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乡村治理已受到广泛的关注，有多个学科的涉足，政治学、社会学、人类学、公共管理学等从不同视角探讨和研究这一问题，因而使得乡村治理研究领域有泛化的趋势。庆幸的是，多学科的视角也形成和积淀了更多样、更丰富的观点。
关于乡村治理研究的范式问题，徐勇及其村民自治研究团队曾就研究方法和进路提出三点共识倡议，即以田野经验为基础、采用野性思维方式和坚持直白的文风。
在研究问题上，主张把村民自治的成长过程和实践经验作为关注和考察的焦点，把“建构‘以农民为主体，让农民得实惠’的乡村治理机制”作为乡村治理的理想目标。
以村民自治制度为起点，基于村民自治实践经验和实际效果，展开对乡村治理问题的探讨，充分发挥社会学调查研究方法的优势，并结合政治学的政治制度理论，既可达到学科相结合的优势效果，也有理论与实践相结合的创新价值。
围绕着村民自治问题，学界研究较多集中于对村民委员会成员的选举过程及制度实践进行考察。如有观点认为，村民自治制度在实施过程中，村民选举村民委员会成员的行为遵循了理性选择和有效性原则，在这个意义上，村民自治对于村民收益来说是有效的。
选举是乡村政治的一个环节，是制度程序的构成，选举的结果及村民委员会成员的构成可能关涉到村民自治实践，但其实并不一定决定实际治理成效，更不能说明选举会有助于村民收益的增长，毕竟村民参与政治的行为和经济收益之间，直接关联机制并不明显。也有观点提出，村民自治制度改变了村庄权力结构，即在村民自治制度实施后，形成了体制精英、非体制精英和普通村民三层村庄权力结构。
这一分析提供了一种理解村民自治制度背景下的乡村政治现状的视角，不过，从村民自治选举中产生的村民委员会，严格说来还不属于体制精英，因为他们并不在国家正式行政体制的编制之内，而是属于“不吃皇粮”的基层自治组织人员。经过村民自治选举，只能说他们具有制度的合法性，村民自治制度赋予他们的权力以相应的合法性。
关于乡村社会治理所面临的现实基础问题，有研究在对中原农村考察之基础上，指出乡村社会存在两大问题：一是土地承包制下小农的联合未达到契约性和永久性的平等联合，自治力量“无法走出传统的篱墙”；二是地方政府具有“日益脱离社会且凌驾于社会之上的强大趋势”。农民与地方政府的关系有时较为紧张。
这一论点是基于20世纪90年代农村社会治理实践而总结出来的，那个阶段的农村治理确实面临着非常紧张的干群关系。村民自治组织的村干部和乡镇机关干部的主要工作有两项：一是向农民征收农业税费，当时叫“三提五统费”。“三提”是村级组织的三种集体提留款，“五统”是乡镇政府的五种统筹费用，这些费用都是按照农村人口均摊缴纳的，因而也称“人头税”。二是计划生育的生育控制。中原地区属于以农为主的农业主产区，且农村生育文化观念受传统影响较深。因而，乡镇机关和村民自治组织在执行两项治理工作任务时，遇到的困难和阻力更大，产生干群矛盾和冲突的可能性大增。也有观点认为，像南街村等有集体经济基础的村庄，其治理实践仍具有集体经济时代乡村治理的特征，即乡村治理与经济基础的关系非常密切，基层政府及基层组织是通过集体经济职能来发挥社会治理职能的。地方政府与乡镇企业之间有着“伙伴关系或父子关系”。
这一观点意味着将乡村治理限定在政治范畴之内，且预设政治与经济、政府与经济有着明确的边界和分工。然而，中国的实际经验并非如此。在中国，乡村治理的一个核心任务和目标是要推动乡村发展，发展问题的重点和基础是经济的或产业的发展，如果把治理与经济割裂开来，那在实践中可能寸步难行。
改革开放后，有更多的西方学者关注和研究中国农村和中国政治。如戴慕珍（Jean Oi）曾用“地方法团主义”理论来解释中国乡村治理的实践经验，认为乡村治理主要是通过地方政府与企业合作的力量实现的。
所谓地方法团主义，实际是强调组织化的功能。尽管乡镇机关和乡镇企业组织曾在农村发展和乡村治理中有着密切的关系，但乡村社会并非完全依靠制度化组织达成治理目标，乡村社会治理其实是一个综合性的、复杂的系统工程。同样，魏昂德（Andrew Walder）也用“地方政府企业化”的概念来分析中国经济转型中的乡村治理格局，认为基层政府和权力组织与企业之间不仅仅是合作关系，它们实际上还扮演着企业的角色。
