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1644年，面对大规模的农民起义，明朝最终土崩瓦解。取而代之的是来自东北的满人，他们宣告建立一个新的清帝国。清政府又用了40年的时间，才建立起令人信服的合法性，成为天命所归的全国统治者，而此前，这个国家仍然处在极度分裂当中。明朝朝廷的残余力量向南逃窜，并多次试图重建旧政权，其中的忠诚人士进行了顽强的抵抗，但满人逐渐战胜了所有的反对者。前明将领吴三桂（1612—1678）叛逃到清朝，从而促成了满人入关。1673年，他与另外两个南方藩王叛乱，他们联合起来的军事力量以及所控制的领土可以横贯中国的南部和西南部。满人直到1681年才平定了三藩之乱，从而在整个中国南方确立了统治。
与此同时，台湾岛成为反清活动的基地。在明朝人的想象中，它仍是一个相当野蛮而偏僻的地方，但西班牙、荷兰商人和“倭寇”都把它作为基地。1640年代，荷兰军队驱逐了最后一批西班牙殖民者和当地海盗，一直盘踞到1662年。是年，郑成功（西方人称之为国姓爷）在岛上建立了自己的据点，没费多大力气就将他们赶走了。
郑成功的母亲是日本人，父亲曾经效忠明朝，于1646年变节降清，他是一个海盗集团的首领，他时而支持被打败的明朝，时而又与清朝谈判，在一个不同寻常的国际环境中经营发展。郑成功在日本平户港长大，荷兰人在那里设有一个贸易站。他在那里看到了欧洲武器的潜力，并在后来有效地利用这些武器对付荷兰人和清政府。在对抗清政府的战役中，他从荷兰人和英国人手中购买武器、炮手和重要物资，并报之以贸易权。他的护卫也配备了从澳门葡萄牙人手中逃出来的非洲奴隶。
在1650年代，郑成功以残明势力的名义，以福建沿海的厦门为基地，控制了的中国东南和西南的主要地区。出于对其进一步发展的担忧，羽翼未丰的清政府相对宽容地接受了荷兰使团所谋求的贸易特权，以期获得他们的军事支持。但是由于没能从满人手中夺回前明的首都南京，郑成功退守台湾，在那里荷兰人并不是他的对手。清政府认为进一步与荷兰结盟没有什么好处，因此对使团之后提出的在更多地方进行更频繁商业交流的请求不予理睬。
郑成功于1662年死于台湾。他的后代无视清政府的权威，一直留在那里，直到1683年台湾最终被清政府控制。这也标志着中国大规模向岛上移民的开始。在随后的年代里，郑成功在中国和日本都获得了神话般的地位。他被尊称为儒家的忠诚者、反帝国主义者、中国民族主义者。因此，不论在事实上还是象征意义上，他都代表了东亚和西方关系转变中的一个关键人物。
对前明的忠诚在受过教育的中国人中引发了深刻的矛盾心理。那些浸透了道德上令人信服的中国传统忠诚观念的人，必须解决一个情感问题，即他们是否可能转而向征服他们的政权效忠。国家分裂的混乱和被完全征服的毁灭性经历使明朝的知识分子士气低落。许多人此时表现得忠义，这是传统道德的一个关键组成部分，它要求那些被认定为是亡国遗民的人向被推翻的君主或王朝献出自己的生命，以表现他们的忠贞不贰。
实际上明朝的效忠者主要采取了两种方式。第一种是参加积极的武装抵抗，这常常导致殉节。第二种则是更长期、更微妙的，它导致了文人氛围的重大转变。很多学者，在自责和愤怒地相互指责的痛苦中，争论着明朝灾难性崩溃的原因。在他们寻找解释的过程中，许多人谴责了他们眼中明末宽松的思想和道德氛围，他们认为，当时可能有太多的人“不问世事”，而太少强调要为国家利益去追求实际目标。因此，严格的正统道德伦理的复苏，以及对经典研究和经世致用重新燃起的兴趣，重回汉族知识分子的主流，他们希望能找到一种方式，来弥补明朝衰落时期的放纵。从这个角度来看，对新政权的支持尤其令人反感。
这些问题也引起了清朝新统治者的共鸣。没有知识分子的支持，新政权的合法性仍有待商榷。此外，满人是少数民族，他们迫切需要中国士大夫的一定程度的合作，以帮助他们统治全国。因此，学术正统也得到了清朝官方的鼓励，因为它有助于确定清廷作为中国传统维护者的身份，从而使那些可能质疑他们合法性的人感到挫败。
总的来说，无论是前明的拥护者，还是新的在位者，都认为中立的立场是不够的。在这种动荡的气氛中，选择决定了对当事人和历史至关重要的判断。这些问题与天主教在中国的命运息息相关。