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李世民回京之后，李建成和李元吉假装同他亲近，请李世民赴宴，并在酒里下了毒。李世民回府后吐了许多血，卧床不起。
淮安王李神通知道了这件事，告诉高祖。高祖亲自到秦王府探望，李世民大致讲了事情的经过。高祖叹息着对李世民说：“从我起兵晋阳以来，能够扫平中原，多亏了你。本来打算立你为太子，你又一再推辞，这才立了建成为太子。既然你们兄弟难以相容，如今我也只好派你到洛阳了。从今以后，陕州以东归你治理。”
李世民哭着说：“儿臣怎么舍得远离父皇啊。”
高祖说：“暂时只能这么办了。”
李世民只好同意了。
高祖回宫之后，李世民休养了几天，病情渐渐好转，于是召集幕僚，整理行装，只等高祖下诏就出发。
李建成和李元吉得到消息，私下里密谋：“如果秦王到了洛阳，就更难对付了，不如让他留在长安，还可以设法除掉他。”于是又让心腹造谣，说秦王的属下听到去洛阳的消息都特别高兴，可能这一去就会造反。高祖再次听信了谗言。
李世民等了十多天也没见诏书，猜是高祖又听信了谗言，不禁感觉自己处境不妙。偏偏李元吉又想出一个鬼点子——重金收买秦王府的得力干将尉迟敬德。谁知尉迟敬德忠心耿耿
，坚决不肯收受贿赂。李建成和李元吉又派刺客刺杀尉迟敬德，那刺客却被尉迟敬德的威势吓跑了。李建成、李元吉便在高祖面前诬陷尉迟敬德造反。高祖信以为真，要杀尉迟敬德，多亏李世民替他说情，尉迟敬德才免于一死。
李元吉又算计程咬金，让高祖下诏调程咬金为康州刺史。程咬金对李世民说：“如果左膀右臂都被折断，您就危险了，还是早拿主意吧。”李世民还在犹豫，又有诏书调房玄龄和杜如晦
两个人出秦王府。于是，秦王府的幕僚人人自危，都劝李世民尽快除掉李建成和李元吉。
这时，突厥又来骚扰边境。李建成推荐李元吉带兵北伐，高祖同意了。李元吉要求尉迟敬德为先锋，并且要把秦王府的精兵全都调去。
尉迟敬德急忙和长孙无忌等人去找李世民，说：“殿下如果再不决定，就大祸临头了。”
这时，又有手下来告密，说李建成和李元吉已经定下计策，准备在李世民为李元吉饯行时将李世民置于死地。
长孙无忌说：“先发者制人，后发者为人所制
。请秦王赶紧决断！”
李世民叹了一口气，说：“骨肉相残，自古就是大恶。我就算知道自己危在旦夕
，也只能等他们先动手，然后再讨伐他们。”
尉迟敬德又催李世民说：“末将不能留在秦王身边束手就擒
。秦王如果再不做决定，末将只好就此告辞。”
长孙无忌也说：“我也要跟他一起走。”
李世民只好召集府僚商量，大家都说：“舜帝和周公都有过类似的先例。事不宜迟，应当趁早下手。”李世民这才决定，于是秘密召来房玄龄和杜如晦，几个人商议起来。
这天晚上，太白星划过秦王府上空。太史令傅奕密奏高祖，说太白星出现在秦王府上空，预示着秦王将统治天下。高祖看着奏折，正好李世民求见，高祖就把奏折拿给他看。李世民请高祖退下左右，密告了李建成和李元吉淫乱后宫的丑行。
高祖大吃一惊：“有这样的事吗？”
李世民点头称是，又说：“儿臣自问没有丝毫对不起兄弟的地方，偏偏他二人多次加害于我，还求父皇保护儿臣啊！”说完就呜呜地哭了起来。
高祖气愤地说：“明天朕一定当朝审问他们。”
李世民回府后连夜调兵，命长孙无忌等人带兵埋伏在玄武门。
李建成和李元吉从后妃那里得知李世民告密的消息，虽然有些害怕，但是心想李世民也不敢乱来，就一起骑着马来到玄武门。二人到达临湖殿时，忽然听说高祖已经召集了裴寂、宇文士及、窦诞等人，要当朝会审。二人知道情况不妙，赶紧往回跑。快出玄武门时，忽听背后有人大喊：“太子、齐王为什么不上朝呀？”
李元吉回头一看，来人正是李世民。李元吉没有回答，取出弓箭连射三箭，前两箭都被李世民躲过；最后一箭被李世民接住，回手就把箭射向李建成。李建成以为李世民会射向李元吉，毫无防备，当场中箭身亡。
李元吉也顾不得李建成了，慌忙向外逃去。谁知迎面碰到尉迟敬德，只好掉转马头。李世民当时正紧追李元吉，一下子撞了上去，两个人都坠落马下。尉迟敬德救起李世民，去追李元吉。李元吉正要进武德殿向高祖求救，只听后面弓弦一响，回头一看恰好箭入咽喉，晕了过去。尉迟敬德跑上前去，把李元吉斩了。
玄武门边，李建成、李元吉的人马与秦王府的兵马已经杀翻了天。尉迟敬德来到门外，用长槊举起李建成和李元吉的人头，说自己是奉旨诛杀他们二人的。东宫和齐王府的人马听了，吓得一哄而散。
尉迟敬德来到高祖面前，说太子和齐王谋反，都已经被斩首了。高祖大惊失色，急忙派内侍去找裴寂等人商议对策。众人都说：“太子与齐王自从起义以来，没立下什么功劳，反而屡次加害秦王，如今祸起萧墙
也是他们自找的。秦王功盖天下，海内归心，不如趁着这场变故立秦王为太子，陛下正好可以高枕无忧。”
高祖说：“这也正是朕的意思。”于是派尉迟敬德去找秦王。
李世民来到后宫，慌忙跪在地上请罪。
高祖安慰他说：“建成和元吉竟敢作乱，死有余辜
，不过他们毕竟是朕的骨肉，怎么说也是可悲的事啊。”
李世民一头扎进李渊的怀里，泪如雨下。高祖也忍不住落泪。
李世民回到秦王府，幕僚又建议他说：“斩草不除根，恐怕会留下后患，李建成和李元吉的儿子也应该除掉。”李世民没有反对，于是李建成和李元吉的几个儿子也都被处死了。
高祖立李世民为太子。从此以后，国家大事全都由李世民处理。
太子洗马魏徵曾经劝李建成除掉李世民，被李世民知道了。李世民召见魏徵，斥责他说：“你为什么离间我们兄弟？”
魏徵坦然地说：“不过是各为其主罢了。如果太子早听我的话，哪至于被杀？”
李世民听了转怒为喜，封魏徵为谏议大夫。魏徵劝李世民安抚李建成、李元吉的部下。李世民派魏徵主管此事，事情渐渐平息，朝廷逐渐安定下来。
八月甲子日，高祖下诏禅位，将皇位传给太子李世民，自称太上皇。李世民登上皇位，接受文武百官的朝贺，大赦天下，史称唐太宗。