政府与企业的关系特征，其实是市场经济的中国特色，或者说是中国特色社会主义市场经济的重要体现，并不是什么地方法团主义。为了促进农村经济发展，实现农民增收目标，地方政府鼓励发展乡村工业，这既是乡村治理的重要任务，也是一种策略选择。2006年后，由于农村税费全面取消，乡村治理的逻辑发生了重大转变。有西方学者通过对中国乡镇政府与县政府及农民的互动实践的考察，认为乡镇政府既要执行国家和上级政府下达的政治任务，又要向下层群众提供服务，在“上压下挤”之下，演变为“空壳化政府”。
实际上，乡镇政府要与乡村基层百姓直接面对面地互动、合作、共处、共建和共治，承担乡村治理的具体任务，负责协调、组织各项政策措施的执行和落实，尽管乡镇政府已经没有财政权力，但并不意味着它已演变成“空壳”，而是有着实际权力、实际工作和实际效能的治理主体，甚至可以说仍是乡村治理的权力中心、协调中心和运行中心。
就乡村治理的现实秩序特点，有学者用“二元整合秩序”观进行了概括总结，认为：“基层社会秩序的整合，不是以权利声称和利益获得的一致性（一元）方式，而是以不一致但具有补偿、修复、中和作用的（二元）方式达成。”
由于在现实的行动实践中，规则并非固化的，而是不确定的，因此常常出现构建秩序的两种模式。乡村社会在诸多方面与城市社会存在巨大差异。从空间角度看，城市社会空间多是规划化的、制度化的、组织化的、正式化的构成，受严格的制度规则和组织规则的约束和监管，而乡村社会空间则有较大的弹性，既有的格局大多是约定俗成的，或是共同默认的惯例规则在其中发挥作用。因而，在乡村社会秩序的形成和维护方面，基本没有正式的规则，而多是弹性规则，即规则本身便是弹性的。乡村秩序的整合确实不具有一元性，但如果用二元方式来概括，也过于简单，不能反映乡村秩序过程的多元性、复杂性和综合性。乡村秩序的整合既要遵循传统的礼治方式，又要推行国家的法治建设，还要实行乡村自身的自治机制。要将这些复杂因素整合起来，必须采用综合性的治理模式，实现关系的均衡和利益格局的协调。新制度主义社会学从混合型制度的经济基础角度探讨指出，在社会主义混合经济条件下，干部精英、技术官僚以及市场会对阶层分化和乡村治理结构变迁产生综合性的影响。
关于什么样的治理结构更加合理的问题，黄宗智根据历史档案研究，提出了“简约治理”论的设想，认为：“中国地方行政实践广泛地使用了半正式的行政方法，依赖由社区自身提名的准官员来进行县级以下的治理。……这个来自中华帝国的简约治理遗产，有一定部分持续存在于民国时期、毛泽东时期和现今的改革时代。我们或许可以把它看作中国政治的‘传统’‘前现代’和‘近现代’中特别执着的特性。”
而杜赞奇（Prasenjit Duara）提出的“权力的文化网络”概念，试图说明乡村治理中的合理权力关系就是无论何种权力都要依托于乡村文化网络。从华北乡村变迁的历史经验看，“直至19世纪末，不仅地方政权，而且中央政府都严重依赖文化网络，从而在华北乡村中建立自己的权威。20世纪国家政权抛开甚至毁坏文化网络以深入乡村社会的企图，注定是要遭到失败的”
。奥斯特罗姆（Elinor Ostrom）的多中心治理理论则倡导，对公共事务的治理，重要的是要避免哈丁式“公地悲剧”、奥尔森式集体行动和囚徒困境的产生，为此需要在不严格的制度安排中，通过有限理性和道德行为，让人们在继承中获得能力，在学习中掌握互惠和社会规则，以用来克服日常生活中遇到的各式各样的“社会悖论”。
斯特瑞克（Robin Stryker）也提出了法治的“管理技术化”（technocratization）概念，认为在西方福利国家，法律成为科学技术推理、专家和制度形式的组合体，正式法律和科学技术理性表现为法律的替代性规则-资源集（rule-resource sets）。
而李怀印在对村治的历史研究中则提出，近代中国的乡村治理其实并不采用“统治”的策略，而是具有实用主义的色彩。乡村治理一般是以非正式制度安排来实践的，目的就是给官民提供便利和带来实效，因而是一种注重治理适用性和实效性的“实体治理”。
对乡村治理结构的改革问题，有观点认为，以精简机构人员、撤乡并镇为标志的乡镇行政机构的改革并未收到预期效果，税费改革、取消农业税后乡村治理方面的矛盾凸显出来。乡镇与行政村的治理模式要想由统治型转向服务型、由自上而下的行政管理型转为群众参与的自治型、由全能型转向有限功能型，有三个因素必须密切关注：一是上级布置任务的减少，二是传统管理模式的改变，三是有其他类型的组织来接手乡镇与行政村组织的一些功能。为此，要建立乡村公共财政体制，改革与完善乡村治理结构。
