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诸葛亮执政后，建立起一套政治运作模式，称为“诸葛成规”。在诸葛成规之下，相府权力独立于皇权之外，执掌国政军事。皇权并不过度干涉国事，而相权也无觊觎之心，乃中国传统社会中罕见的皇帝与士大夫共治天下（益州）之楷模。
建安十九年（214），刘备自领益州牧后，对益州原来的人马也加以任用。如董和、黄权、李严，原本是刘璋提拔起来的，吴壹、费观与刘璋有姻亲关系，彭羕、刘巴则是刘璋往日排斥嫉恨者，现在都被大用。吴壹之妹原是刘璋之兄刘瑁之妻，刘瑁病死后，其妹寡居。许多大臣劝刘备娶吴壹之妹，初始刘备以为刘瑁与自己是同族，有所顾虑。后经法正劝说后，刘备放下包袱，结了这门亲。
刘焉当初入益州时，地方豪强势力庞大，刘焉无法驾驭，便以入蜀时带来的属下为主，招募进入益州的南阳、三辅一带流民，编成数万人的“东州兵”，此即东州派的由来。蜀汉立国后，东州派以许靖、吴壹、法正、李严、孟达、董和、来敏等为主力人物，得到刘备青睐重用，成为蜀汉初期的主要军政力量。
东州派之外，尚有黄权、张裔、谯周等益州本土派，在益州影响力较大。以诸葛亮为首的荆州派，主力则有蒋琬、马良、费祎等人。最早追随刘备的一批人，如关羽、张飞、麋竺等，乃是元老派。
东州派势力最大，董和为掌军中郎将，与诸葛亮平起平坐。李严飞速崛起，担任犍为太守、兴业将军。法正青云直上，担任蜀郡太守后，往昔的些许仇怨，无不报复，擅杀数人。有人看不下去了，请诸葛亮提醒下刘备，抑其威福。诸葛亮苦笑道：“主公昔日在公安，北畏曹公之强，东惮孙权之逼，近则惧孙夫人生变于肘腋之下。当斯之时，进退两难，法正辅佐主公，使得以展翅高飞。今日如何能抑制法正，使其不得快意恩仇？”
诸葛亮对法正的快意恩仇也无可奈何。
虽然刘备加以招抚，可益州本土派对刘备集团还是比较排斥。益州名士杜微，“及先主定蜀，（杜）微常称聋，闭门不出”
。益州本土派、美髯公张裕，早年与刘备围绕胡须有过口角之争，后来也被刘备任命为后部司马。建安二十三年（218），刘备想要争夺汉中，张裕认为：“不可争汉中，军必不利。”刘备遣去攻打武都的吴兰、雷铜二将，果然全军覆没。张裕又私下对人说：“主公刘备得益州，九年之后当失之。”
因为张裕精通图谶，颇有些影响力，让刘备很是警惕，再想起以前张裕讥讽自己下巴无须，一时怒火中烧，不顾诸葛亮劝说，将张裕下狱诛杀。
益州本土派的黄权，夷陵之战后投降了魏国，却得到刘备的原谅。刘备伐吴时，黄权劝告刘备，水军顺流而下，进易退难，故而请为先驱，刘备则在后方坐镇。刘备没听得进去，以黄权为镇北将军，督江北军，以防魏军。刘备在江南战败后，在江北的黄权成为一支孤师，进退不得，困守了一个多月后，不得不投降曹魏。黄权降了曹魏，妻儿是要被抓的，刘备却云：“孤负黄权，权不负孤也。”待之如初。刘备厚待黄权家人，何尝不是安抚益州本土派？
刘备死后，蜀汉进入诸葛亮时代，如刘禅所云：“政由葛氏，祭则寡人。”
刘备并没有给诸葛亮留下太多遗产，诸葛亮自身也没有什么作战经验与战功。大概是不放心诸葛亮的军事水平，刘备在临终前还特意以李严主持军事，乃至成为对诸葛亮的羁绊。
后世描述的诸葛亮，被赋予太多的神圣光环，他的形象成为中国人数千年来的道德完人的象征。经过千余年不断加工后的诸葛亮，与真实的历史形象相去甚远。关于诸葛亮，后世学者有时又提出惊世骇俗的观点，如章太炎甚至认为关羽之死，是诸葛亮“借刀杀人”。他认为，在诸葛亮看来，关羽“功多而无罪状，除之则不足以厌人心，不除则易世所不能御”
