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阿米巴巴长的激励方法，体现在以下方面：
（1）以阿米巴巴长为核心，进行独立核算和自主经营；
（2）以人为本，信任阿米巴巴长的经营能力；
（3）唤醒阿米巴巴长的激情和梦想；
（4）玻璃般透明的经营原则，让阿米巴巴长身先士卒地实践。
阿米巴并不把考核结果和个人以及团队的收益挂钩。阿米巴的奖励是让做得好的巴长得到提升，承担更大的责任，有更大的事业舞台。
阿米巴经营模式的业绩核算，主要针对经营效果和员工的努力成果，而业绩核算的意图是激励员工，以培养与企业家理念一致的经营人才为最终目的。通过阿米巴经营可以达到三个目的：第一个目的是“确立与市场挂钩的部门核算制度”；第二个目的是“培养具有经营者意识的人才”；第三个目的是实现“人人成为经营者”。
公司由多个独立核算的阿米巴来经营，各个阿米巴组织就像是一家家中小企业，在保持活力的同时，以“单位时间核算”这种独特的经营指标为基础，充分发挥每一个员工的智慧，追求附加价值的最大化。
在竞争日益激烈的产品和有偿服务市场中，企业面临的最大挑战就是如何快速地扩大企业规模，如何让公司品牌具有更强的市场竞争力和更高的知名度。如果每一个阿米巴组织的规模都能够快速地扩大，公司的规模自然就扩大了。所以，公司要把每一个阿米巴当成一个小的公司来经营，这就要求阿米巴巴长具有独立核算和经营的意识。
企业需要确定阿米巴巴长的权限（决策权），如人事组织权限、财务权限、业务权限等。阿米巴巴长就会树立起经营者的意识，进而增强作为经营者的责任感，尽可能地努力提升业绩。
阿米巴经营是从公司内部选拔阿米巴巴长，并委以经营重任，从而培养出更多具有经营者意识的人才。
阿米巴经营模式的基础在于对阿米巴巴长的信任。相信阿米巴巴长的能力，把经营建立在互相信任的基础上，这是实现阿米巴经营最基本的条件。
阿米巴模式的一个重要特点是“充分授权”。在阿米巴模式中，充分授权的最终目的其实在于培养阿米巴巴长，激发每个员工的创业热情，挖掘员工的企业家精神。在“人人成为经营者”的理念中，员工必定会感到备受尊重，从而将毕生的智慧与心血投入到自己的事业中去。
一个人只有真正想去做一件事情的时候，才能产生无穷的力量。要想成就一番事业，首要的就是有激情，只有胸怀激情的人去努力才能取得成功。而阿米巴的经营模式核心就在于唤起每位员工心中的创业激情与企业家精神。
要想唤醒阿米巴巴长的激情和梦想，企业必须拥有远大的战略目标，而企业文化必须能够引起阿米巴巴长、员工的共鸣，这是一个非常好的开始。阿米巴经营模式意在最大限度地释放员工的创造力，把大公司的规模和小公司的好处统揽于一身。公司制定出长远的战略发展目标，再制定出阿米巴的经营目标，把大家的力量凝聚在这个目标上，让阿米巴巴长按月进行核算管理，最终完成年度总经营目标。
阿米巴团队的激励方法，体现在以下几个方面：
（1）实现全员参与的经营，人人成为经营者；
（2）通过单位时间核算，员工们乐于互相竞争；
（3）超越家庭的大家庭主义；
（4）调动阿米巴员工的积极性，激励员工主动、积极地工作。
阿米巴经营就是以阿米巴巴长为核心，让其自行制订各自的计划，并依靠全体成员的智慧和努力来完成经营目标。通过这样一种做法，一线的每一位员工都能成为主角，主动参与经营，进而实现“人人成为经营者”。
阿米巴组织要激励每一个员工在各自的工作岗位上为自己所属的阿米巴组织做出贡献，为了阿米巴的发展而齐心协力地参与经营，并且在工作中感受人生的意义和成功的喜悦，实现“全员参与的经营，人人成为经营者”。
在阿米巴经营模式中，虽然单位时间核算并不能直接与薪酬挂钩，但阿米巴员工们却乐于互相竞争，为了实现阿米巴经营目标，不怕被考核，反而在完成经营目标的过程中感受到无穷乐趣。在这样的情况下，这样的员工已经完全成为工作的主人了。
由于阿米巴巴长拥有人事组织权限、财务权限、业务权限等，为了完成经营目标，他们常常需要自主、迅速地做出判断。在这样的模式下，阿米巴巴长都具有企业家的气质。
阿米巴经营模式要求有“大家庭主义”。在阿米巴组织这样的大家庭里，每个员工都是家庭成员，尊重员工就是尊重自己。
阿米巴经营的单位时间核算制度，同样是以家庭记账模式进行的，简单到让人觉得就像在家里记账一样，让员工产生亲近感。每个阿米巴组织都像一个家庭，而企业就像一个更大的家庭。在这样的家庭背景下，每个员工都有为了“大家庭”的长盛不衰而努力的动力和责任感。每个员工都会产生“经营者”的心态，而不会有“打工者心态”。
在一些导入阿米巴经营模式的企业，每位员工如果完成超出预定目标的工作量就会得到额外奖励，以此调动阿米巴员工的积极性，激励员工主动、积极地工作。这样，团队成员对阿米巴管理模式的态度、工作面貌和关注重心都发生了明显的变化。
案例1
柏明顿有一家客户，这家公司主要研发和生产电子产品。该公司通过导入阿米巴经营模式，调动阿米巴员工的工作积极性。当员工的主动性和积极性被极大地调动起来后，工作方式得到改善，开始从用户的角度思考问题，服务态度更加主动。
阿米巴组织在为用户提供服务的过程中，团队成员会主动与用户沟通。日常注重避免漏单等情况的发生，尽力减少漏单，并及时进行补单。无论一线服务台还是二线现场团队，都开始从初期的不知所措，变得开始欢迎、拥抱阿米巴模式。阿米巴模式正在成为提升服务质量和效率的动力，用户体验值也得以明显提高。
同时，阿米巴巴长不再仅仅盯着实施团队的管理和监控，而是会从用户的角度思考出现的问题和故障，从用户的角度考虑如何提升服务质量。员工从以前仅关注解决率、解决时间等指标，转向关注用户服务的体验值和解决率。