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农村经济的治理主要是通过对农民的组织化管理来实现的。在我国农村治理历史中，传统的家庭观使农村治理必须以家庭为基础展开。“家庭-宗族”观念根深蒂固，农村普遍施行“乡绅组织治理”模式。19世纪，西方合作制思想产生；20世纪初期，通过前往北美、西欧和日本留学、考察的一批知识分子，特别是孙中山先生等革命先驱的宣传和倡导，在五四运动前后，合作社思想开始在我国传播。1918年，北京大学胡钧教授和学生自发创办了我国第一个合作社——北京大学消费公社。之后，围绕社会改良，著名教育家梁漱溟、晏阳初等在山东、河北等地建立农村合作社，以“扶危济困”为主导思想，成为合作社理论在中国的第一批实践者。
中国共产党成立后，合作社运动成为我党工农运动的重要组成部分，在1923年的海陆丰农民运动中，就已建立农民协会和农民消费合作社。
第一次、第二次国内革命战争时期，我党领导的农民合作社主要是以劳动互助合作形式，针对粮食和消费设立，并从流通领域逐步发展到生产领域。1933年8月到1934年2月的半年多时间，苏区消费合作社从400多个增加了近2倍，粮食合作社由400多个发展到1000多个，社员也分别由8万多人、10万人都发展到近30万人（张玉龙、何友良，2009）。
抗日战争时期，为有效解决边区困难，发展农业生产，毛泽东在1943年发表《组织起来》和《论合作社》，在边区兴起劳动互助与武装斗争相结合的合作社发展形势，有力地推动了边区的安全稳定和经济发展。
解放战争时期，伴随着减租减息和土地改革工作的开展，解放区的农业生产互助合作组织得到更大规模的扩展，对解放区和前线的生活、经济保障起到了积极的作用。但由于当时中国处在特殊历史时期，对合作社的实践指导、市场运作、规范管理等存在诸多问题，导致后来消费合作社、供销合作社的作用难以发挥，逐渐退出合作社发展领域。
新中国成立后，1949—1962年，我国农村经历了农业合作化运动和人民公社时期。通过土地改革，由自愿结合、土地归个人经营的互助组，逐步发展成统一规模经营、减少单干生产的初级生产合作社，直至发展成土地等生产资料归集体所有、实行按劳分配制度的高级生产合作社。从1951年到1958年，我国合作社的规模越来越大，覆盖面越来越广。特别是，到1956年，我国全面实现了农业合作化。
1956年我国合作社发展规模见表3-1。
表3-1 1956年我国合作社发展规模
资料来源：史敬棠，等，中国农业合作化运动史料：下册［M］.北京：生活·读书·新知三联书店，1959：990-991.
从新中国成立到1957年，是我国政治、经济体制剧烈变动的时期。1950年，我国颁布《中华人民共和国土地改革法》；1953年，我国开始实施“一化三改”政策，即逐步实现国家的社会主义工业化，逐步实现国家对农业、手工业、资本主义工商业的社会主义改造，相应地，就把其中农民手工业者的个体私有制改造为社会主义的集体所有制。同时，为解决农业问题，推进工业发展，缓解农副产品供应紧张局面，中共中央在1953年底通过了《关于发展农业生产合作社的决议》，我国农村合作化运动开始加速发展。合作社在发展的内涵上体现出很强的综合性，合作社成为国家统一思想、统一治理的渠道。这种合作社管理和组织方式，实现了国家对基层的管理，在短时期内集中一切人力、物力和财力发展农村经济，对改变解放初期的“一穷二白”局面起到了积极的作用，促进了当时农业产量的快速增长。
1951—1958年我国粮食产量见表3-2。
表3-2 1951—1958年我国粮食产量 单位：万吨
资料来源：1952—1959年《中国农业统计年鉴》。
合作社的发展为我国农业经济注入了活力，劳动生产率也明显提高。但由于规模过大，经营管理不到位，加之行政干预过多，合作社的自愿原则和民主管理等原则遭到破坏，严重挫伤了农民入社的积极性，其主动性和创造性更是无从谈起，急功近利、盲目办社，导致了1957年的“退社”风潮。为统一思想，提高合作化水平，1958年，根据中共中央《关于在农村建立人民公社问题的决议》，在不到3个月的时间里，全国农户总数的99%以上加入人民公社。与高级农业生产合作社相比，其规模更大，公有化程度更高。1962年，中共八届十中全会通过的《农村人民公社工作条例（修正草案）》，提出了以生产大队为基础的三级集体所有制和“三包一奖”、评工积分等制度，这在一定程度上克服了平均主义，促进了农业经济的发展。虽然历经波折，但是我国农民合作组织发展的这些历程，从世界农业合作化运动的视角来看，成为我国农民合作组织逐步发展的重要制度遗产。
为实施改革开放政策，党的十一届三中全会确立了以公有制为主体、多种所有制经济共同发展，按劳分配为主体、多种分配方式并存，社会主义市场经济体制等社会主义基本经济制度。随着家庭联产承包经营制的实施，农民合作组织的发展步入新型化发展时期。
这一时期，我国农民专业合作经济组织的发展初始阶段是从农民专业技术协会起步的。1979年，当时的安徽省天长县成立了中国第一个农民科学种田技术协会。到2000年，全国农村专业协会就有10万多家，会员达755万多人（杨文志，2002）。在这些协会中，50%为松散的技术交流型，40%为经济技术服务型，10%为经营实体型。1980年末，建立农民合作经济组织的设想被提出。1981年，中共中央下发《关于进一步加强和完善农业生产责任制的几个问题》，农村土地经营的家庭联产承包责任制开始实行，农民专业合作经济组织得到有效发展。改革开放前后我国农民合作组织特点见表3-3。
