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建元四年（前 137 年）底，南越王赵佗去世，其孙赵胡继位。翌年初，赵胡遣使赴长安禀报皇帝。刘彻于未央宫前殿正式接见南越国使臣，听闻赵佗去世时已一百零四岁，十分惊讶。柏至侯、丞相许昌说：“陛下，南越王赵佗乃中原真定（今河北正定）人氏，于秦末战乱中聚兵自守，自立为南越王，高祖登基后正式册立其为南越王，与高祖手下诸将相大臣，包括臣之祖父许温都是一辈的。”
刘彻说：“故南越王真乃高寿也，世间少有，稀罕！稀罕！”
南越国使臣跪禀：“微臣还请陛下施恩，正式册立赵胡为南越王。”
刘彻立即说道：“平身。那是当然。朕即册封赵胡为新任南越王。朕以为，故南越王以百余岁高寿辞世和新立南越王赵胡，这两件事皆应记载于史册。孔太常，你以为呢？”
太常孔臧即出列答道：“陛下英明。臣禀报陛下，太史令空缺已有两年，尚未补录。臣请陛下允准补任。”
“爱卿有人选否？”刘彻问。
年初皇帝诏令朝中设置五经博士，前几日，司马谈的老师杨何刚刚进京，在太常孔臧手下任《易经》博士，见到孔臧时曾提醒过关于司马谈入朝为太史一事，于是此时孔臧即答道：“陛下，有一人选，叫司马谈，出身治史世家，乃黄老学派大师黄子弟子。”
听言是黄老学派弟子，心想不会触犯奶奶窦太后忌讳，刘彻立即首肯：“甚好，甚好，即征其入朝，先任太史丞。不过今日这两件事得赶快补记上，载诸史册。”
“臣遵旨即办。臣叩谢陛下！”孔臧跪叩道。
建元五年（前 136 年）二月，司马谈被征召入朝，正式就任太史丞，秩级三百石。太史职掌天时星历、朝中记事以及搜罗、保存典籍文献。司马谈初任之时，觉得天时星历方面因师从唐都深入学习过，如今随时备顾问应对不成问题，及时记录下朝中及天下大事、要事亦不成问题，唯有在察看石渠阁、天禄阁后，发现两阁中存放的图书典籍，除少部分整齐有序外，大部分杂乱无章，有相当多的只是堆在那里，似乎从未整理过。大汉开国元勋萧何于辅佐刘邦夺取和巩固天下的过程中，始终重视图书典籍的搜罗、保存与整理。刘邦率军攻入秦都咸阳，诸将皆争求金帛财物，而萧何却入宫收取秦朝丞相御史府之律令图书并妥善保存。刘邦建立大汉后，任萧何为相国，萧何在建造未央宫时，专门在未央宫的北面建造了石渠、天禄二阁，用于存放图书典籍。如今存放于两阁中的这些图书典籍，只有萧何接收的秦朝律令图书被整理得整齐有序，其余后来搜集和接收的大量图书典籍，有些只是初步整理过，有些根本没有整理，仅仅堆放了事。司马谈粗粗看了一遍，只觉得头皮发麻，一时无从下手。而两阁的令史们均是一些对图书典籍毫无兴趣并缺乏专业技能的人，一问三不知。司马谈只好连日留在阁中，仔细翻看，一看更是吃惊，有许多重要典籍已经是连接简片的韦编断绝，致简片脱落，还有些是简片上的字迹漫漶磨灭。既要整理有序，还要修补拯救，司马谈忧心如焚。除了上任伊始专门去拜访过博士杨何，感谢老师向孔臧推荐之外，司马谈所有时间，都花费在两阁的图书典籍整理上。
一个月后，司马谈专门向孔臧禀报，称石渠、天禄两阁中的典籍图书十分珍贵，然多数杂乱无章，甚至有相当部分破损严重，亟待抢救，否则对朝廷的损失太大了。孔臧听了也是十分吃惊，称以前的太史令、丞从未向自己提起过此事，赞扬司马谈恪尽职守，还称听说你司马谈连续多日待在阁中，没有休息。司马谈说自己没好好休息是小事，只是看到如此多的重要图书典籍遭到毁损，十分心痛，极为不安。孔臧翌日由司马谈陪着，专门至两阁巡视一番，情形确如司马谈所言，也觉得要立即开始纠正，刻不容缓。很快，孔臧当面启奏刘彻，刘彻喟然而叹道：“朕甚悯焉！”决定建藏书之策，置写书之官，下及诸子传说，皆充秘府。
