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有一天，苏格拉底被逮捕了。
苏格拉底为什么会被捕？官方给他定的罪状是这样的：“苏格拉底是一个作恶者，是一个怪异的人，他窥探天上地下的事物；他把坏的说成好的，并且以这一切去教导别人。”简而言之就是说他教坏了年轻人。
据后来的史家考证，他被判罪的真实原因是他是雅典民主制的敌人，是与雅典民主制相对立的贵族造反派的精神领袖。因此苏格拉底一天没死，民主制的当政者们就一天不安。
对此，你也许立马对苏格拉底产生了恶感，认为他是拥护专制的坏蛋。但事实并非如此，因为雅典的民主制与现代的民主制压根儿不是一码事。雅典的民主制下，几乎所有官员，包括将军与法官等大官，都不是经由民主选举而产生，而是通过抽签产生，他们也随时随地可能被公民们提拔、罢职甚至处决。在这种制度下，治国者与治国才能之间根本没有什么关系。
古希腊著名喜剧作家阿里斯托芬在他的《骑士》一剧里形象地描述了这种民主制的特色，剧中一位将军试图劝一个卖香肠的人去夺取当时民主派领袖克里昂的职位，下面是他们的对白：
卖香肠的人：请告诉我，像我，一个卖香肠的人，怎样才能成为那样的大人物？
将军：这是世上最容易的事。你已经具备一切应有的条件：卑贱的出身，受过在市场中做买卖的锻炼，蛮横无理。
卖香肠的人：我想我还不够格。
将军：不够格？看来你似乎有一个非常好的良心。你父亲是一位绅士吗？
卖香肠的人：老天爷作证，不是的！全家老小都是无赖。
将军：幸运儿！你要担任公职的话，已有一个多么好的开端啊！
卖香肠的人：可我几乎不识字。
将军：唯一的麻烦就在于你什么都知道。适合做人民领袖的不是那些有学问的人，或者诚实的人，而是那些无知而卑鄙的人。千万不要错过这个绝好的机会。
这样的剧情虽然有点夸张，但雅典民主制实际上也与这差不多，苏格拉底反对的就是这点。他认为像补鞋要找懂得补鞋的匠人一样，治国也要找懂得治国之道的智者，所以他公开地讽刺、反对这种民主制的治国方式。这才是他被捕的真实原因。
逮捕苏格拉底之后，雅典法庭开始了对他的审讯。
法官与陪审团成员自不必说，都是当权的民主派，他们大多数人判他有罪。
这时，按照雅典民主制的法律，有两种定罪量刑方式：一是苏格拉底自认有罪，并可以要求较轻的处罚；二是由法官与陪审员们来定罪定罚。
若这时苏格拉底提出一种法官们认为勉强合适的惩罚方式，他本来可以免于死刑，但他提出的却是这样一种惩罚：缴纳30米尼罚金。
这30米尼不知到底有多少，反正不是个大数目，这笔钱他的学生们，包括柏拉图，答应为他担保。但法庭不但没有同意，反而被大大激怒，他们认为这是苏格拉底有意轻视他们。
正因为苏格拉底这样的建议，才导致参加审判的绝大多数公民们决定判处苏格拉底死刑，并且是饮毒酒而死。
其实苏格拉底一开始就知道他被捕的真正原因，也为自己作了出色的辩护，他根本就不承认被指控的罪名，可惜的是，他的辩护太出色，所以民主派更要处死他。
在狱中的时候，苏格拉底也有机会轻易逃走，因为他的弟子们已经替他买通了所有可能阻挡他逃脱的人。但苏格拉底断然拒绝了，因为他不愿违反法律。他认为法律一旦制定，不管合理与否，作为一国的公民就必须遵守。
处刑的那一天终于到来，他的弟子柏拉图对他临死的情形有一段很生动的记载：
苏格拉底站起来，叫大家稍候，就和克里同一块儿走进浴室去。大家一边等待，一边说着话，沉浸在巨大的悲痛之中。因为他们失去苏格拉底就像失去父亲一样。苏格拉底在里面待了很长时间，直到太阳快下山了才出来。他又和弟子们坐在了一起，但大家这时候只顾着悲伤，不想说话，房间里一片安静。后来狱卒走进来，站到了苏格拉底身边，说道：“苏格拉底，在所有来过这里的人当中，您要算最高尚、最温和、最善良的一个了。我每次执行命令，吩咐其他犯人服毒时，他们就像发了疯似的把我骂个狗血淋头，您和他们不一样。其实我明白您不会生我的气，因为您知道错在他人，不在我。我这就向您告别，生死有命，请您尽量想开点。我这份差事，您是知道的。”说完，狱卒的泪水夺眶而出，他赶紧转身出去了。
