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司马颙把人头送给司马越，想和司马越议和。司马越收下张方的首级后，却不答应议和。遣回使者后，司马越立刻令幽州将领祁弘做前锋，去长安接回惠帝，并派部将宋胄攻打洛阳，刘琨攻打荥阳。刘琨带着张方的首级来到荥阳城下，将首级呈给守将吕朗，吕朗急忙开城投降。宋胄在途中碰到邺城将领冯嵩奉命前来，于是二人一同赶往洛阳。留居洛阳的司马颖只好往长安逃去。司马颖逃到华阴时，听说司马颙和司马越已经议和，担心司马颙谋害自己，就不敢再往西逃。司马颙见司马越并没有退兵，开始后悔杀死张方。司马颙派弘农太守彭随和刁默率兵抵御司马越。祁弘旗下的鲜卑兵把彭、刁的部下打散成几个部分，彭随、刁默两队死伤无数。兵败的消息接连传到关中，司马颙吓得魂飞魄散，不知所措。不久，有人来报，说敌军已经深入。司马颙扬鞭逃跑，侥幸出城，环顾四周，心想孤身一人不能远去，就策马向太白山奔去。
祁弘杀进长安，城内无人敢挡，任由鲜卑兵烧杀抢掠。百官都逃到山里去了，惠帝还在行宫，没人保护。刚好司马越赶到，下令禁止劫掠，随后进宫拜见，又召集百官，宣布即日东归，命太弟太保梁柳为镇西将军，留守关中，自己则带领各路军队奉惠帝回洛阳。到了洛阳，惠帝登上旧殿，朝见百官。
永兴三年（306年）六月，惠帝又改元为光熙元年，下诏封赏迎驾诸臣，升司马越为太傅；范阳王司马虓为司空，仍驻镇邺城；司马模为镇东大将军，镇守许昌；王浚为骠骑大将军，统领东夷河北军事，兼任幽州刺史。此外如皇太弟以下，仍然各司其职。对司马颖和司马颙只下了一道赦书。
成都王司马颖从洛阳逃到华阴后，听说惠帝回了洛阳，先是折回南行，后来又渡河北上，准备投靠公师藩。顿邱太守冯嵩在路上截住司马颖，把他送到邺城囚禁起来。公师藩得知后，亲自带兵攻打邺城，司马虓急忙命兖州刺史苟晞带兵御敌。交战中公师藩被杀，汲桑、石勒等人逃跑。不久，司马虓在邺城病死。长史刘舆担心邺城人会释放司马颖，于是令人假充朝使，逼司马颖自尽，然后为司马虓发丧，并报告朝廷。司马颖的两个儿子也被杀死。
太傅司马越听说司马颙入关，马上派督护麋晃带兵征讨，麋晃在路上接到三军败退的消息，不敢进军。谁知司马颙又遭遇内变，长史杨腾想背叛司马颙归附司马越，于是假传司马颙的命令，令牵秀罢兵。牵秀出营迎接，却当头挨了一刀，倒地身亡。这一刀便是杨腾下的毒手。杨腾骗牵秀的属下，说自己是奉命行事。士兵们见牵秀无辜被杀，对司马颙更加不服，不肯为他效命。杨腾把牵秀的首级送给麋晃，麋晃正打算进关，都城却传出急诏，说惠帝暴崩，皇太弟登基，大赦天下。麋晃知道不必去讨罪了，便在途中等候，静待后命。
据说惠帝是被太傅司马越毒死的。一天晚上，惠帝在显阳殿里吃了几个饼子，不一会儿，忽然肚子绞痛起来。内侍召进御医时，惠帝已经不省人事了。御医诊视六脉，发现脉搏已如游丝，于是摇头说：“罢了！罢了！”宫人问是什么病，他不敢说明，等穷究细问后，他才轻轻地说出“中毒”二字，然后一溜烟地出宫去了。毒究竟是谁下的，无从追究。不过司马越掌握政权后，对皇帝暴崩的事一点儿也不追究，只令侍中华混赶紧召皇太弟司马炽继位。说司马越可疑，还有一个原因，便是皇后羊氏担心皇太弟司马炽被立为皇帝，自己只能做皇嫂，做不了太后，于是密召清河王司马覃进入尚书阁，有意推立司马覃。恰巧司马炽也进来了，又有太傅司马越在旁拥立，羊氏一时尴尬，只好闭口不言，任司马炽即位。照此看来，宫廷内外早已明争暗斗，羊皇后想立司马覃，司马越想立司马炽，只可怜那呆皇帝被人无辜毒死。
皇太弟司马炽是武帝的幼子，即晋怀帝，继承兄位后，大赦天下，命太傅司马越辅政。司马越请出诏书，封河间王司马颙为司徒。司马颙应诏前去洛阳，当下携着家眷上车，出关东行。路过新安时，忽然来了一班凶悍的武夫，手持利刃，拦住司马颙的去路，大声喝道：“快留下脑袋！”司马颙被吓呆了，不得不硬着头皮，战栗地问来人：“你们是谁，居然敢拦我的车？”来人却反问司马颙是谁。司马颙说：“我是河间王，被封为司徒，现在奉诏去洛阳。”来人哄然大笑，跳上车，把司马颙按倒，扼住他的喉咙。司马颙的三个儿子上前相救，却被这班莽夫拳打脚踢一通，相继毙命。司马颙被扼住很久，气不能出，两手一抖，双足一伸，一命呜呼！