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“五月驱兵入不毛，月明泸水瘴烟高。誓将雄略酬三顾，岂惮征蛮七纵劳。”
诸葛亮发动南征，平定南中，将滇西和缅北划入中华领土，可谓有功。但诸葛亮的南征，受到南方多发瘴气影响，未能全面整合并加以开发，导致蜀汉在天下争霸战中缺乏战略纵深与稳固后方。
蜀汉章武三年（223）夏四月，刘备病逝。五月，刘禅即皇帝位，改元建兴。一代枭雄刘备死于痢疾。在去世前给刘禅的遗诏中，刘备写道：“朕初疾但下痢耳，后转杂他病，殆不自济。人五十不称夭，年已六十有余，何所复恨，不复自伤，但以卿兄弟为念。”
刘备去世后，南中四郡一起发动叛乱。所谓南中四郡，分别为益州、越巂（读音为 suǐ，一说读音为xī）、牂牁（Zāngkē）、永昌。
诸葛亮当时即有南征计划，只是恰逢刘备去世，对孙吴用兵又遭到大败，故未便用兵。长史王连也劝告，认为南中乃是不毛之地，疫病之乡，不宜冒险而行。当代有学者认为，诸葛亮深入的不毛之地，乃是今缅甸八莫。其实，诸葛亮深入的不毛之地并非缅甸八莫。不毛之说很早就在汉语之中出现，如《管子》云：“土地不毛，则人不足，人不足则逆气生。”
手里一把烂牌的诸葛亮，重新恢复吴蜀联盟，稳定内部政局，“务农殖谷，闭关息民”
。经过一年半的休养生息后，他开始策划北伐。要北伐则必须先平定南中，稳定好大后方。在三国时期，南中所指范围极广，涵盖了今四川大渡河以南，贵州、云南及广西部分地区。此地区在两汉被称为西南夷，其地域占蜀汉国土一半以上，区域内各部落并未被纳入治理，且不时发动战事。
南中四郡名义上臣服刘备，实际上保持独立。蜀汉章武元年（221），蜀地“户二十万、男女口九十万”
，南中四郡的人口未被纳入其中。八十年前，东汉顺帝永和五年（140），益州十二郡数据为，户一百五十二万余，口七百二十四万余。
八十年间，哪怕有自然灾害、瘟疫、战争等，益州人口也不可能从七百余万，急剧萎缩至九十万。
且蜀地在东汉末年，局势还算稳定，还有大量人口涌入。马腾、韩遂关中作乱，“南阳、三辅数万户流入益州”。扶风郡的法正，因为建安初年，天下饥荒，与同郡友人孟达一起入蜀依附刘璋。南郡董和，率亲族西迁，投奔刘璋。章武元年统计数据呈现出的蜀地人口锐减，唯一的原因就是——各郡大姓瞒报人口。
当时西南有三大地方反叛势力，分别是耆帅雍闿、越巂夷王高定、牂牁太守朱褒。耆帅雍闿是汉人大姓。所谓大姓，指东汉晚期在各地出现的一批实力强大的土豪，拥有私人武装“部曲”，控制大量佃户，一直是半独立的存在。
南中地区也有大姓。东汉末年以降，中枢朝廷无力，对南中的统治控制力衰退，南中大姓崛起。南中大姓，如焦、雍、娄、孟、量、毛、李、朱、爨（cuàn）、鲁、雷、兴、仇、高、霍等。南中大姓大部分是中原移民过来，融入当地的汉人，少部分则是汉化的当地人，都具有中原汉文化素养，过着汉人式的生活。如雍闿便是益州郡的大姓，其先祖系西汉开国功臣雍齿，封地在蜀地。
南中大族拥有私人武装部曲，力量强大，控制地方事务。被后世描述为“番王”“南蛮王”的孟获，实际上也是汉人，属建宁八家“大姓”中的孟家。孟姓是较早迁入南中的大姓，在地方日久，被视为“蛮人”首领，到了元、明、清三朝，由于小说、野史的渲染而被定义为“南蛮王”。
耆帅雍闿骄横颟顸，公然否定蜀汉政权。刘备死后，李严曾给雍闿连送了六封书信，反复晓以利害。雍闿回复：“盖闻天无二日，土无二王。今天下鼎立，正朔有三，是以远人惶惑，不知所归也。”
