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除了失去乳房以外，化疗是另一件令乳腺癌病人担忧的事。影视剧作品中对化疗的表演常常令人惧怕：呕吐、脱发，甚至虚弱、死亡。事实上，随着药品的研发及工艺的改良，目前治疗乳腺癌常用化疗药物的耐受性已大大提高，且出现了多种基本不会导致脱发等副作用的改良制剂。除化疗外，乳腺癌的药物治疗方案多种多样，使疗效不断改善。乳腺癌是较早实现分类施治、精准治疗的癌种之一。就像人类有不同肤色一样，乳腺癌也有不同类型。不同类型的乳腺癌有不同的特点，不同的治疗方案。
有一类乳腺癌是激素敏感型乳腺癌，女性体内的雌激素会刺激它的生长。对于这类乳腺癌，可采取内分泌治疗，通过降低雌激素水平或阻断雌激素接触肿瘤的机会，使肿瘤不能生长。内分泌治疗药物不会产生像化疗那样令人难以耐受的副作用，病人接受度一般都很好。
还有一类乳腺癌，其肿瘤细胞表面高表达HER2蛋白，被称为HER2阳性型乳腺癌。针对这类乳腺癌，可以采取特异性的靶向治疗，靶向药物进入人体后专门作用于肿瘤细胞，不但疗效显著，而且对其他部位影响小，副作用少。以往HER2阳性型乳腺癌是十分凶险的类型，生长快、易转移，而今在靶向药物的治疗下，预后已大大改善，反而成了预后较好的类型。
近些年，新型抗肿瘤药物不断涌现，使乳腺癌的疗效进一步提高。如被称为“魔法子弹”的A DC药物，通过将化疗药物装载在能瞄准肿瘤细胞的抗体上，利用抗体将化疗药物带到肿瘤细胞周围进行定点释放，极大增强了对肿瘤细胞的杀伤能力，又降低了对周围及全身其他正常组织的副作用，使乳腺癌的预后得到进一步改善。