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产业组织理论源自英国剑桥大学的罗宾逊夫人和美国哈佛大学的张伯伦提出的新垄断竞争理论。随着美国经济的崛起，现代产业组织理论在克拉克有效竞争理论的基础上形成新的理论体系。围绕现代产业组织理论研究，出现了三个特色学派：哈佛学派、芝加哥学派和新产业组织理论学派。
20世纪30年代，以美国哈佛大学为中心形成了比较完整的产业经济理论。哈佛学派以新古典学派的价格理论为基础，以实证研究为手段，将产业分解成特定的市场，提出“三分法”理论和分析框架，即市场结构理论、市场行为理论、市场绩效理论构成的产业经济SCP分析方法，提出了“集中度-利润率”假说，成为美国反垄断政策的基础，也成为有效竞争研究的基础。
二战后，美国产业保护政策有所抬头。自20世纪60年代开始，以施蒂格勒、德姆赛茨等为代表的芝加哥学派逐渐取代了哈佛学派的产业组织理论研究优势地位。芝加哥学派奉行传统的自由经济思想，从价格理论的视角，将完全竞争和垄断优势作为产业组织问题加以研究，在方法上与哈佛学派形成鲜明对比。
1968年，施蒂格勒《产业组织》一书出版，提出市场长期竞争均衡理论，将市场均衡由政府监管转向企业市场效率。在此基础上，1982年，鲍莫尔、帕恩查、韦利格等以完全可竞争市场和沉没成本等分析理论提出可竞争市场理论，将完全竞争对市场绩效的提升做了进一步分析。这些新产业组织理论，站在现代微观经济学的角度，对新古典主义中传统产业组织的理论假设进行了修正，以产权理论、代理理论、交易费用理论、行为分析理论等对产业组织进行研究，形成了系统的产业分析理论方法。