。
毫无疑问，在权力场上锤打多年，最终成为蜀汉核心人物的诸葛亮，并不是单纯的道德家，并非不食人间烟火。他要实现光复汉室的目标，就要举兵北伐，在此之前需安定蜀汉内部。为了强调正统性，就必须对外作战，“以战立国”成为国策。要对外作战，就要树威于群臣百姓，峻法治国，加重征调；就要不断进行人事派系斗争，洗掉一批批文臣武将，首当其冲的便是李严、廖立、来敏等人。
刘备去世时，李严为尚书令、辅汉将军、中都护，统内外军事，留镇永安，为丞相诸葛亮副手。李严此人素来性情孤傲，自视甚高，任犍为太守时，为了迁移郡治官邸，与郡功曹杨洪争执，最终杨洪辞职引退。没想到，此后杨洪得到诸葛亮的提拔重用，任为蜀郡都督，这也是借力打力了。
建兴二年（224），诸葛亮开府，领益州牧。
建兴三年（225），李严尚书令身份尚保留。刘备时期，尚书台总管政务，诸葛亮开府后，尚书台权力已被相府取代。中都护即护卫永安宫的禁卫，具有护卫皇帝的使命，李严本该在中枢守卫宫廷，此时却只能坐镇行宫永安宫。
建兴四年（226），李严转为前将军，调任江州都督，移屯江州（今重庆），兼领永安、江州两个督区。因为江州没有行宫，所以李严卸任中都护。江州地理位置重要，李严在此手握重兵，虽不能入中枢，但有军政实权，对此也无异议。李严之后，坐镇永安的永安都督，只作为军事要塞的长官，而不具备行政长官的身份，地位下降。在江州任上，李严扩张势力，与属下牙门将王冲发生冲突，王冲畏惧李严报复，叛逃降魏。
田余庆研究后认为，李严一度向诸葛亮提出，驻守永安的兵太少，申请扩军。诸葛亮则认为，永安之兵乃是精兵，如果嫌少，可以以江州兵增援。因为李严身份特殊，是刘备钦定的顾命大臣，诸葛亮也不好过度控制，只能让其在外领兵，还不断提高他的官爵乃至管辖区域。诸葛亮厚待李严，让群臣上下都满腹牢骚。
此期间二人关系融洽，诸葛亮致书李严称：“吾与足下，相知久矣”
，乃至在信中谈及家财及“妾无副服”。诸葛亮后来说，早就知道李严有各种“小过”，却不加劝解，待以荣宠，示以亲密；亲密之中，隐藏暗防；荣宠背后，密布机心，至最后贬废李严。
建兴五年（227），诸葛亮以尚书陈震取代李严，担任尚书令。陈震曾对诸葛亮说，李严“腹中有鳞甲，乡党以为不可近”
，对李严意见颇大。所以，诸葛亮以陈震来制衡李严。正是这一年，诸葛亮秣马厉兵准备北伐时，李严趁机要挟，开出条件，要求以五郡组成巴州，由其担任巴州刺史，这等于划出蜀汉半壁江山交给他。诸葛亮如何能容，此后二人关系渐渐僵硬。
王芸生评论诸葛亮，认为“这个人甚有机心，是甚实际的人，义抑魏延、荣宠李严，都是深疑其人，故而为之阴抑或阳宠，都是机心的应用”
。建兴八年（230），诸葛亮以北伐名义，将李严从江州调离，再授予中都护之职，以示护卫相府，此时李严处于相府控制下，中都护成了虚职。
李严虽被诸葛亮压制，也是位高权重，得到重用。另一名被视为诸葛亮接班人的廖立，对此大为不满。建安十三年（208），刘备自封荆州牧后，以廖立为从事，帮助自己处理公务。很快廖立就高升，调任长沙太守。廖立此时年不到三十，意气风发。孙权遣使通好诸葛亮，询问刘备集团中的人才时，诸葛亮云：“庞统、廖立，楚之良才，当赞兴世业者也。”
建安二十年（215），孙权遣吕蒙突袭荆南三郡，廖立跑得快，从长沙一路逃去益州。廖立在外，不能抵抗孙权大军，刘备也没责怪他，反而任命他为巴郡太守。建安二十四年，刘备自立为汉中王，以廖立为侍中（秩比二千石），随侍左右，可谓刘备的嫡系亲信。刘备去世后，廖立护卫梓宫（棺椁），不知为何暴起杀人。