苏格拉底转身对大家说：“这个人多可爱呀，这些天，他没少来看我。”他又问毒酒准备好了没有，如果准备好了就赶紧拿来。克里同说现在太阳还没有下山，还说许多人面对这样的事时都设法一拖再拖，甚至临死还要大吃大喝、寻欢作乐一番才肯罢休。
苏格拉底说那些人那样做有他们的理由，那些理由也是成立的。但他不想这样，因为他不认为晚死一会儿对自己有什么好处，如果将死之时还这么怕死、吝惜片刻的生命，他只会觉得自己可笑。说完，他严肃地要求克里同赶紧把毒酒送来。
克里同只得吩咐仆人把毒酒拿来。仆人出去嘱咐了几句，很快跟着手端酒杯的狱卒走进来。苏格拉底坦然地接过杯子，没有丝毫害怕的样子。他问了一下能不能用这酒来祭奠神灵。得知毒酒只有这么多，没法用作其他用途后，苏格拉底就祈求众神保佑他在去另一个世界的旅途中一路平安。说完他就把杯子举到唇边，坦然地将毒酒一饮而尽。
看到苏格拉底把毒酒喝下去了，知道他的生命已经无可挽回，弟子们忍不住都哭了起来。特别是柏拉图，他用双手捂住脸，但泪水却像泉水般从指缝间涌出来。他不是在为苏格拉底哭，而是在为自己哭。因为他一想到自己就要失去这样一位良师益友，就有一种大难临头的感觉，使他为自己悲痛不已。其他人也都在哭泣，只有苏格拉底泰然自若，他说：“你们这么哭哭啼啼的干什么呢！”他不让自己的妻儿来这里就是怕他们这样，他只想在平静中死去，要求大家安静下来，耐心地再等一会儿。
听见这话，弟子们都感到羞愧，便纷纷忍住了眼泪。只见苏格拉底在房间里来回踱步，直到走不动了才躺下来。给他送来毒酒的狱卒不时地查看他的双脚和双腿。过了一会儿，他使劲在苏格拉底的脚上捏了一把，问他有没有感觉。苏格拉底回答说没有。狱卒顺着脚踝一路捏上来，向大家表明苏格拉底的躯体已经僵硬冰凉。
苏格拉底自己也感觉到，对大家说毒酒到达心脏后一切就将结束。当下腹已经开始变凉时，他突然掀开盖在身上的被单，说了一句：“克里同，我还欠阿斯克勒庇俄斯一只公鸡，你能记着替我还清这笔债吗？”克里同说：“我一定替您还清。”接着又问：“您还有其他吩咐吗？”
没有回音，房间里一片寂静。
过了一会儿，大家看见苏格拉底动了一下，狱卒走过去掀开被单，发现他的目光已经凝滞，但双眼和嘴巴还张开着，克里同替他合上。
苏格拉底就这样死了。不难看出，苏格拉底死得很从容，用一个成语形容就是“视死如归”。
至此，很多人可能会产生一个问题：为什么苏格拉底是一位伟大的哲学家，人们却很少谈他的哲学思想呢？
这是因为他的思想主要来自他最伟大的学生柏拉图的记载。但这些记载的思想有一个共同点：很难说清楚哪些是柏拉图自己的，哪些才是苏格拉底的。作为一位天才作家和哲学家，柏拉图曾说过永远不会有什么柏拉图之说，只有苏格拉底之说，但苏格拉底之说实际上就是柏拉图之说，不过是借苏格拉底之口而已。所以苏格拉底之说将会在后面与柏拉图之说放在一起，都当作柏拉图之说来介绍。
这里只简单提一个被公认为是真正的苏格拉底的思想。
苏格拉底所探讨的对象与前面的毕达哥拉斯或者赫拉克利特等都不一样，不是有关自然界的事，苏格拉底说过他对宇宙万物的本原是水还是土毫不关心，他所关心的是什么是善、什么是正义之类，也就是今天的伦理学所关注的问题。
因此苏格拉底被广泛认为是哲学三大组成部分之一的伦理学的鼻祖。
他对于伦理学的基本观点是：在正义、善、最好的国家等这类德行与知识之间存在着紧密联系，人因为无知而犯罪，智慧则可以消除罪恶。