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盗贼一伙在黑暗的海面上搜寻无果后，过了几十分钟便回到了大船。与此相反，藏身在小艇里的明智小五郎则趁机夺了盗贼的小船，悄悄地离开了大船。
后来得知，盗贼的那艘怪汽船当时正漂泊在距海面上五里左右、差不多是东京湾中心的位置。明智独自乘着一艘小船，只能依靠远处时隐时现、不知位于何处的灯塔之光，拼尽全力划动船桨。
刚出一难，又逢一难。此前平静得有些诡异的天气，原来是一场可怕的大风暴的前兆。海上的人们至今仍把十一月十八日那晚显著的天气变化当作谈资。就在同一晚，有三艘渔船失踪了。就连盗贼的那艘快船，也是好不容易才在这场风暴中挺过来，抵达附近的避难港。
在那拼命避难的过程中，盗贼中有一人发现船尾系着的小船不见了，便大声呼喊起来。但没有一个人对此起疑。毕竟在风暴中，缆绳被吹断也不是什么稀奇事。
明智在漆黑如墨的水山、水谷之间拼命地划着。就像身处瀑布与浅滩之中，从头顶倾泻而下的海水打得他眼睛生疼，几近失明；狂风的呼啸、波涛的怒吼震得他耳朵发聋；寒冷让他几乎失去了所有触觉，他就像机械玩偶一般，在黑暗中拼命地划动着船桨。
当然，方向什么的早就搞不清了。就算想掉头回去，也早已远离了盗贼的大船。
恐怕他一直在原地打转吧。而且，小船即便不前进，那一波又一波的浪头也接连不断地汹涌袭来，让人连喘口气的时间都没有。小船时而被抛上浪尖，仿佛要冲向天空；时而又在下一个瞬间，直直地坠入黑暗的地狱深渊。一旦冲入浪头的中部，上下左右便全是汹涌翻滚的海水。在这之中，人和船几乎都要被冲散了。在这种时候，明智从心底本能地发出“呀啊”这种类似动物的叫声，怎么也止不住。
啊，在大自然的伟力面前，渺小人类的智慧和体力根本毫无办法。就算是大名鼎鼎的名侦探，面对这汹涌翻滚的怒涛、如山峰般的狂澜，也不过是一个可怜的小生物罢了。不他身边连一块同样被浪涛拍打的木片都找不到。
那么，在这场想想都觉得凄惨的恶战苦斗之后，他是否成功地在海上五里的波涛中挺了过来呢？是否能有幸被在湾内航行的大汽船救起呢？又或者是，或许是……
果然，到了第二天二十日的早晨，东京市民不得不收到一个惊人的噩耗。那天各报纸的早刊都不约而同地刊登了悼念名侦探的文章。A报纸写道：
民间第一大侦探 明智小五郎氏溺死
或遭福田氏惨案犯人毒手
于月岛海岸漂着的溺死尸体
福田得二郎氏惨遭杀害的事件，以及紧接着在白髭桥下发生的狱门舟事件，那犯下前所未闻的残暴罪行、令世人胆寒的怪贼，似乎又进一步伸出了毒手，人们怀疑他以不可思议的手段杀害了当前的大敌——民间侦探明智小五郎氏。
明智侦探自福田氏惨案发生当日起便行踪不明，警视厅也一直在全力进行搜寻。昨日（十九日）下午四时左右，在月岛海岸有一具溺死尸体漂上岸，经过验尸，出乎意料的是溺死者竟然是明智小五郎氏。该氏是应已故福川氏的委托，在从旅行中的S湖畔匆忙回京的途中，突然行踪不明的，当时就被认为很可能是落入了杀害福田氏的犯人的魔掌之中，如今他的尸体被发现，这种怀疑就越发浓重了。不论是狱门舟事件，还是明智氏溺死事件每每看到都与水有关的地方，人们猜测那凶贼是否是以船为据点，巧妙地隐匿其行踪呢，目前似乎已开始在这方面展开严密的搜查。
（在上述报道之后，还记载了明智小五郎的简略履历、侦探功绩事迹、好友波越警部的谈话等等内容，但这里全部省略。）
读者诸君在读了上述报道后，想必会因事情的出乎意料而大吃一惊吧。故事才刚刚开始呢，而且，本该是主人公的明智小五郎却已经死了。这是怎么回事呀？接下来，到底该由谁去与那凶贼对抗作战呢，大家恐怕都会心存疑虑吧。不不，怎么会有这种荒唐事呢。明智小五郎怎么可能会死呢。这个备受欢迎的人物还不该死去呀。要说没有读者怀疑这则新闻报道是不是出了什么差错，那也是不可能的。不过，这一点会随着故事的推进而水落石出的。作者只是在讲述世间所发生的事实而已。
而且，证明那则新闻报道并非虚假的证据是，之后不仅没有任何撤销该报道的后续文章，明智小五郎的溺死尸体还被运到了旧友波越警部的家中，举办了一场隆重的葬礼，世人对此没有一个人表示怀疑，大家都对这位名侦探的不幸结局深感惋惜。