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晋武帝太元十四年。初，帝既亲政事，威权己出，有人主之量。已而溺于酒色，委事于琅邪王道子。道子亦嗜酒，日夕与帝以酣歌为事。又崇尚浮屠，穷奢极费，所亲昵者皆姏姆、僧尼。左右近习，争弄权柄，交通请托，贿赂公行，官赏滥杂，刑狱谬乱。尚书令陆纳望宫阙叹曰：“好家居，纤儿欲撞坏之邪！”左卫领营将军会稽许营上疏曰：“今台府局吏、直卫武官及仆隶婢儿取母之姓者，本无乡邑品第，皆得为郡守县令，或带职在内，及僧尼乳母，竞进亲党，又受货赂。辄临官领众，政教不均，暴滥无罪，禁令不明，劫盗公行。昔年下书敕群下尽规，而众议兼集，无所采用。臣闻佛者，清远玄虚之神，今僧尼往往依傍法服，五诫粗法尚不能遵，况精妙乎！而流惑之徒，竞加敬事，又侵渔百姓，取财为惠，亦未合布施之道也。”疏奏，不省。
道子势倾内外，远近奔凑。帝渐不平，然犹外加优崇。侍中王国宝以谗佞有宠于道子，扇动朝众，讽八座启道子宜进位丞相、扬州牧，假黄钺，加殊礼。护军将军南平车胤曰：“此乃成王所以尊周公也。今主上当阳，非成王之比，相王在位，岂得为周公乎？”乃称疾不署。疏奏，帝大怒，而嘉胤有守。
中书侍郎范宁、徐邈为帝所亲信，数进忠言，补正阙失，指斥奸党。王国宝，宁之甥也，宁尤疾其阿谀，劝帝黜之。陈郡袁悦之有宠于道子，国宝使悦之因尼支妙音致书于太子母陈淑媛云：“国宝忠谨，宜见亲信。”帝知之，发怒，托以他事斩悦之。国宝大惧，与道子共谮范宁出为豫章太守。宁临发，上疏言：“今边烽不举而仓库空匮。古者使民岁不过三日，今之劳扰，殆无三日之休，至有生儿不复举养，鳏寡不敢嫁娶。臣恐社稷之忧，厝火积薪，不足喻也。”
十五年，琅邪王道子恃宠骄恣，侍宴酣醉，或亏礼敬。帝浸不能平，欲选时望为藩镇以潜制道子。问于太子左卫率王雅曰：“吾欲用王恭、殷仲堪何如？”雅曰：“王恭风神简贵，志气方严；仲堪谨于细行，以文义著称。然皆峻狭自是，且干略不长。若委以方面，天下无事，足以守职，若其有事，必为乱阶矣。”帝不从。恭，蕴之子；仲堪，融之孙也。二月，以中书令王恭为都督青兖幽并冀五州诸军事、兖青二州刺史，镇京口。九月，以侍中王国宝为中书令，俄兼中领军。
十六年秋九月癸未，以尚书右仆射王珣为左仆射。珣，桓温之故吏也。
十七年冬十一月癸酉，以黄门郎殷仲堪为都督荆益宁三州诸军事、荆州刺史，镇江陵。仲堪虽有英誉，资望犹浅，议者不以为允。到官，好行小惠，纲目不举。
南郡公桓玄负其才地，以雄豪自处，朝廷疑而不用。年二十三，始拜太子洗马。玄尝诣琅邪王道子，值其酣醉，张目谓众客曰：“桓温晚涂欲作贼，云何？”玄伏地流汗，不能起。由是益不自安，常切齿于道子。后出补义兴太守，郁郁不得志，叹曰：“父为九州伯，儿为五湖长。”遂弃官归国，上疏自讼曰：“先臣勤王匡复之勋，朝廷遗之，臣不复计。至于先帝龙飞，陛下继明，请问谈者，谁之由邪？”疏寝不报。
玄在江陵，仲堪甚敬惮之。桓氏累世临荆州，玄复豪横，士民畏之，过于仲堪。尝于仲堪听事前戏马，以矟拟仲堪。仲堪中兵参军彭城刘迈谓玄曰：“马矟有馀，精理不足。”玄不悦，仲堪为之失色。玄出，仲堪谓迈曰：“卿狂人也。玄夜遣杀卿，我岂能相救邪？”使迈下都避之。玄使人追之，迈仅而获免。征虏参军豫章胡藩过江陵，见仲堪，说之曰：“桓玄志趣不常，每怏怏于失职，节下崇待太过，恐非将来之计也。”仲堪不悦。藩内弟同郡罗企生为仲堪功曹，藩退，谓企生曰：“殷侯倒戈以授人，必及于祸。君不早图去就，后悔无及矣。”
庚寅，立皇子德文为琅邪王，徙琅邪王道子为会稽王。
二十年春三月，皇太子出就东宫，以丹杨尹王雅领少傅。时会稽王道子专权奢纵，嬖人赵牙本出倡优，茹千秋本钱塘捕贼吏，皆以谄赂得进。道子以牙为魏郡太守，千秋为骠骑谘议参军。牙为道子开东第，筑山穿池，功用钜万。帝尝幸其第，谓道子曰：“府内乃有山，甚善，然修饰太过。”道子无以对。帝去，道子谓牙曰：“上若知山是人力所为，尔必死矣！”牙曰：“公在，牙何敢死。”营作弥甚。千秋卖官招权，聚货累亿。博平令吴兴闻人奭上疏言之，帝益恶道子，而逼于太后，不忍废黜。乃擢时望及所亲幸王恭、郗恢、殷仲堪、王珣、王雅等，使居内外要任，以防道子。道子亦引王国宝及国宝从弟琅邪内史绪以为心腹。由是朋党竞起，无复向时友爱之欢矣。太后每和解之。中书侍郎徐邈从容言于帝曰：“汉文明主，犹悔淮南；世祖聪达，负愧齐王。兄弟之际，实为深慎。会稽王虽有酣媟之累，宜加弘贷，消散群议，外为国家之计，内慰太后之心。”帝纳之，复委任道子如故。
二十一年，帝嗜酒，流连内殿，醒治既少，外人罕得进见。张贵人宠冠后宫，后宫皆畏之。秋九月庚申，帝与后宫宴，妓乐尽侍。时贵人年近三十，帝戏之曰：“汝以年亦当废矣，吾意更属少者。”贵人潜怒，向夕，帝醉，寝于清暑殿。贵人遍饮宦者酒，散遣之，使婢以被蒙帝面，弑之，重赂左右，云“因魇暴崩”。时太子暗弱，会稽王道子昏荒，遂不复推问。王国宝夜叩禁门，欲入为遗诏，侍中王爽拒之曰：“大行晏驾，皇太子未至，敢入者斩！”国宝乃止。爽，恭之弟也。辛酉，太子即皇帝位，大赦。
