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本案系重大税务案件，国家税务总局沈阳市税务局第一稽查局作出的被诉处罚决定，需依据重大税务案件审理委员会作出的《重大税务案件审理决定》。依据相关方提交的证据及庭审查明的事实，对于重大案件审理委员会审理程序是否合法及第一稽查局作出的被诉处罚决定依据是否合法，原审法院未予查清。关于被诉处罚决定中认定上诉人辽宁甲房地产开发有限责任公司的违法事实是否正确，其中对于上诉人辽宁甲房地产开发有限责任公司主张的需在其企业所得税前扣除的开发成本是否已经实际支付履行及第一稽查局主张要求上诉人出具发票的纳税主体等问题，原审法院未予查清。
上诉人（原审原告）： 辽宁甲房地产开发有限责任公司（以下简称“甲公司”）
被上诉人（原审被告）： 国家税务总局沈阳市税务局第一稽查局、国家税务总局沈阳市税务局
1.甲公司××项目已于2011年5月6日在房地产部门备案且已投入使用，符合国税发〔2009〕31号文规定的完工产品收入确认条件，但是甲公司在2011年度企业所得税汇算时没有确认计税收入和结转计税成本。截至2011年12月31日，预收账款科目贷方仍有余额1051061908.2元（其中，含有2003年1月1日起至2006年12月31日止“预收账款”科目余额513348053.7元，2003年7月至2006年12月31日已确认收入，因为在此期间所得税是核定征收），2007年度至2011年度企业所得税查实征收，在此期间“预收账款”科目贷方仍有余额537713854.5元，未按规定结转收入和成本，少缴纳2011年度企业所得税。另甲公司在开发成本财务核算中存在无发票入账问题：①2003年7月21日138号凭证。财务处理为借：开发成本——土地拆迁及补偿费22000000元；贷：其他应付款——辽宁乙房地产开发有限公司（以下简称“乙公司”）22000000元。②2009年12月31日280号凭证。财务处理为借：开发成本——土地拆迁及补偿费34625229.2元；贷：其他应付款——沈阳市丙房地产开发有限公司（以下简称“丙公司”）34625229.2元。上述两笔业务合计56625229.20元，截至目前仍没有取得发票。
2.另查，2001年10月16日原告甲公司（乙方）与乙公司（甲方）签订项目转让合同，约定甲方同意将“××花园”一期及二期项目转让给乙方，由乙方继续开发建设；原一期和二期工程发生的债权、债务均由乙方承担。2002年9月8日，甲公司（乙方）与乙公司（甲方）签订关于“××花园”项目前期投资费用返还的协议，该协议对乙公司在“××花园”项目前期投入资金的实际数额2268万元进行确认，并就还款方式进行约定，同时约定甲公司对“××花园”重新立项，成立“甲××”项目经理部。上述协议签订后双方于2004年3月30日签订补充协议，对相应的还款进行再次约定。2004年，丙公司就其与乙公司“××花园”项目合资、合作开发房地产产生合同纠纷，以乙公司、甲公司为被告向辽宁省高级人民法院提起民事诉讼。2005年11月17日，辽宁省高级人民法院做出（2004）辽民一房初字第××号民事判决，判决甲公司承担给付丙公司相关债务。在执行过程中，甲公司与丙公司达成执行和解协议，辽宁省高级人民法院于2009年6月11日做出（2009）辽执二字第34号民事裁定。将被执行人（甲公司）所有的位于某地共42套房产给付申请执行人丙公司，抵偿本案全部债务。甲公司与丙公司就偿还债务问题，分别于2006年8月1日、2008年7月24日、2009年3月26日签订和解协议、和解协议（二）和补充协议。其中，双方在和解协议（二）中约定，申请人给被申请人出具合法的发票，双方同意按当地税务机关的意见办理。双方在补充协议中约定，甲公司抵给丙公司的42套商品房，由丙公司书面指定抵债商品房权利人的单位或个人，甲公司在接到通知后按原和解协议约定继续履行。就抵债的剩余42套商品房，丙公司无须向甲公司出具任何发票和票据。原告甲公司提供的记账凭证显示，抵债房产的购买人缴纳的购房款均由丙公司收取，原告出具的是销售不动产统一发票。
为方便分析，笔者将相关涉案数据进行了整理，见表2-3。
表2-3 本案所涉相关数据
（2009）辽执二字第34号民事裁定将甲公司位于某地的共42套房产给付申请执行人丙公司，抵偿全部债务56625229.2元，这一裁定是否已经实际支付履行？这一开发成本能否以法院的以物抵债裁定作为税前扣除凭证？若须开发票，谁是开票主体？
1.本案中，法院的以物抵债裁定能否作为税前扣除凭证？
法院的判决书、裁定书能否作为税前扣除凭证有一定争议。《纳税人转让不动产增值税征收管理暂行办法》（国家税务总局公告2016年第14号）第八条规定的合法凭证包括法院的判决书、裁定书等；但是，《企业所得税税前扣除凭证管理办法》（国家税务总局公告2018年第28号）并未提到法院的判决。笔者认为，仅凭法院的判决书、裁定书无法看到其实际履行情况，如果作为税前扣除凭证，则可能导致虚增成本或者收入。
结合本案，甲公司在实际履行法院以物抵债的过程中并不是实际以物抵债，而是以42套房产的销售款抵扣丙公司指定的债务。因此，收取款项一方仍应履行相应的开票义务。
2.本案以物抵债裁定在履行过程中，由丙公司书面指定抵债商品房权利人的单位或个人，并收取房屋购买人款项，甲公司与购买人签订备案合同并开具购房发票，甲公司的这部分开发成本应如何开票？
本案以物抵债在实际履行过程中，由丙公司书面指定抵债商品房权利人的单位或个人，并收取房屋购买人款项，甲公司与购买人签订备案合同并开具购房发票的行为并不是以物抵债，而是以卖房款抵扣债务。
另外，本案中乙公司将项目转让，甲公司需要给付项目转让款，乙公司应该就前期项目转让开具发票，但是在尚未支付、尚未开票前，通过法院判决，由甲公司将所有款项支付给丙公司，抵偿所有债务。如后期无须再给付乙公司项目转让款，则说明乙公司与丙公司之间又发生了债务转移，不影响22000000元的项目转让款由乙公司开票，只是该款项抵了乙公司对丙公司的债务。如后期甲公司仍须给付乙公司项目转让款，则56625229.2元只是甲公司抵扣了丙公司的债务，丙公司需要对该款项开票；而甲公司与丙公司之间不开具发票的约定，属于恶意串通损害国家利益，故该约定无效。
房地产开发公司一定要做好相关发票及合法凭证的管理工作。要根据实际履行情况尽可能获取相关发票，在对方不能开具发票时，至少要保存实际履行的相关凭证，以便真实地反映收入支出情况。
《纳税人转让不动产增值税征收管理暂行办法》（国家税务总局公告2016年第14号）。
第八条： 纳税人按规定从取得的全部价款和价外费用中扣除不动产购置原价或者取得不动产时作价的，应当取得符合法律、行政法规和国家税务总局规定的合法有效凭证。否则，不得扣除。
上述凭证是指：
（一）税务部门监制的发票。
（二）法院判决书、裁定书、调解书，以及仲裁裁决书、公证债权文书。
（三）国家税务总局规定的其他凭证。