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凡哲学上分类万有，常以物、心二者，儒家谓之内外，佛教谓之色心。盖宇宙间之事物，不外有形质与无形质两种。开我目而观于外，为有形质之体，谓之物质；闭我目而动于内，为无形质之体，谓之心性。今妖怪亦照此而分之，例如，天变地异为物理的妖怪，精神诸病为心理的妖怪，是也。若详言之，则由有形的物质之变态异常而生者，名物理的妖怪；由无形的精神之变态异常而生者，名心理的妖怪。虽然，其所谓妖怪者，实非妖怪，而世间误认之为妖怪，余谓之物理的迷误，心理的迷误。是妖怪学所以为解说迷误之学也。
物理的妖怪，其种类甚多，有现于天象上者，有现于地壳者，有现于植物上、动物上，水、火、金、石、空气上者，余为从学科而分类如左表：
其他人身构造机能上之变态，以属于生理学，谓之生理学的妖怪。
心理的妖怪，其种类亦甚多。有考于事实上者，有考于学理上者，今先由事实上之分类为左三种：
第一种，即现于外者，幽灵、鬼神、恶魔、天狗之类。
第二种，即由他人之媒介而行者，巫觋、降神、术人、五星、方位、卜筮、祈祷、察心（或称读心术）、催眠之类。
第三种，即发于自己之身心上，梦、眠行、神通、幻觉、妄想、诸精神病之类。
其中第一种之幽灵、鬼神等，纵发于精神作用，而大抵信其为外界之所存，不与梦、眠行等，故区别之；其第二种为我身心之事变，有他人考察之：第三种则不待他人媒介，自发于身心上，两者自有所异，是亦不得不区别之。但第二种、第三种者，仅由他人之媒介与否之异而已，其所目的，皆在我身心上，与第一种之现于外界者不同。故表之如左：
外界谓我目前之物质，内界谓我体内之精神（即心性）。而外界之妖怪，实皆内界精神作用之所生，外物者，特其诱因助因耳。故心理的妖怪，限于内界所发现，若真存于外界者，是非心性而物怪也。
次举学理上之分类，本心理学而随心象之种类以别之，如左：
第一种，表现的妖怪（感觉及知觉上之妖怪，即幻觉、妄觉）。
第二种，再现的实想上之妖怪（再想及构想之妄见、妄想）。
第三种，虚想上之妖怪（概念断定之迷见、谬论）。
第四种，感情上之妖怪（由感情生之迷误）。
第五种，意志上之妖怪（属意志之迷误）。
此五种皆属人心之迷误，第一种迄第三种为智力上之迷误，是妖怪之主因也。第四种、第五种为其助因。然以智、情、意之三作用，互相混淆而起，在实际上，决不能分别为三种之迷误。
心理的妖怪，不仅在心理之现象，不能概以心理一科解释之。例如由精神病发者，不可不藉生理学、精神病学之说明。又关宗教上及虚想之妖怪，不可不藉宗教学及纯正哲学之说明。故更揭左表以示其种类：
分配之于学科，得别为生理学的、医学的、宗教学的、心理学的、纯正哲学的，其他可更加教育学的之一类。
更考之于学问上，前所谓物理、心理二种之妖怪，名之为理学的妖怪及哲学的妖怪则适当。今以学科分配之如左：
其他若细论之，亦得加论理学的，伦理学的，美学的，社会学的，政治学的之类，今姑略之。
由诸学理上按妖怪之原理，乃有所谓超理的妖怪，究非人智所能窥测，惟谓之不可思议已耳。盖其妖怪者，极对之大怪，其胎内包有一切之妖怪，世间种种之妖怪，尚不足为其一分子也。然则其大妖怪何物耶？狐耶？狸耶？天狗耶？狐狸天狗，其形可见，其声可闻，可握可搜，是未足称妖怪。而其所谓大妖怪者，师旷之聪不可听，离娄之明不可视，公输子之巧不可奈何，无声无臭，实妖怪之至精且至大者也。此至精至大之体，一动而现二象，一名之心，一名之物，此二者互相交接，而隐见起灭于其间者，不过小妖怪耳。所谓小妖怪者，如波石相激而跃白雪，是睹者之所误认为白雪，非真白雪也。世所信为妖怪者，犹此白雪耳。故余谓其所谓妖怪者，非真正之妖怪，而现出此妖怪者，乃独真正之妖怪耳。若吾人欲接见此真正之妖怪，宜一扫此伪妖怪，而待半夜风波静定时，看取真理之月影于良心之水底，是吾人接触于理想真际之时也。余以此理想之本体，为真正大妖怪，单称之为真怪，对此而名伪妖怪为假怪，如绪言中所述是已。若吾人于外界观察，千万无量之物象，而洞达一贯于里面理法之中，想见其实体如何，亦得接触此大妖怪。抑此妖怪者，于物心相对之云路上，遥凌三十三天，须弥山上，尚高几万由旬之处，开一大都城，理想为其帝王，降物、心二大臣于此世界，支配千万无量之诸象，是真妖怪之巨魁，吾人不得不究尽者也。不究之，决不能尽妖怪于世上，而三十三天犹高远，况理想之都城耶？然则何所阶梯而得升之耶？曰：实验与论究，此二者，由物、心二大臣差遣于理想朝廷之使节，若吾人欲升其都城，不可不随此使节。而其使节，不能人关门以内，故吾人不能不以关门为限。果尔，则不能为世界断绝妖怪之根由。吾唯有扫去假怪，开现真怪而已矣。