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企业所得税汇算清缴是指处于生产经营期间的纳税人依照税收规定，在一定期限内，自行计算一个纳税年度的应纳税所得额和应纳所得税额，比较预缴企业所得税的数额，确定应补或者应退税额，并填写企业所得税年度纳税申报表，向主管税务机关办理企业所得税年度纳税申报，提供或留存备查有关资料，结清全年企业所得税税款的行为。
为加强企业所得税征收管理，国家税务总局根据《企业所得税法》及其实施条例和《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称《税收征管法》）及其实施细则的有关规定，于2009年4月16日重新制定印发了《企业所得税汇算清缴管理办法》（国税发〔2009〕79号，以下简称国税发〔2009〕79号文件），以进一步规范企业所得税汇算清缴工作。《企业所得税汇算清缴管理办法》自2009年1月1日起执行。
依据国税发〔2009〕79号文件第三条第一款的规定，凡在纳税年度内从事生产、经营（包括试生产、试经营），或在纳税年度中间终止经营活动的纳税人，无论是否在减税、免税期间，也无论盈利或亏损，均应按照《企业所得税法》及其实施条例和本办法的有关规定进行企业所得税汇算清缴。具体来说，实行企业所得税汇算清缴的纳税人有：
（1）按查账征收方式征收企业所得税的居民企业。国税发〔2009〕79号文件第十三条明确，实行跨地区经营汇总缴纳企业所得税的纳税人，由统一计算应纳税所得额和应纳所得税额的总机构，按照上述规定，在汇算清缴期内向所在地主管税务机关办理企业所得税年度纳税申报，进行汇算清缴。
因此，实行企业所得税汇算清缴的纳税人根据是否在中国境内跨地区设立分支机构，又可分为汇总纳税企业和单一纳税企业。居民企业在中国境内跨地区设立不具有法人资格的分支机构的，该居民企业为汇总纳税企业。
（2）按核定应税所得率征收方式征收企业所得税的居民企业。
目前，不实行企业所得税汇算清缴的纳税人有：
（1）跨地区经营汇总纳税企业的各分支机构。国税发〔2009〕79号文件第十三条要求，跨地区经营汇总纳税企业的分支机构不进行汇算清缴，但应将分支机构的营业收支等情况在报总机构统一汇算清缴前报送分支机构所在地主管税务机关。总机构应将分支机构及其所属机构的营业收支纳入总机构汇算清缴等情况报送各分支机构所在地主管税务机关。
（2）实行核定定额征收方式征收企业所得税的居民企业。
（1）按有关规定需进行完整年度纳税申报的跨地区经营企业分支机构，也应按规定填报企业所得税年度纳税申报表，但不属于标准的汇算清缴，其计算的应纳所得税额，有的按比例就地缴纳，有的不就地缴纳。
（2）依据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号发布，国家税务总局公告2018年第31号修改，以下简称税务总局公告2012年第57号）第十一条的规定，汇总纳税企业汇算清缴时，总机构除报送企业所得税年度纳税申报表和年度财务报表外，还应报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表、各分支机构的年度财务报表和各分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明；分支机构除报送企业所得税年度纳税申报表（只填列部分项目）外，还应报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表、分支机构的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）和分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明。因此，跨地区经营汇总纳税企业的各分支机构尽管也要报送企业所得税年度纳税申报表（只填列部分项目），但不属于汇算清缴。
依据《企业所得税法》第五十四条第三款和第五十五条第一款的规定，汇算清缴期限根据企业经营活动的起止状况和持续经营状况，分为两种：
这一汇算清缴期限主要适用于以前年度已从事经营活动且当年持续经营至年底和年度中间开业且持续经营至年底的纳税人。这两类纳税人应当自年度终了之日起5个月内，向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表，并汇算清缴，结清应缴应退税款。
有人认为，企业所得税汇算清缴期限的截止日期是每年5月31日。这一说法或做法实际上不符合《税收征管法》及其实施细则的规定，而国税发〔2009〕79号文件的制定依据包括《税收征管法》及其实施细则的有关规定。
《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》（以下简称《税收征管法实施细则》）第一百零九条规定，《税收征管法》及本细则所规定期限的最后一日是法定休假日的，以休假日期满的次日为期限的最后一日；在期限内有连续3日以上法定休假日的，按休假日天数顺延。法定休假日应包括法定公休日和法定节假日。
