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“农民专业合作经济组织”是中国特有的概念，在国外一般统称为“合作社”。自1844年“罗虚代尔公平先锋社”诞生以来，合作社作为一种农村治理方式，在全球各个国家广泛开展，其提出的入社自愿、退社自由、集股筹资、民主管理、公平交易等著名的“罗虚代尔原则”，成为全球公认的合作社组织和建设原则。
合作社的理论含义在其发展的各个时期不尽相同，目前，最权威的是1995年国际合作社联盟给出的合作社定义：“合作社是由自愿联合的人们，通过其共同拥有和民主控制的企业，满足他们共同的经济、社会和文化需要及理想的自治联合体。”
合作社起初都是弱势群体通过互助合作，为谋取经济利益组建的一种自治组织。发展至今，合作社既具有入社或退社自由，不改变成员产权关系，经营的专业性强，合作范围广，及民办、民营、民受益的特征，又具有强大的组织功能、中介功能、服务功能，通过组织化管理，按照国家产业政策、产业规划以及市场信息，把分散的农户根据市场需求和自身意愿组织起来，整合农业资源，服务农户，实现农业规模化经营，从而提高市场竞争力，有效规避经营风险，促进农业增效、农民增收。
相对于国际统称的“合作社”，“农民专业合作经济组织”是我国特有的称谓，但其在不同时期的叫法有所不同。1984年，中央一号文件首次提出“农民专业合作经济组织”这一称谓。我国修订的《中华人民共和国农业法》上也称其为“农民专业合作经济组织”。近年来，我国各年度中央一号文件、中央各类全会上有称其为“农民专业合作组织”的，也有称其为“农民专业合作经济组织”的，叫法各有不同，但在《中华人民共和国农民专业合作社法》的法律草案说明中，明确排除了“农村供销合作社”“农村信用合作社”“社区集体经济组织”以及“农民专业技术协会”等社团法人，因此，农民专业合作经济组织是农村合作经济组织中剔除了农村社区性合作经济组织和农村供销社后的农业合作组织。由于其产生于20世纪80年代，有别于新中国成立初期的互助组、合作社及50年代后期到70年代后期的人民公社，在研究领域统称为“新型农村合作经济组织”，包括农民专业合作社、农民专业协会和股份合作社三类。
此前，学者对农民专业合作经济组织的研究中包括了农民专业合作社和农民专业协会。2006年10月31日《中华人民共和国农民专业合作社法》颁布后，农民专业协会不仅不包括在农民专业合作经济组织范畴内，而且大多转成了农民专业合作社，实际运行数量很有限，包括青海在内，目前，除少数发展较好的农民专业协会外，多数以农民专业合作社的形式在当地工商行政管理部门重新进行登记和运营。例如，青海协会发展较多的西宁，自2001年起登记注册的各类协会有188家，在册的农民专业协会有13家。实施农民专业合作社建设后，许多农民专业协会注销后注册登记成立合作社，有些则处在空挂状态，目前实际运行的不足一半。为此，本课题的研究对象不包括农民专业协会。同时，由于青海自2010年起在牧区建设了生态畜牧业合作社，本研究中的青海农牧民专业合作经济组织既包括农民专业合作社，也包括生态畜牧业专业合作社。