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在研究过程中待突破的难点主要有整体与局部研究框架的搭建，模型内生性问题的缓解与对策建议的提出。
在确立了研究目标之后，具体模型的构建、指标选取与测度方法的选择需要继续做大量文献查阅、理论分析、逻辑推理和实际检验工作。这些研究框架搭建的基础工作是难点之一。
本书主要基于中心度视角考察城市群的空间结构对城市绿色经济效率的影响，而城市群空间结构的本质是经济活动在城市群中的集聚分布情况。经济集聚与经济效率、环境污染之间有着反向因果关系，所以推测城市群空间结构与绿色经济效率之间也很可能有内生性问题需要加以弱化，使得分析结果更具有可信度。而找到合适的工具变量，用适当的模型方法弱化内生性问题，对笔者是一个难点。
根据设计好的研究框架，利用城市群经验数据进行实证研究并证实或证伪研究假设之后，将会面临对研究结论进行合理解释并在此基础上提出对策建议的问题。提出对策建议不仅要合理有据，还要根据实际情况考虑对策具体的可行性，这不仅需要对整体研究理解较为透彻，还需要进一步查阅资料，掌握大量实际情况，具有良好的思辨能力。这也是本研究的难点之一。