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水资源在空间与时间上的分布都是不均衡的。国家之间、一个国家内的不同地区之间、一个流域内的不同地区之间，水资源分布都有差异。不同年份之间、年度内不同季度之间，水资源分布也有不同。确定好水资源核算的空间和时间维度，把水文信息与常规经济信息有机结合，对水资源的核算、比较和预测具有重要意义。
水资源核算空间基准的选择取决于研究目的。水资源核算的空间基准可以是一个国家、一个行政区、一个流域或一个会计集水区。在水资源核算中，以行政区或流域为基准各有利弊。行政区域便于收集经济信息，各流域便于收集水文信息。各流域一般设有专门机构收集以物理单位计量的水账户，编制以货币单位计量的水账户需要对行政区提供的经济信息进行调节。也可以根据实际需要，将行政区与流域相结合，形成会计集水区的水账户，既可以由包含若干流域的行政区组成，也可以是涵盖了整个流域的若干行政区组成。界定会计集水区的一般原则是更容易获得经济和物理数据的账户。
水资源核算的时间基准原则上与国民经济账户基准期保持一致，即12个月，以便把水文数据与经济数据有机结合，并进行详细的时间序列分析。此外，水资源核算账户编制的频率也取决于数据的类型和可得性。在说明年度内的变化差异时，一般采用季度账户，以显示一些年度账户无法体现的重要信息。有时需要编制一年以上的核算账户，如每3年或每5年编制一次用水账户，以消除因气候差异等因素对年度间用水信息分析的影响，便于全面分析用水趋势。有时需要编制更长时期的预算性水账户，如20年或30年为一个周期，计算周期内水资源年度平均数据，与特定的实际年份用水情况相结合，对水资源利用进行分析和预测，有助于分析人类水需求与自然供水之间的关系。