皇帝诏令下达，司马谈觉得皇上英明，皇恩浩荡。不久，整理、抢救图书典籍的大量经费拨至，招募的一些写书官亦陆续到两阁任事。司马谈浑身似乎有使不完的劲，指使着一班写书官，按照萧何当年主持编排的分类、次序进行整理，又细心地修补着破损磨灭的。不及一年，石渠阁、天禄阁中的图书典籍即被整理得整齐有序，很多破损的亦被修缮好了，还按照皇帝诏令接收、充实了许多新的图书典籍、律令文本。孔臧禀报刘彻，擢升司马谈为太史令，秩六百石，厕身下大夫之列；且允许其将家从夏阳迁至京师附近的茂陵邑，并按朝廷规定给予二十万钱和两顷田地，用于安置和今后生活。
建元五年（前 136 年），司马谈全家即徙居茂陵邑。这一年，司马迁十岁。
大汉皇帝一般在即位建年号的第二年就为自己建造寝陵，刘彻也不例外，于建元二年（前 139 年）诏令在自己母亲王太后家乡槐里县（今陕西兴平县东南）的茂乡，建造自己的陵园，并将茂乡更置为茂陵邑。汉初以来的制度规定，皇帝寝陵及旁边的陵邑均由太常管理。为鼓励人们迁徙至茂陵邑居住，刘彻听从太常建议，于次年诏令凡迁徙至茂陵邑的，赐予每户钱二十万，田二顷。实际上，徙居茂陵邑的起初有很多是在长安朝中供职的大小官员，优先享受着皇帝赐予的恩惠。
司马谈在迁徙前曾希望父亲母亲一起迁至茂陵邑，然司马喜执意要留在夏阳，称在夏阳惯了，也离不开家中那四千多亩田地，而且自己身体还好，要司马谈不必担心。司马谈说服不了父亲，只得对堂弟司马靖千叮咛万嘱咐，务必照顾好父母，司马靖自是诺诺连声。离开高门村的时候，司马迁专门去向大牛告别，两个孩子抱在一起，痛哭流涕。司马迁说有空一定回来看大牛，称祖父祖母还在这里，会常回来的。大牛则说，需要帮助时，只管吩咐一声。
司马谈一家徙居茂陵邑后，住在显武里，左邻右舍均为朝中任职或退休官员。司马谈到了茂陵邑后第一件事便是寻找学兄挚山，就去隔壁敲门问讯，哪知开门的即是挚山，两人喜出望外，挚山诚邀司马谈全家前来做客，以为接风。
挚山家中亦仅有妻子和 12 岁的儿子挚峻。司马谈询问：“令尊与令堂大人不与你们住于一处？”
挚山叹了一口气，说道：“二老于去年先后离世了。”
司马谈赶紧说：“真是抱歉，一点也不知道，我应该前来吊唁的，执子侄礼。失礼，失礼！”
“不知不怪。”挚山说，“其实吾父母年纪尚不是很大，以往身体亦均好，只是父亲被罢斥归家后，情绪极差，这才导致身体状况变坏了。父亲他老人家想不通，实际上窦太后仍健在，也仍旧在干预朝政，父亲受王臧案牵连，如何能甄别并重返朝堂？”
“挚山兄还是想开些好。以挚山兄的才学与贤德，将来还是有机会的。”司马谈安慰道。
挚山摆摆手，说：“经过家父这次挫折，加上家兄如今仕途亦不顺，我已经看透，不再指望入仕混个一官半职。我已在家中办了个学馆，目前有十几个学童。你在长安公干，离茂陵邑有八九十里路，平时不得回来，休沐日方能回来，就让迁儿来我家与峻儿一同读书吧。”
司马谈一听，立即起身向挚山深深揖拜：“我正愁着迁儿的求学没有着落，学兄真是急人所难。学兄之大恩大德，我司马谈终身不忘！”
挚山即刻拉司马谈坐下，说：“你我情同手足，你言重了！”
司马谈立即招呼司马迁，让他向挚山三叩首，算是拜师。
从此，司马迁进学馆跟随挚山学习，一开始，挚山教授古文，先学《春秋》，再学《国语》。大汉朝通用文字为隶书，称今文；以前的甲骨文、金文、籀（zhòu）文即大篆、小篆称古文。挚山与司马谈均于齐鲁求学十多年，今文、古文皆通。挚山起始即介绍今文、古文典籍的区别：秦朝焚书，朝野除医、农、卜等书籍外，全都焚毁。到汉朝废除“挟书令”，一些老儒依靠记忆，口头传授典籍，用现行的通用文字隶书记录下来，即成了今文经。后来在民间又陆续发现了一些当时收藏的古书，均是用古文字写的，儒生们整理出来，就有了古文经。挚山要求学童们，今文经、古文经都要学习、研究，相互比较，相互补充，融会贯通，相得益彰。