癸亥，有司奏：会稽王道子宜进位太傅、扬州牧，假黄钺，诏内外众事动静咨之。安帝幼而不慧，口不能言，至于寒暑饥饱亦不能辨，饮食寝兴皆非己出。母弟琅邪王德文，性恭谨，常侍左右，为之节适，始得其宜。
初，王国宝党附会稽王道子，骄纵不法，屡为御史中丞褚粲所纠。国宝起斋，侔清暑殿，孝武帝甚恶之。国宝惧，遂更求媚于帝而疏道子，帝复宠昵之。道子大怒，尝于内省面责国宝，以剑掷之，旧好尽矣。及帝崩，国宝复事道子，与王绪共为邪谄，道子更惑之，倚为心腹。遂参管朝权，威震内外，并为时之所疾。
王恭入赴山陵，每正色直言，道子深惮之。恭罢朝，叹曰：“榱栋虽新，便有黍离之叹！”绪说国宝，因恭入朝，劝相王伏兵杀之，国宝不许。道子欲辑和内外，乃深布腹心于恭，冀除旧恶。而恭每言及时政，辄厉声色。道子知恭不可和协，遂有相图之志。
或劝恭因入朝以兵诛国宝，恭以豫州刺史庾楷士马甚盛，党于国宝，惮之，不敢发。王珣谓恭曰：“国宝虽终为祸乱，要之罪逆未彰，今遽先事而发，必大失朝野之望。况拥强兵窃发于京辇，谁谓非逆！国宝若遂不改，恶布天下，然后顺众心以除之，亦无忧不济也。”恭乃止。既而谓珣曰：“比来视君一似胡广。”珣曰：“王陵廷争，陈平慎默，但问岁晏何如耳。”
冬十月甲申，葬孝武帝于隆平陵。王恭还镇，将行，谓道子曰：“主上谅闇，冢宰之任，伊、周所难，愿大王亲万机，纳直言，放郑声，远佞人。”国宝等愈惧。
安帝隆安元年春正月己亥朔，帝加元服，改元。以左仆射王珣为尚书令。领军将军王国宝为左仆射，领选，仍加后将军、丹杨尹。会稽王道子悉以东宫兵配国宝，使领之。
夏四月，仆射王国宝、建威将军王绪依附会稽王道子，纳贿穷奢，不知纪极。恶王恭、殷仲堪，劝道子裁损其兵权，中外恟恟不安。恭等各缮甲勒兵，表请北伐。道子疑之，诏以盛夏妨农，悉使解严。
恭遣使与仲堪谋讨国宝等。桓玄以仕不得志，欲假仲堪兵势以作乱，乃说仲堪曰：“国宝与君诸人素已为对，唯患相毙之不速耳。今既执大权，与王绪相表里，其所回易，无不如志。孝伯居元舅之地，必未敢害之。君为先帝所拔，超居方任，人情皆以君为虽有思致，非方伯才。彼若发诏征君为中书令，用殷觊为荆州，君何以处之？”仲堪曰：“忧之久矣，计将安出？”玄曰：“孝伯疾恶深至，君宜潜与之约，兴晋阳之甲以除君侧之恶，东西齐举。玄虽不肖，愿帅荆、楚豪杰，荷戈先驱，此桓、文之勋也。”仲堪心然之，乃外结雍州刺史郗恢，内与从兄南蛮校尉觊、南郡相陈留江绩谋之。觊曰：“人臣当各守职分，朝廷是非，岂藩屏之所制也！晋阳之事，不敢预闻。”仲堪固邀之，觊怒曰：“吾进不敢同，退不敢异。”绩亦极言其不可。觊恐绩及祸，于坐和解之。绩曰：“大丈夫何至以死相胁邪！江仲元行年六十，但未获死所耳！”仲堪惮其坚正，以杨佺期代之。朝廷闻之，征绩为御史中丞。觊遂称散发，辞位，仲堪往省之，谓觊曰：“兄病殊为可忧。”觊曰：“我病不过身死，汝病乃当灭门。宜深自爱，勿以我为念！”郗恢亦不肯从。仲堪疑未决，会王恭使至，仲堪许之，恭大喜。甲戌，恭上表罪状国宝，举兵讨之。
初，孝武帝倚任王珣，及帝暴崩，不及受顾命，珣一旦失势，循默而已。丁丑，王恭表至，内外戒严，道子问珣曰：“二藩作逆，卿知之乎？”珣曰：“朝政得失，珣弗之预，王、殷作难，何由可知！”王国宝惶惧，不知所为，遣数百人戍竹里，夜遇风雨，各散归。王绪说国宝矫相王之命召王珣、车胤杀之，以除时望，因挟君相发兵以讨二藩。国宝许之。珣、胤至，国宝不敢害，更问计于珣。珣曰：“王、殷与卿素无深怨，所竞不过势利之间耳。”国宝曰：“将曹爽我乎？”珣曰：“是何言欤！卿宁有爽之罪，王孝伯岂宣帝之俦邪？”又问计于胤，胤曰：“昔桓公围寿阳，弥时乃克。今朝廷遣军，恭必城守。若京口未拔而上流奄至，君将何以待之？”国宝尤惧，遂上疏解职，诣阙待罪。既而悔之，诈称诏复其本官。道子暗懦，欲求姑息，乃委罪国宝，遣骠骑谘议参军谯王尚之收国宝付廷尉。尚之，恬之子也。甲申，赐国宝死，斩绪于市，遣使诣恭，深谢愆失。恭乃罢兵还京口。国宝兄侍中恺、骠骑司马愉并请解职，道子以恺、愉与国宝异母，又素不协，皆释不问。戊子，大赦。
殷仲堪虽许王恭，犹豫不敢下。闻国宝等死，乃始抗表举兵，遣杨佺期屯巴陵。道子以书止之，仲堪乃还。
会稽世子元显，年十六，有俊才，为侍中，说道子以王、殷终必为患，请潜为之备。道子乃拜元显征虏将军，以其卫府及徐州文武悉配之。
司徒左长史王廞，导之孙也，以母丧居吴。王恭之讨王国宝也，版廞行吴国内史，使起兵于东方。廞使前吴国内史虞啸父等入吴兴、义兴召募兵众，赴者万计。未几，国宝死，恭罢兵，符廞去职，反丧服。廞以起兵之际，诛异己者颇多，势不得止，遂大怒，不承恭命，使其子泰将兵伐恭，笺于会稽王道子，称恭罪恶。道子以其笺送恭。五月，恭遣司马刘牢之帅五千人击泰，斩之。又与廞战于曲阿，众溃，廞单骑走，不知所在。收虞啸父下廷尉，以其祖潭有功，免为庶人。
