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在遇到RNA以前，蛋白质的材料 氨基酸 可能已经存在一阵子了。从生成的容易程度上看，氨基酸的产生比RNA和蛋白质容易得多，因此，远在RNA出现以前，氨基酸可能就在地球上潜滋暗长了。但是因为不能彼此结合成为蛋白质长链，氨基酸从未获得统治的力量。它们可能偶尔昙花一现，既不能啸聚山林，更无法封疆裂土。偶然相逢的两个氨基酸不过是萍水相逢，终归相忘于江湖。
但是，当氨基酸遇到RNA之后，情况就完全改变了。RNA除能复制自己、催化针对RNA的很多反应（如剪接）之外，还能让氨基酸彼此相连，成为 多肽 。多肽进一步延长，成为蛋白质。传统意义上，2～50个氨基酸长链称为多肽，而大于50个氨基酸的多肽则称为蛋白质。从这个意义上说，RNA创造了蛋白质。
RNA是如何创造蛋白质的呢？对于远古时代RNA创造蛋白质的最初时刻，我们是无法了解细节的，但是可以从今天RNA制造蛋白质中一窥究竟。在今天，数种RNA通过和数十种蛋白质形成复杂的叫作 核糖体 的复合物，共同实现蛋白质的翻译。核糖体中的RNA叫作 核糖体RNA ，核糖体中的蛋白质叫作 核糖体蛋白 。核糖体RNA发挥酶的作用，能够帮助蛋白质形成，而核糖体蛋白质则起到辅助的、供RNA附着的骨架的作用。不仅如此，核糖体RNA甚至也有帮助核糖体蛋白正确折叠的能力。核糖体可能代表了RNA对蛋白质的最初的驯化。
核糖体RNA是极其古老的，正因为其古老，核糖体RNA可以用来对不同物种进行遗传学分析，通过比较其序列分析其亲缘关系。
有趣的是，今天的核糖体作为制造蛋白质的机器，本身也包含了很多的蛋白质。其实关于RNA和蛋白质更准确的说法是，RNA和氨基酸的亲密接触造就了蛋白质，而随着进化的发展，RNA本身同越来越多的蛋白质组装成核糖体。在 原核细胞 中，核糖体中的蛋白质多达55种，而在 真核细胞 中，核糖体中的蛋白质超过82种。
除了核糖体，一种叫作 核糖核酸酶P 的结构代表了RNA和蛋白质的再次接触。简单的切割和连接是RNA最紧迫的任务，如复制需要连接而分裂需要切割。核糖核酸酶P主要从事的，是切割RNA。具体地说，核糖核酸酶P能把一种负责运输氨基酸的RNA的半成品切成成品。例如大肠杆菌的核糖核酸酶P中一个RNA具有酶的活性，而一个蛋白质则作为辅助，提高效率、增加对目标的发现机会。
核糖核酸酶P中的RNA不仅发挥酶的作用，它还对蛋白质有很大的影响。大肠杆菌中的核糖核酸酶P的RNA能发挥 分子伴侣 的功能，帮助蛋白质折叠。分子伴侣是一种细胞内帮助蛋白质正确折叠的物质，主要是由蛋白质组成的，但最近发现RNA也具有分子伴侣的功能。有趣的是，大肠杆菌中的核糖核酸酶P的RNA不但起分子伴侣的作用，还能发挥质控作用：假如蛋白质发生了某些 突变 ，RNA会加速蛋白质的降解 [26] 。
核糖核酸酶P同样非常的古老，它几乎存在于所有的细胞之中，包括现在地球上的三类主要细胞： 细菌 、 古菌 、 真核细胞 。核糖核酸酶P也同样可以用来对物种亲缘关系进行分析，虽然在保守性上可能不如核糖体，比如针对 糖单胞菌 的亲缘关系判定时，使用核糖体中的一种RNA时不同糖单胞菌中一致性高达97.6%，而使用核糖核酸酶时，不同糖单胞菌中的一致性则为94.5% [27] 。但是核糖核酸酶用于测序时有其他方面的优势，比如序列较短、成本较低等。