学习古文《春秋》是司马迁第一次接触古文，亦是第一次知道古代的史官是如何记史的，觉得新鲜，很有意思。他想到祖父、父亲曾经告诉他，祖先即是周室太史，大约即是用籀文将朝中及天下的大事记录于史册上而传之后世。经过挚山的讲解和自己深入领悟，司马迁觉得《春秋》记载了自鲁隐公元年（前 722 年）至鲁哀公十四年（前 481 年）共 242 年鲁国及东周各国的史事，文字虽然十分简练，全书仅有一万八千余字，然微言大义，褒贬善恶藏于字里行间，修订者孔子太了不起了！在史书中竟可以如此权衡是非、拨乱反正、扬善惩恶，彰显天地大道，这又是多么有意义的事情！挚山说，鉴于《春秋》太过精练，有“三传”为之阐释，即《左氏传》《公羊传》《谷梁传》。如今在吾大汉，春秋公羊学最为流行，其最有学问、最著名的儒学大师乃广川（今河北景县）人董仲舒。又说，当今学习古文最应请教的乃是孔子后人孔安国。今后若能当面请教两位大师，是尔等学子的大幸。司马迁牢牢记住了先生的话，想着如何才能见到董仲舒、孔安国两位大师。
学《春秋》有些枯燥，而学《国语》便生动得多。其中的各类人物活灵活现，人物的语言或理性，或生动，或诙谐，给人以深刻印象。司马迁在读到《召公谏厉王止谤》一文时，不禁为之拍案叫绝。文中开头即写道：“厉王虐，国人谤王。召公告曰：‘民不堪命矣！’”而周厉王以刑杀为威，压制批评，致“国人莫敢言，道路以目”。之后周厉王喜形于色，而召公称：“防民之口，甚于防川。”周厉王不听，三年后被国人流放到外地去了。司马迁想，写出如此精彩的文章，流传于后世，该是多么快乐的事情！
挚山同时又教学童们学习“八体”的书写，说这是将来入仕的必备技能。八体者，又称秦书八体，是秦汉时期学童必须掌握的八种书写方式。这八种书写方式实际上前四种为字体，即大篆、小篆、虫书、隶书。虫书即鸟虫书，是篆书之变体，如鸟虫之形，可刻于印章、兵器、钟镈（bó，乐器）上，可印于旗帜、符信上。后四种实际上是用途：刻符、摹印、署书、殳（shū）书。刻符即刻于符节之上，字体虽为篆书，但因是刀刻，笔画自然平直；摹印即用于玺印的文字，以小篆稍加变化；署书即封检、门榜题字；殳书之殳的本义是竹制兵器，泛指兵器，殳书即刻在兵器上的字体，不脱小篆，接近隶书，有工整的，亦有草率简单的。挚山强调，学习八书，要做到能识、能写，尤其大篆、小篆，特别是隶书，是当下通用的字体，更要书写得严谨规范，一丝不苟。官府中行文，不可有错别字；尤其朝堂之上，向皇帝上奏疏，出现谬误，属大不敬，会受严惩，甚至掉脑袋。司马迁对练习书写兴趣颇浓，一有空就写写画画，或用毛笔，或用树枝，或用手指，一度痴迷得很。
司马谈于任上常常至石渠阁、天禄阁中整理、翻阅堆积如山的典籍，读到许许多多以前从未读过的古文、今文书籍文章，享受饱览快乐之余，渐渐萌生出要做点什么的初步想法，觉得皇帝如此信任自己，自己必须有所作为，决不能成为一个平庸的太史。况且，无作为则无功名，而无功名何以振兴司马氏？司马谈苦苦思索了很长时间，仍然没想清楚可以做些什么。
休沐日司马谈回到茂陵邑，与学兄挚山谈起自己想在太史任上有所作为，但并未想清楚能做点什么。挚山笑着说：“谈学弟，看来你劲头甚足啊，依愚兄之见，做好你的太史令，履行好分内职责便是有作为矣。”
司马谈不赞成：“履行好本职责任，那是再自然不过的事，何能称为有作为？”
挚山说道：“我以为你是钻牛角尖，如同我俩的老师黄子，与《诗》博士辕固的辩论。你还记得黄子老师说过的他与齐人辕固在先帝景帝面前辩论的事吗？黄子称汤武诛夏桀、周武王诛商纣并非受命于天，而是臣弑君；辕固则称那两件事皆为受命于天，天下归心。两人均固执己见，难分胜负。后辕固竟问黄子：‘汉高祖代秦即天子位，难道也是不对的吗？’弄得咱们的老师黄子无法回答。黄子何敢当着景帝的面非议其祖父？倒是景帝见状打了圆场，说：‘食肉不食马肝，不为不知味；言学者无言汤武受命，不为愚！’才停止了辩论。你说这辕固与咱们的老师黄子是不是钻牛角尖？你是否与他俩一样？”
