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只有更近一步地了解达尔文的生平事迹，才能真正明白达尔文的苦衷，因为达尔文提出的进化论是颠覆性的。人们都认为，达尔文的进化论之所以是颠覆性的，是因为他提出人不是由上帝创造而是由猿猴变化而成。事实上，达尔文的祖父已经提出了完整的进化论思想，认为物种是有独立起源的，物种是变化的，而非上帝创造的。此外， ［10］ 还有诸如拉马克进化主义等，这些理论在几十年前就被提出了。
进化是没有方向的。每个物种都无法真正掌控自己的命运，这才是达尔文真正的发现。对他来说，自然是没有任何感情、立场的死神，手持一把剪刀，冷冷地注视着所有人，并随时会将不适合生存的物种剪掉，让那些适合的物种生存下去。
我们所见的世界，是如此地美丽和宁静，这里有鸟儿在歌唱，有海洋生物在游动，但那只是表象。在亿万年前，无论是恐龙还是三叶虫，任何一种生物都有着一段悲惨的历史，没有一种生物能逃过大自然用剪刀所做出的判决。每个物种都在不停地化作尘埃，然后重新组成新的物种，再投入“进化”的长河中，从来没有哪个种族能够掌握自己的命运。自然界没有方向，所有的生物都在与这把剪刀赛跑。任何一个物种，都无法掌控自己的未来，也没有任何一个物种，能够凭借自己的努力，得到一种向上的力量 ［11］ 。
因此，达尔文并没有将上帝赶下神坛，而是将人类生存的信心和信念摧毁了。当人们自认为正在为了更好的生活而努力的时候，达尔文却用一种优雅的英国文学风格，嘲讽道：“你们什么都不懂，大自然的剪刀在决定你们，你们自己什么都决定不了。”这才是达尔文进化论真正的精髓。
那时，英国伦敦还有一名留着络腮胡的男子，这名男子名叫马克思，距离达尔文的住所只有16英里，他们虽然是同时代的人，却从未谋面。马克思也是历史上的颠覆性人物，在马克思的内心深处有一种强烈的信念，他相信自己正在为人类指引一条光明的道路，这就是为什么他笔耕不辍。也正因为如此，达尔文才会如此痛苦，20多年不敢动笔。事实上，自进化论问世以来，达尔文所受到的各种非议持续到现在。无数人攻击他，包括他最好的朋友。达尔文的进化论不能满足那个时代的科学规范，许多英国著名的科学家都在反对他。时至今日，我们仍然认为达尔文的进化论是一个假说 ［12］ 。
达尔文这些颠覆性的想法，让他身边的人感到非常害怕。他的妻子非常爱他，在嫁给他之前写了一封信，信里说：“我非常爱你，但是你这套理论彻底得罪了上帝，我嫁给你之后，我们相爱一生之后还能在天堂重逢吗？”达尔文后来在日记里写道：“每到深夜的时候，我经常抱着这封信沉痛地哭泣，因为我真的不知道我和我的妻子能不能在天堂重逢。”达尔文活到73岁，他临死前留下遗嘱，表明自己想要一具普通的棺木。可是后来，英国人却不顾他的遗愿，为他制作了一具豪华的棺木，将他安葬在威斯敏斯特大教堂，与牛顿以及一生都反对他的英国物理学家开尔文同眠于此。虽然达尔文做出了巨大的贡献，但是却没有实现自己的遗愿，而是与反对他一辈子的科学家同眠，就这样被定格在了历史上。达尔文的故事告诉我们，创造要付出的可不只是智慧，更重要的是勇气。
达尔文在有了自然选择的想法之后，并不急于将其公诸于众，而是收集了大量资料之后，到1842年才把这个理论记录下来，并把手稿寄给几位友人征求意见。