刘禅登基后，将廖立调任长水校尉，执掌宿卫兵，此调动乃是平调，且长水校尉职责重大。廖立本想以自己的才名，怎么也得是诸葛亮的副手，现在竟然连李严也不如，于是怏怏不快。蜀汉时期，几乎所有高级官员都加有“将军”称号。廖立以长水校尉，领将军。廖立愤愤不平，对诸葛亮抱怨道：“我何宜在诸将军中？当上表推荐入九卿，怎么能屈居五校呢。”
诸葛亮道：“九卿之职，李严也没得到呢，你就安心当五校吧。”刘备时期，李严加辅汉将军、尚书令，此时尚未入九卿。
建兴元年（223），在廖立发牢骚之后不久，李严才晋位为九卿，所任光禄勋，负责宫廷宿卫。
对诸葛亮的用人政策，廖立很是不满，某日遇到丞相府的蒋琬、李邵二人，就开始满嘴跑火车，先是吐槽刘备糊涂，去攻打孙吴，导致三郡失守。又责怪关羽当年作战无方，莽撞冒进，造成荆州失守。进而埋怨诸葛亮身边的幕僚都是俗人，不能经大事，又聚敛财物，使百姓疲敝，以至今日。这话传到诸葛亮耳中，不由大怒，写了奏章弹劾廖立妄自尊大、妄议朝政、诽谤先帝、祸乱朝纲。后有人说及国家将士训练有素、军纪严明时，廖立举头视屋，变色怒叱道：“有什么值得称道的？”
诸葛亮南征在即，不想被人拉扯后腿，于是快刀斩乱麻，于建兴三年（225）春，以“不忠先帝”的罪名，将廖立废黜为平民，流放汶山郡，耕作为生。几十年后，姜维率领偏师过汶山，特意去看望廖立，此公在乡野劳作多年，却是意气丝毫不减，言谈自若。
廖立被打压后，接替他的是诸葛嫡系秦宓。此前刘备伐吴，秦宓大力反对，认为此战必无胜算，被关入狱中，释放后得到诸葛亮栽培。秦宓是益州广汉绵竹人，热衷占卜谶纬之类，其弟子谯周在天文学上也是颇有建树。建兴二年（224），诸葛亮领益州牧，大力提拔秦宓，一路升官，拜为左中郎将、长水校尉，执掌宫禁卫兵的一部分。
诸葛亮自己剖白：“吾心如秤，不能为人作轻重。”
为了北伐大局，诸葛亮不得不整肃一些要员，比如刘禅之师来敏。汉末大乱，来敏随其姊逃往荆州，姊夫黄琬乃益州牧刘璋祖母的侄子。刘璋遣人来迎黄琬之妻，来敏随同入蜀，成为刘璋座上宾。刘备定益州后，来敏被选为太子家令，教导太子刘禅。刘禅继位后，竟然以来敏为虎贲中郎将，执掌宫廷禁军。诸葛亮实在放心不下，于是在北征前夕以新人董允加以替代。
建兴五年（227），诸葛亮驻守汉中，准备北伐，调来敏担任军祭酒、辅军将军，却生出是非。在诸葛亮的描述中，来敏也属于满嘴跑火车的人物，弄得人人不快。来敏的职位被人取代，大为不满，发牢骚云：“新人有何功德，而夺我荣资与之耶。诸人共憎我，何故如是？”这导致诸葛亮生出恶感，认为：“来敏年老狂悖，生此怨言。”
诸葛亮甚至认为，来敏大嘴带来的恶劣影响超过孔融，于是将之罢官。来敏是东宫旧臣，后来不断起复，因为牢骚太盛，不断被罢职。来敏最大的优点是，活得足够长，堪为三国第一，活到了九十七岁。
诸葛北伐，成都空虚，最重要的武装力量就是禁军。诸葛亮挑选自己信任的董和之子董允执掌禁卫军，“领虎贲中郎将，统宿卫亲兵”。又以心腹向宠为中部督，统领宿卫亲兵。董允属于东宫一派，在官职上不属相府，却是诸葛亮所信任的人，能配合相府系统的工作。诸葛亮又以秦宓、杨洪等亲信执掌禁卫军各部，确保对宫廷乃至对成都的牢固控制。当诸葛亮领兵在外时，朝廷内外相安无事，上不生疑心，下不兴流言，内外一体。
