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《风之谷》的发行收入达到7.42亿日元，获得了超出预期的成功，但德间书店并未商讨制作第二部剧场版动画片的企划。对当时的情况，铃木敏夫这样说道：
说起来呢，德间康快这个人非常特别，很有意思。《风之谷》十分卖座，通常来讲，肯定会要求我们“再做个《风之谷2》出来”，但他却没有这样表示，也不说下次再做点别的什么。没有任何要求哦。在我的安排下，《风之谷》这部电影，使导演宫先生那里产生了某种版权收益，居然有6000万日元进账。宫先生看到这笔钱，吓了一跳。“铃木，这可怎么办啊？”（笑）要是用它盖新房子，准会被员工当成笑话，也不能拿来买车。那时候，正好有一个以高畑先生为中心的电影企划，准备以地方城市柳川为背景，拍一部类似《青色山脉》那样的青春片。依然是尾形先生提出想拍《青色山脉》的。（略）但在制作过程中，高畑先生说：“这个还是不太适合拍成动画片，如果想做，拍成纪录片还差不多。”片名定为《柳川堀割物语》。可是——“谁会出钱给我们拍这样的东西呀？”正在他们犯愁的时候，宫先生那里进了一大笔钱。于是，我就对宫先生说：“要不，把钱用到那儿？”“嗯，这样比较好。”事情就这么敲定了。
（《吉卜力的风》）
不是制作卖座片的续集，而是通过拍摄新电影，将卖座获得的巨款有效地利用起来。不是优先考虑经济上的合理性，也不想守在树下等第二只兔子。可以说，不同于一般电影公司和出版社的吉卜力经营哲学，此时已经开始萌芽了。
在这种情况下开始制作的《柳川堀割物语》，企划之初是当作青春片来讨论的，并准备请编剧山田太一来撰写第一稿剧本。企划已推进到这一阶段，却在团队对柳川进行了外景勘察之后，发生了重大的方向性转变。因为在取景过程中，团队发现当地居民修复柳川水道的活动才最具魅力，应该如实地记录这项活动本身。
在此期间，高畑以柳川为据点租了房间，和员工一起住在当地，推进工作。如此一笔笔开销下来，宫崎准备的制作资金开始见底。
“时间也花了，钱也花了，但片子还没做出来。虽然我家的房子又破又旧，但我也不想把它抵押出去来拍电影。铃木，你有什么好主意吗？”
宫崎找铃木商量对策，铃木立即提议，再制作一部动画电影。他的想法是，拍摄《柳川堀割物语》的资金缺口，可以用宫崎新片的收入来填补。于是，宫崎一眨眼工夫就进入状态，开始向铃木谈起一项企划——《少年巴鲁·飞行石之谜》。这项企划就是《天空之城》的原型，根据宫崎上小学时构思出来的一个故事创作而成。
在这个阶段，随企划一起再次浮出水面的，是制作基地的选择问题。《风之谷》是在Topcraft工作室里制作出来的，但在拍完《风之谷》之后，Topcraft停止了动画片的制作。
《风之谷》上映后不久，1984年春天，时任《Animage》副主编的铃木向德间康快社长提议，不如德间书店自己创办一个制片工作室。这个想法借高畑之口提出，德间社长爽快地应承了下来，同年6月，德间书店利用公司旗下的一家休眠企业，成立了一个制作动画片的新公司。这就是“吉卜力工作室”的由来。
吉卜力工作室的名称在登记注册的时候就已确定。宫崎骏是命名者。据说，高畑勋当时还提议了一个日语的公司名，叫作“武藏野工房”。吉卜力（GHIBLI），是指撒哈拉沙漠上刮起的热风，二战中意大利的军用飞机也使用过这个名字。其实，GHIBLI的GHI在意大利语中的正确读音应该是“gi”，但宫崎想当然地以为是“ji”，吉卜力便将错就错地成为公司名称。
高畑的《柳川堀割物语》继续拍摄，最终成为一项耗时四年的大制作，于1987年以《文化纪实影片：柳川堀割物语》为名正式公映，终于取得了成果。
宫崎在1984年12月7日提交的企划书《少年巴鲁·飞行石之谜》中，还提出了另外几个候选片名，比如“空中城堡的囚徒”“飞翔的宝岛”“飞行帝国”，并且附有印象稿，描绘了一个在烟囱上吹小号的少年人的形象。
关于企划意向，宫崎写下了这样一番话：
如果说《风之谷》是把观众定位在高年龄段，那么《巴鲁》则主要以小学生为观影对象；如果说《风之谷》追求的是清冽与鲜活的作品风格，那么《巴鲁》则是以欢快有趣、场面火爆的经典动作片为目标。
