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因为制勘公正、恪尽职守等出色表现，萧何没过多久就被县令擢升为沛县主吏掾，主要负责考察记录县衙所有署曹吏的功绩，是县令的得力佐吏。但萧何却一如入职之初，谨小慎微，从不骄矜，还尽可能多地帮助同僚和同乡，是标准的“规则好人”。他在执行律令时，态度极其和蔼，宛如热胸膛暖寒冰；他从来不会厌烦，总是耐心地讲道理，直到别人心服口服。因此，萧何在县衙的声誉极好。
县令自然深谙法是秦立国之本以及严格执法的重要性，一早就找来萧何，质问道：“昨日捕获的两个逃税犯徒，听说你让从轻发落？”
萧何拱手回禀：“这两个犯徒，其中一个家中仅他一男，若就此入狱，再无其他收项，恐怕欠国家之税就永无指望还上。另一个所欠数目尚未核查清楚，只能暂时押监，待调查清楚再定罪不迟。”
“萧何，你素来严谨，可不能在这些小事上犯糊涂。”
“小人明白大人的爱护之心，断不会徇私叫大人为难。”
县令说：“你是主吏，要关心大事，最好别叫这些小事缠住手脚。尤其你是本地人，今天这家明天那家求情，最终要毁了你的。”
萧何连连点头：“大人教诲牢记心头。”
“前日，陛下东游，在阳武博浪沙遇袭，令天下大索十日。今天是第一日，你要睡觉也得比平时多睁着点眼。虽说捕盗是县尉首责，但你我也都要全心投入，不叫盗匪趁机作祟，以免有半点差池。”
“喏！”萧何躬身退出。
临近中午，萧何又接到县尉命令，令“县司马”调动良驹十匹，少时便要到东半部县稽查治安。因为前一段时日连着六七日秋雨连绵，县城西南角的夯土城墙有十多丈长被冲毁。萧何又接到命令，下午务必和“县司空”到城墙损毁处督促服劳役的刑徒，加快修补进度，防止有贼患趁此机会到县城内捣乱。
沛县县城的诸多低级少吏，这一日都忙得焦头烂额，生怕有丝毫闪失，叫“县啬夫”（县令别称）抓住现行，触了霉头，遭受惩罚。
也不怪这些县衙的小官吏紧张。秦朝颁布了《秦律十八种》《秦律杂抄》《法律答问》《封诊式》等众多律令，
每一款法律下又包含若干条目，但有松懈，便遭惩处。
萧何上午替两个老乡说情的做法，并不是想要挑战秦律法。秦律法过于严苛，萧何只是想稍微顾及人情。精熟法律的他总是在谨守原则的前提下彰显执法的温度。
秦朝的诉讼形式包括两种：一种是由官吏代表国家纠举犯罪，相当于现在的“公诉”；一种是当事人直接向官府呈诉。地方办案，以后者居多，案件包括贼杀、伤、盗等。
萧何性格温和，深知每宗案件的处理结果直接关系到一个家庭的生活与安宁，所以总是手下留情。他发挥自己长处，注重收集细微的证据，坚持柔性审讯的方法，谨慎量刑，公正执法，在百姓中拥有较高的声望。遇到疑难案件，他也能基于人、事、物的立场，提出精辟的见解，妥善合理地进行解决。
但这种事情做多了，难免引起县令的注意，所以才会在秦始皇震怒、下令“天下大索十日”
的关键时刻，有意提醒萧何。
萧何作为主吏掾，主掌人事，不得不面对纷繁复杂的人情世故。人员的升迁选用和严格考核像一把双刃剑，稍不留神就会割伤自己，遭人构陷；过于严苛又会伤着别人，成为世仇。左右之难，如履薄冰。
秦朝对官吏的考核，依然沿用春秋战国时期的“岁终上计”制度，也就是每年到了年终的时候，对官员进行考核。合格称职的继续留用，不称职的则予以罢免。既然是考核，必然有考核标准，少吏的读写能力和水平毕竟有限，因此他们不用写报告呈上来，十三数
就是少吏考核的重要标准之一。
萧何不但要对县内各少吏、乡三老、亭长依律考核，对上报的数量逐一核实、记录，还要根据所有记录进行优劣评价，以便县令奖掖先进或惩罚惰者。这些繁杂的记录都要抄写在竹简上，特别重要的还要刻出来。
作为主吏掾，萧何要考核下一级官吏，同时也要接受上一级的考核。他们的考核是有区别的。郡县两级制度下，除了“计簿”，还有会课。考课为“最”，或为“高第”者，均能得到升迁。萧何在县府乃至全郡的考核中总是靠前，也因此受到了郡监的赏识。