核糖体和核糖核酸酶P都非常古老，但还有比较年轻的结构也一样由RNA和蛋白质组成，比如 剪接体 。之所以说剪接体年轻，是因为它是针对真核生物中特有的基因中的特殊序列进行加工的，因此其只存在于真核细胞之中。剪接体是细胞内对一种叫作 前体信使RNA 进行加工的结构，也是由RNA和蛋白质组成的，而其中具有活性的依然是RNA，蛋白质只起到辅助作用。
RNA和蛋白质的结合，是一种双赢。对于RNA来说，它的简单结构注定了酶活性缺少上升空间，蛋白质可以完全弥补RNA酶活性的不足；对于蛋白质而言，它无法复制和壮大，遇到RNA就像找到了组织，恰似久旱逢甘霖。RNA与蛋白质的结合，好比金风玉露的相逢。而随着蛋白质逐渐显露它的强大功能，RNA逐渐让贤了。
这当然也不是一蹴而就的，从RNA主导功能到蛋白质主导功能，经历了很长一段时间，比如一开始RNA依然没有撤离，而是扶上马、送一程。真核细胞中有种负责将蛋白质运输到 内质网 的结构，叫作 信号识别颗粒 ，就是由RNA和蛋白质组成的，其中的RNA已经不再有识别蛋白质的能力，而仅仅是作为铰链骨架结构维持着整个结构的稳定。
随着蛋白质功能的充分发挥，细胞内大部分功能都由蛋白质主导，但这不代表RNA的重要性降低了。恰恰相反，RNA依然负责最主要的部分，也就是蛋白质的翻译。
RNA编码蛋白质的能力看起来很神奇，但其实比想象的要简单。
编码的关键在于一一对应，就像电话其实就是声音和电流之间一一对应一样。对应的内涵有两个，首先是质上的。RNA同蛋白质一一对应的基础就是两者之间的一一匹配，物理基础就是两者之间的相互作用。RNA的组成单位即核糖核苷酸需要和氨基酸有适中的相互作用力，如果太弱，编码无从实现，就像声音转换的电流过弱，甚至不比噪声强，因而无法被解析一样；但如果核苷酸和氨基酸的结合太强也不合适，这样核苷酸就无法进一步传递信息，氨基酸也无法形成有效的蛋白质。
其次，核苷酸和氨基酸在数量上也要精确匹配。核苷酸有4种，氨基酸则有20种，如果一对一或者二对一，即一种或者两种核苷酸对应一种氨基酸，核苷酸显然无法掌控所有的氨基酸；但如果三对一，即3种核苷酸对应1种氨基酸，4 3 =64，那就太多了，核苷酸的组合远多于氨基酸并不是件好事情，因为这意味着多余（64–20=44）的核苷酸组合并不编码氨基酸，那么这些组合就可能被识别为一些特殊信号，如氨基酸合成的终止，这样至少也降低了编码的效率，因为在编码机器扫描RNA时，大多数遭遇的将是没有意义的信号（（64–20）/64≈2/3，即64–20=44种编码（占2/3）是无意义信号）。于是核苷酸和氨基酸之间的对应选择了在4 2 和4 3 之间的折中：首先由3种核苷酸对应1种氨基酸，这就至少在数量上保证了每一种氨基酸都有至少一个对应，其次在核苷酸和氨基酸对应时以前两种核苷酸为主，第三种核苷酸即使不同也能识别同样的氨基酸，这种策略，就实现了4 2 和4 3 之间的折中。这种不同核苷酸却能识别同样的氨基酸的机制，称为 简并性 [28] 。
不得不说，简并性是一项伟大的发明。为了贮存遗传信息、方便复制，核酸的结构要简单，当然也不能太简单，于是RNA和DNA的核苷酸数量都是4个。蛋白质的结构更复杂，氨基酸数量达到了20个。而在4与20之间进行安全、有效的匹配，这就是简并性的巨大力量。
有了核苷酸和氨基酸之间的匹配，RNA就能编码蛋白质了。英明君主就获得了驾驭良将的能力，得猛士兮守四方。
