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我喜欢烘焙饼干，有的食谱我会一遍一遍地照着做，一般我都把这样的食谱放在手边。细胞也一样。位于不同组织中的细胞，一般专门制造某几种特定的蛋白质，因此只会读取特定的指令集，而制造大多数其他种类的蛋白质的指令，则会被细胞折叠、忽略。换句话说，每个细胞中的绝大部分DNA都会被折叠起来，变成染色质，缠绕在蛋白质周围，无法被打开、翻译。这就像我家里也有巧克力培根的食谱，但我从来不用，所以食谱一直在厨房的架子上积灰（但是，等等，那怎么可能不好呢？）。
图3—1 将基因表达比喻为烘焙饼干
图3—2 基因的转录与翻译
一个细胞会把什么东西的“食谱”放在手边，取决于这个细胞本身的功能是什么。举个例子，胰腺中的细胞主要的功能就是感知血糖水平，骨骼中的细胞必须为身体提供支撑，大脑中的细胞必须传递电信号。为了执行不同的功能，不同细胞需要制造不同的蛋白质。这种细胞的分化在胚胎期极为关键，新生的细胞最终都必须分化、决定自己的命运。一个新生的细胞未来会变成什么？哪些基因——哪些DNA片段应该被细胞“放在手边”，哪些又该被“束之高阁”呢？
等到成年，我们的大多数细胞就已经完成分化了（仍保留极少数干细胞）。此时，每个细胞虽然都保有全部DNA（整个基因组），却只能制造一小部分基因编码的蛋白质。女性面部皮肤的细胞，会把产生浓密胡须的基因折叠起来，扔在“架子”上，所以大多数女性的脸上没什么胡须。但在男性皮肤细胞的内部，这一“食谱”却被放在最显著的位置，一遍遍地被转录和翻译。（说到胡须，一般来说，睾酮水平过高是女性长出浓密胡须的根本原因，我将在第九章中详述。）
确切地说，制造蛋白质的基因也不是只能简单地被“开启”或者被“关闭”。基因被转录和翻译成蛋白质的效率也是可调的。如果蛋白质的产量增加，我们就说相应的基因表达被“上调”了，反之，则说基因表达被“下调”了。