纳税申报期限和缴纳税款期限属于《税收征管法》及其实施细则规定的期限。关于纳税申报期限，《税收征管法》第二十五条第一款规定，纳税人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实办理纳税申报，报送纳税申报表、财务会计报表以及税务机关根据实际需要要求纳税人报送的其他纳税资料。
关于缴纳和解缴税款期限，《税收征管法》第三十一条第一款规定，纳税人、扣缴义务人按照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的期限，缴纳或者解缴税款。
企业所得税的纳税申报期限和缴纳税款期限是由《企业所得税法》及其实施条例规定的。对没有在年度中间终止经营活动的企业来说，其纳税申报期限和缴纳税款期限是“年度终了之日起5个月内”。依据《税收征管法实施细则》第一百零九条的规定，这一期限的最后一日是法定休假日的，应以休假日期满的次日为期限的最后一日；在期限内有连续3日以上法定休假日的，应按休假日天数顺延。
如果纳税人未按照规定期限缴纳税款，税务机关应依据《税收征管法》及其实施细则的规定对纳税人加收滞纳金。《税收征管法》第三十二条规定，纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。《税收征管法实施细则》第七十五条明确，《税收征管法》第三十二条规定的加收滞纳金的起止时间，为法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的税款缴纳期限届满次日起至纳税人、扣缴义务人实际缴纳或者解缴税款之日止。
所以，企业汇算清缴期限截止日期的确定，关系到对未按照规定期限缴纳税款的纳税人加收滞纳金问题，影响到税收执法和纳税人合法权益问题。
这一汇算清缴期限主要适用于以前年度已从事经营活动但在当年年度中间终止经营活动和在年度中间开业且年底前终止经营活动的纳税人。这两类纳税人应当自实际经营终止之日起60日内，向税务机关办理当期企业所得税汇算清缴。
国税发〔2009〕79号文件第四条第二款明确，纳税人在年度中间发生解散、破产、撤销等终止生产经营情形，需进行企业所得税清算的，应在清算前报告主管税务机关，并自实际经营终止之日起60日内进行汇算清缴，结清应缴应退企业所得税款；纳税人有其他情形依法终止纳税义务的，应当自停止生产、经营之日起60日内，向主管税务机关办理当期企业所得税汇算清缴。
国税发〔2009〕79号文件第九条明确，纳税人因不可抗力，不能在汇算清缴期内办理企业所得税年度纳税申报或备齐企业所得税年度纳税申报资料的，应按照《税收征管法》及其实施细则的规定，申请办理延期纳税申报。
国税发〔2009〕79号文件第十条规定，纳税人在汇算清缴期内发现当年企业所得税申报有误的，可在汇算清缴期内重新办理企业所得税年度纳税申报。
国税发〔2009〕79号文件第十二条要求，纳税人因有特殊困难，不能在汇算清缴期内补缴企业所得税款的，应按照《税收征管法》及其实施细则的有关规定，办理申请延期缴纳税款手续。
居民企业所得税汇算清缴的地点就是其纳税地点。《企业所得税法》第五十条第一款规定，除税收法律、行政法规另有规定外，居民企业以企业登记注册地为纳税地点；但登记注册地在境外的，以实际管理机构所在地为纳税地点。《企业所得税法实施条例》第一百二十四条解释，《企业所得税法》第五十条所称企业登记注册地，是指企业依照国家有关规定登记注册的住所地。
企业所得税应按纳税年度计算。依据《企业所得税法》第五十三条的规定，纳税年度有3种情形：
（1）公历年度。即纳税年度自公历1月1日起至12月31日止。正常持续经营的企业，纳税年度即为公历年度。
（2）1个公历年度中不足12个月的实际经营期。企业在1个纳税年度中间开业或者终止经营活动，使该纳税年度的实际经营期不足12个月的，应当以其实际经营期为1个纳税年度。这又有3种情况：①在某一公历年度中间开业，持续经营至年底；②以前年度持续经营至年初，但在该公历年度中间终止经营活动；③在某一公历年度中间开业，在该公历年度年底前又终止经营活动。
（3）清算期间。企业依法清算时，应当以清算期间作为1个纳税年度。由于企业清算事务多少不同，因此，清算期间可能会不足12个月，也有可能会长于12个月。企业清算的纳税年度，不属于汇算清缴的纳税年度。
《企业所得税法》第五条规定，企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。
《企业所得税法实施条例》第十条解释，《企业所得税法》第五条所称亏损，是指企业依照《企业所得税法》和本条例的规定将每一纳税年度的收入总额减除不征税收入、免税收入和各项扣除后小于零的数额。
在这里需要注意的是，计算企业的应纳税所得额时，是从企业每一纳税年度的收入总额中减除4项——不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损；确认企业的亏损时，是从企业每一纳税年度的收入总额中减除3项——不征税收入、免税收入、各项扣除。结合现行企业所得税年度纳税申报表，从企业每一纳税年度的收入总额中减除不征税收入、免税收入、各项扣除，即纳税调整后所得。亏损实际上是纳税调整后所得小于零的数额。我们不能说企业的亏损是企业的应纳税所得额小于零的数额。
1）税法优先原则 《企业所得税法》第二十一条规定，在计算应纳税所得额时，企业财务、会计处理办法与税收法律、行政法规的规定不一致的，应当依照税收法律、行政法规的规定计算。