假如你把秘密泄露给了风，就不应责怪风把秘密泄露给了森林。而RNA把秘密泄露给了蛋白质，因为蛋白质是秘密的忠实守护者，秘密到此为止，永远不会再传出去。遗传信息从RNA传到蛋白质，却不会从蛋白质传回RNA，这是 中心法则 的后半部分。中心法则是遗传信息的传递法则，完整的内容是：遗传信息可以从DNA传递给RNA，从RNA传递给蛋白质，但却不会从蛋白质传递回RNA [29] 。遗传信息的传递是不可逆的。
为什么不存在利用蛋白质得到RNA的酶呢？原因可能很多。一个关键的原因是，充分发挥功能的蛋白质结构是复杂的，常常有各种折叠，这让解读信息变得不容易，当然这并非不可逾越的鸿沟，DNA同样经历复杂折叠。蛋白质在形成过程中还会经历某些修饰，如切割，这种情况还原为核酸就不大可能了。另一个关键的原因则可能是简并性的存在。不同的核苷酸序列可以编码同样的氨基酸以形成蛋白质，那么由氨基酸还原为核苷酸的话，要选哪个呢？这几乎是一个不可完成的任务。正因如此，没有从蛋白质到核苷酸的酶，遗传信息的传递只能是单向、不可逆的。
中心法则是一种否定的原理。自然科学中大多数的结论都是肯定性的，否定的极少，但如果有，那就一定非常重要。物理学中否定性原理很多，如热力学第一、第二定律，两者的另一种描述方式分别是第一类和第二类永动机制造不出来，还有如 宇称不守恒定律 、 泡利不相容原理 等。中心法则规定了遗传信息的流向，可能就像时间的不可逆一样重要。
当RNA取得统治地位并成功驾驭蛋白质之后，更强大的复制子DNA也开始浮出水面了，RNA的统治地位的终结也就不那么奇怪了。
一个令人奇怪的现象是，假如RNA曾经繁盛一时，为什么我们从未见过以RNA为遗传信息载体的细胞呢？确实有所谓的RNA病毒，它们中RNA充当遗传信息的载体，外面包被一层蛋白质称为 衣壳 ，但病毒不同于细胞，必须依赖细胞才能存在。另外，RNA病毒在进行复制时，必须首先转化成DNA，这被称为 逆转录 ，然后才能复制。没有以RNA为遗传信息载体的细胞。一个可能的解释是RNA的结构特点注定了它只能成为复制子，却无法成为细胞中的主宰。RNA成就了复制子，但也只能留下遗迹。
如果RNA有独立性格，它一定会说：“夫运筹策帷帐之中，决胜于千里之外，吾不如DNA。镇国家，抚百姓，给馈饷，不绝粮道，吾不如膜脂。连百万之军，战必胜，攻必取，吾不如蛋白质。此三者，皆人杰也，吾能用之，此吾所以取天下也。”但让RNA没有想到的是，自己只是那个运筹帷幄之中，决胜千里之外的角色，而DNA才是不求事必躬亲、垂拱而治的君主。随着DNA的到来，RNA作为主宰的时代，就黄鹤一去不复返了。
多肽（polypeptide）： 通过肽键连接的氨基酸短链。超过50个氨基酸残基组成的常称为蛋白质；氨基酸残基数量少于50多于20的肽称为多肽；氨基酸残基数量少于20多于2的肽称为寡肽，包括二肽、三肽和四肽等。
糖单胞菌（saccharomonospora）： 一种细菌。
简并性（degeneracy）： 不同密码子识别同样氨基酸的特点。
热力学第一定律（first law of thermodynamics）： 能量转化与守恒定律。
热力学第二定律（second law of thermodynamics）： 有很多描述，其中一种是封闭系统熵增。
宇称不守恒定律（parity nonconservation）： 弱相互作用中，互为镜像的物质的运动不对称。
泡利不相容原理（Pauli exclusion principle）： 在费米子组成的系统中，不能有两个或两个以上的粒子处于完全相同的状态。