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序言
一个独特细胞群的信息输出

1.缘起

如果用一个词来概括我写这本书的初衷,那绝不是雄心壮志。我的写作目的很简单:让学生不抵触细胞生物学。

我在医学院校讲授细胞生物学,历届学生课后的反馈几乎是一致的:细胞生物学难学。而其中最关键的一条是:细胞生物学缺少逻辑而显得尤其难。细胞缺少逻辑吗?不。尽管我们现在还无法清楚地解释细胞的起源和走向,但细胞逻辑绝对是生命的关键。细胞的诞生一定符合某种逻辑,不管是基于物理学的热力学定律、信息论的所谓“万物源自比特”,还是细胞的某种独特之处。甚至生物学的英文biology,都是由表示生物的前缀bio-和表示逻辑的后缀-logy组成,可以看作生物的逻辑。顺便说一句,biology一词来自大名鼎鼎的 拉马克 ,他是进化论的先驱。物理(physics)、化学(chemistry)、数学(mathematics),乃至医学(medicine)都没有缀以逻辑之名这个殊荣。那为什么学生会一致抱怨,甚至有些抵触呢?一个可能的原因是细胞生物学内容博大而逻辑潜隐不显。

同其他学科相比,细胞生物学更多的是现象罗列,而逻辑微妙难寻。其他学科,例如数学,其逻辑是显而易见的。 罗素 甚至试图以《数学原理》( The Principles of Mathematics )为蓝本,构建出宏伟庄严又简单的数理逻辑大厦。再比如物理学,由牛顿力学、相对论和量子力学撑起了精深而神秘的物理逻辑天空。细胞生物学则不然,由于它是一门还在迅速发展的学科,其呈现方式主要是现象的罗列,现象之间似乎缺少联系而稍显散乱,潜藏的逻辑如青涩的小女孩,“和羞走,倚门回首,却把青梅嗅”。如果说数学像蕴意深远、大量留白的中国水墨画,物理学像枝繁叶茂、浓墨重彩的西方油画,细胞生物学更像是一幅支离破碎、缺东少西的拼图。

完善细胞生物学这幅拼图是所有生命科学从业者的工作,任重而道远。但在这幅拼图尚未完成时,我能做些什么呢?我想我依然能做些事,比如根据已有的相对完整的知识,推测出细胞生物学逻辑的蛛丝马迹。

2.这本书的别致之处

如果用几个关键词来概括这本书,以显示其与众不同,我会选择逻辑、简单、神奇、思想、想象、趣味以及与时偕行。

这本书最初的设计是突出细胞的逻辑,让读者以某条主线来提挈整个细胞生物学,使阅读变得轻松和有趣。我终于在生物进化的大背景下,找到了效率与安全这两个关键词来描述细胞。也因为如此,本书的顺序不同于一般的细胞生物学作品。一般的细胞生物学作品是从外到内、从结构到功能来介绍的,所以常从膜开始,经由 内膜 系统,向内过渡到核,每一部分都是从结构的介绍过渡到功能的总结。本书则是以细胞的进化为一个中心,以效率与安全作为两个基本点,从内到外,从简单到复杂,从功能的要求到结构的具备,进而讲述细胞的故事。

为了凸显逻辑,我尽量追求简单。逻辑的石头是散落在知识点的水中的,但我想尽量平衡逻辑与知识。如果知识点过多过密,逻辑就不突出了,就像石头被水淹没了;如果逻辑的表述过繁,又可能过于空泛,就像干涸的河床,因看不到水的灵动而缺少生机。我希望能做到逻辑与知识的平衡,可能就像“江流有声,断岸千尺;山高月小,水落石出”的情境。当然平衡总是较难的,所以,如果我只能做到一点的话,我宁愿选择逻辑的简单,而不是知识的繁杂。我尽量减少使用专业词汇,每一章中的专业词汇不超过某一比例,就像要求肉骨头中骨头的比例不能过高一样,我在正文中也没有用多少英文专业词汇。我甚至希望只具有初、高中生物学背景的人都能无障碍阅读,当然这可能很难。对于无法避免的专有词汇,尽管在之前的章节中已经提及,在新的章节中再出现时我还是会做简要说明,希望不会因此得到啰唆的评价。总之,这是一本力图简明的科普之作。