《巴鲁》致力于成为一部能使年轻观众放松下来去享受的快乐电影。片中有欢笑，有泪水，也洋溢着真情与赤诚。心灵的碰撞，无私的奉献，真挚的友情，坚定追寻自己所信之物的少年人的理想——这些现在人们最不屑却在无意识中最渴望的东西，影片会毫不夸耀地用浅显易懂的语言来讲述。
除了《哆啦A梦》，现在很多动画都是以剧画为基础，而《巴鲁》却力求复兴漫画电影。
作品通过将小学四年级的学生（脑细胞数量已与成年人相同的年龄）作为核心受众，来开发儿童观众群体，扩大受众的年龄范围。数十万动画片影迷必看无疑，无须担心。很多潜在观众，都渴望看到能让人摆脱束缚、重返童真的电影。如今，很多作品的策划都呈现出受众年龄逐渐上升的趋势，这无益于动画作品未来的发展。我们不能将动画片划为小众类型，而在多样化中失去方向。动画片首先是属于儿童的，是真心真意为小孩子制作的东西，也是足以满足大人品味的。
《巴鲁》是将动画片带回本源的一项企划。
（《出发点》）
把作品的重点受众定位为小学生，来自宫崎个人的亲身体验。站在《风之谷》的舞台上致辞时，他发现观众的年龄高出预想。这样的经历，似乎使他有意想重新审视动画片本来的观众群体。
德间方面立刻签字同意了这项企划。其后，企划书经过第二稿、第三稿的修改，内容更加充实。在撰写准备稿之前的1985年5月18日，宫崎独自前往英国威尔士，进行了为期两周的外景勘察。高畑、铃木、龟山修三人为他送行。此次勘察的成果，有效地使用在主人公巴鲁居住的斯拉克溪谷的风景等画面中。
在《Roman Album天空之城》中，有这样一段花絮。该片制作人员的一位朋友去英国旅游时，巧遇曾为宫崎做向导的导游。谈起勘察取景的宫崎，那位导游说：“他基本上不看名胜古迹，反而对煤矿啊草原啊那些奇奇怪怪的地方很感兴趣。因为他总是仰望天空，对着云看个没完，我差点要问他‘日本难道没有云吗？’，但终究没问出口。”
企划定了下来，将近半年没有动静的吉卜力工作室开始朝着正式启动迈进。
由于吉卜力是德间书店的关联公司，故由德间社长兼任董事长，但管理现场运作的负责人也是必要的。因此，Topcraft的原彻全职加入了吉卜力工作室。
从宫崎勘察外景的5月中旬起，大家开始为工作室选址。宫崎在出发前对工作室的选择提出了要求：“窗户要够大，要一整层”，并且“要位于环状八号线的外围”。于是，铃木、高畑、原彻三人，就根据宫崎提出的条件，沿着动漫相关企业较多的JR中央线，从中野区开始，进出各个房地产中介公司，寻找适合做工作室的房子。
在为工作室选址时，还发生了一个小插曲。据说在找房子的过程中，三人在房产中介那里受过冷遇，还不止一次。于是铃木开始思考哪里不对劲，最后得出的结论是“着装问题”。进出房地产中介所时，只有原彻规规矩矩地身着西装，铃木、高畑穿的却是薄夹克衫，跟平时的便装没什么区别。铃木经过一番分析，认为大家都是正儿八经的成年人了，连件像样的西装都不穿就到处闯，房产中介一定觉得里面有古怪，所以比较有戒心。高畑接受了铃木的意见，决定从第二天起就穿上西装去找房子。
这一举动立刻起到了立竿见影的效果，在穿上西装的第一天，他们就在吉祥寺车站附近找到了合适的房子。那是新建的第二井野大厦，他们租下了这栋四层建筑里的二楼。电梯位于楼层中央，整个平层呈U字形结构，面积有二百五十多平方米。一楼作为商建租给了一家咖啡馆，后来公司员工常在那里与人会面商谈。
就这样，1985年6月15日，工作室终于举行了开张仪式。两天后的6月17日，宫崎进驻工作室。接着，7月18日美术监督野崎俊郎，8月5日作画监督丹内司，8月16日原画班长金田伊功，9月6日美术监督山本二三等主创人员陆续进组。
高畑确定了吉卜力工作室运营的总体方针。为降低公司的经营风险，工作室采取即召即散的方式，也就是每部作品临时召集人手，做完之后团队解散。这种制作形式一直延续到《魔女宅急便》，其后在制作《儿时的点点滴滴》（下文有时简称《儿时》）时，工作室开始转为员工制度。此外确定的是，高畑本人和《风之谷》时一样，以制作人的身份加入了《天空之城》的团队。
