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本书按照“理论研究—计量实证—案例比较—政策建议”的逻辑展开研究。
首先，在界定核心概念和明确理论基础的前提下，在理论上探讨农民专业合作社产业链垂直整合对社员参与、合作社绩效的影响程度及影响机理，分析合作社产业链垂直整合和社员参与对绩效的影响机理，为后文的经验分析提供理论支撑。
其次，运用微观调查数据和计量分析方法验证理论分析，分析农民专业合作社产业链垂直整合对社员参与的影响程度及影响机理，分析合作社产业链垂直整合对绩效的影响程度，验证合作社产业链垂直整合和社员参与对合作社绩效的影响情况。
再次，利用多个案例分析再一次验证农民专业合作社产业链垂直整合、社员参与及绩效三者之间的关系，既验证计量实证分析结果，又进行拓展性分析，为后文丰富政策建议提供依据。
最后，结合前文理论分析和实证研究，从进一步加强农民专业合作社产业链垂直整合、改善合作社内部社员关系、改进合作社绩效等方面提出促进合作社发展质量提升的策略和建议。
依据研究思路，本书共分为 9 章。各章内容安排如下：
第 1 章为“导论”：结合中国农民专业合作社的发展背景，提出需要研究的问题，阐明研究意义。说明研究思路与研究内容、研究方法与技术路线、创新之处与研究展望。介绍调查数据的来源和调查方法。
第 2 章为“文献综述与核心概念界定”：梳理国内外关于合作社产业链垂直整合、社员参与、合作社绩效等方面的文献，进行文献述评，得出研究启示，分析现有研究的不足；对农民专业合作社、合作社产业链垂直整合、社员参与、合作社绩效等概念进行界定。
第 3 章为“理论基础与分析框架”：介绍马克思主义的合作经济理论、产业组织理论、制度影响理论、交易成本理论、契约治理理论等主要相关理论；利用制度影响理论的“状态—结构—绩效”（SSP）分析范式，构建分析框架，提出研究假设。
第 4 章为“我国农民专业合作社发展判识及合作社产业链垂直整合现状”：概括我国改革开放以来合作社的发展历程，将其划分为不同的发展阶段，阐释不同阶段合作社发展特征，从而勾勒出合作社发展趋势，并进一步地分析合作社发展面临的关键问题；分析合作社产业链垂直整合现状。
第 5 章为“农民专业合作社产业链垂直整合对社员参与的影响的分析”：利用回归模型检验合作社产业链垂直整合对社员参与的影响，再利用倾向得分匹配法（PSM）、关键变量替代法等验证基准模型估计结果的稳健性；利用依次检验法和自助法验证社员收益增长、资产专用性、制度建设、抵押品设置等因素在合作社产业链垂直整合对社员参与的影响中的中介效应是否存在。
第 6 章为“农民专业合作社绩效评价及农民专业合作社产业链垂直整合对绩效的影响的实证分析”：结合相关文献，构建合作社绩效指标体系，利用熵值法对各项指标进行赋权，计算样本合作社的经济绩效和社会绩效；利用多重线性回归（MLR）和似不相关回归（SUR）验证合作社产业链垂直整合对绩效的影响。
第 7 章为“农民专业合作社产业链垂直整合和社员参与对绩效的影响的实证分析”：运用依次检验法、自助法，分析社员参与在合作社产业链垂直整合对合作社绩效的影响中是否发挥中介效应；在回归模型中引入交互项，用以分析合作社产业链垂直整合和社员参与之间的交互影响。
第 8 章为“农民专业合作社产业链垂直整合、社员参与及绩效——基于多案例的对比”：选取产业链垂直整合程度存在明显差异的三家案例合作社，论述合作社产业链垂直整合、社员参与以及绩效三者之间相互影响的机理，验证前文计量分析结果，并尽可能地开展拓展性研究。
第 9 章为“主要结论与政策建议”：总结全文研究内容，归纳主要研究结论，并就如何改进合作社绩效提出政策建议。