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明军三道征沙漠的失败敲醒了新生的大明帝国，也让朱元璋得以重新评判退守草原的北元帝国，就明军目前的实力来看，直捣黄龙的难度非常大，继续深入沙漠发起新的战役，可能除了抢一些牛马辎重外，明军还要搭上数万人马，简直是得不偿失。何况，明军不进攻，北元就不会进攻吗？边境纠纷自古不绝，困扰着不少中原统治者。
因此，朱元璋不能像之前那样搞大规模远征，却又不能忽视北元的存在，为了子孙后世的安宁也不得不继续作战。可是这仗究竟该怎么打？
吴晗在《朱元璋传》第四章第六节《建都和国防》中已有分析，北疆防线过于漫长，不在北方要害之处驻重兵防守，北元骑兵南下是必然的事情，但是应天所在的东南地区是大明的经济中心，更是朱元璋经营多年的政治中心，把国都迁到北方则粮饷仍要从东南运来，劳民伤财还不经济，一旦把边防重任完全交给边将，过于遥远的距离又让朱元璋担心应天无法有效指挥北方战事，特别是不能随机应变地传达军令，再综合考虑到秦朝的快速灭亡多少也是吃了没有宗藩拱卫朝廷的亏，西汉的藩王权力过大又会闹出七国之乱的问题。折中一些的方案，西汉的郡国并行制就是一种，一边建立郡县，由中央派官员管理，另一边又封建藩王，让他们在外拱卫朝廷。大明当然也能把藩王分封到北疆防线，让他们指挥战事或监督边将，却不给他们实际的国土和百姓，只让他们履行军事义务、强化防线，朝廷虽远在东南经济中心，但控制着国家的财富和粮食，综合实力远在藩王之上，既解决了经济上的问题，又不必担心没有值得信任的人代替皇帝主持北疆防线的军务。
塞王戍边的国策逐渐浮出水面。
塞王戍边，即是把大明帝国的北部边境划分成几个战区，每个战区分封一位藩王，同时组建各个藩王能直接调动的护卫亲军，和平时保护王府，战争时出塞杀敌，必要的时候，朝廷还会允许镇守边关的塞王节制朝廷沿边各卫所，统一调配兵马钱粮，以便发动大规模的对外战役。简单来说，朝廷既要保证边塞安稳，又不完全操心边塞，就是要塞王同时负责保卫疆土和定时征讨塞外的双重职责，把塞王镇守的战区变成长期的作战单位，以保障内地的长治久安。
根据《明太祖实录》卷七五到卷一〇一的记载，洪武五年的肃清沙漠战役结束后，大明的边警越来越多，仅洪武六年二月的袭击就造成了永平卫指挥使这种高级别将领的阵亡，大明迫切需要熟悉边防军务的人主持对北元的战争，现在还远没有到把功臣宿将从北方撤回来的时候。
彼时的大明帝国北部防线正处在筹建时期，自光复北平以来，明军屡屡在河北、山西、关中一带用兵，既有主动出征塞外的全面进攻，也有驱逐北元余孽的局部战斗。在这一过程中，北方一些地理位置险要、交通便利的城池便成了明军时常关注并集结的地方。从东往西依次是北平、宣府、大同、西安、延安、兰州。其中，魏国公徐达自洪武四年（1371年）起就被长期安排在北平训练军士，曹国公李文忠自洪武六年（1373年）起也在山西大同一带戍边，宋国公冯胜也被长期派驻甘肃，坐镇兰州一线。
当时，朱元璋的子孙年幼缺乏历练，也是没有大规模地推行塞王戍边之策的原因之一，故而暂时委任比较杰出的开国功臣镇守边塞，不过朝廷也通过政治联姻加强了自己与边塞诸将的亲缘关系，比如魏国公徐达之女就是燕王朱棣的王妃，宋国公冯胜之女又是周王朱橚（sù）的王妃，这也是在为日后藩王们接管边塞做准备。