二年，会稽王道子忌王、殷之逼，以谯王尚之及弟休之有才略，引为腹心。尚之说道子曰：“今方镇强盛，宰相权轻，宜密树腹心于外以自藩卫。”道子从之，以其司马王愉为江州刺史，都督江州及豫州之四郡军事，用为形援。日夜与尚之谋议，以伺四方之隙。
秋七月，桓玄求为广州，会稽王道子忌玄，不欲使居荆州，因其所欲，以玄为督交广二州军事、广州刺史。玄受命而不行。豫州刺史庾楷以道子割其四郡使王愉督之，上疏言：“江州内地，而西府北带寇戎，不应使愉分督。”朝廷不许。楷怒，遣其子鸿说王恭曰：“尚之兄弟复秉机权，过于国宝。欲假朝威削弱方镇，惩艾前事，为祸不测。今及其谋议未成，宜早图之。”恭以为然，以告殷仲堪、桓玄。仲堪、玄许之，推恭为盟主，刻期同趣京师。
时内外疑阻，津逻严急，仲堪以斜绢为书，内箭簳中，合镝漆之，因庾楷以送恭。恭发书，绢文角戾，不复能辨仲堪手书，疑楷诈为之，且谓仲堪去年已违期不赴，今必不动，乃先期举兵。司马刘牢之谏曰：“将军，国之元舅；会稽王，天子叔父也。会稽王又当国秉政，向为将军戮其所爱王国宝、王绪，又送王廞书，其深伏将军已多矣。顷所授任，虽未允惬，亦非大失。割庾楷四郡以配王愉，于将军何损！晋阳之甲，岂可数兴乎！”恭不从，上表请讨王愉、司马尚之兄弟。
道子使人说楷曰：“昔我与卿，恩如骨肉，帐中之饮，结带之言，可谓亲矣。卿今弃旧交，结新援，忘王恭畴昔陵侮之耻乎！若欲委体而臣之，使恭得志，必以卿为反覆之人，安肯深相亲信！首身且不可保，况富贵乎！”楷怒曰：“王恭昔赴山陵，相王忧惧无计，我知事急，寻勒兵而至，恭不敢发。去年之事，我亦俟命而动。我事相王，无相负者。相王不能拒恭，反杀国宝及绪，自尔已来，谁敢复为相王尽力者！庾楷实不能以百口助人屠灭。”时楷已应恭檄，正征士马。信返，朝廷忧惧，内外戒严。
会稽世子元显言于道子曰：“前不讨王恭，故有今日之难。今若复从其欲，则太宰之祸至矣。”道子不知所为，悉以事委元显，日饮醇酒而已。元显聪警，颇涉文义，志气果锐，以安危为己任。附会之者，谓元显神武，有明帝之风。
殷仲堪闻恭举兵，自以去岁后期，乃勒兵趣发。仲堪素不习为将，悉以军事委南郡相杨佺期兄弟，使佺期帅舟师五千为前锋，桓玄次之，仲堪帅兵二万，相继而下。佺期自以其先汉太尉震至父亮，九世皆以才德著名，矜其门地，谓江左莫及。有以比王珣者，佺期犹恚恨。而时流以其晚过江，婚宦失类，佺期及兄广、弟思平、从弟孜敬皆粗犷，每排抑之。佺期常慷慨切齿，欲因事际以逞其志，故亦赞成仲堪之谋。八月，佺期、玄奄至湓口，王愉无备，惶遽奔临川，玄遣偏将军追获之。
秋九月辛卯，加会稽王道子黄钺，以世子元显为征讨都督。遣卫将军王珣、右将军谢琰将兵讨王恭，谯王尚之将兵讨庾楷。己亥，谯王尚之大破庾楷于牛渚，楷单骑奔桓玄。会稽王道子以尚之为豫州刺史，弟恢之为骠骑司马、丹杨尹，允之为吴国内史，休之为襄城太守，各拥兵马以为己援。乙巳，桓玄大破官军于白石。玄与杨佺期进至横江，尚之退走，恢之所领水军皆没。丙午，道子屯中堂，元显守石头。己酉，王珣守北郊，谢琰屯宣阳门以备之。
王恭素以才地陵物，既杀王国宝，自谓威无不行。仗刘牢之为爪牙而但以部曲将遇之。牢之负其才，深怀耻恨。元显知之，遣庐江太守高素说牢之，使叛恭，许事成即以恭位号授之。又以道子书遗牢之，为陈祸福。牢之谓其子敬宣曰：“王恭昔受先帝大恩，今为帝舅，不能翼戴王室，数举兵向京师，吾不能审恭之志，事捷之日，必能为天子相王之下乎？吾欲奉国威灵以顺讨逆，何如？”敬宣曰：“朝廷虽无成、康之美，亦无幽、厉之恶，而恭恃其兵威，暴蔑王室。大人亲非骨肉，义非君臣，虽共事少时，意好不协。今日讨之，于情义何有？”恭参军何澹之知其谋，以告恭。
恭以澹之素与牢之有隙，不信。乃置酒请牢之，于众中拜之为兄，精兵坚甲，悉以配之，使帅帐下督颜延为前锋。牢之至竹里，斩延以降。遣敬宣及其婿东莞太守高雅之还袭恭。恭方出城曜兵，敬宣纵骑横击之，恭兵皆溃。恭将入城，雅之已闭城门。恭单骑奔曲阿，素不习马，髀中生疮。曲阿人殷确，恭故吏也，以船载恭，将奔桓玄。至长塘湖，为人所告，获之，送京师，斩于倪塘。恭临刑，犹理须鬓，神色自若，谓监刑者曰：“我暗于信人，所以至此。原其本心，岂不忠于社稷邪！但令百世之下知有王恭耳。”并其子弟党与皆死。以刘牢之为都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬州晋陵诸军事，以代恭。
俄而杨佺期、桓玄至石头，殷仲堪至芜湖。元显自竹里驰还京师，遣丹杨尹王恺等发京邑士民数万人据石头以拒之。佺期、玄等上表理王恭，求诛刘牢之。牢之帅北府之众驰赴京师，军于新亭。佺期、玄见之失色，回军蔡洲。朝廷未知西军虚实，仲堪等拥众数万，充斥郊畿，内外忧逼。
