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企业所得税汇算清缴的一般流程可概括为：计算—填表—报送—初审—补退。
国税发〔2009〕79号文件第七条要求，纳税人应当按照《企业所得税法》及其实施条例和企业所得税的有关规定，正确计算应纳税所得额和应纳所得税额，如实、正确填写企业所得税年度纳税申报表及其附表，完整、及时报送相关资料，并对纳税申报的真实性、准确性和完整性负法律责任。
关于应纳税所得额和应纳税额的计算，企业所得税年度纳税申报表要求分三步计算，先计算利润总额，后计算应纳税所得额，再计算应纳税额。其中，对应纳税所得额的计算，企业所得税年度纳税申报表采用间接法。有关计算公式如下：
纳税调整后所得=利润总额-境外所得+纳税调整增加额-纳税调整减少额-免税、减计收入及加计扣除+境外应税所得抵减境内亏损
应纳税所得额=纳税调整后所得-所得减免-弥补以前年度亏损-抵扣应纳税所得额
应纳所得税额=应纳税所得额×25%
应纳税额=应纳所得税额-减免所得税额-抵免所得税额
实际应纳所得税额=应纳税额+境外所得应纳所得税额-境外所得抵免所得税额
本年应补（退）所得税额=实际应纳所得税额-本年累计实际已缴纳的所得税额
本年实际应补（退）所得税额=本年应补（退）所得税额-民族自治地区企业所得税地方分享部分减免所得税额
国税发〔2009〕79号文件第二十条要求，主管税务机关受理纳税人年度纳税申报后，应对纳税人年度纳税申报表的逻辑性和有关资料的完整性、准确性进行审核。结合有关规定，审核重点主要包括：
（1）纳税人企业所得税年度纳税申报表及其附表与企业财务报表有关项目的数字是否相符，各项目之间的逻辑关系是否对应，计算是否正确。
（2）纳税人是否按规定弥补以前年度亏损额和结转以后年度待弥补的亏损额。
（3）纳税人是否符合税收优惠条件、税收优惠的确认和申报是否符合规定程序。
（4）纳税人税前扣除的资产损失是否真实、是否符合有关规定程序。跨地区经营汇总缴纳企业所得税的纳税人的二级分支机构税前扣除的资产损失是否在向分支机构所在地主管税务机关申报的同时上报总机构。
（5）纳税人有无预缴企业所得税的完税凭证，完税凭证上填列的预缴数额是否真实。跨地区经营汇总缴纳企业所得税的纳税人及其所属分支机构预缴的税款是否与《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》中分配的数额一致。
（6）纳税人企业所得税和其他各税种之间的数据是否相符、逻辑关系是否吻合。
依据国税发〔2009〕79号文件第十一条和《国家税务总局关于企业所得税年度汇算清缴有关事项的公告》（国家税务总局公告2021年第34号，以下简称税务总局公告2021年第34号）第二条的规定，纳税人在纳税年度内预缴企业所得税税款少于应缴企业所得税税款的，应在汇算清缴期内结清应补缴的企业所得税税款；预缴税款超过汇算清缴应纳税款的，主管税务机关应及时按有关规定办理退税事项。
《企业所得税法》第五十六条规定，依照本法缴纳的企业所得税，以人民币计算。所得以人民币以外的货币计算的，应当折合成人民币计算并缴纳税款。《企业所得税法实施条例》第一百二十九条明确，企业所得以人民币以外的货币计算的，预缴企业所得税时，应当按照月度或者季度最后一日的人民币汇率中间价，折合成人民币计算应纳税所得额。年度终了汇算清缴时，对已经按照月度或者季度预缴税款的，不再重新折合计算，只就该纳税年度内未缴纳企业所得税的部分，按照纳税年度最后一日的人民币汇率中间价，折合成人民币计算应纳税所得额。经税务机关检查确认，企业少计或者多计前款规定的所得的，应当按照检查确认补税或者退税时的上一个月最后一日的人民币汇率中间价，将少计或者多计的所得折合成人民币计算应纳税所得额，再计算应补缴或者应退的税款。
【例2-1】 某非境内注册居民企业注册登记地在香港，2021年4个季度以港元计算的实际利润额如表2-1所示。
表2-1 某非境内注册居民企业2021年实际利润额 金额单位：万港元
中国人民银行授权中国外汇交易中心公布的2021年4个季度最后一日港元对人民币汇率中间价如表2-2所示。
表2-2 2021年港元对人民币汇率中间价
假设两种情形：
第一种情形，该企业2021年汇算清缴计算的年度应纳税所得额为34 000万港元。
第二种情形，该企业2021年汇算清缴计算的年度应纳税所得额为30 000万港元。
在第一种情形下，该企业2021年已经按照季度预缴税款的应纳税所得额合计为32 500万港元，汇算清缴计算的年度应纳税所得额为34 000万港元，可见，企业4个季度预缴税款时计算的应纳税所得额合计比汇算清缴计算的年度应纳税所得额少1 500万港元。则：
该企业应补税的应纳税所得额=1 500×81.760÷100=1 226.4（万元）
该企业汇算清缴应补缴企业所得税额=1 226.4×25%=306.6（万元）