1844年，苏格兰出版家罗伯特·钱伯斯匿名出版了《创造的自然史之残迹》一书，提出一种直线性进化论，将进化机制归结于环境的累积或营养的改变。该书在英国臭名昭著，不仅受到宗教人士的抨击，也由于充满科学错误而饱受科学界人士的批评。达尔文很担心如果仓促将进化论公布于世，也会遭受同样的命运。作为一个天性平和的人，他想尽力避免以上情况的发生，并做好了在死后才发表其成果的准备。他留下一份遗嘱，交代了在他死后如何处理进化论的手稿。
1858年夏天，达尔文收到了华莱士的信，这封信迫使他不得不在生前发表自然选择理论。华莱士是一位年轻的生物地理学家，和达尔文一样，他在马来群岛考察时所观察到生物的地理分布特点也促使他思考生物进化的问题。华莱士在一场病中受到马尔萨斯《人口论》的启发，也因此独立地提出了自然选择理论。他出身贫寒，又极其反对基督教，没有达尔文作为上层社会人士的种种顾虑，因此以一股初生牛犊不怕虎的劲头，用三个晚上就写成了一篇论证自然选择的论文，寄给达尔文征求意见。然而，他并不知道那时的达尔文已经花了20多年时间钻研进化论。他之所以会找达尔文征求意见，纯粹是因为达尔文完成“贝格尔号之航”后就在生物地理学界确立的崇高地位 ［13］ 。
达尔文看了华莱士的论文，见到自己的理论出现在别人的文章中时，其震惊和沮丧可想而知。他的第一个念头，是压下自己的成果，让华莱士独享殊荣。然而，他的朋友，地理学家赖尔和植物学家虎克均早已阅读过他有关自然选择的手稿。在他们的建议下，达尔文将自己的手稿压缩成一篇论文，和华莱士的论文同时发表在1858年林耐学会的学报上。这两篇论文并没有引起多大的反响。在赖尔和虎克的催促下，达尔文在1859年发表了《物种起源》（篇幅只是他准备多年的手稿的1/3左右），这才掀起了轩然大波。由于《物种起源》的成功，或许也受到达尔文的人格与智慧的影响，虽然华莱士与达尔文同享发现自然选择理论的殊荣，但是华莱士却总是将荣耀归功于达尔文一人，并把自然选择理论称为“达尔文主义”——这个称呼沿用至今。这个称呼恰如其分，不仅是因为达尔文对自然选择的发现比华莱士早了20年，也不是因为华莱士与达尔文联合发表的论文未受重视，而是因为《物种起源》才是自然选择理论真正的开山之作。更重要的是，华莱士对自然选择理论的理解不如达尔文那么准确、深刻。
1887年，达尔文的儿子法朗士·达尔文整理并出版了《达尔文自传》。由于在原《达尔文自传》中的“宗教观点”一节，达尔文表达了对基督教强烈的反感情绪，例如，他诅咒《圣经》是“该死的教义”。达尔文的妻子埃玛对此十分不满，提出：“我以为，他写得太粗鲁了。”为此，她坚决要求法朗士·达尔文删去“宗教观点”这一节。因此，首版《达尔文自传》是经过删节的。1958年，达尔文的孙女诺拉出版了未删节的《达尔文回忆录》。在这两本由达尔文的嫡亲整理出的最具权威的“自传”里，并不能找到传福音书籍所说的有关达尔文信主的见证，相反却让我们看见了一个坚定的上帝的反叛者的真实自白——这些真心话他在外面轻易不说。
必须承认，达尔文是个正派的科学家！他曾慷慨地向教会捐款。看到野蛮的土人被基督教所感化而变得文明了，他就积极支持基督教会的传道工作，他曾经和贝格尔号皇家军舰舰长罗伯特·菲茨罗伊联名写了《一封关于塔希提岛和新西兰等岛居民道德状况的意见》，向英国政府、教会和公众倡议支持传教事业。
科学家布鲁诺、伽利略被迫害的阴影始终笼罩在达尔文的心里，使得他迟迟不敢发表早已写完的《物种起源》，他知道一旦发表就会引起轩然大波——事实证明的确如此。他不是革命家，也不是传教士，他只是一个拥有十个孩子的父亲，他不具备“坐牢”“殉道”的勇气和胆量。他对宗教只能“敬而远之”。