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根据《规划纲要》，深圳是粤港澳大湾区区域发展核心引擎的四大中心城市之一。深圳在粤港澳大湾区的总体定位是：发挥作为经济特区、全国性经济中心城市和国家创新型城市的引领作用，加快建成现代化、国际化城市，努力成为具有世界影响力的创新创意之都。在“建设国际科技创新中心”方面，深圳位于“广州——深圳——香港——澳门”科技创新走廊之中，国家鼓励深入实施创新驱动发展战略，深化粤港澳创新合作，构建开放型融合发展的区域协同创新共同体，集聚国际创新资源，优化创新制度和政策环境，着力提升科技成果转化能力，建设全球科技创新高地和新兴产业重要策源地，支持港深创新及科技园等重大创新载体建设。在“构建具有国际竞争力的现代产业体系”方面，深圳等中心城市应依托科研资源优势和高新技术产业基础，充分发挥国家级新区、国家自主创新示范区、国家高新区等高端要素集聚平台作用，联合打造一批产业链条完善、辐射带动力强、具有国际竞争力的战略性新兴产业集群，增强经济发展新动能；发挥创新研发能力强、运营总部密集的优势，加强大湾区产业对接，提高协作发展水平。国家支持深圳建设保险创新发展试验区，推进深港金融市场互联互通和深澳特色金融合作，开展科技金融试点，加强金融科技载体建设。
深港两地正在推进深港科技创新合作区建设，在河套地区合作建设港深创新及科技园，以创新和科技为主轴，建立重点科研合作基地，配套建设相关高等教育、文化创意和其他配套设施，以创新和科技为主线，集聚国际创新资源，打造“一带一路”国际化创新合作新平台、粤港澳大湾区科技发展新引擎、深港跨境深度合作新支点、政策制度改革创新试验区，通过打造创业平台、项目融资推介等多种形式支持港澳青年在内地创新创业。