乡村治理结构改革不一定意味着结构转型，要从一种结构类型转向另一种结构类型，改革也可以是局部的，或者是综合性的。现实中，社会变革常常是多方面的、多种形式的变化，类型性质的根本转变则是相对的。
在完善乡村治理机制的问题上，学者从不同视角围绕着究竟是国家治理还是乡村自治抑或乡贤治理、究竟是“简约治理”还是“多中心治理”、究竟是“技术治理”还是“实体治理”，提出了不同的主张和论点。有对乡村自治的积极倡导，认为在公共治理难以有效保障农民权益的背景下，村民自治制度的推行成为中国民主政治发展“新的突破点”。而在乡村治理研究领域，也有一些论点主张“能人治村”，因为从农村现实经验中看到了此种方式的可行性和优点，于是主张乡贤治理模式可能是一种比较有效的乡村治理模式。
在治理手段与策略上，有学者认为，中国社会自改革开放后，为了让更多群众分享到改革实惠，便推行了行政科层化的治理改革，由此形成并强化了技术治理。
随着社会治理从总体支配向技术治理过渡和演变，乡村基层治理的技术成分在增多，其中行政村事务的行政化便是重要表现。不过，也有对乡镇治理实践的经验研究，认为改善乡村治理的有效路径并非对行政架构进行重置，而是需要对各种权力格局及运作方式进行重构，需要基层政治文化重建，以便让各种行动主体走到有序竞争的合作博弈中来。
乡村治理并非纯粹的政治范畴，因而需要跳出政治的和行政的视角限制，从更加综合性的维度来理解乡村治理实践及其效能。如乡村治理要面对历史的、文化的、社会的和经济的因素及影响，在一个相对较为特殊的和特定的场域，完成解决具体的和实际的问题的任务。
关于新型城镇化背景下乡村社会治理的创新与农村发展问题，有观点认为，乡村治理的核心体制为村民自治，该体制在扩大农村基层民主、组织乡村社会建设等方面，发挥了积极的作用。但不容忽视的事实是，现有的村民自治制度是在城乡分治的二元体制框架下设计并建立起来的。要让城镇化的推进与农村发展协调统一起来，需要在城乡一体化的框架下进一步改革和完善村民自治制度，也就是将村民自治纳入城乡一体化的公共管理和社会管理体系之中。在新型城镇化及城乡一体化发展过程中，乡村将依然是居民居住和生活的重要社会空间，乡村的变迁与发展将主要体现为村庄的社会生活环境越来越接近于、越来越类似于城镇社区生活环境。要达到这一目标，乡村在社会管理上就需要朝着社区建设与管理的方向发展，或者说，作为乡村治理的基本制度——村民自治要走向社区建设，与社区管理统一起来。
当然，乡村社会差异性和复杂性较大，从村民自治向社区建设的转变，只是过程性的、方向性的，而不是替换性的变迁。迈向社区建设的乡村治理并非放弃村民自治，而是在村民自治基础上更好地融入社区建设和社区治理元素。
就城镇化背景下如何实现乡村治理创新问题，“社区建设论”是一种重要观点。这一观点结合了社会理论中关于秩序构建的两个经典范式，并在此基础上进行创新解释尝试。在社会理论中，有两个经典范式：一是共识理论范式，认为社会秩序是建立在人们将权威规范和法律当作自己的行为准则，即对一定规范的共同认可和服从上；二是个体利益论或工具论范式，主张社会秩序是在人们为实现自我利益而创建并遵守规范的基础上建立起来的。融合这两种范式，我们可以认为社会秩序的主要基石有两个：社会共识和社会规则。但是，在乡村发展与变迁的过程中，已有的认同基础和社会规则都面临着失灵或失效问题，因而需要在发展中强化社区建设和社会规则。通过社区建设，构建起新的乡村社区认同基础，同时将城镇化、现代化发展所需要的社会规则内化为乡村居民的行为规范。
社区建设论的新意在于突破了以往乡村治理研究的局限，从乡村社会外部视角和城镇化视角，来探讨和解释解决乡村治理问题的出路。社区建设论的意义还在于强调乡村治理与发展的主体性地位，即把乡村社会中的村落共同体或社区作为乡村治理与发展的主体，而不是将乡村治理与发展的现代化简单地视为城镇化的替代。也就是说，在新型城镇化背景下，乡村不是衰落，更不是走向终结，而是走向新型乡村社区的重建。
不论何种乡村治理观，都要面对时势的实际需要，探索合理化的治理主体，即由什么样的主体来治理乡村更加合理；都要探寻有效的治理之道，以及怎样的治理或何种治理体制机制更加有效；都要追求更理想的治理效能，即如何实现更好的治理效果。乡村治理变革和创新，并非为了形式合理性或程序合理性，而是要达到实质合理性，治理创新要带来实际效果，对改善乡村秩序和乡村发展状况发挥积极的作用。