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立下如此大功却毫无封赏，魏徵只得无奈地接受了这个结局。此时的魏徵心灰意冷，既然主要任务已经完成，那就收拾东西回长安吧，回去安心地当秘书丞，虽然只有五品，但还是可以保证自己衣食无忧的。
不过此时魏徵发现已经不能离开了，因为有一个人打过来了，那就是窦建德。
窦建德，生于573年，贝州漳南人。他是农民出身，家境贫寒。隋炀帝为征伐高句丽而大量征兵，窦建德被征发，并成为一名下级军官。611年，山东发生饥荒，窦建德等人趁机落草为寇，开始反抗隋朝的统治。此后，窦建德连败隋军，实力不断壮大，发展到十余万人。617年正月，窦建德自称长乐王。618年冬，窦建德建国号为夏，自称夏王，基本控制了河北地区。
随后，窦建德开始向南发展。武德二年（619年）八月，窦建德率军攻取聊城，消灭隋军宇文化及部，势力日益强大，山东州县闻风响应，全部投降窦建德。随后，窦建德率军十余万向洺州进发。当时驻守洺州的是李渊的堂弟淮安郡王李神通，面对窦建德的大军，李神通自知力不能敌，于是率领兵马退守相州。但是窦建德步步紧逼，向相州进军，李神通只得再次率军奔赴黎阳投奔李勣。
本来窦建德并没有打算直接进攻李勣，因为李勣威名满天下，又有一部从李密处接管的军队，绝对不是好惹的，于是在休息了两个月后，十月窦建德继续率军南下，他并没有进攻黎阳，而是进攻离黎阳很近的卫州。为了防备不测，李勣派遣邱孝刚率领三百骑兵前去侦察，结果邱孝刚竟然主动向窦建德发起进攻，窦建德大怒，立即率军反击，将邱孝刚斩杀。随后窦建德趁势率军进攻黎阳，当时李勣恰好带着几百人在城外，黎阳城内群龙无首，自然无法抵御窦建德的进攻，窦建德很快就攻克了黎阳。黎阳陷落后，在城内的淮安郡王李神通、李渊的妹妹同安公主、李勣的父亲李盖（本名徐盖，此时已被赐姓李）以及未来得及回到长安的魏徵，全部都被窦建德俘虏。
因为在城外，李勣侥幸逃过一劫，但是李勣不愿意抛弃父亲单独逃生，于是只得返回黎阳，投降窦建德。看到李勣归降，窦建德非常高兴，任命李勣为左骁卫将军，依然镇守黎阳，不过为了防止李勣逃走，窦建德将其父亲扣押为人质。对于黎阳的其他俘虏，窦建德也给予了优待，他对李神通和同安公主以宾客之礼相待，并且很快就放他们回长安。
对于魏徵，窦建德也没有忘了，他任命魏徵为起居舍人。中国古代长期以来都有记录帝王每日言行的传统，这些记录经过整理汇编成册，被称为“起居注”，实际上就是下属为皇帝写的“日记”。起居注日后就会成为编修史书的重要参考资料。负责编写起居注的官员，历朝历代名称都不同，北魏时期叫“起居令史”，隋朝时叫“起居舍人”，唐宋时期叫“起居郎”，清朝时叫“日讲起居注官”，这一传统一直延续到清朝灭亡。
在隋朝时期，起居舍人的品级并不高，只有六品，但是负责修起居注的官员，在皇帝公开的各种活动中均随侍在旁，有很多接触皇帝的机会，所以自然就会有更多的机会获得皇帝的注意和重用。如果是在太平盛世被任命为起居舍人，魏徵肯定会很开心，但是在这个时候被任命为窦建德的起居舍人，魏徵却是一点也高兴不起来。因为在魏徵眼里，窦建德绝非能够一统天下之人，注定是会失败的，等到了那时候，离窦建德越近，死亡的可能性越大，所以魏徵对这个安排避之惟恐不及。
魏徵之所以不看好窦建德，主要原因有两点：
第一，窦建德出身不好。在主张人人平等的现代社会，谈出身高贵会招致很多人的反感，但是在古代却恰好相反，出身非常重要，在门阀士族时代还未完全结束的隋唐时期更是如此。优越的出身给一个人带来的不只是官职和财富，更重要的是名望和社会关系，这在乱世之中尤其重要。正是因为如此，古代的立国之人，除了刘邦这种少数异类之外，几乎都不是平民百姓，东汉建立者刘秀，东汉末年的曹操、刘备、孙权，晋朝司马懿父子，北魏拓跋珪，隋朝杨坚，莫不如是。
窦建德本来只是个流寇，出身不能再差了。魏徵祖上也是名门望族，他的观念中对出身一事还是比较看重的，他先后效忠的李密和李渊也都是名门之后，魏徵怎么可能会看得上窦建德这样的草莽之人呢？