不过，从军队集结区域和镇守大将来看，洪武五年时的明初边防战区还没有细化，大致分成河北、山西、陕西、甘肃，这些地方就是大明帝国初步定下的边防战区，坐镇的将领需要关注很大一片区域，往往多地奔驰，非常不便，比如徐达就曾从北平直接被派往关中，李文忠也曾从山西调往兰州，冯胜更是从关中远赴辽东。总之，战事瞬息万变，这一时期的北部防线还在成形阶段。
如果以为大明帝国的北部防线只是从河北到甘肃一线，那就小看朱元璋了。那时的北元政权以岭北为中心，遥控辽东、云南等地，与大明帝国有着长达一千八百公里的边境线，边警时常从不同的地方同时出现，这种被动挨打的滋味肯定不好受。更重要的是，河北一带的经济相对繁荣，又有北平这样的元朝故都，必定是北元重点进攻的目标，而河北地区太过突出，北有岭北元兵犯境，东又常被辽东诸侯骚扰，极有可能同时面对两个方向的进攻。故而，朱元璋心中的北部防线不是以河北为边，而是广阔的辽东。
早在洪武四年，辽东地区的各路军阀就因为明廷的《平定沙漠诏》而发生分裂，北元的辽阳行省参政刘益割据盖州（今辽宁盖州），于当年二月第一个站出来投降大明帝国，详细上报了辽东各州府的地图、兵马、钱粮情况，并派人奉表来降，明廷由此侦知了辽东各地的军事部署与整体实力，于是当即封刘益为辽阳卫指挥同知，总领辽东军务。可是不久后，北元平章洪保保、马彦翚（huī）发动兵变袭杀了刘益，刘益部将张良佐、房皓又反杀马彦翚，驱逐洪保保，光复了盖州，而盘踞在金山（今吉林勃勃图山）的北元太尉纳哈出却公然庇护洪保保，插手意图明显。
根据当时的情况来看，辽东地区并没有统一的指挥系统，北元丞相也速屯兵开元，太尉纳哈出盘踞金山，平章高家奴固守辽阳山寨，知院哈剌章据守沈阳古城，其中纳哈出拥兵十余万，对外号称三十万，威胁最大。明廷虽然得到了张良佐、房皓等人的效忠，以两人为盖州卫指挥，但他们的实力弱小且夹在辽东各路诸侯之间，早晚会被消灭，所以大明帝国必须尽快对辽东用兵。
同年七月，明廷就遣使进入金山，欲和北元太尉纳哈出划疆而治，各安一方，不料纳哈出非但没有回应朱元璋的好意，反而扣留使臣。这一信号表明辽东之众是不会与大明帝国保持长期和平的，对辽东用兵已经迫在眉睫。明廷当即决定任命此前在河北屡立战功的马云、叶旺为新的辽东卫都指挥使，以吴泉、冯祥为指挥同知，王德为指挥佥事，总领辽东诸卫兵马，正式开始攻略辽东。
马云，合肥人；叶旺，六安人。两人同属淮西旧将谢再兴的长枪军，曾任千户，但并没有跟着谢再兴谋反，而是回归明廷，屡立战功并被封为指挥佥事。在之前的一系列战争中，马云、叶旺均有极好的表现，也展现出两人独当一面的能力，再加上是一直忠于朱元璋的旧将，明廷这才以两人为指挥使，自由攻略辽东。
为征讨辽东，明军以山东为后勤基地，调集了当地各处卫所的精兵，从登莱渡海直抵辽东半岛，首先攻取了位于沿海的金州（今辽宁金州），与降将张良佐等人驻扎的盖州取得了联系，从而建立了自己的后勤基地。紧接着，马云、叶旺集结了盖州等处兵马，在金山纳哈出还没有反应过来时，乘胜击败了位于沈阳的平章高家奴，占领了此前未能控制的辽阳城。