在第二种情形下，该企业2021年已经按照季度预缴税款的应纳税所得额合计为32 500万港元，汇算清缴计算的年度应纳税所得额为30 000万港元，可见，企业4个季度预缴税款时计算的应纳税所得额合计比汇算清缴计算的年度应纳税所得额多2 500万港元。但按什么时间的汇率计算应退税款，《企业所得税法》及其实施条例和汇算清缴相关文件均未作出明确规定。本书的建议是，按照对等原则，对汇算清缴确认退税的应纳税所得额应按纳税年度最后一日的人民币汇率中间价，将多计的所得折合成人民币计算应纳税所得额，再计算应退的税款。
该企业应退税的应纳税所得额=2 500×81.760÷100=2 044（万元）
该企业汇算清缴应退企业所得税额=2 044×25%=511（万元）
如果该企业2018年、2019年、2020年汇算清缴计算的年度应纳税所得额分别为20 000万港元、22 000万港元、26 000万港元，经税务机关检查，该企业2018年、2019年、2020年应纳税所得额分别少计300万港元、多计100万港元、少计200万港元，并于2021年9月30日确认补税或者退税。2018年、2019年、2020年、2021年8月和9月最后一日港元对人民币汇率中间价如表2-3所示。
表2-3 2018-2021年港元对人民币汇率中间价
则：
2018年少计所得300万港元应补税款=300×83.070÷100×25%=62.302 5（万元）
2019年多计所得100万港元应退税款=100×83.070÷100×25%=20.767 5（万元）
2020年少计所得200万港元应补税款=200×83.070÷100×25%=41.535（万元）
《企业所得税法》第五十条第二款规定，居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。《企业所得税法实施条例》第一百二十五条要求，企业汇总计算并缴纳企业所得税时，应当统一核算应纳税所得额。
居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的，应依据《财政部国家税务总局中国人民银行关于印发〈跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理办法〉的通知》（财预〔2012〕40号，以下简称财预〔2012〕40号文件）和税务总局公告2012年第57号及相关文件的规定，实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。居民企业在中国境内没有跨地区设立不具有法人资格分支机构，仅在同一省、自治区、直辖市和计划单列市（以下称同一地区）内设立不具有法人资格分支机构的，应执行各省、自治区、直辖市和计划单列市税务局制定的企业所得税征收管理办法。但居民企业在中国境内既跨地区设立不具有法人资格分支机构，又在同一地区内设立不具有法人资格分支机构的，其企业所得税征收管理仍应实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”办法。
统一计算是指居民企业应统一计算包括各个不具有法人资格营业机构在内的企业全部应纳税所得额、应纳税额。总机构和分支机构适用税率不一致的，应分别按适用税率计算应纳所得税额。
1）汇总清算 汇总清算是指在年度终了后，总机构统一计算汇总纳税企业的年度应纳税所得额、应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补。汇总清算的方法有：
（1）一般汇总清算方法。汇总纳税企业应当自年度终了之日起5个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照税务总局公告2012年第57号规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。概括起来说，就是“一统一分”。
（2）总机构和分支机构处于不同税率地区的汇总清算方法。对于按照税收法律、法规和其他规定，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按税务总局公告2012年第57号第六条规定的比例（总机构分摊50%、分支机构分摊50%，下同）和按第十五条计算的分摊比例（分支机构分摊50%中各分支机构的分摊比例，下同），计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出汇总纳税企业的应纳所得税总额，最后按税务总局公告2012年第57号第六条规定的比例和按第十五条计算的分摊比例，向总机构和分支机构分摊就地缴纳的企业所得税款。概括起来说，就是“两统两分”。
