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甲午年（1894年），中日战争爆发，清帝国惨败。痛定思痛，朝野上下都觉得应该向列强学习。清廷颁布了一系列政策，鼓励和资助青年知识分子出国留学。与大清国一衣带水的日本是留学生的首选，不仅距离近、费用少，而且大家普遍认为日本与大清同属亚洲国家，两国在种族、文化、国情等方面有许多相似和相通的地方，日本的富强经验更容易被嫁接到大清。
晚清重臣张之洞于1898年撰写《劝学篇》，其中就有专门的章节阐述留学日本的好处：西方知识虽然先进，但是宽泛而复杂，需要耗费巨大的时间成本才可能学有所成，而日本在自强过程中已经扬弃了不重要和不相关的知识，因此，向日本学习无疑能节约时间，提高效率，是一条终南捷径。
另一方面，日本政府也积极吸引大清国的留学生，在他们看来，多培养一个大清国的青年，就多了一份亲近日本的力量。长此以往，必能更好地控制大清。时任日本驻华公使的矢野文雄就曾向日本政府建议吸纳清国留学生，这样做的好处是：学习日本的学生一旦主政，必然会依照日本的制度来筹划清国的未来，日本在华势力的必然因此增长。
尽管中日之间打了一场甲午战争，但两国关系不仅没有破裂，留日学生人数反而持续增长。1904年冬天，两广总督岑春煊派出41名青年学生赴日本学习法政，其中有汪精卫、朱执信等人，他们的学费全部由官府承担；另外还特别保送官绅15人同赴日本留学，其中有后来成为同盟会领袖之一的胡汉民。胡汉民是第二次来到日本，两年前他从日本退学回国，那时，在日本的留学生仅有600余人，但他重返日本时，留日学生人数已经超过3000。1904至1905年，留日学生从3000人激增至8000人以上，形成了一股不可小觑的力量。他们大多学习政治、法律和军事，思想开化。他们见识了大清与日本的差距，由衷地生出变革意愿。
日本不仅是留学生的聚集地，还是亡命政客的避难所，维新人士和革命党人大多匿居在此，继续从事政治活动。他们在留学生中不遗余力地宣传自己的救国理论。留日学生组织过许多编译团体，如译书汇编社、湖南编译社、教科书译辑社、会文学社、东新译社等，翻译了大量书籍，还创办《新广东》《新湖南》《浙江潮》等杂志。激扬的是文字，传播的是主义。
1903年，章炳麟写了反清檄文《驳康有为论革命书》，冯自由将这篇文章与留日学生邹容所撰的《革命军》合并印刷，订名为《章邹合刊》。这本小册子在留日学生中传阅甚广，几乎无人不晓。清廷虽然竭力管制留学生的思想和行为，但是鞭长莫及，力所不逮，反而激发了留学生与清廷的对立情绪。革命思想在留学生中疯长。
庚子事变期间，沙俄乘乱派兵入侵中国东北。1902年4月，沙俄与清廷订约，同意在13个月之内将驻扎在东北的俄军全部撤走，然而，时间走到了1903年4月，沙俄不仅没有如约撤兵，反而增派军队，并向清廷提出种种无理要求。消息传开后，民众激愤，抗议的浪潮从国内席卷到国外，4月29日，留日学生五百多人在日本东京集会，宣布成立拒俄义勇队，开赴东北前线与沙俄侵略军作战。愤怒的留学生不仅痛骂俄国人，也骂软弱无能清廷和昏聩腐败的官员，革命思潮占了上风。
1903年4月，《浙江潮》杂志刊发文章，号召留日学生打破地域界限，建立统一的革命团体。5月，国内的《苏报》刊登文章，称邹容发起创立了中国学生同盟会。“同盟会”这个词第一次出现在人们的视线里。
经过两年的宣传和讨论，1905年，倾向革命的留日学生基本形成了共识：成立一个联合组织，以此聚集来自各省的革命力量。因此，当孙文提出成立同盟会时，留学生纷纷响应。