左卫将军桓脩，冲之子也，言于道子曰：“西军可说而解也，脩知其情矣。殷、桓之下，专恃王恭，恭既破灭，西军沮恐。今若以重利啖玄及佺期，二人必内喜。玄能制仲堪，佺期可使倒戈，取仲堪矣。”道子纳之，以玄为江州刺史，召郗恢为尚书，以佺期代恢为都督梁雍秦三州诸军事、雍州刺史。以脩为荆州刺史，权领左卫文武之镇，又令刘牢之以千人送之。黜仲堪为广州刺史，遣仲堪叔父太常茂宣诏，敕仲堪回军。
冬十月，殷仲堪得诏书，大怒，趣桓玄、杨佺期进军。玄等喜于朝命，欲受之，犹豫未决。仲堪闻之，遽自芜湖南归，遣使告谕蔡洲军士曰：“汝辈不各自散归，吾至江陵，尽诛汝馀口。”佺期部将刘系帅二千人先归。玄等大惧，狼狈西还，追仲堪至寻阳，及之。仲堪既失职，倚玄等为援，玄等亦资仲堪兵，虽内相疑阻，势不得不合。乃以子弟交质，壬午，盟于寻阳，俱不受朝命，连名上疏申理王恭，求诛刘牢之及谯王尚之，并诉仲堪无罪，独被降黜。朝廷深惮之，内外骚然。乃复罢桓脩，以荆州还仲堪，优诏慰谕，以求和解，仲堪等乃受诏。御史中丞江绩劾奏桓脩专为身计，疑误朝廷，诏免脩官。
初，桓玄在荆州，所为豪纵，仲堪亲党皆劝仲堪杀之，仲堪不听。及在寻阳，资其声地，推玄为盟主，玄愈自矜倨。杨佺期为人骄悍，玄每以寒士裁之，佺期甚恨，密说仲堪以玄终为患，请于坛所袭之。仲堪忌佺期兄弟勇健，恐既杀玄，不可复制，苦禁之。于是各还所镇。玄亦知佺期之谋，阴有取佺期之志，乃屯于夏口，引始安太守济阴卞范之为长史以为谋主。是时，诏书独不赦庾楷，玄以楷为武昌太守。
三年夏四月，以世子元显为扬州刺史。元显以庐江太守张法顺为谋主。
冬十二月，殷仲堪恐桓玄跋扈，乃与杨佺期结婚为援。佺期屡欲攻玄，仲堪每抑止之。玄恐终为殷、杨所灭，乃告执政，求广其所统。执政亦欲交构，使之乖离，乃加玄都督荆州四郡军事，又以玄兄伟代佺期兄广为南蛮校尉。佺期忿惧。杨广欲拒桓伟，仲堪不听，出广为宜都、建平二郡太守。杨孜敬先为江夏相，玄以兵袭而劫之，以为谘议参军。
佺期勒兵建牙，声云援洛，欲与仲堪共袭玄。仲堪虽外结佺期而内疑其心，苦止之，犹虑弗能禁，遣从弟遹屯于北境，以遏佺期。佺期既不能独举，又不测仲堪本意，乃解兵。
仲堪多疑少决，谘议参军罗企生谓其弟遵生曰：“殷侯仁而无断，必及于难。吾蒙知遇，义不可去，必将死之。”
是岁，荆州大水，平地三丈，仲堪竭仓廪以赈饥民。桓玄欲乘其虚而伐之，乃发兵西上，亦声言救洛。与仲堪书曰：“佺期受国恩而弃山陵，宜共罪之。今当入沔讨除佺期，已顿兵江口。若见与无贰，可收杨广杀之；如其不尔，便当帅兵入江。”时巴陵有积谷，玄先遣兵袭取之。梁州刺史郭铨当之官，路经夏口，玄诈称朝廷遣铨为己前锋，乃授以江夏之众，使督诸军并进，密报兄伟令为内应。伟遑遽不知所为，自赍疏示仲堪。仲堪执伟为质，令与玄书，辞甚苦至。玄曰：“仲堪为人无决，常怀成败之计，为儿子作虑，我兄必无忧也！”
仲堪遣殷遹帅水军七千至西江口，玄使郭铨、苻宏击之，遹等败走。玄顿巴陵，食其谷。仲堪遣杨广及弟子道护等拒之，皆为玄所败。江陵震骇。
城中乏食，以胡麻廪军士。玄乘胜至零口，去江陵二十里，仲堪急召杨佺期以自救。佺期曰：“江陵无食，何以待敌！可来见就，共守襄阳。”仲堪志在全军保境，不欲弃州逆走，乃绐之曰：“比来收集，已有储矣。”佺期信之，帅步骑八千，精甲耀日，至江陵，仲堪唯以饭饷其军。佺期大怒曰：“今兹败矣！”不见仲堪，与其兄广共击玄。玄畏其锐，退军马头。明日，佺期引兵急击郭铨，几获之。会玄兵至，佺期大败，单骑奔襄阳。仲堪出奔酂城。玄遣将军冯该追佺期及广，皆获而杀之，传首建康。佺期弟思平，从弟尚保、孜敬逃入蛮中。仲堪闻佺期死，将数百人将奔长安。至冠军城，该追获之，还至柞溪，逼令自杀，并杀殷道护。仲堪奉天师道，祷请鬼神，不吝财贿，而啬于周急。好为小惠以悦人，病者自为胗脉分药。用计倚伏烦密，而短于鉴略，故至于败。
仲堪之走也，文武无送者，惟罗企生从之。路经家门，弟遵生曰：“作如此分离，何可不一执手！”企生旋马授手，遵生有力，因牵下之，曰：“家有老母，去将何之？”企生挥泪曰：“今日之事，我必死之。汝等奉养，不失子道。一门之中，有忠与孝，亦复何恨！”遵生抱之愈急，仲堪于路待之，见企生无脱理，策马而去。及玄至，荆州人士无不诣玄者，企生独不往，而营理仲堪家事。或曰：“如此，祸必至矣！”企生曰：“殷侯遇我以国士，为弟所制，不得随之共殄丑逆，复何面目就桓求生乎！”玄闻之怒，然待企生素厚，先遣人谓曰：“若谢我，当释汝。”企生曰：“吾为殷荆州吏，荆州败，不能救，尚何谢为！”玄乃收之，复遣人问企生欲何言。企生曰：“文帝杀嵇康，嵇绍为晋忠臣，从公乞一弟以养老母！”玄乃杀企生而赦其弟。
四年春三月，桓玄既克荆、雍，表求领荆、江二州。诏以玄为都督荆司雍秦梁益宁七州诸军事、荆州刺史，以中护军桓脩为江州刺史。玄上疏固求江州。于是进玄督八州及扬豫八部诸军事，复领江州刺史。玄辄以兄伟为雍州刺史，朝廷不能违。又以从子振为淮南太守。