不过，盖州、金州一线悬于辽东海滨，东、南、西三侧均为海洋，北侧又是金山等北元军阀控制的地盘，要与大明帝国建立联系就不得不依靠海洋，于是明廷命令靖海侯吴祯用船队从山东向辽阳输送粮草物资，并长期保护山东到辽东的航线。
这一决定表明了大明帝国要长期经营辽东的决心，因为从海路运输粮草物资的风险远远高于陆地，那时的航海技术有限，常常因为风浪而翻船，一旦出现海难，损失的不仅是海员，还有数以万计的物资，朝廷只能继续征调更多的钱粮，投入非常大。
马云、叶旺一进入辽东就如同深深打下的钉子，整整四年稳如泰山，到处招降纳叛，兵马也越来越多。纳哈出本以为明军不会长期占领盖州、金州一线，没想到明廷宁可长期输送钱粮，也丝毫不肯放弃辽东的地盘，这终于让拥兵十万之众的他坐不住了。
洪武八年（1375年）冬十二月，辽东天气变得无比寒冷，河水也结成厚冰，北元太尉纳哈出认为明军来自南方，肯定不习惯在冬季作战，而他自己的兵马常年生活在冰天雪地里，能适应最寒冷的季节，如今正是突袭金州、盖州的最佳时机，当即集结数万大军征讨马云、叶旺。可惜，纳哈出弄出的动静太大，数万人马丝毫不肯伪装、隐蔽，敌军来犯的消息很快就传到了马云、叶旺处，两人一商量，决定坚壁清野，坚守不战，同时在北元军队退却的必经之路上设伏。
这是高明的一招，纳哈出本欲打下近在眼前的盖州，结果马云、叶旺就是不肯出战，而且把城池修得坚固无比，冬季攻城本就困难，再加上天气过于寒冷，北元军队也没有信心强攻盖州。于是，纳哈出决定绕过盖州，攻打南侧的金州，金州是明军联系山东的后勤基地，而且城墙简陋，驻军也很少。纳哈出认为自己有机会攻克金州，切断明军与山东的联系，从而逼马云、叶旺出战。只要在平原上野战，明军就成了北元骑兵虐杀的对象。
金州城下，纳哈出的数万北元大军气势汹汹，很快就把城墙四周包围了起来，而守将韦富、王胜等人依然采用了盖州的防御策略，不主动与敌军交战，所有士兵都被派到城墙上坚守，各处城墙、箭楼也配备了足够的滚木礌石，就等北元骑兵下马攻城了。
纳哈出的裨将乃剌吾自恃骁勇善战，自荐为先锋大将，仅带着数百骑兵飞奔至城下挑战，本打算在大战前杀一杀明军气势，但一群骑兵到城墙下除了耀武扬威外还能做什么呢？明军直接用弓弩将其射落马下。
数百骑兵顿时慌乱不已，明军旋即打开城门，将士们蜂拥而出，轻松歼灭了数百北元骑兵，还把乃剌吾也一并擒获，士气由此大振。
远处的纳哈出主力颇为惊讶，见明军已经发动进攻，当然也纵兵出阵，双方的战力本来是有差距的，但由于明军一开战就俘获了纳哈出的先锋乃剌吾，北元军队的士气已经跌了不少，几番交战后，明军非但没有溃败，反而越战越勇，甚至打乱了纳哈出的阵形，一度让战事陷入胶着之中。
这一幕很容易让人产生疑惑：金州守军的勇气从何而来？为什么兵力较多的盖州不肯出阵，反而兵马不足的金州敢主动来打他？难道明军部署的情报有误，盖州、金州的兵马早已换防，又或是明军有意诱使纳哈出偷袭金州，届时好来个前后夹击？终于，占有兵力优势的纳哈出不敢放手一搏，命令军队迅速撤离战场，任由少量明军击败了前面的北元军队，理由是担心盖州的明军即将抵达。
数万北元大军就这么被杀了一通后狼狈撤退了。
身在盖州的马云、叶旺早已侦知了金州的战况，知道纳哈出即将撤回金山，他们决定兵分两路拦截纳哈出，一路由马云指挥，在城外两山间埋伏兵马，同时暗藏旗帜、鼓角，只要纳哈出从城边经过就鸣炮举旗，惊吓北元军队。另一路由叶旺指挥，在从连云岛到窟驼塞的祚（zuò）河沿线修筑长达十余里的冰城，这种冰城先是用冰块堆起简易的城墙，然后在晚上用水反复浇灌，等到天亮后，水因温度过低而结冰，整个冰墙便冻成了一块，坚固无比。