表3-3 改革开放前后我国农民合作组织特点
20世纪90年代后，我国农业市场化程度逐步提高，农民专业合作经济组织进入起步阶段。在这个阶段，农民专业协会发展快速，而专业合作社也开始兴起。1994年，在参观学习日本农业协同工会的基础上，山西定襄、临汾等4个县率先开始了农民专业合作社的试点。
伴随经济全球化的发展，我国市场经济和农村产业化发展不断推进，从20世纪90年代中期开始，农民专业合作经济组织的发展朝着经营范围不断扩大、服务功能不断增强的方向迈进，组织形式出现“公司+农户”“公司+合作社+农户”等多种模式，参与主体逐渐演变为农户、公司和各类专业合作组织，农民专业合作经济组织成为农户、政府、公司、市场的中介和桥梁。但是，由于农民专业合作经济组织处在起步阶段，各种管理模式和发展路径尚处在探索时期，加之农户经营分散，合作组织的经营规模、制度安排、业务范围、信息沟通等能力有限，出现市场竞争能力不足、管理不到位、官办色彩浓厚、发展水平低下等问题。
2003年，《中华人民共和国农业法》开始实施，其明确提出，“农民专业合作组织应当坚持为成员服务的宗旨，按照加入自愿、退出自由、民主管理、盈余返还的原则，依法在其章程规定的范围内开展农业生产经营和服务活动”。由此，农民专业合作经济组织开始进入规范发展阶段。
第一，在制度层面，各地政府相继出台了各项相关政策措施。例如，2004年11月，浙江省制定了我国第一部农民专业合作组织法规《浙江省农民专业合作社条例》，规定了合作社的设立、分立、合并、终止等活动内容，成为我国第一部较为规范的农民专业合作社地方性法规。
第二，在资金层面，加大了资金支持力度（见表3-4）。中央财政本着“扶持一个组织、壮大一项产业、增强一地经济、富裕一方农民”的工作目标，加大资金支持力度。从2016年起，国家财政一般公共预算对农业支持力度以高于全国一般公共预算支出平均增幅的水平进一步加大；到2019年，在一般公共财政预算中，农业农村的相关支出达6万多亿元，年均增长近9%，有力地促进了包括农民专业合作经济组织在内的农业经济快速发展。
表3-4 2003—2013年中央财政对农民合作组织的资金支持
资料来源：根据财政部统计信息整理所得。
第三，规范了农民专业合作经济组织的发展。我国新型农民合作组织自成立起，通过政策引导，不断促进其积极而规范地运行和发展。在我国政府主导的农民专业合作经济组织发展中，通过农民自主发展、政府培育推动和国家立法促进这三个主要途径，农民专业合作经济组织开始进入快速发展阶段。特别是最近几年，农民专业合作经济组织更是以年均10%以上的速度增长，成为促进我国农业经济发展和带领农民进入市场、参与市场竞争的主导力量。
20世纪90年代，我国农民专业合作经济组织发展进入活跃期。1991年，国务院发布《关于加强农业社会化服务体系建设的通知》，将农村专业技术协会、专业合作社作为农业社会化服务的形式之一，积极加以指导和扶持。1990年，全国农民专业合作组织为123.1万家；到1998年底，农村合作组织达到148万多家，跨县、跨乡发展的合作组织分别达到5240家和8140家，在区域农业经济发展中发挥了积极作用。2001年，我国加入WTO后，农民合作组织的发展进入引导规范阶段。2006年10月31日，第十届全国人民代表大会常务委员会第二十四次会议通过《中华人民共和国农民专业合作社法》，结束了我国农民专业合作经济组织发展无法可依、政出多门的局面，通过提出立法规范、政策支持、示范引导、财政扶持的发展思路和措施，促进了农民合作经济组织的有效发展，浙江、山东等农民合作经济组织发展较快的省份，已经形成“公司+合作组织+农户”“合作组织+农户”等多种模式的农产品出口、产业化发展的农业经营体系，呈现出新的发展趋势。
20世纪80年代末90年代初，世界经济开始迈入全球化轨道。随着科技革命的深入，生产要素在全球范围内得以优化组合和优化配置，世界经济的发展日益呈现出立体性、整体性和全球性。我国的农产品贸易额在2005年为562.9亿美元，2015年达1861.0亿美元，比2005年增长了两倍多。到2016年，我国农产品贸易额为1845.6亿美元，其中，出口729.9亿美元。而在2020年达到2468.0亿美元，其中，出口额760.0亿美元，与2012年相比贸易额年均增长2.3%，出口年均增速也达到2.3%。发展到2020年，我国农产品贸易已居全球第二位，是全球第一大农产品进口国、第五大农产品出口国。可见，我国整体农产品进出口贸易发展具有一定的波动性，但发展趋势良好。在农产品的出口贸易方式中，我国以一般贸易为主，主要是水产品、蔬菜和水果、果干、坚果等，出口市场主要为日本、东盟、欧盟、美国和中国香港等国家和地区，近年来，针对“一带一路”沿线国家的进出口贸易呈现增长态势。农产品市场贸易的不断扩大，使农产品市场竞争不断加剧，也促使农民组织化程度不断提高，这也是21世纪初农民专业合作经济组织快速发展的动因之一，我国农民合作组织由2007年的9.4万家增加到2020年的225.0万家，这些合作组织对我国农产品贸易的发展起到了积极的促进作用。