他又降于孙权，寻求外部支持，杀益州郡（郡治在滇池县）太守正昂，将蜀汉委派的益州郡新太守张裔绑送给吴国。
吴主孙权的战略是通过蚕食巴蜀，最终占领整个长江流域。孙权雄心勃勃，怎会放过雍闿送上门来的大好机会？孙权立即封雍闿为永昌太守，又扶持原益州牧刘璋之子刘阐，试图恢复对益州的控制。雍闿被孙权任命为永昌太守后，真的领兵前去永昌郡了。
雍闿之所以急火火地去攻打永昌郡，是因为永昌郡是当时的贸易重镇，富甲一方。《后汉书》载，永和五年（140），永昌郡八城，“户二十三万一千八百九十七，口百八十九万七千三百四十四”
，这是惊人的数字，人口数仅次于南阳郡二百四十万，汝南郡二百一十万，排全国第三。永昌郡是第一等繁华所在，雍闿对这里已经觊觎很久了。
雍闿兵临城下，永昌太守直接逃跑，但永昌功曹吕凯、府丞王伉挺身而出，组织军队拦阻雍闿。吕凯所代表的是永昌郡的大姓势力，实力强大。雍闿打了三年，也未能攻下永昌郡。在这三年里，雍闿唯一的收获就是当地大姓孟获投奔了他，还煽动了一批部落追随。
越巂夷王高定也乘刘备病逝之机，攻杀郡将焦璜，带领本郡士兵反叛了。朱褒则以郡丞身份自署牂牁（郡治今贵州黄平南）太守，杀害李严派来巡视的常房，举郡响应雍闿。
牂牁之乱，背景复杂，牵涉南中大姓。刘备刚一去世，牂牁郡丞朱褒自封太守。作为外来户的蜀汉官员常房，南下至牂牁后，探知朱褒有叛心，将牂牁主簿抓了，拷问致死。牂牁主簿一职，都由南中大姓子弟担任，常房之举得罪了大姓。朱褒出自大姓朱氏，所以攻杀常房，还诬陷常房谋反。诸葛亮不由分说就诛杀了常房诸子，将其四弟发配到越巂。诸葛亮亲手制造了一起冤案，想用来绥靖地方大姓，没想到却没有起到绥靖的效果，只留下了难以抹除的污点。
西南一片混乱，威胁着蜀汉后方，更直接影响到北伐大计，蜀汉必须加以讨伐。要对西南用兵，诸葛亮面临颇多挑战，因为那里不仅有无边无际的原始森林和肆虐的蚊虫，还有让人畏惧的瘴气、出没无常的部落武装和散布的坚固堡垒。可为了安定大后方，为了大国之梦，为了北伐，诸葛亮还是决定出兵南征。
事实上，对于南中之役的困难，诸葛亮早有清醒认识：“春夏多疾疫，利在疾战，不可久师也。”
从中可以清晰地看到，诸葛亮定下了此战的基调，就是速战速决，至于所谓七擒孟获，不过是后人的造说而已。
蜀汉建兴三年（225）三月，经过充分准备之后，诸葛亮亲率大军，平定南中之乱。这是诸葛亮生平第一次亲自主持大规模战事，蜀汉上下、曹魏孙吴，都注视着他。此次作战于春天开展，秋天结束，堪称速战速决，其中的重要考虑当然就是南方多发的疫病。
诸葛亮南征，兵分三路。东路马忠，伐牂牁，平朱褒。中路李恢，从驻地平夷出发，攻益州，剿雍闿。诸葛亮则自安上由水路入越巂，平越巂夷王高定，再南下与马忠、李恢会师益州。
东路马忠进军顺利，擒杀朱褒，收复牂牁。中路李恢进至昆明（滇东、黔西泛称），被各县叛军团团包围，局面不利。李恢示弱，借助谈判，麻痹叛军，发动突然攻击，与东西两路军取得联系。
诸葛亮所领西路军，则面对着高定设下的重重堡垒。高定在旄牛（今四川汉源南大渡河南岸）、定笮（今四川凉山盐源）、卑水（今四川凉山美姑）等处筑垒坚守。
诸葛亮不愿强攻堡垒，于是引诱叛军主力前来决战。高定将主力集中于卑水（今四川凉山昭觉东北），此时雍闿领兵前来助战，不想发生内讧，雍闿被高定部队击杀。原先投奔雍闿的孟获，此时走上前台，收纳雍闿余部，退向益州。
