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村民自治与乡村治理现代化之间关系的协调，在实践中已面临种种困难。一方面，旧的城乡二元体制在新型城镇化的冲击下，对乡村治理的分割作用在逐渐削弱，但其惯性作用依然不可忽视，尤其是与体制相对应的城乡二元经济与社会结构，会在一定时期内维续，至少部分留存着，这种结构依然对乡村治理与城镇管理的统一协调构成壁垒作用。另一方面，作为乡村治理中的一项基本制度，村民自治制度依然延续。村民自治制度的设计和安排，是在城乡二元体制框架下确立的，亦即将乡村与城镇分割开来进行单独治理，由乡村内部的力量来维持乡村治理。如果要创新乡村治理体制，推进乡村治理现代化，就会不可避免地遭遇到来自旧体制的束缚。由此，如何从一种新的角度来理解村民自治制度与乡村治理现代化的关系问题，也就显得尤为重要，但又是一个新的难题。
就秩序而言，乡村治理的现实基础是“法礼秩序”。随着乡村社会转型，国家基层政权建设已经深入乡村基层社会，并且已经生根，国家的、法律的权威和力量是乡村秩序构成的基本力量，乡村政治走向了“村官政治”。村官是依据法律设置并得到国家权力支持的乡村政治力量，与此同时，村官又是从乡村社会选举出来的，代表了乡村礼俗的力量，所以，“村官政治”反映的后乡土中国的秩序现实，也是当前及未来乡村治理所赖以进行的基础。
在城镇化背景下，迈向社区建设是乡村治理体制创新的新议题。从社区建设或乡村共同体建设角度探讨乡村治理问题，可以跳出传统村民自治和城乡二元体制视角的局限。在城镇化、城乡一体化以及城乡统筹发展的作用下，乡村治理创新需要顺应新的发展需要，突破以往城乡分割框架下的村民自治体系，在乡村社区建设和社区治理的视野下予以推进。
就发展现状而言，新型城镇化对乡村治理提出了新要求。对乡村治理中发展问题的认识，可以跳出乡村来看，亦即从乡村外部视角来探索有效的乡村治理体制。首先可以考虑新型城镇化和城乡统筹发展的视角，以此视角探寻乡村治理体制创新路径、乡村社会稳定与发展机制。
随着城镇化、现代化的加速推进，乡村社会处于快速变迁与转型之中，乡村发展成为备受关注的问题。在城镇化背景下，乡村社会发展究竟何去何从？是在现代化进程中走向终结
，还是实现现代化的新发展？
乡村治理是“三农”研究一直聚焦的热点问题。以往学界对乡村治理问题的研究和探讨，更多地聚焦于乡村自治或村民自治问题以及乡村治理的具体措施，这些研究基本上是把农村作为一个与城市有着根本区别的特殊社会空间对待，研究问题主要针对这一特殊社会空间中的具体问题。
然而，在新型城镇化战略推进过程中，尤其在城乡统筹、城乡一体化背景下，乡村治理的基本问题实际已发生变化。如果依然将乡村作为一种特别的、与城镇分割的社会空间来加以治理，那么，乡村治理体制的创新和变革也就失去了意义。
城镇化背景下推进乡村治理体制创新，一个基本前提是要掌握乡村治理的现实状况。只有了解现状，才能更好地理解体制创新的必要性和重要性、体制创新的基本方向、体制创新需要突破的障碍，以及体制创新的路径。
关于乡村治理的现状和性质，是认识和理解乡村治理的基础，也是寻求治理体制创新的前提条件。乡村社会经济乃至生活方式已发生巨大变化，农村地区大量人口外流，乡村社会演化为“空巢社会”
，也有观点认为是乡村社会“空心化”或“过疏化”
。在这样的社会现实基础上，乡村治理也已发生相应的变迁。乡村治理在关系类型、权力结构、主要内容、基本方式、实际效果等方面，较之以往皆已有了较大程度的变化。
乡村治理所要处理和协调的社会关系，不仅包括城市与农村、乡村共同体内部的关系，还包括市场与农村、社区与外部世界的关系。例如，在资本下乡的过程中，关涉到市场与农户、国家与市场的关系问题。一方面，国家希望市场给农村产业转型和发展带去新机会；另一方面，国家又要监管农村土地流转过程中的风险和农民生计保障问题。乡村治理面对的社会关系类型很显然已经超越了乡土社会的熟悉关系