纳哈出大军撤至盖州城附近后，马云立即命令伏兵和城内守军同时举旗，反复鸣炮并箭雨齐发，让人以为他们要出城袭击，北元军队不敢交战，急忙改道向城南十里外的祚河撤退。可等他们抵达连云岛时，一座冰城生生地挡住了去路，先行的战马不是被射死，就是误入明军准备的陷阱，一片大乱。明军见时机成熟，从冰城大举出动，杀得北元军队人仰马翻，马云也从城内出兵夹击，北元军队前后均不能突围，最终惨遭全歼，纳哈出仅以身免，狼狈地逃回了金山。
此役，马云、叶旺因功擢升都督佥事，辽东明军以极小的代价歼灭了纳哈出近半数军队，重挫了北元军队的士气，也击垮了纳哈出对抗明军的信心，辽东基本成了明军表演的舞台。
四年后，即洪武十二年（1379年），马云开始发动新的攻势，向西攻克了无人增援的大宁，控制了锦州、武平、瑞州、惠州、兴中（今辽宁朝阳）等地，与松亭关、山海关建立了联系，明军自此不必经过海路也能增援辽东，这也意味着明军可以把更多的军队直接派到辽东，朱元璋由此决定发动一场彻底征服辽东的战争。
洪武二十年（1387年）春，大明帝国以宋国公冯胜为大将军，颍国公傅友德为左副将军，永昌侯蓝玉为右副将军，南雄侯赵庸、定远侯王弼为左参将，东川侯胡海、武定侯郭英为右参将，领兵二十万征讨纳哈出。
当年二月，右副将军蓝玉受命为先锋，亲率一支轻骑兵从松亭关快速出动，突袭了有重兵把守的庆州，斩杀了北元平章，基本扫清了关隘外围的北元据点。三月，大将军冯胜领二十万大军出关，修筑大宁、宽河、会州、富峪四座城池，
分别屯驻粮草辎重，作为大军远征的补给基地，三个月后便进逼至金山，不少北元将校相继投降，纳哈出由此无处可逃，结局基本注定。
然而，明军没有发动最后的总攻，而是派出此前被马云、叶旺俘虏的乃剌吾招降纳哈出，纳哈出见曾经的部下活得好好的，终于决定出降，但仍有顾虑，于是几次遣使入明军营地侦察虚实，冯胜知道纳哈出还在拖延时间，于是让蓝玉率军直接前往纳哈出营地受降，纳哈出再无余地可退，只好率百余骑前往蓝玉营中投降。
然而，一方心怀疑虑，另一方又强势跋扈。在蓝玉举办的宴会上，纳哈出主动向蓝玉敬酒，不料蓝玉为了试探纳哈出，解下衣服让纳哈出穿上，纳哈出不肯，双方几番推让僵持不下时，纳哈出愤怒地丢下酒杯准备直接离开，郑国公常茂认为纳哈出出言羞辱明军，于是追上去就是一刀，强行按下了纳哈出。
消息传回北元军队大营后，纳哈出的部下以为主帅被杀，明军是假意劝降，十余万人于是连夜拔营逃走。冯胜立即派北元降将观童追去解释事情原委，但猜忌已经出现，只有四万余人愿意接受招降，其余的北元军队拒绝向明军投降，趁明军班师时，截杀了负责殿后的三千明军，还把明军将领濮英处以剖腹之刑，辽东由此变成长期对峙的战场。
不过，随着纳哈出的投降，大明帝国还是控制了辽东西部的大片土地，基本完成了对辽东主要城市的征服，而新修的大宁等城城防坚固、位置险要，足以长期拱卫大明帝国的疆土，此前威胁河北东侧的辽东兵马也逐渐被明军一扫而空，北元残部只能退守更加寒冷的北部地区，大明帝国的北部防线又向东延伸了数百公里，新的边镇就此出现。