雍闿是汉人大姓，高定是本地夷帅，二人火并，也是大姓与夷帅矛盾的爆发。
诸葛亮利用叛军乱局，发动进攻，攻占了邛都（今四川西昌市西南），俘获高定妻子儿女及族众。高定失去了老巢，无计可施更无路可退，却不甘失败，又纠集两千人想和诸葛亮决一死战，结果被蜀汉军全歼，至此越巂大致平定。诸葛亮斩杀高定之后，随即领兵追击退往益州的孟获。虽然高定被剿，但地方上小股反叛势力依然存在，越巂太守龚禄上任后不久，就被斯都耆帅李求承所杀。
夏五月，诸葛亮领兵渡泸水（金沙江），“五月渡泸，深入不毛”。诸葛亮在味县附近生擒孟获。孟获在各部落中威望颇高，诸葛亮留其不杀，以安抚各部。《三国志》中并未记载孟获，在《华阳国志》中，出现了“七虏七赦”孟获的故事，可见“七擒孟获”是一个在历史中不断演绎的结果。
诸葛亮撤兵之后，各处夷人部落反复无常，不时反叛。蜀汉官员在镇压的同时，对夷人首领予以宽大处理，出现了对夷人首领的擒纵，也被后世附会到诸葛亮身上。事实上，诸葛亮五月渡泸水，至秋季便平定四郡，在滇池与李恢会师，一路不作过多停留，根本没有时间与孟获玩擒纵的游戏，“七擒七纵”也根本不符合诸葛亮速战速决的目标。
前文已提及，诸葛亮在南征中之所以决定速战速决，其中的重要考虑是为了避开南方多发的瘴气。郦道元在《水经注》中就曾记载：“（泸水）时有瘴气，三月四月径之必死，非此时犹令人闷吐，五月以后，行者差得无害。”
可以判断，诸葛亮于五月渡泸水，成功避开了瘴气高发时节。此年冬，诸葛亮回师，过汉阳（今贵州威宁），十二月抵达成都。
其实，所谓的“瘴”，最早见于汉代，原写作“障”，多见记录。如西汉王充《论衡》云：“有瘅（瘴）热之病。”
西汉刘安在《淮南子》中论述了不同的地理环境对人的影响，其中提到了“障气多喑”
。
马援南征蛮夷之乱，军中感染疫病。在交趾时，发现食用“薏苡宝”能应对瘴气。于是班师回程的时候，马援特意装载了一车，打算运回中土栽种。光武帝建武二十四年（48），武陵蛮作乱，马援率军征伐。因为武陵蛮占据地利，战事拖延至酷夏，天气炎热，士卒多因疫病而死。马援也感染疫病，“遂困，乃穿岸为室，以避炎气”
。此处的炎气也是瘴气。
汉顺帝永和二年（137），区怜在日南、象林等地发动反叛，自立为王。次年，朝廷内部就是否出兵出现分歧。反对者认为，南方瘴气多发，不利兴师，“死者十四五，必道路奔散不能禁”
。
古人一直有“瘴气独盛于广南”之说，认为岭南地区瘴气多发，中原士人被贬到岭南地区多九死一生。东汉末年，公孙瓒赴日南（今越南中部）侍奉旧主时曾说：“日南瘴气，或恐不还，与先人辞于此。”
公孙瓒慷慨悲泣，再拜而去，观者莫不叹息。
瘴病究竟指什么病？狭义上，多认为是恶性疟疾。早在汉武帝对南越用兵之前，淮南王刘安谈到南方的地形气候曾说：“南方暑湿，近夏瘅热，暴露水居，虫疾疠多作。”
刘安论及了南方疾疫多发的原因，在于暑、湿、热、毒。暑热，即酷热的天气，各种细菌蚊虫易生。湿，即温热时节，在水中多生各类寄生病虫。毒，乃是西南地区的各类蛇虫。
汉至魏晋之间，对于瘴气，时人并未以怪力乱神之类加以发挥引申，只是客观描述瘴气的形态特征及危害。这也是发达的中原文明进入巫祝文化发达的南中地区后，反而能以客观的态度来对待当地的独特生态。南中一带，普遍信鬼尚巫。用兵之中，诸葛亮通过图谱形式，描述社会的等级秩序，以让各部服从统治，也为当时及后世，留下了许多演绎的内容。