，且超越了熟悉关系陌生化，而是新型混合关系，即既有传统社会的关系网络，又有乡村变迁带来的新的社会连接。关系是在社会行动中建立起来的连接，村落居民的行动已经不限定在相对封闭的村落空间，而是在城镇和农村都有自己的活动空间。村落是他们的家居空间，有围绕姻亲而形成的家庭关系网络；在外出打工的城镇，他们也会产生相关联系。由此看来，在乡村治理实践中，治理对象的社会关系类型已从较为单一的熟悉关系转向双重甚至多重属性的关系。双重性体现为家居地与流出地、农业与非农业的二重性；多重性则表现为乡村居民与开放的市场和流动社会进行互动交流时形成的复杂关系。
权力是支撑、组织、协调和推动治理活动所必不可少的力量，是治理活动的主体构成。随着乡村社会转型，乡村治理的权力结构已发生变化。传统乡土社会的治理依靠内部的自治权力，如长老权力、教化权力。
进入新时代，乡村治理所依托的权力显然不是乡村内部的自治权力，尽管村民自治制度依然维续，但自治权力的性质和结构皆已发生巨大变化。在农村改革、农村建设和乡村振兴的历程中，国家公权力越来越多地进入农村社会场域，农村不再是所谓“天高皇帝远”的自治社会空间。
国家基层政权建设在农村普遍推行，并成为乡村治理体制的中流砥柱。从行政系统的权力结构看，乡镇政府的权力构成乡村治理体系的权力中心，也是推动乡村治理常规活动的主动力。国家大政方针在乡村的落地以及各种乡村治理事务基本依靠乡镇政府来协调、组织和实施。在村级治理中，国家行政系统已经进入。行政村的机构设置中，有公共行政的服务中心或代办中心，负责为村民办理各种民政、社会保障、证明等行政事务。村级政务服务的增多，一方面表明乡村治理越来越趋于提供便民化服务；另一方面也意味着乡村治理中公共管理事务的增多，村民与国家行政系统的关联越来越多。
国家权力在乡村治理中的作用除体现在行政系统的公共管理职能上之外，还体现在国家权力机关在乡村社会的建设越来越完善，作用越来越明显上。公安、检察和法院等公权力机关皆在乡村建设起来，在一些地区，随着“送法下乡”的农村法治建设增强，实行了“一村一庭”的司法便民政策，亦即一个行政村设立一个法庭。
有些地区为强化农村社会治安，由公安机关在部分村设立派出所。
在乡村治理中，村“两委”发挥着关键性作用。村“两委”是指行政村的村民委员会和村党支部委员会。村民委员会是由全体村民直接选举产生的，包括村委会主任、副主任、妇女主任、财务会计等，村委会的组成人数一般根据村人口规模由市县民政局来确定。村党支部委员会是在乡镇党委推荐指导下，由村党员代表通过选举产生的。村支部书记是村党支部委员会的核心，也是村级治理的权力核心。在实际操作中，村支书和村委会主任出现一人“一肩挑”的格局，这样避免了因村委会主任与村支书之间不协调、不一致而导致治理交易成本增大，影响治理效率和治理效能的问题。村“两委”权力在乡村治理体系中虽处最基层，但发挥着关键性作用：一方面基层群众的需求及民情民意通过村“两委”上传至国家治理体系之中；另一方面国家政策通过村“两委”下达至乡村民众之中，国家资源也通过村“两委”而分配给民众。“上传下达”功能表面看较为平常，实际则是乡村治理体系建设的中心。
在乡村治理的主要内容方面，变化体现在不同阶段的宏观政策和战略实施对乡村治理提出不同要求。改革开放初期，农村家庭联产承包责任制处于推行阶段，乡村治理的重点任务是确保新的农村经济制度顺利实施并发挥激励农民生产积极性、提高农业生产效率、有效解决农村温饱问题的作用。在乡村治理的具体实践中，工作内容主要围绕体制的转轨和过渡而展开：一方面推进乡镇体系的建设和完善，另一方面推进家庭承包经营体制下的集体经济和社会事务的治理。20世纪80年代中后期之后，计划生育政策在城乡全面推行，在这一阶段，乡村治理的重点和难点在计划生育工作。就基层政府和村级组织来说，他们有责任去落实和执行计划生育这一基本国策。但现实情况是，计划生育具体措施的执行面临重重阻力和障碍。
进入21世纪，乡村治理的内容随农村形势变迁而发生变化，计划生育工作的压力随全国人口发展形势的转变而得以缓解。此时，乡村治理面临的难题是如何减轻农民负担，促进农户收入增长。此项治理任务的凸显是与城乡差距拉大的现实问题密切相关的。改革开放后经济得以快速增长，工业化、城镇化取得显著发展成效，而农村发展的滞后性日益显现。为缩小城乡差距，解决城乡、区域发展不平衡问题，乡村治理的工作中心开始转向聚焦“三农”发展，尤其是探寻拓宽农民增收渠道的办法。
