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李渊安定百姓之后，正式拥立代王杨侑为新皇帝，改元
义宁，尊隋炀帝为太上皇。李渊自封为大丞相，把武德殿作为丞相府，全权掌管了内外军事。接着封官组阁，仍然任用裴寂为长史，刘文静为司马；召老尚书左丞李纲为相府司录，掌管选拔人才事宜；前朝郎中窦威被封为司录参军，掌管礼仪；李建成被封为世子，李世民被封为京兆尹秦公，李元吉被封为齐公。
驻守河东的屈突通已经和刘文静相持一个多月了，屡战屡败，最终被活捉。刘文静将他押送到长安，李渊再三抚慰，封他为兵部尚书，又派他到河东城下劝守将尧君素投降。尧君素登上城楼，见屈突通是来劝降的，厉声回答：“你身为国家大臣，怎能负国降敌，又来为他人做说客呢？你不用多说了，我是不会投降的！”说完拂袖而去。屈突通觉得羞愧，只得回去报告李渊。李渊扣押了尧君素的家人，又让尧君素的妻子写信劝降，尧君素仍然不降。李渊只好让虞州刺史韦义节等人继续围攻河东。
与此同时，李渊派刘文静东征弘农等郡，派侄子李孝恭等人抚慰山南、山东，派云阳令詹俊等人南征巴蜀，各地陆续投诚。
隋恭帝义宁二年（618年），李渊任命李建成为抚宁大将军，李世民为副将，领兵七万出征东都；李元吉为镇北将军，掌管太原十五郡军事。三个儿子奉命渡过黄河，分兵向东、北两个方向进攻。
这时，江都忽然传来急报，说隋炀帝已经被宇文化及杀死，宇文化及另立秦王杨浩为皇帝。李渊不禁哭着说：“我在这里辅佐代王，不能去救故主，实在令人伤心啊！”
原来，隋炀帝久居江都，越来越荒淫无道。臣子们推举宇文化及为首领，带兵杀入玄武门
，历数隋炀帝罪状，然后将隋炀帝勒死，还杀了隋炀帝的子孙、外戚和追随他的大臣。只有隋炀帝的侄儿杨浩得以幸免，被立为新皇帝，但是他住在偏宫，只能发诏署名，不得参与政事。
宇文化及留下左卫将军陈稜
把守江都，自己挟萧后及秦王杨浩等人从江东出发，打算回到长安。一路上，宇文化及的部众掠夺财物，引得百姓怨声载道。许多大臣都密谋去刺杀宇文化及，结果都因谋事不周反被杀害。
魏公李密屯兵巩洛，拦住了宇文化及。吴兴太守沈法兴占据了江表
十多个郡，也来声讨宇文化及。梁王萧铣
听说隋炀帝被杀，就自称皇帝，迁都江陵。
李渊听到这些消息之后，跃跃欲试，召回了李建成和李世民，威胁杨侑禅让帝位。杨侑只是一个普通的孩子，性命都捏在李渊的手里，哪敢不从。一帮攀龙附凤
的臣子代为拟诏，然后向天下宣告禅位。禅位诏书下达以后，李渊先是假意谦让一番，然后改大兴殿为太极殿，择吉日登基。历史上称李渊为唐高祖。李渊登基后，改义宁二年为唐武德元年（618年），大赦天下，为群臣加官晋爵，废除隋朝的律令，颁布新法。世子李建成被立为太子，李世民被封为秦王，李元吉被封为齐王。
李渊把杨侑降为酅国公
，在京师给他安置了宅子。追谥隋炀帝为太上皇，把被杀王公葬在隋炀帝的坟墓旁边，隋朝至此几近灭亡。
在隋朝的王公大臣中，只有段达、王世充、元文都等人还在苟延残喘
，奉越王杨侗
为皇帝，和大唐为敌。此外还有几支起义军没有被降服。
越王杨侗在东都称帝，封段达、王世充为纳言，元文都为内史令，共同执掌朝政。大家听说宇文化及率众来攻，吓得心惊肉跳。有人上疏越王，建议他和李密联合起来抗击宇文化及，于是杨侗派人去联络李密。
李密手下有单雄信、李勣、王当仁、王伯当、周文举、李公逸、秦叔宝、程咬金、罗士信、赵仁基等大将，又和李渊关系不错，一时间声势大震。王世充曾调兵十万来攻打洛口，最终大败而归。从此，李密的声威如日中天。
翟让的哥哥翟弘看得眼红，对翟让说：“这个天子本来应该是你的，你怎么让给别人了呢？”翟让手下的司马王儒信也劝翟让自己称王，并和翟让秘密商量夺权的办法。谁知还没等他们动手，就有人偷偷向李密告密，并且劝李密除掉翟让。李密和心腹谋划了一番，杀死了翟让和翟弘等人。翟让这个人生性残忍，所以死后也没人哀伤。但是，大家都觉得李密心狠手辣，不免对李密产生了猜忌之心。
李密进攻东都，跟王世充打起了持久战。王世充屡战屡败。这时，宇文化及也率兵来攻打东都。李密打败宇文化及，然后写降书给杨侗，称自己愿意除掉宇文化及来赎罪。杨侗非常高兴，封李密为太尉、魏公，准备让他入朝辅政。
元文都等人一看李密前来归顺，以为从此天下太平，都开始饮酒取乐。只有王世充很清醒，他说：“你们未免高兴得太早了！”元文都听了以后很不高兴，就四处散布谣言，说王世充与宇文化及私下勾结。王、元二人从此产生了矛盾。后来，元文都想设计谋杀王世充，没想到段达跑去通风报信，结果元文都反而被王世充杀死。从此，内外大权都落在王世充手里，杨侗只不过是一个傀儡
皇帝。
王世充在东都独揽大权后，表面上派使者和李密讲和，暗地里却挑选精兵准备继续进攻。李密刚打败宇文化及，将士们非常疲惫，再加上轻视王世充，因此毫无防备，只能仓促应战。王世充找到一个长得像李密的家伙，把他两手反绑，推到阵前，大喊：“李密已经被擒住了！”李密的部下信以为真，顿时队伍大乱，许多将领都投降了王世充。
李密见大势已去，只好去投奔李渊，结果李渊没有重用他；李密大失所望，无奈寄人篱下，只好忍着。