第二，窦建德不如李渊。窦建德本人的能力是不差的，他虽然出身草莽，但是很懂治国之道。窦建德生活节俭，劝课农桑，发展生产，河北地区在他的治理之下逐渐安定。即使是窦建德死后，河北依然有很多百姓为窦建德建庙祭祀。但是在魏徵看来，窦建德有的这些优点李渊也全都有，关中地区在李渊的治理下很快就恢复了安定和生机。更重要的是，李渊手下有以李世民为代表的一大批优秀的文武人才，这种人才储备是窦建德所不具备的，尤其是李世民，可以称得上是举世无双的将军。此外，从经济实力上看，李渊占据着今山西、陕西、甘肃大片土地，实力远比占据河北的窦建德要强大得多。两相比较，李渊统一天下的可能性远比窦建德大得多。
所以，魏徵根本不看好窦建德的未来，在他看来，当窦建德与李渊交锋的时候，必定凶多吉少。因此在起居舍人任上，魏徵只是安安分分地做好自己的工作，从来不多话，也从来不想着出头，他只希望在接下来窦建德和李渊的战争中，自己能够活下来。
虽然窦建德对李勣笼络有加，但是李勣依然想着前往关中投奔李渊。武德三年（620年）年初，李勣偷偷带着几十名骑兵逃离窦建德，前往关中。或许是因为和魏徵的关系一般，李勣并没有带着魏徵一起走，魏徵只得在窦建德手下继续当起居舍人。这样的日子又过了一年，决定天下归属的大战终于打响了！
武德三年（620年）七月初一，李渊下诏，命秦王李世民统率大军十余万，进攻东都洛阳，讨伐王世充。八月，唐军进抵洛阳城下。不过洛阳城池坚固，因此李世民并未急于攻城，而是致力于先扫清洛阳外围据点，然后将洛阳包围。李世民对洛阳一围就是半年。次年二月，李世民在洛阳城外修筑壁垒，准备攻城，王世充见状立即派兵两万出城攻击。李世民亲自率军进攻王世充，双方展开激战，最终王世充战败，损失八千余人。
此战之后，王世充再也不敢出城作战，李世民指挥大军攻城，但是洛阳城池坚固，始终无法攻克，双方形成僵局。被困洛阳的王世充派人向窦建德求援。王世充和窦建德一个在河南，一个在河北，原本互相都视对方为最大的竞争对手，冲突不断，互不往来。因此对于王世充的求援，窦建德在一开始是不予理会的，只想作壁上观。但是随着时间的推移，王世充困守洛阳，败局已定。虽然不喜欢王世充，但是唇亡齿寒的道理窦建德还是懂的，面对王世充三番五次派来的求援使臣，窦建德最终决定：救援洛阳！
三月，窦建德率军十余万，号称三十万，大举向洛阳挺进。听闻窦建德大军前来，唐军内部极为恐惧，议论纷纷，很多人都建议李世民班师，暂避锋芒。但是李世民力排众议，命令李元吉率军继续围困洛阳，他亲自率领精锐骑兵三千五百人前往虎牢关，抵御窦建德。
在虎牢关，李世民并不主动出战，而是和窦建德军相持了一个多月，窦建德始终难觅良机。此时，窦建德听说李世民粮草将尽，于是准备发起总攻。五月初，窦建德全军出击，军阵长达二十里。窦建德希望诱使唐军主动出击，于是派出三百人在唐军阵前一里列阵，李世民也派小股部队出击，双方发生多次小规模战斗，互有胜负。
此时，窦建德的大军列阵已经几个小时，士兵疲惫不堪，全部都坐在地上，又都争着去喝水，军阵开始变得混乱。李世民见状，下令全军立刻出击，李世民更是亲自率军冲入敌阵。窦建德军一溃千里，唐军大胜，俘虏五万余人，窦建德也被擒获。擒获窦建德后，李世民把窦建德押往洛阳城下，王世充见状知道败局已定，于是开城投降。随后，河南、河北的其他城池多数都投降唐军，中原局势基本平定。李世民一战擒二王，平定中原，此役也成为中国战争史上的光辉战例。
作为负责记录皇帝言行的起居舍人，魏徵很有可能也陪同窦建德参加了虎牢关之战。相信在战前魏徵就已经认定，相比于窦建德，秦王李世民的胜算更大一些。但是魏徵没有想到，统领十余万大军，意气风发出征的窦建德竟然败得这么惨，十万大军转瞬之间灰飞烟灭；没想到李世民在两线作战的极端不利情况下，还能取得如此大胜，只用一战就决定了天下归属。虽然此前对于秦王的战斗力魏徵早有耳闻，但是百闻不如一见，虎牢关一战，充分证明了秦王确实是当世第一的名将，这个人真的是强大得可怕！
作为文官，魏徵用不着亲临前线，在后方的他侥幸保住了性命。就这样跟随着浩浩荡荡的俘虏大军，魏徵再一次归降了李唐政权。上一次是降臣，这一次是俘虏，他每一次归附李唐政权时，名声都不大好，魏徵不禁感到无奈，或许这就是造化弄人，而前方，将有更凶险的事情等着他。