2）报送资料 汇总纳税企业汇算清缴时，总机构除报送企业所得税年度纳税申报表和年度财务报表外，还应报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表、各分支机构的年度财务报表和各分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明；分支机构除报送企业所得税年度纳税申报表（只填列部分项目）外，还应报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表、分支机构的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）和分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明。分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明，可参照企业所得税年度纳税申报表附表“纳税调整项目明细表”中列明的项目进行说明，涉及需由总机构统一计算调整的项目不进行说明。
分支机构未按规定报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表，分支机构所在地主管税务机关应责成该分支机构在申报期内报送，同时提请总机构所在地主管税务机关督促总机构按照规定提供上述分配表；分支机构在申报期内不提供的，由分支机构所在地主管税务机关对分支机构按照《税收征管法》的有关规定予以处罚；属于总机构未向分支机构提供分配表的，分支机构所在地主管税务机关还应提请总机构所在地主管税务机关对总机构按照《税收征管法》的有关规定予以处罚。
1）参与分摊税款的机构 总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分摊缴纳企业所得税。参与分摊税款的二级机构包括：
（1）二级分支机构，是指汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照（登记证书），且总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构。
以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，应在预缴申报期内向其所在地主管税务机关报送非法人营业执照（或登记证书）的复印件、由总机构出具的二级及以下分支机构的有效证明和支持有效证明的相关材料（包括总机构拨款证明、总分机构协议或合同、公司章程、管理制度等），证明其二级及以下分支机构身份。
（2）视同二级分支机构。总机构设立具有主体生产经营职能的部门（非前述二级分支机构），且该部门的营业收入、职工薪酬和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将该部门视同一个二级分支机构；该部门与管理职能部门的营业收入、职工薪酬和资产总额不能分开核算的，该部门不得视同一个二级分支机构。
2）不参与分摊税款的二级分支机构 此类机构包括：
（1）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构。
（2）上年度认定为小型微利企业的二级分支机构。
（3）当年新设立的二级分支机构。汇总纳税企业当年由于重组等原因从其他企业取得重组当年之前已存在的二级分支机构，并作为本企业二级分支机构管理的；汇总纳税企业内就地分摊缴纳企业所得税的总机构、二级分支机构之间，发生合并、分立、管理层级变更等形成的新设或存续的二级分支机构，不视同当年新设立的二级分支机构。
（4）当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
（5）在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构。
3）视同独立纳税人的分支机构 以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供税务总局公告2012年第57号规定的相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。按规定视同独立纳税人的分支机构，其独立纳税人身份一个年度内不得变更。
《国家税务总局关于3项企业所得税事项取消审批后加强后续管理的公告》（税务总局公告2015年第6号）明确，汇总纳税企业改变组织结构的，总机构和相关二级分支机构应于组织结构改变后30日内，将组织结构变更情况报告主管税务机关。
4）分摊税款和分摊比例的计算 下面分别介绍其计算方式。
（1）分摊税款的计算。税务总局公告2012年第57号第六条规定，汇总纳税企业按照《企业所得税法》规定汇总计算的汇算清缴应缴应退税款，50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库；50%由总机构分摊缴纳，其中25%就地办理缴库或退库，25%就地全额缴入中央国库或退库。
总机构按以下公式计算分摊税款：
总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%
分支机构按以下公式计算分摊税款：
所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%
某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例