在追求简单的过程中,常常有个度的问题。事实上任何一个细胞过程都很复杂,教科书或者论文中对某个细胞事件的描述都很简略,那么这种简略要达到什么程度才合适呢?比如对 细胞凋亡 的介绍,初中课本中可能止于现象,如细胞膨大、DNA断裂;大学教材中可能深入分子机制如 细胞色素 的释放;学术论文中则常给出更细致的,甚至包含动态过程的介绍等,会涉及更多的专有名词。我想,一个合适的度是:如果你想改变某个细胞过程,你能想到某种方法,那么这就是一个最低的度。比如对于细胞凋亡,如果只知道细胞膨大、DNA断裂,那么你是不会了解如何改变它的;假如知道了细胞色素释放等,那就可能想到改变这一事件的方法。对某一过程了解得越细致,改变这一过程的可能性就越大,能想到的方法也越多。但对于一本书而言,如果能让读者想到某种切实的方法,那就足够了。后人在评价诸葛亮时说,“三人务于精熟,而亮独观其大略”,本书的度就是试图揭示细胞的“大略”即逻辑框架,如果读者有进一步的需要,也能据此节节深入,达到“精熟”的程度。

在内容的选择上,我想凸显细胞的神奇。细胞生物学包罗万象,哪怕是教科书也会有所选择地呈现,而不可能巨细无遗。我们在课堂讲授时常常会突出所谓的重点和难点,这本书也力图做到这一点。但这本书还想体现细胞的神奇,而这一点在一般的教材中仅仅涉猎而已。比如细胞内负责水通过的孔道,有本领让水流经而又防止水中的细微物质通过,这是如何实现的呢?细胞内水的通道这种神奇的能力是值得展示的。

尽管在写作之初没有雄心,但在写作过程中我的愿望也像细胞增殖一样不可避免地潜滋暗长。我也希望像《自私的基因》的作者 理查德·道金斯 那样,传递某些形而上的,可以称为思想的东西,比如他提到的基因的自私性、 模因 的概念 [1] 。本书的雄心就是要显示“细胞经济学”的亮点。我在写作本书的过程中,逐渐体会到了经济性即安全高效是细胞的重要属性,而这一点在以往的教材、论文中并没有得到充分阐释。

这本书从进化的角度解读细胞,希望将细胞内部的每一个结构的来龙去脉交代清楚,而将数亿年来细胞的发展历程写明白,在一定程度上不依赖想象力是无法做到的,所以这本书的很多内容只能是一种基于想象而不是实证的解读。但读者同时也会发现,本书所有的想象都不是无迹可寻的,而是基于权威的学术专著和文献。

我也力图让这本书变得有趣。我对于这一点比以上其他的内容更有信心。这本书是文理兼容的,甚至从目录也能看出这一点,比如引用了大量的诗词歌赋。这是我自己的思维方式,不知道是否能产生共鸣。本书还有大量的比喻,希望以此降低理解的门槛。

除了以上诸多特点,这本书也吸收了细胞生物学的最新进展。细胞生物学是一门进展异常迅速的学科,其更新有时甚至达到以月、日来计算的程度。如果对这些新发现视而不见,就失之于迟钝,但如果不加选择只因为新就加以收录的话,又失之于草率。本书对新发现收录的标准是:该内容对细胞的大的逻辑框架有影响,就像一株老树的新枝,而不是新芽。比如本书单独开辟一章讲述 生物分子凝聚体 ,这一概念对细胞进化具有重要意义,无法也不应被忽视。

如果没有特殊说明,这本书的主要内容大多来自 布鲁斯·阿尔伯茨 等人的《细胞分子生物学》( Molecular Biology of the Cell Seventh edition )(第7版),这本书是细胞生物学领域的经典之作,上一版是在2014年出版,最新版是2022年7月1日才发售的 [2] 。本书中部分内容也参考了 丁明孝 等人的《细胞生物学》(第5版) [3] 。不可避免地,本书也引用了很多文献,这些文献选择的标准很简单,就是有较大的影响力,当然这受具体领域、发表时间的制约,无法尽善尽美。

这本书起名叫《细胞史记:造物的神奇》,有两个原因:第一个是本书对细胞结构都尽量给出进化上的溯源;第二个是在我看来,细胞本身也是一种历史的载体,是对进化中发生的重大事件的记录。