对同一业务或同一事项，如果既有企业财务、会计处理办法的规定，又有税收法律、行政法规的规定，且两者规定一致、没有抵触，则依照企业财务、会计处理办法的规定计算应纳税所得额，与依照税收法律、法规的规定计算应纳税所得额，没有差别。
《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号，以下简称税务总局公告2012年第15号）第八条对税前扣除规定与企业实际会计处理之间的协调问题也做出了如下规定：根据《企业所得税法》第二十一条规定，对企业依据财务会计制度规定，并实际在财务会计处理上已确认的支出，凡没有超过《企业所得税法》和有关税收法规规定的税前扣除范围和标准的，可按企业实际会计处理确认的支出，在企业所得税前扣除，计算其应纳税所得额。
对某一业务或某一事项，如果只有企业财务、会计处理办法的规定，而没有税收法律、行政法规的规定，如何计算应纳税所得额呢？《国家税务总局关于做好2009年度企业所得税汇算清缴工作的通知》（国税函〔2010〕148号，已废止）对有关企业所得税纳税申报口径曾有过这样的表述：根据《企业所得税法》精神，在计算应纳税所得额及应纳所得税时，企业财务、会计处理办法与税法规定不一致的，应按照《企业所得税法》规定计算。《企业所得税法》规定不明确的，在没有明确规定之前，暂按企业财务、会计规定计算。我们认为，不是“暂按”财务、会计规定计算，而是“应按”财务、会计规定计算，因为在这种情况下，没有税收法律、行政法规作为计算依据。
2）权责发生制原则 权责发生制在会计准则中是作为会计基础加以规范的，会计准则要求，企业会计的确认、计量和报告应当以权责发生制为基础。《企业所得税法实施条例》第九条规定，企业应纳税所得额的计算，以权责发生制为原则，属于当期的收入和费用，不论款项是否收付，均作为当期的收入和费用；不属于当期的收入和费用，即使款项已经在当期收付，均不作为当期的收入和费用。本条例和国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。
3）独立交易原则 《企业所得税法》第四十一条规定，企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。《企业所得税法实施条例》第一百一十条明确，独立交易原则是指没有关联关系的交易各方，按照公平成交价格和营业常规进行业务往来遵循的原则。
除计算应纳税所得额的基本原则外，企业所得税在收入确认和税前扣除方面还有其他适用原则，我们将在后面相关章节中分析。
应纳税所得额的计算方法有两种：一种是依据税法规定的应纳税所得额的定义计算，另一种是依据企业所得税年度纳税申报表的填报要求计算。前者通常称为直接法，又称定义法；后者通常称为间接法，又称报表法。
在直接法下，企业直接依据税收法律、法规的规定确认收入总额，并从收入总额中减除依据税收法律、法规的规定确认的不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损，以其余额为应纳税所得额。这样做，应纳税所得额计算过程与企业的财务、会计处理过程就形成了两条线，企业一方面要依照财务、会计处理办法的规定计算利润总额，另一方面要依照税收法律、行政法规的规定计算应纳税所得额，工作量自然会增大。
在间接法下，企业先依照财务、会计处理办法的规定计算利润总额，然后对同一业务或同一事项就财务、会计处理办法的规定和税收法律、法规的规定之间的差异进行纳税调整，再减除允许弥补的以前年度亏损，以其余额为应纳税所得额。这样做，应纳税所得额计算过程与企业的财务、会计处理过程就形成了一条线，企业在依照财务、会计处理办法的规定计算利润总额的同时，就可以依照税收法律、行政法规的规定对利润总额进行纳税调整，与直接法相比，工作量自然会减小。
为便于企业所得税征管，减轻企业所得税纳税人纳税申报的工作量，目前居民企业所得税年度纳税申报表是采用间接法计算应纳税所得额的，因此这种方法又称报表法。
由于企业所得税征收管理和税收收入均衡入库的需要，企业在正常经营活动期间的所得税有预缴、汇算清缴之分；企业终止经营活动的，自企业实际生产经营终止之日起的清算期间，要进行企业清算的所得税处理。因此，应纳税所得额有预缴所得税应纳税所得额、汇算清缴所得税应纳税所得额和清算所得税应纳税所得额三种，相应地，应纳税额也有预缴所得税应纳税额、汇算清缴所得税应纳税额和清算所得税应纳税额。我们平常所称的应纳税所得额和应纳税额一般是指汇算清缴所得税应纳税所得额和应纳税额。
无论是预缴所得税、汇算清缴所得税或清算所得税，都要通过纳税申报表将应纳税所得额和应纳税额反映出来。比较预缴所得税、汇算清缴所得税或清算所得税的纳税申报表，我们发现，这三种应纳税所得额的计算方法是有区别的。汇算清缴所得税应纳税所得额的计算方法就是间接法；预缴所得税应纳税所得额（即“实际利润额”）是在利润总额的基础上，进行四项调整计算的，即加上特定业务计算的应纳税所得额，减去不征税收入，资产加速折旧、摊销（扣除）调减额，免税收入、减计收入、加计扣除，所得减免等优惠金额和弥补以前年度亏损，没有税会差异的纳税调整。因此，预缴所得税应纳税所得额的计算方法处于间接法和直接法之间；而从清算所得和清算期间应纳税所得额的计算过程看，清算所得税应纳税所得额的计算方法更接近于直接法。