“学兄你太了不起了！”司马谈被指责，不仅不恼，反而惊喜道，“经你一点拨，我想到该做什么了。”
“我点拨了你？”挚山不解。
“当然。”司马谈说，“学兄提起的黄子与辕固辩论，黄子坚持的是道家学说，辕固坚持的是儒家学说，实际上尚有阴阳家、法家、墨家、名家，等等，诸家学说，各有短长。析其短长，以扬长避短，各家不应坚持己短而无视他家之长，岂非可供皇上与朝廷治理天下之用？士子们搞清了各家学说主旨，也就不必像黄子和辕固那样作些无谓的争辩了。学兄你说，你是否点拨了我，让我知道自己如何作为？”
挚山内心恬淡，但看司马谈兴高采烈的样子，不忍心扫兴、泼冷水，于是说道：“甚是。甚好。”
转眼到了次年五月，窦太后病逝。武帝刘彻没了束缚，重新大量任用好儒之官员及有真才实学的儒生，鼓励天下士人受策察问、上书言事。司马谈的老师、《易经》博士杨何擢升中大夫，秩禄比二千石，全家亦徙居茂陵邑。司马谈时常于休沐日恭请杨何至家中小酌，挚山作陪。杨何虽为齐鲁名儒，如今又跻身上大夫之列，但为人平和，性情轻松愉悦，每每到了司马谈家中，均好与司马迁谈天说地、议古论今，当然主要是杨何讲述、司马迁倾听。司马迁自是受益无穷。
一次杨何问司马迁：“迁小子，你长大后要做什么？”
司马迁不假思索便答道：“禀报师爷，做大迁！”
“何为大迁？”杨何笑问。
“大迁者，如大禹也。”司马迁答。
杨何故意问：“大禹治水，尔小子亦治水乎？”
司马迁是难不倒的，即刻回答：“大禹治水，吾乃周朝治史世家之后，吾治史。大禹制服滔滔洪水，终于称大；吾将理清世间嚣嚣万事，亦可称大。”
杨何惊叹：“好小子，有志气！”转而对司马谈说：“谈啊，你的儿子如此聪慧，你可要尽心尽力地帮他成为大迁啊！”
司马谈向老师揖拜：“弟子敢不遵师命焉！”心中自是喜悦非常。
司马谈在外求学十多年，养成了广交朋友的性格，无论于朝中还是在茂陵邑，皆主动结交各方面的朋友，有官员，有士人，也有贩夫走卒。茂陵邑这地方处于咸阳塬上，确为风水宝地，但不比夏阳，没有那么多的秀丽山川和人文古迹，北面的九嵕（zōng）山离得较远，只有南面的渭水沿岸距离不太远，司马谈有时在休沐日带司马迁去那里游览，已去过数次。一次司马迁要父亲带他去看茂陵施工现场，说从未见过建造皇帝寝陵的大场面。父子俩来到茂陵工地外围，被一名茂陵尉手下的卒史拦住，称皇陵建造重地，闲人不得靠近。司马谈解释道，小儿好奇，欲看看大场面，能否行个方便？那卒史二十岁左右，一脸的严肃，连说那如何行，让茂陵尉张大人知道了岂非要惩治于我？司马谈听卒史说话乃夏阳口音，一问，果然是夏阳人氏，老家在离高门村不远的徐村，名叫徐士褒。徐士褒得知眼前的二位乃家乡五大夫司马喜的子孙，立即客气起来，将二人领到一土坡之上，可以清楚地看到整个建造工地。
父子二人被帝陵工程极其宏大的场面所震撼，数万人在那里不停地劳作，或挖掘，或运土，或凿石，或锯木。徐士褒介绍，如此众多的劳作者，大部分是从全国各地征发来服徭役的，有几千名是征集来的能工巧匠。司马迁问，那场地中间正在挖掘的巨大土坑是干什么用的？徐士褒说，那是地宫，先挖个大坑，然后以石板砌之，皇帝百年之后即将棺椁放在那里面。司马迁说，难怪叫地宫，如同地上的宫殿一般大。徐士褒说，整个工程由朝廷的将作大匠负责，而我们茂陵尉张大人是负责整个工程戍卫的。司马谈问，哪个张大人？徐士褒答是张汤大人。司马谈说，难怪如此严格，徐老弟跟着张大人，将来会发达的。徐士褒笑笑，说道：“他张大人尚未发达，何况我等？”
结识了徐士褒，司马谈热情地邀他去家中做客，徐士褒也欣然应约，去过几次。两年后，张汤升迁了，徐士褒亦不知所踪，是随张汤还是调往别处，不得而知。然许多年之后，徐士褒竟成了关押司马迁的狱吏，给予司马迁诸多关照，却是司马迁始料未及的。此乃后话。