五年冬十二月，桓玄表其兄伟为江州刺史，镇夏口。司马刁畅为辅国将军、督八郡军事，镇襄阳。遣其将皇甫敷、冯该戍湓口。移沮、漳蛮二千户于江南，立武宁郡。更招集流民，立绥安郡。诏征广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，玄皆留不遣。
玄自谓有晋国三分之二，数使人上己符瑞，欲以惑众。又致笺于会稽王道子曰：“贼造近郊，以风不得进，以雨不致火，食尽故去耳，非力屈也。昔国宝死后，王恭不乘此威入统朝政，足见其心非侮于明公也，而谓之不忠。今之贵要腹心，有时流清望者谁乎？岂可云无佳胜？直是不能信之耳！尔来一朝一夕，遂成今日之祸。在朝君子皆畏祸不言，玄忝任在远，是以披写事实。”元显见之，大惧。
张法顺谓元显曰：“桓玄承藉世资，素有豪气，既并殷、杨，专有荆楚，第下之所控引止三吴耳。孙恩为乱，东土涂地，公私困竭，玄必乘此纵其奸凶，窃用忧之。”元显曰：“为之奈何？”法顺曰：“玄始得荆州，人情未附，方务绥抚，未暇他图。若乘此际使刘牢之为前锋，而第下以大军继进，玄可取也。”元显以为然。会武昌太守庾楷以玄与朝廷构怨，恐事不成，祸及于己，密使人自结于元显，云：“玄大失人情，众不为用，若朝廷遣军，己当为内应。”元显大喜，遣张法顺至京口，谋于刘牢之，牢之以为难。法顺还，谓元显曰：“观牢之言色，必贰于我，不如召入杀之。不尔，败人大事。”元显不从。于是大治水军，征兵装舰，以谋讨玄。
元兴元年春正月庚午朔，下诏罪状桓玄。以尚书令元显为骠骑大将军、征讨大都督、都督十八州诸军事、加黄钺，又以镇北将军刘牢之为前锋都督，前将军谯王尚之为后部，因大赦，改元，内外戒严。加会稽王道子太傅。
元显欲尽诛诸桓。中护军桓脩，骠骑长史王诞之甥也，诞有宠于元显，因陈脩等与玄志趣不同，元显乃止。诞，导之曾孙也。
张法顺言于元显曰：“桓谦兄弟每为上流耳目，宜斩之以杜奸谋。且事之济不，系在前军，而牢之反覆，万一有变，则祸败立至，可令牢之杀谦兄弟以示无贰心，若不受命，当逆为其所。”元显曰：“今非牢之，无以敌玄。且始事而诛大将，人情不安。”再三不可。又以桓氏世为荆土所附，桓冲特有遗惠，而谦，冲之子也，乃自骠骑司马除都督荆益宁梁四州诸军事、荆州刺史，欲以结西人之心。
东土遭孙恩之乱，因以饥馑，漕运不继。桓玄禁断江路，商旅俱绝，公私匮乏，以麸、橡给士卒。玄谓朝廷方多忧虞，必未暇讨己，可以蓄力观衅。及大军将发，从兄太傅长史石生密以书报之。玄大惊，欲完聚保江陵。长史卞范之曰：“明公英威振于远近，元显口尚乳臭，刘牢之大失物情，若兵临近畿，示以祸福，土崩之势可翘足而待，何有延敌入境，自取穷蹙者乎！”玄从之，留桓伟守江陵，抗表传檄，罪状元显，举兵东下。檄至，元显大惧。二月丙午，帝饯元显于西池，元显下船而不发。
桓玄发江陵，虑事不捷，常为西还之计。及过寻阳，不见官军，意甚喜，将士之气亦振。庾楷谋泄，玄囚之。
丁巳，诏遣齐王柔之以驺虞幡宣告荆、江二州，使罢兵。玄前锋杀之。柔之，宗之子也。丁卯，玄至姑孰，使其将冯该等攻历阳，襄城太守司马休之婴城固守。玄军断洞浦，焚豫州舟舰。豫州刺史谯王尚之帅步卒九千阵于浦上，遣武都太守杨秋屯横江。秋降于玄军。尚之众溃，逃于涂中，玄捕获之。司马休之出战而败，弃城走。
刘牢之素恶骠骑大将军元显，恐桓玄既灭，元显益骄恣，又恐己功名愈盛，不为元显所容。且自恃材武，拥强兵，欲假玄以除执政，复伺玄之隙而自取之，故不肯讨玄。元显日夜昏酣，以牢之为前锋，牢之骤诣门，不得见，及帝出饯元显，遇之公坐而已。
牢之军溧洲，参军刘裕请击玄，牢之不许。玄使牢之族舅何穆说牢之曰：“自古戴震主之威，挟不赏之功而能自全者，谁邪？越之文种，秦之白起，汉之韩信，皆事明主，为之尽力，功成之日，犹不免诛夷，况为凶愚者之用乎！君如今日战胜则倾宗，战败则覆族。欲以此安归乎！不若翻然改图，则可以长保富贵矣。古人射钩、斩袪，犹不害为辅佐，况玄与君无宿昔之怨乎！”时谯王尚之已败，人情愈恐。牢之颇纳穆言，与玄交通。东海中尉东海何无忌，牢之之甥也，与刘裕极谏，不听。其子骠骑从事中郎敬宣谏曰：“今国家衰危，天下之重在大人与玄。玄藉父、叔之资，据有全楚，割晋国三分之二，一朝纵之使陵朝廷，玄威望既成，恐难图也，董卓之变，将在今矣。”牢之怒曰：“吾岂不知！今日取玄如反覆手耳。但平玄之后，令我奈骠骑何！”三月乙巳朔，牢之遣敬宣诣玄请降。玄阴欲诛牢之，乃与敬宣宴饮，陈名书画共观之，以安悦其意。敬宣不知觉，玄佐吏莫不相视而笑。玄板敬宣为谘议参军。
元显将发，闻玄已至新亭，弃船，退屯国子学。辛未，陈于宣阳门外。军中相惊，言玄已至南桁，元显引兵欲还宫。玄遣人拔刀随后大呼曰：“放仗！”军人皆崩溃，元显乘马走入东府，唯张法顺一骑随之。元显问计于道子，道子但对之涕泣。玄遣太傅从事中郎毛泰收元显送新亭，缚于舫前而数之。元显曰：“为王诞、张法顺所误耳。”
