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围绕合作社、产业链垂直整合、社员参与、合作社绩效等主题，广泛搜集期刊、专著、研究报告等国内外文献，梳理研究进展和理论规律，为本书的研究理论基础提供有益借鉴和启示。同时，通过分析现有研究的不足，为本书的科学问题、研究思路和研究视角提供切入点。
归纳和演绎是马克思主义认识论的重要组成部分，归纳法和演绎法也是科学研究中应用较为广泛的分析方法。本书在构建理论分析框架中主要采用演绎法，利用产业组织理论、制度影响理论、制度变迁理论、契约治理理论等构建分析框架，分析农民专业合作社产业链垂直整合对社员参与及绩效的影响机理，体现了从普遍规律再到个别现象的逻辑理路。在合作社案例比较分析中则采用归纳法，提炼基本规律，体现了从个别到一般的思维演化路径。
根据实证研究的需要，选取四川省成都市、雅安市、眉山市、自贡市等地的 12 个县（区）的合作社进行问卷调查，调查内容包括合作社基本情况、经营状况、治理机制等方面。
利用问卷调查所获取的数据进行计量分析。在农民专业合作社产业链垂直整合对社员参与、合作社绩效的影响程度的实证分析中运用回归模型，并运用倾向得分匹配法（PSM）进行稳健性分析。运用回归模型的依次检验法、系数乘积法的Bootstrap法检验合作社产业链垂直整合对社员参与、合作社绩效的影响机理。在合作社产业链垂直整合和社员参与对合作社绩效的影响中，采用依次检验法来检验社员参与的中介效应，加入交互项检验合作社产业链垂直整合和社员参与之间的交互效应。
案例分析法是指分析单个和若干个事件或对象，依托理论框架，探讨其发展演变的内在规律，得出一般性的结论和政策启示的分析方法。案例分析方法的意义体现在三个方面：一是样本意义，即从同类现象中得出集中的结论；二是检验意义，即对已有假设和命题的印证；三是发现意义，即发现新问题、提出新假设。本书在保证信度和效度的前提下，分别选择产业链垂直整合程度不同的合作社，解释其社员参与、组织绩效等方面的差异，探究深层次原因，从而验证全文假设，取得检验意义，并进行拓展性分析，取得发现意义。
本书对于比较分析方法的应用主要体现在横向案例对比分析中。在第8 章中，指出产业链垂直整合程度存在社员参与、绩效等方面的差异，提炼出合作社产业链垂直整合对社员参与的影响的一般性规律。
有学者认为，任何一个规范的经济理论分析框架，都包括以下 5 个方面的内容：①界定经济环境；②设定行为假设；③给出制度安排；④选择均衡结果；⑤进行评估比较（田国强，2005）。本书以中国农民专业合作社发展的农业产业化背景为起始点，对合作社产业链垂直整合、社员参与行为、绩效等，按照“状态—结构—绩效”（SSP）的范式展开分析。具体包括以下四个方面：
结合以下三大背景：农民专业合作社被视作改进农业生产效率、引领小农户融入现代农业发展轨道的理想组织载体，但其发展质量仍待提升；农民专业合作社更进一步地嵌入农业产业链垂直整合的市场环境中，提升合作社绩效需要促进合作社产业链垂直整合；农民专业合作社普遍面临社员参与困境。提出以下两大问题：农民专业合作社产业链垂直整合将如何影响普通社员参与？合作社产业链垂直整合如何对社员参与以及合作社绩效产生影响？
充分借鉴现有理论成果和制度影响理论（SSP）分析范式，为“农民专业合作社产业链垂直整合—合作社制度安排—社员参与—合作社绩效”的逻辑链条提供充分的理论依据。
分为计量实证分析和案例比较分析两个部分：（1）计量实证分析：①分析农民专业合作社产业链垂直整合对社员参与的影响程度及影响机理；②运用熵值法对合作社评价绩效进行计算，分析农民专业合作社产业链垂直整合对合作社绩效的影响；③分析合作社产业链垂直整合和社员参与对合作社绩效的影响。（2）案例比较分析：选取若干个产业链垂直整合程度处于不同水平的合作社的典型案例进行比较分析。
基于全书研究结论，提出促进合作社绩效改进的对策和建议。
本书技术路线如图 1-2 所示。
图 1-2 技术路线示意图