作画监督和原画班共计二十一人，其中约三分之一的人来自制作《风之谷》时的原画班。除了参与制作过上一部作品的作画监督丹内司，曾在日本动画公司、电信动画与宫崎共事过的篠原征子、二木真希子、远藤正明、友永和秀等作画人员的加入，也可以说是本片的特征之一。实际上，其中部分成员曾经帮助《风之谷》追赶进度，虽然最后没有出现在演职员表上。工作室里还有日后执导《青之6号》的前田真宏以及后来在吉卜力作品《平成狸合战》中担任作画监督的大冢伸治的名字。
两名美术监督，在当时是很特殊的编制。野崎俊郎曾在《佩琳物语》和《红发少女安妮》中负责美术工作，在《风之谷》制作时首次参与宫崎作品，在《天空之城》中第一次成为美术监督。山本曾在宫崎的《未来少年柯南》中任美术监督，在《卡里奥斯特罗城》中负责美术工作，还担任过高畑《小麻烦千惠》的美术监督。
关于《天空之城》的故事情节，宫崎在进组之前已经整理过一次准备稿。骨架已基本确定，但反派角色穆斯卡的野心和挫折占了较大比重，主人公巴鲁和希达的戏份便显得有些单薄，故事在平衡方面略有欠缺。宫崎接受了铃木和高畑的意见，再次修改了剧本，并以修改后的剧本为基础，从6月开始绘制分镜图。
作画始于1985年9月。进度相当吃紧，例如到11月，原画只完成了计划的一半，如果算上背景，则只完成了计划的五十分之一。因此，在新年前夜，依然有很多团队成员在工作室工作，跨年钟声敲响之后，他们干脆从工作室直接去做新年第一次参拜。接下来，在1986年1月至3月，团队又以惊人的节奏迎头赶上进度，于7月23日进行了初号试映。
宫崎也曾考虑过，在故事结尾时，展示一下巴鲁试制的扑翼机（振翼飞行器），但若想让扑翼机飞起来，作画难度就会加大，所以他放弃了这个想法。而在影片中表现活跃的，是鼓翼机Flapter。它是一种昆虫形的振翼式飞机，宫崎基于英语flap（拍打翅膀的意思）为之命名。在正式进入作画作业之前，原画班长金田制作了好几种翅膀拍打的模式，并进行了测试，但昆虫振翼的动作很难用每秒二十四格的动画表现出来。金田虽然试验了几种不同的拍打类型，但最终还是决定采用流线形式。
另外，关于拉普达的花园里出现的小动物“蓑衣兽”，也发生过令人哭笑不得的故事。色指定
保田道世想知道真蓑衣兽的确切颜色，就委托演出助理须藤典彦去查找资料。因为宫崎在分镜上明明白白地写着，蓑衣兽“已在17世纪灭绝”，须藤便以此为线索，在图书馆查了个底朝天，却找不到任何相关资料。实在没办法，须藤直接向宫崎请教，这才知道，所谓的蓑衣兽，其实只是宫崎想象出来的一种生物。
守卫拉普达的机器人兵，是为了致敬保罗·格里莫《国王与小鸟》中的机器人，也是宫崎编剧并执导的电视版《鲁邦三世》大结局《再见，亲爱的鲁邦》中机器人拉姆达的进化型。据说宫崎虽然很喜欢拉姆达那张钟表零件一样的面孔，但在电视上没能充分发挥，就让它在《天空之城》中再次登场了。推进方法从螺旋桨式变成了喷气式，在细节上有很大的不同，而因为在《天空之城》中的表现，这个迷人的角色得以独立。如今，可以在三鹰之森吉卜力美术馆看到它的身影，它就像一尊“守护神”，踞守在屋顶。
《天空之城》的新要素是海盗女首领朵拉的造型。关于朵拉，《Animage》1985年12月号以编辑部原稿的形式刊登了这样一篇报道：
朵拉身为海盗，也是一位母亲，一个物欲泛滥、食欲旺盛的人类，她才是宫崎先生花了最多心思的人。毕竟，她的原型是宫崎先生的母亲。据说在他小时候，“即使兄弟四个加在一起，也休想斗得过老妈”。这位极富魅力的“阿婆”，让音响监督斯波先生赞不绝口，直呼“激发了想象力”，也让金田先生跃跃欲试地“想画出来”。
在1983年制作《风之谷》时，宫崎的母亲离世。宫崎的弟弟宫崎至朗在为《天空之城Guide Book》撰写的文章《我的哥哥宫崎骏》中这样写道：
母亲于昭和
五十八年七月二十七日去世，享年七十一岁。各位可以通过《天空之城》中的女海盗朵拉，来想象我们的母亲。由于总是生病，母亲的身体不如朵拉那样强壮，而我相信她比朵拉要更漂亮一些。但精神上的强悍与魄力，母亲和朵拉如出一辙。
