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集中供热建设资金来源于国家债券、城市基础设施配套费（供热分成部分）、城市维护建设税、银行贷款、环境污染治理费等。国家债券是为了公共建设而向社会公众筹措的资金，与城市维护建设税、环境污染治理费同属于稳定的资金来源，但只能用于公共建设，大多拨付国有集中供热企业进行城市规划热网建设。对于自筹自建的私营供热企业而言，主要资金来源一是向申请加入集中供热的建设单位或房屋所有权人收缴的供热基础设施建设配套费；二是银行贷款，私企相比国企争取银行贷款的难度更高。私营供热企业的资金来源并不稳定，且财务成本很高。
供热建设资金的收取、使用及日常管理由城市公用事业行政主管部门负责。供热工程建设配套费的征收标准与流程，及其拨付流程均欠缺，费用的征收与使用存在普遍的不公平、不合理现象。城市公用事业行政主管部门也没有对每年集中供热建设资金的征收和使用情况进行公布，资金管理的透明度极低。
集中供热建设资金主要用于集中供热工程的热源厂、供热管网、公共热交换站等供热建设工程和已有住宅中居民用热户的用热设施的建设。大部分城市并未出台供热工程建设配套费使用管理有关办法，对其使用范围及建设责任进行明确规定，导致资金的拨付对象和额度不明确，无法评价资金使用的公平性和效率。
供热质量保证金由供热企业设立，来自各采暖季初热用户缴纳采暖费的一部分，用以保障供热企业的供热质量与延续性，在采暖季结束时向热用户清退。供热质量保证金由供热企业自行保管，征收与使用受到市集中供热和燃气管理办公室的监督。目前，由于缺少明确的供热质量保证金清退管理办法，大部分城市清退热费往往不及时。供热企业没有向物业公司和热用户公布供热质量保证金的征收和使用情况，资金管理透明度极低。
物业公司负责根据热计量表超标记录核算供热不达标的天数及应退费金额。但很少有物业公司对不达标天数和应退费金额在小区张贴公布，导致热用户对供热不达标情况的采暖费清退权益知晓率很低，不能保证供热质量保证金的足额清退，资金使用效率很低。
城市供热保障金来源于市财政拨款、采暖费提取、环境保护专项资金等。
由市政公用事业局设立并管理供热保障金用于社会保障，对符合条件的低保户的采暖费进行减免。目前，大部分城市并未出台城市供热保障金统筹管理办法对供热保障金的归集、使用与管理进行明确规定，缺少清晰的补贴标准，资金征收使用不公开，管理透明度很低。
在我国福利性的集中供热策略下，为保证居民基本生活需求、减轻市民负担，政府通常将热价设定在较低水平，集中供热企业的成本与热价时常倒挂。为维持集中供热企业正常运转，保证居民基本的取暖需求，政府需要对集中供热企业进行补贴。地方政府通过对集中供热企业给予专项补贴的方式促进福利热的供给。
在出现热价与供热成本倒挂的现象时，由市城市管理委员会向市政府发出请求市政府给予供热企业补贴资金的申请。申请中说明供热成本测算结果，说明燃料价格、人力资本价格等的波动情况，论证成本与热价之间的缺口，缺口由供热企业承担并消化，导致了供热企业资金短缺。为了保证必要的供热设施更新、改造、维修，需要投入资金；为了避免资金短缺给冬季安全供热留下隐患，需要市政府给予专项补贴。在收到市城市管理委员会的申请后，市政府需对供热成本信息展开调查。在确定信息准确无误，确实存在成本倒挂，有必要给予补贴缓解供热企业政策性亏损后，市财政部门发出“关于拨付市城市管理委集中供热市级补贴资金的通知”，说明收到市城市管理委对采暖期集中供热补贴的申请，经研究决定拨付专项资金用于采暖期集中供热市级补贴，支出功能分类科目列“其他城乡社区公共设施支出”，政府预算支出经济分类科目列“其他商品和服务支出”。在这种补贴框架下，供热被视为一种福利。专项补助资金可来源于中央、省级或市级政府预算、社会救助项目或其他。
有时针对特定的集中供热管网建设、更新改造工程，供热企业也可以获取专项补贴。由市政府发出通知，因供热企业承接某项供热设施建设工程（如老旧小区供热管网改造），市政府给予其一定资金用于专项建设。
另外，为了保证特殊人群的取暖需求，还有专门面向低收入家庭集中供热的专项补贴，用以缓解其在取暖方面的经济负担。这类转型补贴注重提高经济效率，且提高了公平性。为了完善集中供热补贴这一社会救助计划，政府需要在发放补贴时对补贴的方式和对象作出清晰界定，具体包括：社会救助标准，即界定应得到社会救助的用户群体；社会救助额；社会救助资金如何筹集；社会救助范围的预测结果；节能激励机制，如参与建筑改造工程建设的义务。
这种补贴机制在实施中存在着四点问题：首先，对于未被集中供热管网覆盖的居民，或自愿不选择集中供热服务的居民而言，由政府利用来自全社会税收的财政资金补贴集中供热服务是不公平的。其次，得到补贴的集中供热企业缺乏降低生产成本的动力，反而可能亏损越多，获得补贴越多，这种情况会导致企业对财政补贴的依赖性越来越强，财政补贴资金压力越来越大。再次，不利于激励用户提高终端用热效率，因为福利性低热价使得热用户的用热成本偏低，低估了供热服务的价值，缺乏降低取暖支出的动力。最后，在有限的财政预算约束下，对集中供热的补贴将挤占用于扶持其他项目的公共资金。
中央财政资金自2017年起支持北方地区冬季清洁取暖工作。由补贴资金申请城市编制预算使用方案工作大纲，由财政部对预算使用方案进行审批，确定可以获得补贴的试点城市。《关于下达2019年度大气污染防治资金预算的通知》确定了北方冬季清洁取暖试点补助资金试点城市的名单及资金额。该通知要求：清洁取暖专项补贴资金可用于北方试点城市的居民清洁取暖改造，包括热源的改造、供热管网的升级改造和具有改造价值的民用建筑的节能改造以及清洁燃料使用。相关清洁取暖改造项目可申请获取专项补贴，补贴的政府预算支出经济分类科目列“节能环保支出”。
中央清洁取暖补贴方案的使用整体上侧重农村清洁取暖项目，包括乡镇地区集中供热项目建设、农村地区改气及改电项目，对城市清洁化改造工程的支持力度较低。补贴对象选取的标准、补贴额度确定的标准以及补贴资金使用的规范由市级政府自行确定。获批的清洁取暖试点城市设立冬季清洁取暖基金，建立清洁取暖项目财政补贴机制，按照财政部批准的清洁取暖改造资金预算使用工作方案，对中央财政补贴资金进行规范使用。同时试点城市要在中央财政补贴的基础上，配套相应额度的省级和市级财政资金，以保障改造项目的顺利推进。由试点城市按照居民可承受的根本原则，结合试点城市各自的资源禀赋特性，确定资金支持的清洁取暖方案，以及对居民用户清洁取暖设备初装费用和运行费用的补贴额度。财政补贴对象应合理，补贴资金与居民自筹资金的比例应适中，以保证清洁取暖项目的可持续性，居民不出现复烧散煤、秸秆等现象。由于并未给出补贴对象选取的标准以及补贴额度确定的标准，地方清洁取暖补贴的合理性和公平性有待论证。
另外，政府设有大气污染综合治理财政补助资金预算，相关燃煤供热锅炉的拆改、热电厂关停等工作也可以从该项资金中获取补贴。