1905年7月19日，孙中山抵达日本横滨，经过日本人宫崎滔天（另一种说法是杨度）引荐，与华兴会领袖黄兴在东京会面，两人一见如故，自此结下稳固的革命友谊。黄兴于1902年留学日本，第二年拒俄运动爆发时，留日学生成立义勇队，誓与俄军决一死战，来自湖南的黄兴当场就报名参加了义勇队。毕业回国后，黄兴与宋教仁、刘揆一、秦毓鎏、陈天华等人在湖南长沙成立华兴会，被推举为会长。华兴会原定在慈禧太后七十岁万寿节时起义，由于消息泄漏，黄兴被迫再度流亡日本。
此后，孙中山陆续结识了宋教仁、张继、李书城、汪精卫等人。
同月28日，孙中山在《二十世纪之支那》杂志社会见陈天华和宋教仁时，提出成立一个联合组织的意思。次日，华兴会成员赴黄兴住处，讨论与孙中山合作的事宜。
仅仅两天后，在东京赤坂区桧町三番黑龙会会所、内田良平家宅中，76名中国人在此集会，他们来自兴中会、华兴会、光复会等团体，另有宫崎滔天、内田良平、末永节3名日本人。
兴中会于1894年11月在美国檀香山成立，宗旨是“驱除鞑虏，恢复中华，创立合众政府”，领导者是孙中山。
华兴会成立于1904年初，主要成员有黄兴、宋教仁、陈天华、张继、刘道一、刘揆一、章士钊、秦毓鎏等人。华兴会以推翻满清的统治为目的，誓词是“驱除鞑虏，恢复中华”。
光复会成立于1904年冬，主要成员来自江浙地区，骨干人员有陶成章、蔡元培、章炳麟、徐锡麟、秋瑾等人。光复会将当政的满洲贵族集团视为“异族”，认为满人对汉族的统治是殖民统治。光复会的宗旨在“光复”二字，即推翻清廷，恢复汉人的统治地位。政治誓词是“光复汉族，还我河山，以身许国，功成身退”。
三大革命团体的成员聚集在狭促的日式民居内，孙中山被推选为会议主席，他倡议大家联合起来，成立中国同盟会。湖南籍学生张明夷反对，他主张用“对满同志会”这个称呼。在当时，“反满”确实是动员、联合各种团体的最有号召力的口号。大多数人其实对孙中山所宣传的民主共和概念不甚了了。在他们看来，革命的目的就是推翻满人的统治。孙中山反驳道：满清政府腐败无能，导致中国积贫积弱，所以我辈要推翻它，但满人若是同情我们，我们也可以准许其加入，我们的宗旨不仅仅是排满，还要废除专制统治、创立民主共和的政体。最后，大家都认同孙中山的意见。
经过会议表决，孙中山被推举为同盟会总理，黄兴为执行部庶务长。执行部下庶务科、书记科、会计料、内务科、外务科、调查科，此外还有暗杀部、评议部和司法部。各部、科的负责人分别推定。会议还决定以《二十一世纪之支那》杂志作为同盟会的机关报，后改名为《民报》。
随后，大家填写盟书，在孙中山的带领下宣誓“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权，矢信矢忠，有始有卒，如或渝此，任众处罚”。
忽然有人问孙中山：“他日革命告成，先生其为帝王乎？抑为民主乎？请明以教我。”当时，孙中山和黄兴竟然一时回答不上来。这时，一个名叫程家柽的人站出来解围，说：“革命是国人之公事也，孙先生何能为君主民主？唯在吾人之心中，苟无慕乎从龙之荣，则君主无自而生。”一个很重要的问题，就被这么敷衍过去了。
散场时，忽然听到“轰隆”一声响，室内木板倒塌，众人受惊，孙中山幽默地说：“此乃颠覆满清之预兆！”大家拍手欢呼。
同盟会成立后不久，就在国内、南洋、美洲、欧洲等地相继建立了支部，吸纳了一大批进步的知识青年，革命力量迅速壮大。到1905年底，同盟会会员为506人，1906年底增至956人，其中，广东人最多，170人；湖南次之，158人；四川127人，位居第三。甘肃由于没有留日学生，所以是同盟会中唯一缺席的省份。
正是清廷一系列不得人心的政策把帝国的精英推向了革命阵营，从这一点来看，清廷更像一个在不知不觉间为革命党帮忙的朋友。