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水资源环境经济核算体系界定一个领土内的水资源系统包括该领土内的一切水资源，主要包括从中取水或者可以从中取水、领土内各水资源之间的水交换、与其他领土水资源之间的水交换。图2-1简要描述了经济体与水资源系统之间的流量和联系。从图2-1可知，水资源的增加主要来自大气降水、基准领土之外的上游流域和含水层的入流、领土内其他资源的入流以及人类的取水。水资源的减少主要来自蒸散、至其他水资源的出流以及人类活动的回归水。
水资源环境经济核算体系界定的经济体是为生产和消费活动而取水的系统，通过建设基础设施，以调动、储存、处理和配送水并使水回归到环境中，主要包括：把水作为投入的单位，用水满足需求的住户，从事水供应的单位，从事污水处理的单位。特定领土的经济体可以是一个国家、一个行政区，也可以是一个流域。
水资源环境经济核算体系主要关注的是经济体与水资源系统之间的关系，所以水资源环境经济核算体系的核算对象只包括水资源系统中能够被提取并可为经济体提供投入和服务的部分，主要包括：作为经济活动中的原料投入，接纳废弃物，为生物提供栖息地。在当前水资源核算中，更侧重于前两种情况的核算。
由水资源环境经济核算体系界定的核算对象可知，水资源核算的内容主要包括：
（1）水资源存量和流量；
（2）经济活动造成的水资源减少量、污水排放量以及污染物排放量；
（3）社会可供水量，经济活动部门的用水量，住户消费用水量；
（4）经济体内的回用水量；
（5）水的生产成本，污水处理成本，水用户用水成本，以及上述成本的分摊；
图2-1 经济体与水资源系统之间的流量和联系
资料来源：《水资源环境经济核算体系2012》（SEEAW2012）。
（6）取水、废水排放许可费用；
（7）涉水基础设施投资。