总体而言，帝国越庞大，组织越完善，早先所圈定的疆域就越来越不能满足其自身的需要。两汉之际，中原王朝对西南不断加以开拓，并将西南各民族纳入中原文明体系，希望加以同化。在此过程中，相当一部分汉人却融入当地，形成地方势力，成为中原文明开拓的阻力。
诸葛亮的南征也可以视为两汉对周边地区开疆拓土的延续。从马援到诸葛亮，对西南地区的开拓，都被当地的气候所阻滞，神秘的瘴气使得进入这片区域的开拓者们感染各类疾病，不得不延缓开拓的步伐。在此后的千余年间，中原文明对于南方的开拓仍然受到瘴气等疫病的阻滞，直到人类在医学技术上取得突破，方能有效克制各类疾病。
建兴三年（225）平定南中后，诸葛亮调整郡县，将原来南中四郡分为七郡，以庲降都督掌握南中七郡军政大权。
将郡区缩小，郡数增加，分而治之，以此防止地方势力割据的局面。庲降都督，“庲”通“徕”，庲降意乃招徕归降。
在地方治理上，由南中地方势力“土官”与蜀汉政权的“流官”共同参与。一方面，诸葛亮任用亲近蜀汉政权的当地大姓豪族，自行管理地方事务。在蜀汉政权支持下，南中地区的大姓富豪出资，将“刚狠恶夷”收编为部曲，壮大了实力。大姓部曲武装由此合法化，原先依附于大姓的自耕农或佃农，从早先经济上的依附，转变为身份上的依附。实力扩张后的南中大姓，又可以进入仕途，成为蜀汉政权的助力。
诸葛亮特意选派熟悉南中当地情况、忠于蜀汉的官员担任地方主官，加以镇守。如以李恢（建宁俞元人）为建宁太守、马忠（巴西阆中人）为牂牁太守、张嶷（巴郡南充国人）任越嶲太守、吕凯（永昌郡不韦县人）为云南太守。李恢担任本郡太守，打破本郡人不任本郡太守的成规，也是特殊时期的特殊之举。原先南中地方上的大姓势力，首领则被内调至中枢任职，如大姓首领爨习任领军，孟获任御史中丞，孟琰任辅汉将军等，由此与地方上的联系被截断，清除其影响。
经略南中，是诸葛亮亲自主持的第一仗，打破了丞相只能辅政不能带兵的传言，培养了一批忠于自己的军事班底。对南中的征伐，暂时稳定了后方，此后南中大乱没有，小叛屡发。南中地区优秀的兵员，壮大了蜀汉的军事力量，组成了强悍的“飞军”。张嶷曾一次招募两千名獠人，布置在汉中。南中地区物产丰富，如战马、耕牛、金银、犀革、盐铁等，为蜀汉提供了充足的资源。对南中地区的屯田开发，既促进了当地经济的发展，也使蜀汉的军资有所出。
因为忙于北伐，又被瘴气所困，诸葛亮未对南中进行全部整合，只留下少部分士卒驻守便仓促撤兵。诸葛亮撤兵后，南中地区并未太平，各部的小叛乱频频爆发，但也达成了诸葛亮的军事目标，即在不留兵、不运粮的情况下，“纲纪粗定，夷汉粗安”。至于后世所说“自是终亮之世，彝不复反”
，只是司马光的溢美之词，并不完全可信。
诸葛亮的战略重心是北方，是北伐。对于南中，只求其不为大患即可。南征之战，只是战术上的一次清理叛乱，而不是战略上的全面治理。蜀汉方面因忌惮瘴气，未能全面深入整合南中，使蜀汉后方缺乏战略纵深。三十九年之后，邓艾伐蜀，兵临成都。刘禅想去南中躲避，大臣谯周劝阻，列出不可前去的理由，如南方久叛之地，本就不服中央，此时前去，必定速叛等。谯周所言，确是实情，刘禅无路可退，只好投降，由此蜀汉覆灭。
南中大姓经过多年发展，部曲实力强大。当蜀亡之时，镇守南中的蜀将霍弋自恃兵强马壮，静观曹魏如何对待刘禅。曹魏厚待刘禅，乃至乐不思蜀，霍弋方才投降，被曹魏任命为南中都督，继续镇守。后世孙吴交州发生变乱，南中大姓以部曲参战，一度占据交趾郡长达七年。吴主孙皓出动大军征伐，才得以取胜，南中大姓，十万部曲全军覆没，但南中大姓势力持续影响着南方。