3.这本书的目录的逻辑

这本书的目录可能是令很多人迷惑的地方,因为不同于任何一本已知的细胞生物学教材。我有必要单独说说为什么采用这样一个目录。

信息是生命的根本,所以本书从信息开始;能量是细胞的驱动者,所以本书再谈能量;在能量具备的前提下,生化过程必须达到一定的速度才能孕育生命,于是接下来谈酶——一种近乎完美的催化剂;生命之初只能通过逻辑描述,于是有了 复制子 ;复制子的最初载体并非今天常见的DNA,反而是处于附属地位的RNA;RNA很早就同蛋白质结合,让功能多样化,生命因而加速,而RNA同蛋白质组成的 核糖体 也是细胞中最古老的结构之一;DNA虽然登场靠后,但很快展露出在复制上的巨大优势,后来居上;DNA的优势只有等膜具备后才能凸显,而随着包裹DNA、RNA和蛋白质的膜的形成,最初的细胞就诞生了;随着细胞的出现,基因正式登场,尽管其最核心的基础是物理实体DNA,基因更多是个逻辑概念,就像复制子;基因中蕴藏的生命信息需要从DNA经由RNA传递到蛋白质;在遗传信息传递中,每个环节都可调控;蛋白质调控中,对蛋白质的修饰尤其重要,需要单独讨论;基因表达生命信息的最简单个体是 原核细胞 ;甚至在原核细胞中就有了 细胞骨架 的萌芽,这是复杂生命的傲骨;随着细胞的发展,能量成为短板,于是 线粒体 加盟了;线粒体大大提高了能量生产效率,只有线粒体加盟后真核细胞才发展出来,真正的 细胞核 才形成;细胞核中最明显的就是从 染色质 染色体 的复杂变换;细胞核蕴藏信息的传递需要一系列细胞器的支撑,其中关键则是蛋白质的分配;除了简单的分配,细胞还有复杂的高效的批量运输方式,即膜运输;细胞需要随时对外界环境做出响应,这通过 信号转导途径 实现;在众多细胞成长过程中,周期性的染色质和染色体的变换竟是某种错觉,但细胞的衰老却是实实在在的,而细胞的死亡也无法避免;细胞若想开疆扩土,需要同外界建立复杂联系;在多细胞结构中,癌症成为一个死结;尽管如此,多细胞发育还是到来了,各个组织的 干细胞 则发挥分裂能力;不同细胞形式构成的生命体间的竞争从未止息,多细胞的免疫系统得以建立。细胞的未来之路如何呢?是否会终结于人工智能?我对此有乐观的看法。

那么本书的目录为什么始于信息、终于人工智能呢?用来解释《周易》顺序的《序卦传》第一句是“有天地,然后万物生焉”。最后一句是“物不可穷也,故受之以未济,终焉”。我想,从“万物生”到“物不可穷”,可能就是宇宙中信息的发展过程,而生命则是这信息洪流的河道。

4.这本书对谁友好?

我的这本书最初的计划受众只是我的学生,也就是医学院校学习细胞生物学的本科生。为此,我在组织材料时注意突出重点和难点,同时也覆盖大多数知识点。

除了本科生,我希望本书能影响初、高中生。他们已经具备了基本的生物学知识,但是对生命的原则、研究的方向还缺少了解,而这本书可以从这两方面提供帮助。

本书对那些以学术发现为主要目标的研究生可能也是一种参考。科学探索就是进入无人之境,本书所揭示的细胞的逻辑同样是无人之境的产物。当我们跳出具体知识的藩篱,而接触繁复的逻辑时,常常更容易对问题有宏大的视野和超然的见解,也就更容易发现问题、形成假设。

最后,我想本书揭示的生命的逻辑也可以让更多人从中受益。诺贝尔奖得主、德国化学家 曼弗雷德·艾根 曾说过:“化学反应同社会行为有很多相似之处。” [4] 艾根的发现可能意味着并非化学反应同社会行为相似,而是社会行为、人类智慧等其实就是基于更加基本的生物过程、化学反应,乃至物理规则,因此细胞的精彩之处对为人处世也有些许借鉴吧。德国哲学家 黑格尔 曾说:“人类从历史中得到的唯一教训,就是人类无法从历史中学到任何教训。”我想细胞一定不同意黑格尔的见解,因为细胞早已将生命进程中的每个教训写在基因里,那些不接受教训的,早已在历史中消亡。从这个角度理解细胞的逻辑,一定会给我们以诸多启迪。

“胞”罗万象,“细”说众生,而逻辑则能提纲挈领,纲举目张。既然要说逻辑,就从细胞的基本原理说起吧。 s4NNfqPkQ8r3TYwLKurEDNX4DZbPVTgXj+5JhQ5mohdxIw2tC9s1JmGiQCz9jgCS

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