壬申，复隆安年号。帝遣侍中劳玄于安乐渚。玄入京师，称诏解严。以玄总百揆，都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧、领徐荆江三州刺史，假黄钺。玄以桓伟为荆州刺史，桓谦为尚书左仆射，桓脩为徐、兖二州刺史，桓石生为江州刺史，卞范之为丹杨尹。
初，玄之举兵，侍中王谧奉诏诣玄，玄亲礼之。及玄辅政，以谧为中书令。谧，导之孙也。新安太守殷仲文，觊之弟也，玄姊为仲文妻。仲文闻玄克京师，弃郡投玄，玄以为谘议参军。刘迈往见玄，玄曰：“汝不畏死，而敢来邪？”迈曰：“射钩斩袪，并迈为三。”玄悦，以为参军。
癸酉，有司奏会稽王道子酣纵不孝，当弃市。诏徙安成郡。斩元显及东海王彦璋、谯王尚之、庾楷、张法顺、毛泰等于建康市。桓脩为王诞固请，得流岭南。
玄以刘牢之为会稽内史。牢之曰：“始尔，便夺我兵，祸其至矣。”刘敬宣请归谕牢之使受命，玄遣之。敬宣劝牢之袭玄，牢之犹豫不决，移屯班渎，私告刘裕曰：“今当北就高雅之于广陵，举兵以匡社稷，卿能从我去乎？”裕曰：“将军以劲卒数万，望风降服，彼新得志，威震天下，朝野人情皆已去矣，广陵岂可得至邪！裕当反服还京口耳。”何无忌谓裕曰：“我将何之？”裕曰：“吾观镇北必不免，卿可随我还京口。桓玄若守臣节，当与卿事之；不然，当与卿图之。”
于是牢之大集僚佐，议据江北以讨玄。参军刘袭曰：“事之不可者莫大于反。将军往年反王兖州，近日反司马郎君，今复反桓公，一人三反，何以自立！”语毕，趋出，佐吏多散走。牢之惧，使敬宣之京口迎家，失期不至。牢之以为事已泄，为玄所杀，乃帅部曲北走，至新洲，缢而死。敬宣至，不暇哭，即渡江奔广陵。将吏共殡敛牢之，以其丧归丹徒。玄令斫棺斩首，暴尸于市。
桓玄让丞相、荆江徐三州，改授太尉、都督中外诸军事、扬州牧、领豫州刺史，总百揆。司马休之、刘敬宣、高雅之俱奔洛阳，求救于秦。
夏四月，太尉玄出屯姑孰，辞录尚书事，诏许之。而大政皆就谘焉，小事则决于尚书令桓谦及卞范之。自隆安以来，中外之人厌于祸乱。及玄初至，黜奸佞，擢隽贤，京师欣然，冀得少安。既而玄奢豪纵逸，政令无常，朋党互起，陵侮朝廷，裁损乘舆供奉之具，帝几不免饥寒，由是众心失望。三吴大饥，户口减半，会稽减什三四，临海、永嘉殆尽，富室皆衣罗纨，怀金玉，闭门相守饿死。
秋八月，太尉玄讽朝廷以玄平元显功封豫章公，平殷、杨功封桂阳公，并本封南郡如故。玄以豫章封其子昇，桂阳封其兄子俊。
冬十月，太尉玄杀吴兴太守高素、将军竺谦之及谦之从兄朗之、刘袭并袭弟季武，皆刘牢之北府旧将也。袭兄冀州刺史轨邀司马休之、刘敬宣、高雅之等共据山阳，欲起兵攻玄，不克而走。将军袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等皆往从之，将奔魏。至陈留南，分为二辈：轨、休之、敬宣奔南燕，虔之、寿、长庆、恭奔秦。
冬十二月，太尉玄使御史杜林防卫会稽文孝王道子至安成，林承玄旨，鸩道子，杀之。
袁虔之等至长安，秦王兴问曰：“桓玄才略何如其父？卒能成功乎？”虔之曰：“玄乘晋室衰乱，盗据宰衡，猜忌安忍，刑赏不公，以臣观之，不如其父远矣。玄今已执大柄，其势必将篡逆，正可为他人驱除耳。”兴善之，以虔之为广州刺史。
二年二月乙卯，以太尉玄为大将军。丁巳，玄杀冀州刺史孙无终。
玄上表请帅诸军扫平关、洛，既而讽朝廷下诏不许，乃云：“奉诏故止。”玄初欲饬装，先命作轻舸，载服玩、书画。或问其故，玄曰：“兵凶战危，脱有意外，当使轻而易运。”众皆笑之。
秋八月，荆州刺史桓伟卒，大将军玄以桓脩代之。从事中郎曹靖之说玄曰：“谦、脩兄弟专据内外，权势太重。”玄乃以南郡相桓石康为荆州刺史。石康，豁之子也。
九月，侍中殷仲文、散骑常侍卞范之劝大将军玄早受禅，阴撰九锡文及册命。以桓谦为侍中、开府、录尚书事，王谧为中书监、领司徒，桓胤为中书令，加桓脩抚军大将军。胤，冲之孙也。丙子，册命玄为相国，总百揆，封十郡，为楚王，加九锡，楚国置丞相以下官。
桓谦私问彭城内史刘裕曰：“楚王勋德隆重，朝廷之情，咸谓宜有揖让，卿以为何如？”裕曰：“楚王，宣武之子，勋德盖世，晋室微弱，民望久移，乘运禅代，有何不可？”谦喜曰：“卿谓之可，即可耳。”
新野人庾仄，殷仲堪之党也，闻桓伟死，石康未至，乃起兵袭雍州刺史冯该于襄阳，走之。仄有众七千，设坛，祭七庙，云“欲讨桓玄”，江陵震动。石康至州，发兵攻襄阳，仄败，奔秦。
冬十月，楚王玄上表请归藩，使帝作手诏固留之。又诈言钱塘临平湖开，江州甘露降，使百僚集贺，用为己受命之符。又以前世皆有隐士，耻于己时独无，求得西朝隐士安定皇甫谧六世孙希之，给其资用，使隐居山林。征为著作郎，使希之固辞不就，然后下诏旌礼，号曰高士，时人谓之“充隐”。又欲废钱用谷、帛及复肉刑，制作纷纭，志无一定，变更回复，卒无所施行。性复贪鄙，人士有法书、好画及佳园宅，必假蒲博而取之。尤爱珠玉，未尝离手。