在音响方面，继续担任音响监督的斯波重治把音乐交给了久石让。两位主角分别由横泽启子和田中真弓配音。演员寺田农作为一个特别的选角，首次挑战后期配音，赋予了穆斯卡这个人物以鲜明的特色。此外，相对于单声道的《风之谷》，《天空之城》采用了杜比立体声音响。
在结尾插入一首主题曲《伴随着你》，是高畑的主意。关于这首主题曲，高畑在《Roman Album天空之城》的采访中这样说道：
这个故事虽然把拉普达设定为宝岛一般的存在，但是并没有身携宝藏满载而归的欢乐大结局。看完这个有些忧伤的故事，观众正茫然若失，如果有一首歌丝滑地插入，会有抚慰的效果，让人心情变得柔和，跟随歌曲不停回味这部电影……一股勇气涌上心头……因此，我觉得还是有歌比较好。他们为了寻宝而去，但却没有得到任何宝物。那么，他们得到了什么呢……诸如此类的感觉吧。
因此，高畑就音乐的编排提出建议，让印象专辑中《巴鲁和希达》的旋律贯穿全片，最后作为歌曲亮相。久石为了写成声乐，在作曲时特意追加了副歌部分，宫崎就主题曲的内容写下笔记。而高畑认为，宫崎的笔记似乎可以直接用作歌词，于是，久石和高畑理顺词句，配上乐曲，主题曲《伴随着你》就这样诞生了。
1986年8月2日，影片正式上线，由东映负责发行，在全日本的103个洋画系影院公映，观影人次达到约77.5万，发行收入5.83亿日元。与《风之谷》相比，德间书店独家制作导致宣传力度下降，被认为是票房成绩下滑的原因之一。
根据德间社长的意愿，《天空之城》委托广告代理商电通公司进行宣传，吉卜力首次尝试了正式的联合推广。就其背景，铃木做了如下介绍：
后来回想起来，我觉得电影和电视不同，不是商业主义。电视节目可以免费观看，但因为赞助商形影相随，所以商业主义不可避免。电影是独立的作品，原本并不附带客户等商业关系，电通却提出了寻求客户赞助的想法。据我所知，《天空之城》大概是日本电影界中第一个做此尝试的作品。
（《吉卜力的风》）
在商谈合作的过程中，电通准备了协议书，就《天空之城》相关角色和影像的使用，列出了非常细致的条件。但高畑驳回了这份合同中的几乎所有项目，只对《天空之城》的标志给出授权，而关于其他角色的图片和影像，则以每次协商讨论为使用条件。高畑之所以会提出如此苛刻的条件，是出于某种顾虑，他担心与企业的联合推广，会让创作者失去以前不曾被商业主义侵犯的电影自由，而且他认为，不应该把《天空之城》作为失去自由的第一号作品。
电通对高畑提出的条件示以难色，但高畑并没有让步，结果，电通和吉卜力双方在没有签订合同的情况下，实施该联合推广，成为非常罕见的事例。
在这种情况下，电通负责人向吉卜力提出的合作对象，是味之素和东芝两家公司。味之素提议，在电影上映的同时推出清凉饮料“天空之城拉普达”，但商品包装上的图案该如何处理是个问题。高畑坚持认为，“最重要的是，不要被人说成这是果汁变成了电影”。经过一番调整，商品包装中使用的图案不是电影画面本身，而是宫崎专为广告绘制的素描印象稿。
电影的宣传和应该守护的自由——高畑站在两者之间的缝隙里，态度坚决地守护着作品。铃木目睹了这一切，在后来的作品中，也在不断地摸索吉卜力独有的联合推广方针。
我在做《天空之城》的时候，从赞助商那里拿到了一些资金填补在制作费中。但人家既然出了钱，就会想方设法地赚回来。如今我明白了。所以，做联合推广的时候必须要小心。《龙猫》和《萤火虫之墓》以后，我们就决定，就算是联合推广，也不要产生任何金钱上的往来。（略）如果走错了一步，就真的会造成果汁变成电影的后果。为了避免这一点，不得不做一些莫名其妙的事情，例如不让对方宣传，这时对方就会“啊？”的一声，大惑不解地翻起白眼来。虽然本着所谓共存共荣的原则，但这种事我们实在无法配合。所以，这次的联合推广实际上并不顺利。
（《吉卜力的风》）
就这样，吉卜力的首次联合推广虽然留下了很多课题，但《天空之城》继《风之谷》之后，受到了广泛的好评。除了获得日本每日电影奖的大藤信郎奖之外，还获得了《电影旬报》1986年十佳日本电影中的第八名，同刊读者选出的十佳日本电影第二名。在“PIA10”、《映画艺术》的十大热门排行榜中都获得了第一名。