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努尔哈赤立业五大战后，八旗中编入了数量不菲的明朝降兵和蒙古人，这些人根据上文所述的“相似族群编入同一佐领”的原则，成立了相应的汉军佐领和蒙古佐领。但是，努尔哈赤并没有为这两种佐领单独设立上层管理机构，这些佐领归各旗旗主统一管理。皇太极接班后，先后四次对八旗架构进行改革。
天聪初年，皇太极将大部分蒙古佐领从八旗中拿出，单独编立为“蒙古二旗”。这二旗不隶属于之前的任何一旗，直接听命于皇太极，相当于独立的二旗。这一举措，其实也是在配合皇太极在八旗中的集权，相当于他自己多了直辖两旗。
天聪五年（1631年）正月，皇太极又将新、旧降附的汉人从八旗中拿出，编为“汉军一旗”，以佟养性为旗主，总理该旗民政、军政。
这时的汉军主要是努尔哈赤时期第一拨归降的明军，为了与后文进行区分，我称其为“旧汉军”。该旗同样不隶属于八旗任何一旗，直接听命于皇太极。旗下军官像石廷柱、金玉和、金砺等人，均为第一拨投降的辽东军军官。因皇太极将后金的所有重炮都划归汉军旗使用，故该军在满语中被称为“乌真超哈”，翻译成汉语即为“重兵”。
此时的汉军旗共有各级军官327人，行营兵（野战部队）1660人，守兵（城防部队）1620人，炮手24人，合计3631人。按照“三丁抽一甲”的比例，此时汉军旗的壮丁数约为一万人，这也是当时八旗各旗的标准壮丁数。
到这会儿，后金相当于有十一个旗，即女真八旗、蒙古二旗和汉军一旗。
大凌河之战后，祖大寿系、张春属下投降的明军有一万余人，之后的孔、耿、尚三人又带来了一万余名士兵，我称这些人为“新汉军”。对这两拨人，皇太极采取了不同的整编方式。
由于祖大寿是被迫投降，而且他降而复叛，加之他的军队人数太多，所以皇太极并未将祖大寿系军队编入汉军旗或是再成立独立的旗，而是将他们分编为汉军佐领，安插入原有的八旗之中。跟随祖大寿投降的军官，也被分别安插进八旗之内，他们之前在明朝是什么官职，现在依旧是什么官职，待遇不变。
孔有德、耿仲明投降后，皇太极令该军“旗纛用皂（黑）色”。尚可喜投降后，皇太极令：“（旗帜）以白镶皂，号有德、仲明军为天祐兵，可喜军为天助兵。国语谓汉军‘乌真超哈’，有德等自将所部不相属。”
解释一下，皇太极将孔、尚、耿三人的军队编为两支独立作战部队，即“天祐兵”和“天助兵”，旗色分别为黑色和白镶黑，不隶属于八旗的任何一旗，也不隶属于此时的汉军旗。你可以将其理解为两个新旗，即黑旗和镶黑旗，两军整编后合计约八千人。这两军独立性极强，皇太极赐给孔、尚、耿三人敕印，以孔有德为尊，除了调兵和刑罚这两件事需要向皇太极汇报，其他像任免属下将官、训练士兵、分配战利品等，三人均可以自作主张，无需请示。
到这会儿，后金军就相当于有十三个旗，即安插入祖大寿军队的传统八旗+汉军一旗（旧汉军）+蒙古二旗+天祐兵+天助兵。
天聪九年（1635年），皇太极征服察哈尔蒙古（后章节会详解）后，收降了大量蒙古军队。
皇太极考虑到，蒙古、女真士兵差异不大，都能骑马、射箭，没有必要区别对待。而且此时他已经搞倒了阿敏和莽古尔泰，八旗集权已经完成，再单独设立蒙古旗就没有必要了。所以当年，皇太极将之前的蒙古二旗和新归附的蒙古部众整编为一个个蒙古佐领，再次分别插入八旗之中。
与努尔哈赤时期不同的是，这次，皇太极在每旗旗下单独设立“蒙古都统”（蒙古固山额真）一人、“蒙古副都统”（蒙古梅勒章京）两人，负责管理旗下的蒙古佐领。这就相当于在八旗的每一旗内，设立两套管理体系，即女真体系与蒙古体系。
到这会儿，就相当于是十一个旗，即拥有两套管理体系的原八旗+汉军旗+天助兵、天祐兵。
当年，皇太极还将旧族名“女真”改为“满洲”。关于这个词是怎么来的，有多种说法，有的说是取自建州女真首领“李满柱”的“满柱”，有的说是取自“文殊菩萨”中的“文殊”，这里我就不细究了。近代“伪满洲国”出现后，又出现了“满洲地名说”“民族压迫说”等说法。
其实“满洲”这个词出现的原因很简单，就是要“标识族群”。之前说过，辽东地区汉夷杂处，族群十分复杂，举例说明。
汉化女真人，除了前文说过的佟氏，还有很多，例如：“石廷柱，辽东人，先世居苏完，姓瓜尔佳氏。”
汉化蒙古人，比较有名的像明朝总兵满桂，不太有名的像“和济格尔，失其氏，蒙古乌鲁特部人，入明为千总”
。
女真化蒙古人，例如叶赫部首领的姓氏就是蒙古姓“土默特”。
女真化汉人，例如前文所说的刘兴祚，还有李永芳的一群儿子，像其第三子刚阿泰，第五子巴颜，这些都是典型的女真名字。
所以，辽东这个地方，夷人入汉为汉，汉人入夷为夷，文化、血统杂乱，在八旗内极难定义到底谁是什么人。