十一月，诏楚王玄行天子礼乐，妃为王后，世子为太子。丁丑，卞范之为禅诏，使临川王宝逼帝书之。宝，晞之曾孙也。庚辰，帝临轩，遣兼太保、领司徒王谧奉玺绶，禅位于楚。壬午，帝出居永安宫。癸未，迁太庙神主于琅邪国，穆章何皇后及琅邪王德文皆徙居司徒府。百官诣姑孰劝进。十二月庚寅朔，玄筑坛于九井山北。壬辰，即皇帝位。册文多非薄晋室，或谏之，玄曰：“揖让之文，正可陈之于下民耳，岂可欺上帝乎！”大赦，改元永始。以南康之平固县封帝为平固王，降何后为零陵县君，琅邪王德文为石阳县公，武陵王遵为彭泽县侯。追尊父温为宣武皇帝，庙号太祖，南康公主为宣皇后，封子昇为豫章王。以会稽内史王愉为尚书仆射，愉子相国左长史绥为中书令。绥，桓氏之甥也。戊戌，玄入建康宫，登御坐而床忽陷，群下失色。殷仲文曰：“将由圣德深厚，地不能载。”玄大悦。梁王珍之国臣孔朴奉珍之奔寿阳。珍之，晞之曾孙也。辛亥，桓玄迁帝于寻阳。癸丑，纳桓温神主于太庙。桓玄临听讼观阅囚徒，罪无轻重，多得原放。有干舆乞者，时或恤之。其好行小惠如此。
三年春正月，桓玄立其妻刘氏为皇后。刘氏，乔之曾孙也。玄以其祖彝以上名位不显，不复追尊立庙。散骑常侍徐广曰：“‘敬其父则子悦’，请依故事立七庙。”玄曰：“礼，太祖东向，左昭右穆。晋立七庙，宣帝不得正东向之位，何足法也！”秘书监卞承之谓广曰：“若宗庙之祭果不及祖，有以知楚德之不长矣。”广，邈之弟也。
玄自即位，心常不自安。二月己丑朔，夜，涛水入石头，流杀人甚多，讙哗震天。玄闻之惧，曰：“奴辈作矣！”
玄性苛细，好自矜伐。主者奏事，或一字不体，或片辞之谬，必加纠擿，以示聪明。尚书答诏误书“春蒐”为“春菟”，自左丞王纳之以下，凡所关署，皆被降黜。或手注直官，或自用令史，诏令纷纭，有司奉答不暇。而纪纲不治，奏案停积，不能知也。又性好游畋，或一日数出。迁居东宫，更缮宫室，土木并兴，督迫严促，朝野骚然，思乱者众。
玄遣使加益州刺史毛璩散骑常侍、左将军。璩执留玄使，不受其命。璩，宝之孙也。玄以桓希为梁州刺史，分命诸将戍三巴以备之。璩传檄远近，列玄罪状，遣巴东太守柳约之、建平太守罗述、征虏司马甄季之击破希等，仍帅众进屯白帝。
玄以桓弘为青州刺史，镇广陵；刁逵为豫州刺史，镇历阳。弘，脩之弟；逵，彝之子也。
初，太原王元德及弟仲德为苻氏起兵攻燕主垂，不克，来奔，朝廷以元德为弘农太守。仲德见桓玄称帝，谓人曰：“自古革命诚非一族，然今之起者恐不足以成大事。”
平昌孟昶为青州主簿，桓弘使昶至建康，玄见而悦之，谓刘迈曰：“素士中得一尚书郎，卿与共州里，宁相识否？”迈素与昶不善，对曰：“臣在京口，不闻昶有异能，唯闻父子纷纷更相赠诗耳。”玄笑而止。昶闻而恨之。既还京口，裕谓昶曰：“草间当有英雄起，卿颇闻乎？”昶曰：“今日英雄有谁，正当是卿耳！”
于是裕、毅、无忌、元德、仲德、昶及裕弟道规、任城魏咏之、高平檀凭之、琅邪诸葛长民、河内太守陇西辛扈兴、振威将军东莞童厚之，相与合谋起兵。道规为桓弘中兵参军，裕使毅就道规及昶于江北，共杀弘，据广陵。长民为刁逵参军，使长民杀逵，据历阳。元德、扈兴、厚之在建康，使之聚众攻玄为内应，刻期齐发。
孟昶妻周氏富于财，昶谓之曰：“刘迈毁我于桓公，使我一生沦陷，我决当作贼。卿幸早离绝，脱得富贵，相迎不晚也。”周氏曰：“君父母在堂，欲建非常之谋，岂妇人所能谏！事之不成，当于奚官中奉养大家，义无归志也。”昶怅然，久之而起。周氏追昶坐，曰：“观君举措，非谋及妇人者，不过欲得财物耳。”因指怀中儿示之曰：“此而可卖，亦当不惜。”遂倾赀以给之。昶弟
妻，周氏之从妹也，周氏绐之曰：“昨夜梦殊不祥，门内绛色物宜悉取以为厌胜。”妹信而与之，遂尽缝以为军士袍。
何无忌夜于屏风里草檄文，其母，刘牢之姊也，登橙密窥之，泣曰：“吾不及东海吕母明矣。汝能如此，吾复何恨！”问所与同谋者，曰：“刘裕。”母尤喜，因为言玄必败、举事必成之理以劝之。
乙卯，裕托以游猎，与无忌收合徒众，得百馀人。丙辰，诘旦，京口城开，无忌著传诏服，称敕使，居前，徒众随之齐入，即斩桓脩以徇。脩司马刁弘帅文武佐吏来赴，裕登城，谓之曰：“郭江州已奉乘舆返正于寻阳，我等并被密诏，诛除逆党，今日贼玄之首已当枭于大航矣。诸君非大晋之臣乎，今来欲何为！”弘等信之，收众而退。
裕问无忌曰：“今急须一府主簿，何由得之？”无忌曰：“无过刘道民。”道民者，东莞刘穆之也。裕曰：“吾亦识之。”即驰信召焉。时穆之闻京口讙噪声，晨起，出陌头，属与信会。穆之直视不言者久之，既而返室，坏布裳为袴，往见裕。裕曰：“始举大义，方造艰难，须一军吏甚急，卿谓谁堪其选？”穆之曰：“贵府始建，军吏实须其才，仓猝之际，略当无见逾者。”裕笑曰：“卿能自屈，吾事济矣。”即于坐署主簿。