如诸葛亮《出师表》所云：“宫中府中，俱为一体，陟罚臧否，不宜异同。”建兴二年（224）诸葛亮开府，相府设有长史、司马、参军及诸曹掾属等。长史为相府诸官之首，品秩不高，但职权颇重。先后出任长史的有王连、向朗、张裔、杨仪、蒋琬，其中向朗、张裔同任长史，杨仪、蒋琬同任长史，这是因为诸葛亮领兵外出时，两名长史一留守成都，一随军参赞。
因为长史责权重大，关系国计民生，被官场所重视。廖立嫉妒长史王连，曾发牢骚，指责王连无能。王连却非无能之辈，曾一度劝阻诸葛亮不要冒险南征，诸葛亮由此推迟南征计划。王连去世后，诸葛亮方才南征，以向朗接任长史，留守后方。诸葛亮北伐时，向朗随军，张裔留守成都。张裔当年任益州太守时，曾被绑送给了孙吴，至双方修复关系后，被蜀汉索回。
建兴五年（227），诸葛亮北驻汉中，想以张裔为留府长史，驻守成都，询问杨洪意见。杨洪认为，张裔才能足以托付，但为人不公，不可专任，建议以向朗留守。杨洪、张裔原本是好友，当初张裔流放在孙吴时，杨洪至张裔儿子张郁任职处视察，因为小过失施加惩罚，丝毫不予照顾。待张裔回蜀后，深以为恨。
此时杨洪建议让向朗留守成都，以张裔随军，这让张裔更为不满。为此诸葛亮特意劝和，说杨洪并无私怨，一切出于公心，最终还是以张裔留守。张裔留守，大权在握，某次北上向诸葛亮述职时，沿途送行者车塞于途，昼夜接宾，不得宁息。风光无限时，张裔还矫情地发牢骚：“疲倦欲死。”
经由诸葛成规，克服了一系列政治弊端。
东汉末年的政治问题，大体是因为宦官、外戚弄权，对此诸葛亮洞悉于胸。就皇帝而言，皇权必须紧握在手，哪里肯与官僚集团分享，可皇帝又必须依赖官僚集团帮助自己治理国家。于是，为了制约官僚集团，皇帝开始寻求支持。可以想见，皇室宗亲大抵是不能用的，因为这是最为野心勃勃的一批人。历史上，皇室自家对权力的争夺厮杀屡屡上演，故而历代皇帝对宗亲防范最紧。
皇帝一度也曾重用外戚集团，希望他们协助治理国家，保障皇权大一统。外戚不是皇室正统，但又是皇帝最亲近之人，自然可以大用。在皇帝看来，外戚构不成威胁。可权力却是腐蚀剂，外戚沾染之后，也会腐化，更威胁皇权。环顾四周，皇帝发现，自己所能重用的只有宦官。宦官常年陪伴在皇帝身边，乃是皇帝最为心腹之人；加之宦官生理上被阉割，没了子嗣，地位又低贱，无法威胁江山，这让皇帝很是安心。从维护皇权的角度而言，宦官哪怕贪财，也没什么，就当是皇帝补偿下忠实仆人。后世史家认为东汉国事，坏于桓、灵二朝。桓、灵朝政的混乱，初为外戚弄权，后又为宦官专权，导致政局崩坏，最终无可收拾。
诸葛亮阐述了他所理解的君臣关系：“君以礼使臣，臣以忠事君。”
君主待臣子以礼，臣子则以忠诚回报君主，君主勤于政事，臣子勤于辅政，配合无间，各司其职，如此便可实现国泰民安。在诸葛亮的政治设计中，君主的定位是“礼”，即作为象征性的存在，大事则托付给忠臣。诸葛亮开丞相府后，军政统一，归于相府，又以相府班底执掌宫廷禁军力量，这便是宫府一体。经由宫府一体，也避免了宦官、外戚弄权，使相府权柄独尊。刘禅在皇宫中当他的甩手掌柜，诸葛亮则整合社会资源，全力北伐，而不被内部的官僚事务所纠缠。
诸葛成规的形成与运作，依赖于诸葛亮的巨大威望与高尚人格。故而大权旁落于相府，刘禅却丝毫不忧；军政均由诸葛亮一手厘定，刘禅也信之不疑。这套体系的运作，需要皇帝与相权之间信任无间，更需皇帝能够放权，为相者没有野心。纵观中国历史，肯放权的皇帝无几，无野心的臣子罕见，诸葛成规堪为独一份了。诸葛亮死后，他所建立的成规，依然能得到维系，历经蒋琬、费祎，之后随着老臣故去，成规褪色，蜀汉内部，生出各种变动，埋下了覆灭的种子。