2015年精准扶贫战略的实施，标志着农村脱贫攻坚战全面打响。乡村治理的主要内容转为扶贫脱贫工作，即便在非贫困地区，乡村基层治理也要落实精准扶贫政策，为贫困家庭和个人建档立卡，并制定相应的帮扶和脱贫方案，保证辖区内的贫困户和贫困个人脱离贫困状态。在特困地区，扶贫脱贫工作成为乡村治理的中心任务，多种精准帮扶措施落实到村和贫困户。驻村扶贫脱贫构成乡村基层治理的常态，多种扶贫资源汇聚到村级治理之中。
2020年底，农村贫困人口全部脱贫，至2021年全面建成小康社会的战略目标得以实现。乡村发展迈入新阶段，即全面推进乡村振兴的阶段，乡村治理的内容转变为乡村振兴战略的实施。
在城镇化、现代化持续推进的大背景下，乡村治理的基本方式和治理效果也发生了诸多变化。当下的乡村已不同于传统乡土社会，而是具有后乡土性。乡土性结构和特征部分存续，而现代转型导致变迁后新形态和新特征的形成。乡土社会通过礼治的方式可以实现秩序的稳定，而如今法治的观念、意识、设置和行为已在乡村社会广泛流行，并发挥着越来越大的作用。村落共同体在国家权力介入的情况下，也能维持自身的正常秩序，其原因是乡村自治的方式可以产生较为充分的治理效能。
乡村治理体制创新主要针对乡村治理实践中存在的问题或治理绩效的提升。也就是说，之所以要推进乡村治理体制创新，是因为城镇化背景下旧的治理体制在现实运行中遇到了新的问题，旧体制对于增加乡村社会公共福利及促进乡村发展显得绩效较低。那么，当前乡村治理实践中究竟存在哪些突出的问题呢？
对乡村治理中突出问题的考察和分析，一方面要考察突出问题发生在哪些方面，辨析究竟是制度设置方面的问题，还是实施行动方面的问题，是治理主体方面的问题，还是治理方法上的问题；另一方面要分析各种突出问题的成因，找到造成体制方面问题的原因或影响因素，以及复杂因素构成的影响机制。
村民自治制度是乡村治理中的一项基本制度。随着城镇化的推进，村民自治的治理结构和模式已难以完全适应乡村发展，无法解决乡村发展过程中出现的新问题。在村民自治的制度框架下，存在着制度所不能解决的一些问题，例如农村公共物品的供给问题、农村发展中的社会问题、农村的群体性矛盾等，这些问题显然已经超越自治的范围而属于公共领域，而且随着发展会有越来越多的问题超越乡村自治范围。因此，推进乡村治理现代化以促进和支持社会现代化建设，必须变革已有的村民自治体制，创新乡村治理体制。
虽然乡村治理体制创新问题是个老问题，“三农”问题研究领域对此有很多研究，也有很多成果、很多学术观点，但是，科学研究是开放的，科学活动的开放性主要体现在与时俱进之上，即科学研究活动需要把握时代脉搏，为满足时代需要贡献知识支持。对乡村治理问题的研究，要有研究范式的突破。以往的乡村治理研究所讨论的问题主要是诸如村民自治、乡村自治和具体的治理行为等问题。要实现范式的突破，必须选择新的研究问题和新的研究视角。探讨城镇化背景下的乡村治理问题，从城镇化的视角研究乡村治理体制创新问题，将为乡村治理实践和改革实践提供一种新的理念、新的思路，即从城乡一体化发展的角度，去推进乡村治理结构的变革。这一问题无论对于现实而言，还是对于乡村治理研究而言，都是一个具有挑战性的前沿问题。而且，在对乡村治理与发展的研究中，强调对乡村治理的现实基础和基本问题的关注，有助于我们真正把握当下的现实基础，了解最基本的问题，找到真正有效的解决之道。
乡村秩序和乡村发展是乡村治理的两个核心维度。
在乡村振兴战略全面推进的新时代，新型城镇化、脱贫攻坚成果巩固和乡村振兴有机衔接等宏观政策大环境，给乡村治理体制的创新和变革设置了诸多新问题。如何在大流动、老龄化、数字化时代构建更加和谐稳定的乡村秩序，如何更加有效地实施乡村秩序治理，这些是乡村治理体制创新面临的新问题。另外，新时代乡村发展问题，或者说乡村如何振兴问题，是乡村治理所要面对的极具挑战性的问题。