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在合约制治理研究中，应对定性研究方法与定量研究方法进行合理分配和使用，以增强研究成果的科学性和针对性。具体研究方法包括：
以国内外对于治理机制、合约制等理论相关的文献作为研究对象，对其进行系统梳理、归纳和分析，为理论研究提供支持。文献分析的内容包括合约制的理论渊源、发展历程、精神内核以及合约制在现代国家治理体系中的角色、作用和意义。除相关学术研究资料以外，还需要搜集和梳理有关合约制的各类政府文件和实例，为合约制治理模式的构建提供制度环境描述。
在政府合约制实际运作过程中，存在着多重约束因素（交易成本、有限理性、公众偏好、技术水平、社会规范等）。在相关研究中，需要应用关键因素分析法，识别合约制实际运作过程中的关键和主要变量，即成功变量和失败变量，找出有效实现合约制的关键信息集合，确定约束因素的优先次序。
根据不同的标准（时间标准、空间标准、经验或理论标准），将我国目前政府治理变革中合约制的应用情况与西方政府治理中合约制的应用情况加以比较，对正在应用的合约制政府治理新机制与传统政府治理机制进行比较；对政府内部合约与外部合约进行比较；对不同领域或不同公共部门引入合约制治理方式的应用情况进行比较。在比较的基础上，做出客观的评价，探索合约制治理方式的基本规律和趋势。
对国内外政府合约制实施的典型案例和创新实践进行总结和归纳，建立“证据库”（“案例库”），提炼出理性认识和一般规律。在个案分析中，可以重点利用Meta分析法，该方法主要从定量的视角对案例进行分析和提炼，能够以量化的结果呈现不同案例中发现的一般性规律，与定性研究相互补充。Meta分析法的优点在于能够储存大量的案例，并系统地对这些案例进行分析，从而提供质量高、科学性强、可信度大、重复性好的证据。例如，在政府采购、医疗卫生、环境保护、公共教育、公共交通、供水供电、林权改革、绩效合同方面选取案例，在福建省厦门市人民政府和福建省平潭综合实验区相关政府部门中选取案例，了解地方政府运用合约制的情况，包括成效、约束因素以及存在的问题。
通过设计问卷，抽样调查获取福建省厦门市人民政府和福建省平潭综合实验区相关政府部门中的相关人员对合约制的评价和态度，并对项目设计的合约制机制进行政策实验，以对其有效性进行检验，对所获得的数据进行聚类分析、回归分析以及模型化分析，为合约制机制设计的改进提供数据支持和现实依据。
通过多主体系统（multi-agent system，MAS）对主体进行博弈仿真模拟。这一系统主要针对复杂的主体在经济社会生活中的博弈与竞争，从仿真模拟大量主体行为中观测一般规律，总结约束因素，提出解决问题的方案。仿真模拟的目的在于通过重复模拟合约制实施过程，从理论上为机制设计找到最佳方案，同时对实施过程中的合约制进行重复模拟，检验现实中合约制实施的有效性。通过构建合约制多主体系统，对合约制实施过程中的委托方、代理方以及其他相关主体的行为、选择与竞争进行仿真模拟，模拟不同领域应用合约制的可能结果，找出约束合约制有效实施的因素，并探索如何通过设计合理的机制，最大限度地降低合约制实施过程中产生的成本以及规制相关主体的行为，从而推动有序博弈。
应用“从局部地区或试点中加以实验，以取得经验，不断修正与完善，再全面铺开”的实验方法，与厦门市思明区、福建省平潭综合实验区开展合作，以这两地为政策实验基地和平台，将政策前期设计的合约制机制付诸实践，通过具体实施检验其有效性。在此过程中，通过参与观察、焦点团体、深度访谈等方式跟踪实践的开展，进一步对合约制的有效性进行评估，并据此不断修正和完善合约制机制，总结合约制实施的规律、难点和关键影响因素，以期提出适合我国政府治理实践的政策建议。
合约制治理的技术线路如图1-2所示。
图1-2 合约制治理的技术路线
本章提出了一个关于合约制治理的研究论纲，特别是提出如何围绕合约制在交易成本、有限理性、公众偏好、技术水平、社会规范等多重约束因素的影响下达成委托方和代理方的激励相容等方面的研究，形成系统公共部门管理的合约制理论；并探索合约制在当代国家治理中的实践方式和应用路径，从实践上推动公共部门推广应用合约制。