（2）分支机构分摊比例的计算。税务总局公告2012年第57号第十五条规定，总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例；三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构；三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
计算公式如下：
某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和）×0.35+（该分支机构职工薪酬/各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和）×0.30
分支机构分摊比例按上述方法一经确定后，除当年出现二级分支机构撤销和重组情形外，当年不做调整。
公式中，分支机构营业收入，是指分支机构销售商品、提供劳务、让渡资产使用权等日常经营活动实现的全部收入。其中，生产经营企业分支机构营业收入是指生产经营企业分支机构销售商品、提供劳务、让渡资产使用权等取得的全部收入。金融企业分支机构营业收入是指金融企业分支机构取得的利息、手续费、佣金等全部收入。保险企业分支机构营业收入是指保险企业分支机构取得的保费等全部收入。分支机构职工薪酬，是指分支机构为获得职工提供的服务而给予各种形式的报酬以及其他相关支出。分支机构资产总额，是指分支机构在经营活动中实际使用的应归属于该分支机构的资产合计额。
上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额，是指分支机构上年度全年的营业收入、职工薪酬数据和上年度12月31日的资产总额数据，是依照国家统一会计制度的规定核算的数据。一个纳税年度内，总机构首次计算分摊税款时采用的分支机构营业收入、职工薪酬和资产总额数据，与此后经过中国注册会计师审计确认的数据不一致的，不做调整。
1）汇算清缴补退税款 汇总纳税企业在纳税年度内预缴企业所得税税款少于全年应缴企业所得税税款的，应在汇算清缴期内由总、分机构分别结清应缴的企业所得税税款；预缴税款超过应缴税款的，主管税务机关应及时按有关规定分别办理退税，或者经总、分机构同意后分别抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。
汇总纳税企业未按照规定准确计算分摊税款，造成总机构与分支机构之间同时存在一方（或几方）多缴另一方（或几方）少缴税款的，其总机构或分支机构分摊缴纳的企业所得税低于按规定计算分摊的数额的，应在下一税款缴纳期内，由总机构将按规定计算分摊的税款差额分摊到总机构或分支机构补缴；其总机构或分支机构就地缴纳的企业所得税高于按规定计算分摊的数额的，应在下一税款缴纳期内，由总机构将按规定计算分摊的税款差额从总机构或分支机构的分摊税款中扣减。
2）查补税款的分摊和入库 总机构所在地主管税务机关应加强对汇总纳税企业申报缴纳企业所得税的管理，可以对企业自行实施税务检查，也可以与二级分支机构所在地主管税务机关联合实施税务检查。
总机构所在地主管税务机关应对查实项目按照《企业所得税法》的规定统一计算查增的应纳税所得额和应纳税额。总机构应将查补所得税款（包括滞纳金、罚款，下同）的50%按照依规定计算的分摊比例，分摊给各分支机构（不包括不就地分摊缴纳企业所得税的二级分支机构）缴纳，各分支机构根据分摊查补税款就地办理缴库；50%分摊给总机构缴纳，其中25%就地办理缴库，25%就地全额缴入中央国库。
汇总纳税企业缴纳查补所得税款时，总机构应向其所在地主管税务机关报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表和总机构所在地主管税务机关出具的税务检查结论，各分支机构也应向其所在地主管税务机关报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表和税务检查结论。
二级分支机构所在地主管税务机关应配合总机构所在地主管税务机关对其主管二级分支机构实施税务检查，也可以自行对该二级分支机构实施税务检查。
二级分支机构所在地主管税务机关自行对其主管二级分支机构实施税务检查，可对查实项目按照《企业所得税法》的规定自行计算查增的应纳税所得额和应纳税额。计算查增的应纳税所得额时，应减除允许弥补的汇总纳税企业以前年度亏损；对于需由总机构统一计算的税前扣除项目，不得由分支机构自行计算调整。二级分支机构应将查补所得税款的50%分摊给总机构缴纳，其中25%就地办理缴库，25%就地全额缴入中央国库；50%分摊给该二级分支机构就地办理缴库。
汇总纳税企业缴纳查补所得税款时，总机构应向其所在地主管税务机关报送经二级分支机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表和二级分支机构所在地主管税务机关出具的税务检查结论，二级分支机构也应向其所在地主管税务机关报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表和税务检查结论。