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除了剂量的控制，药物的配伍是安全使用毒药的另一项重要技术，这一概念早在汉代已清晰可见。药物配伍的规则已显现于此前讨论过的《神农本草经》的书写结构之中。该书把365种药分为三类，每一类药属于特定的等级：上药为君，中药为臣，下药为佐、使。然后，文本建议药物配伍时采用一君、二臣、三佐、五使的方案，也可以是一君，三臣，九佐、使。
有效的治疗就像成功治理一个国家，需要其成员的相互合作。
药物配伍与官僚组织的对应提供了一个鲜明的例子，揭示了政治思想对古代中国医学写作的强烈影响。
汉帝国树立了一种意识形态，它根植于宇宙、国家和人君身体之间的共鸣关系。在这种天人感应的体系下，君主应该使其身体与宇宙的运作模式保持一致，并取法这种模式来治理国家。天人感应不仅保证了人君身体的活力，而且促成了政治身体的稳定。
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因此，汉代的医学著作充满了政治关联性。例如，《黄帝内经》为十二脏腑冠以官职：心者，君主之官；肺者，相傅之官；肝者，将军之官；等等。只有这些职官和谐工作，才能维持身体健康。
汉代本草著作中的药物配伍是这种关联性思维的又一个例证。当身体处于紊乱状态时，为了恢复健康，就要派出相互协调的药物／职官。
但是，向政治看齐并不是汉代认识药物之间关系的唯一途径，另一个引人注目的方案是“七情”，它用人际互动比拟并定义药物之间的关系。《神农本草经》将七情描述如下：药物有单行者，有相须者，有相使者，有相畏者，有相恶者，有相反者，有相杀者。
除了第一种类型指单一药物疗法，其他六情定义了有不同效应的药物配伍，从相互促进到相互灭杀。“情”这个字值得我们注意。与上文讨论的政治组织不同，它指向人与人的关系。在先秦两汉的思想中，“情”是一个重要的概念，其在汉代学者的争论中呈现出多样的意涵。一些人认为“情”描述的是一个人需要合理控制的情感，另有一些人则认为“情”是人们为了使自我和宇宙的运转模式保持一致，而自发地对特定情况作出反应的方式。
“情”在《神农本草经》中另有不同的意涵：它不是指在个人层面上的情感或自发反应，而是描述人与人之间的互动。因此，“情”在汉代药学著作中是一个涉及关系的概念，换言之，药物没有固定的特性，其效果会因为与之协同发挥作用的其他药物而有很大差异。
下面我们来仔细地看看这些药物关系。在《本草经集注》中，陶弘景对这些关系做了进一步解释，并列出了141种药物，指出每一种药物的七情配伍。
除开单行，前两种“情”，即相须与相使，指的是两种药物相互增进药力的关系。在相须的情况下，第二种物质对于药物发挥作用来说是必不可少的。陶弘景常指明这些必要的物质为火、水或酒，表明了药物炮制的重要性。至于药物相使，指第二种药可以提高第一种药的活性，尽管它对疗效来说并不是至关重要的。有时这种情况会用到两种毒药，如钩吻与半夏配伍。有时寻常物质也被用作“使”，如大豆为有大毒的草药狼毒之使。
陶弘景评述说，药物相须、相使，不必同类，犹如烹调时鱼、肉、葱、豉共相宣发。
后四种关系——相畏、相恶、相反、相杀——指通过第二种药不同程度的抑制作用，来约束第一种药的效力。虽然《神农本草经》不鼓励在遣药组方时采用相恶、相反的配伍，因为它们会削弱药物的力量，使其失效，但是陶弘景不认为这是金科玉律。他说，即使两位将领互不喜欢，他们仍然可以联合支持同一个政权。与此相似，虽然两种药物的效力会减弱，但它们仍然可以一起惠及身体。
陶弘景还指出了相恶与相反之间的微妙区别。在相恶的情况下，抑制作用只是单向的——牛黄恶龙骨，
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而龙骨得牛黄更良。陶氏用人作类比来解释这一点：“彼虽恶我，我无忿心。”相较而言，相反是双向的——两个“人”互为敌人。例如，雌黄和胡粉
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相遇后会变得“黯妒”，结果胡粉变黑，雌黄也变色。
说到毒药的使用，最相关的是相畏的配伍，它指的是需要第二种药来减缓但又不抵消毒药的效力。例如，陶弘景强调，无论什么时候用半夏都必须加入生姜，以抑制其毒性。
否则，半夏便太过危险，不能摄入。
最后，相杀指两种药物的活性都被消灭。此种配伍显然不具备治病疗疾的价值，其实际目的是用解毒剂来对抗毒药。中国传统药学除了认定毒药的医疗用途，也指出了多种类型的中毒并提供了治疗方法。事实上，陶弘景在其著作中列举了一系列解毒剂，用来治疗因动物攻击（蛇咬、蜂蜇等）或误用猛药而中毒的病例。
正因如此，使毒药“畏”的物质和那些能“杀”毒的物质重合，例如甘草、大豆、生姜、人参和蓝汁等。剂量很可能是让这些物质以两种方式发挥作用的关键因素。
除了剂量控制与药物配伍，中国早期的本草著作还讨论了影响药物使用的另外两个因素。首先，剂型十分重要。据《神农本草经》所述，药有宜丸者，宜散者，宜水煮者，宜酒渍者，宜膏煎者，亦有兼宜者，每种药物根据其药性选择合适的剂型。
一般说来，汤剂发挥药效比丸剂、散剂更快，因为前者容易被身体吸收。因此，有毒药物经常制成丸散服用，以防止对身体的打击过大。陶弘景认同这样的理念，列出了一系列他认为不宜入汤酒的药物，其中有许多是毒药。
其次，药物的效果因具体的身体状况而异。陶弘景在其《本草经集注》中指出，虽然药性是决定疗愈力的基础，但医家亦应注意病人具体的身体状态。例如，他们需要考虑一个人的身体是虚或实，由此需要补或泄；
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考虑男女老少、苦乐荣悴，还有病人的生存环境和生活方式。所有这些个体特征都可能影响药物的作用。为了支撑这一观点，陶弘景举例说，当时的名医褚澄治寡妇、尼僧的方法不同于治妻妾。在该病例中，女性的性活动改变了自己的身体，以至于需要调整疗法。