也速迭儿争夺北元大位，一手策划了对脱古思帖木儿的袭杀。因此，北元王庭的覆灭也是瓦剌崛起的开始，是角逐草原新霸主的开端。
脱古思帖木儿死后，瓦剌首领猛可帖木儿立即拥立也速迭儿称汗，号为“卓里克图汗”，名义上仍然称自己是北元政权的继承者。原先效忠于脱古思帖木儿的蒙古勋贵们却不愿与之同流合污，只好各自奔逃，如丞相咬住、太尉乃儿不花、岭北行省参政孛罗、陕西行省右丞阿里沙等人都投降了大明帝国。
不过，崛起的瓦剌并没有实现取代蒙古帝国的野心，支持黄金家族的蒙古部落依然团结在一起，他们始终活跃在蒙古中东部地区，当时的汉族多称呼他们为“鞑靼人”，而靠近大兴安岭一带的蒙古人，以木华黎后裔为主的另一些部落又组成了“兀良哈”，曾经的草原帝国就此分裂成瓦剌、鞑靼、兀良哈三部，相互之间一直较劲。
其中，兀良哈在大明的辽东战役后一蹶不振，实力大损的他们只好臣服于大明。明廷于洪武二十二年（1389年）设置了泰宁、朵颜、福余三卫统治大兴安岭一带，以归附的辽王阿札失里为泰宁卫指挥使，塔宾帖木儿为指挥同知，海撒男答奚为福余卫指挥同知，脱鲁忽察儿为朵颜卫指挥同知，各领所部以安畜牧，史称“兀良哈三卫”，又称“朵颜三卫”。
表面上看，北元分裂后的草原政权远不如之前那样让人畏惧，新臣服的蒙古勋贵也成了拱卫大明的外邦力量，但实际上却不是这样。就在设置朵颜三卫的那一年，即洪武二十二年，刚刚归附大明的蒙古勋贵又叛离了大明，其中原北元丞相失烈门杀掉了一心依附大明的知院捏怯来，带着一大帮蒙古人逃离了大明。
太尉乃儿不花、辽王阿札失里等也先后脱离大明，泰宁卫失去了控制。洪武二十四年（1391年），原北元武威王忽纳失里（纳忽里）也频频寇边，威胁宁夏、平凉（今甘肃平凉）、延安等地的安全。到洪武二十五年（1392年），归附大明的建昌卫指挥阿鲁帖木儿背叛大明，袭杀了大明官吏。
事实证明，北元王庭虽然覆灭了，但来自草原的威胁丝毫没有停止的迹象，西边的瓦剌越来越强大，一度扶立傀儡大汗号令草原；东边的兀良哈降而复叛，辽东地区再次动荡不安，中部的鞑靼始终视大明为生死之敌，也不会安于现状，新的进攻将从东、中、西三面而来，而大明要面对的敌人也由一个变成了三个，甚至是更多的草原部落。
北疆何时才能安宁啊？这恐怕是朱元璋最大的疑问。