所以，皇太极就将居住在“明辽东都司以外东北地区”的族群，定义为“满洲”，包括女真人、女真化蒙古人和女真化汉人。原辽东都司境内的汉人、汉化女真人和汉化蒙古人，则定义为“汉军”。佟养性、石廷柱这两位都是汉化女真人，所以就被编在汉军旗中。这相当于不以血统为依据，而是根据人群的成长、文化环境，在八旗内部搞了一次族群分类。
需要特别说明的是，这一举动并不是因为女真人汉化了就排斥他们。事实上，皇太极当政期间，八旗汉军的地位非常高，甚至要高过八旗满洲。例如崇德八年（1643年），贝勒
罗洛宏（爱新觉罗氏）
就与镶红旗的
布善
、
车尔布
议论道：“恭顺王、怀顺王、智顺王（即孔、尚、耿），肥马华屋。而我之兵马，何独羸瘦。”
由此可见，皇太极时期汉军待遇之优厚。
而皇太极之所以要搞这种分类，就是为了方便八旗的户籍管理。前文讲过，八旗户口既是军籍也是户籍，现在，皇太极在八旗内搞了三套管理体系，即八旗满洲、八旗蒙古和汉军旗，就必须将对应的户籍放在相应的体系内，如果不定义族群，就无法分类。
此外，这次族群分类还有一个比较搞笑的现实原因。这一时期，八旗兵已经是全员骑马机动。也就是说，即便是步兵，行军时也要骑马，到了战场之后再下马作战。而很多汉人不会骑马，其中也包括汉化后的女真人、蒙古人。标识族群后，皇太极就可以根据不同族群的特点，将他们安排到不同的兵种下，汉军是以火器兵、工程兵为主，满洲、蒙古则多是重甲步兵、骑兵。
皇太极执政后期，归降的明军越来越多。
崇德二年（1637年）七月，皇太极分汉军为左、右翼二旗，旗色均用纯青。崇德四年（1639年）六月，皇太极再次将汉军扩建为四旗，旗色分别为青镶黄、青镶白、青镶红、纯青。
到了崇德七年（1642年），汉军的人数已经远超八旗之下的蒙古人。皇太极决定，不再增设汉军旗，而是将汉军整合入八旗之中，其旗色、官制均与八旗满洲、蒙古相同。
这样，在八旗的每一旗中，都有满洲、汉军、蒙古三大体系，分别管理各自所属的佐领。其中，八旗满洲的佐领数最多，其下还管理部分蒙古佐领和汉军佐领，八旗蒙古的佐领数最少，八旗汉军居中。每一旗都有三个都统，即满洲都统、蒙古都统和汉军都统，三个都统均受该旗旗主管辖。这里我用正白旗举个例子。
由上可见，都统虽为一旗之中最高级别的官职，但并非旗主。八旗蒙古由于人数较少，所以一旗之内只设两个参领。这样，一旗之下的军队就相当于两个师加两个团，你可以将这会儿的“旗”理解为“军”。
在崇德七年这个节点，八旗汉军各旗的都统、副都统共二十二人。其中，属于旧汉军的有十二人，属于祖大寿系新汉军的有七人，零散投降的有三人。由此可见，所谓的八旗汉军，其主力就是努尔哈赤时期第一拨投降的辽东军和皇太极时期投降的祖大寿系辽东军。
看完以上，一些朋友可能会问，怎么没有孔、尚、耿三人？他们竟然连个副都统都混不上吗？
不是的，这三人超级牛。八旗汉军成立时，孔、尚、耿及他们所属官兵的户籍都被编入八旗汉军，但是，他们的军队仍然不隶属于任何一旗。也就是说，人家仍然是独立的两旗，而且地位与八旗平等。注意，不是与某一旗的汉军平等，而是与一个整旗平等。皇太极曾明确规定，这三人在重大仪式上，与各旗旗主同列第一班。多尔衮率军入关时，史料中仍然特别注明：“恭顺等三王（即孔、尚、耿）和续顺公
所部兵”。
他们之所以如此特别，是因为这些士兵都是熟练的火器兵，皇太极舍不得“三抽一”。他规定：孔、尚、耿、沈四人所属的佐领，百分百披甲，后来吴三桂的军队也享受了这个待遇。四人所辖的佐领数及披甲人数如下表。
之后的有清一代，虽然八旗下三大系统的佐领数不断变化，但是这个管理体系始终未变。
崇德末年，八旗满洲共有佐领309个、半分佐领18个；八旗汉军（不包括孔、尚、耿、沈所属的佐领）共有佐领157个，半分佐领5个；八旗蒙古共有佐领117个、半分佐领5个。以上合计有完整佐领583个，半分佐领28个。
按照每佐领六十人披甲计算，八旗常备军为3.6万人；孔、尚、耿、沈的两个独立师为0.9万人，合计为4.5万人。
清军入关时，以三抽二的超额比例抽调八旗满洲、蒙古军队，加上正常比例抽调的八旗汉军，合计约为六万人，再加上孔、尚、耿、沈的九千人和吴三桂的二万余人
，总计约九万人，这就是清军入关的全部家当。
由上述兵力构成可以看出，其中约四万人为原明朝辽东军，兵力占比达到44%，而且大多是火器部队。这么一分析，你就能明白皇太极拉人的意义了。
对大凌河之战的一系列影响，《清史稿》总结道：“有德、仲明，毛文龙部曲；可喜，东江偏将；志祥又文龙部曲之余也。文龙不死，诸人者非明边将之良欤？大寿大凌河既败，锦州复守，相持至十年。明兵能力援，残疆可尽守也。太宗抚有德等，恩纪周至，终收绩效。其于大寿，不惟不加罪，并谓其‘能久守者，读书明理之效’。推诚以得人，节善以励众，其诸为兴王之度也欤！”