孟昶劝桓弘其日出猎，天未明，开门出猎人。昶与刘毅、刘道规帅壮士数十人直入，弘方啖粥，即斩之，因收众济江。裕使毅诛刁弘。
先是，裕遣同谋周安穆入建康报刘迈，迈虽酬许，意甚惶惧。安穆虑事泄，乃驰归。玄以迈为竟陵太守，迈欲亟之郡，是夜，玄与迈书曰：“北府人情云何？卿近见刘裕何所道？”迈谓玄已知其谋，晨起，白之。玄大惊，封迈为重安侯。既而嫌迈不执安穆，使得逃去，乃杀之，悉诛元德、扈兴、厚之等。
众推刘裕为盟主，总督徐州事，以孟昶为长史，守京口，檀凭之为司马。彭城人应募者，裕悉使郡主簿刘钟统之。丁巳，裕帅二州之众千七百人，军于竹里，移檄远近，声言益州刺史毛璩已定荆楚，江州刺史郭昶之奉迎主上返正于寻阳，镇北参军王元德等并帅部曲保据石头，扬武将军诸葛长民已据历阳。
玄移还上宫，召侍官皆入止省中。加扬州刺史新安王桓谦征讨都督，以殷仲文代桓脩为徐、兖二州刺史。谦等请亟遣兵击裕。玄曰：“彼兵锐甚，计出万死，若有蹉跌，则彼气成而吾事去矣，不如屯大众于覆舟山以待之。彼空行二百里，无所得，锐气已挫，忽见大军，必惊愕。我案兵坚阵，勿与交锋，彼求战不得，自然散走，此策之上也。”谦等固请击之，乃遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷相继北上。
玄忧惧特甚。或曰：“裕等乌合微弱，势必无成，陛下何虑之深？”玄曰：“刘裕足为一世之雄；刘毅家无檐石之储，摴蒱一掷百万；何无忌酷似其舅。共举大事，何谓无成！”
初，袁真杀朱宪，宪弟绰逃奔桓温。温克寿阳，绰辄发真棺，戮其尸。温怒，将杀之，桓冲请而免之。绰事冲如父，冲薨，绰呕血而卒。刘裕克京口，以绰子龄石为建武参军。三月戊午朔，裕军与吴甫之遇于江乘。将战，龄石言于裕曰：“龄石世受桓氏厚恩，不欲以兵刃相向，乞在军后。”裕义而许之。甫之，玄骁将也，其兵甚锐。裕手执长刀，大呼以冲之，众皆披靡，即斩甫之。进至罗落桥，皇甫敷帅数千人逆战，宁远将军檀凭之败死。裕进战弥厉，敷围之数重，裕倚大树挺战。敷曰：“汝欲作何死！”拔戟将刺之，裕瞋目叱之，敷辟易。裕党俄至，射敷中额而踣，裕援刀直进。敷曰：“君有天命，以子孙为托。”裕斩之，厚抚其孤。裕以檀凭之所领兵配参军檀祗。祗，凭之之从子也。
玄闻二将死，大惧，召诸道术人推算及为厌胜。问群臣曰：“朕其败乎？”吏部郎曹靖之对曰：“民怨神怒，臣实惧焉。”玄曰：“民或可怨，神何为怒？”对曰：“晋氏宗庙，飘泊江滨，大楚之祭，上不及祖，此其所以怒也。”玄曰：“卿何不谏？”对曰：“辇上君子皆以为尧、舜之世，臣何敢言！”玄默然。使桓谦及游击将军何澹之屯东陵，侍中、后将军卞范之屯覆舟山西，众合二万。
己未，裕军食毕，悉弃其馀粮，进至覆舟山东，使羸弱登山，张旗帜为疑兵，数道并前，布满山谷。玄侦候者还，云“裕军四塞，不知多少”。玄益忧恐，遣武卫将军庾赜之帅精卒副援诸军。谦等士卒多北府人，素畏伏裕，莫有斗志。裕与刘毅等分为数队，进突谦陈。裕以身先之，将士皆殊死战，无不一当百，呼声动天地。时东北风急，因纵火焚之，烟炎熛天，鼓噪之音震动京邑，谦等诸军大溃。
玄时虽遣军拒裕，而走意已决，潜使领军将军殷仲文具舟于石头。闻谦等败，帅亲信数千人，声言赴战，遂将其子昇、兄子濬出南掖门。遇前相国参军胡藩，执马鞚谏曰：“今羽林射手犹有八百，皆是义故。西人受累世之恩，不驱令一战，一旦舍此，欲安之乎！”玄不对，但举策指天。因鞭马而走，西趋石头，与仲文等浮江南走。经日不食，左右进粗饭，玄咽不能下，昇抱其胸而抚之，玄悲不自胜。
裕入建康，王仲德抱元德子方回出候裕，裕于马上抱方回与仲德对哭。追赠元德给事中，以仲德为中兵参军。裕止桓谦故营，遣刘钟据东府。庚申，裕屯石头城，立留台百官，焚桓温神主于宣阳门外，造晋新主，纳于太庙。遣诸将追玄，尚书王嘏帅百官奉迎乘舆，诛玄宗族在建康者。裕使臧熹入宫，收图书、器物，封闭府库。有金饰乐器，裕问熹：“卿得无欲此乎？”熹正色曰：“皇上幽逼，播越非所，将军首建大义，劬劳王家，虽复不肖，实无情于乐。”裕笑曰：“聊以戏卿耳。”熹，焘之弟也。
壬戌，玄司徒王谧与众议推裕领扬州，裕固辞。乃以谧为侍中、领司徒、扬州刺史、录尚书事。谧推裕为使持节、都督扬徐兖豫青冀幽并八州诸军事、徐州刺史，刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹杨尹，刘道规为义昌太守。
裕始至建康，诸大处分皆委于刘穆之，仓猝立定，无不允惬。裕遂托以腹心，动止谘焉。穆之亦竭节尽诚，无所遗隐。时晋政宽弛，纲纪不立，豪族陵纵，小民穷蹙，重以司马元显政令违舛，桓玄虽欲厘整，而科条繁密，众莫之从。穆之斟酌时宜，随方矫正。裕以身范物，先以威禁，内外百官皆肃然奉职。不盈旬日，风俗顿改。
初，诸葛长民至豫州，失期，不得发。刁逵执长民，槛车送桓玄。至当利而玄败，送人共破槛出长民，还趣历阳。逵弃城走，为其下所执，斩于石头，子侄无少长皆死，唯赦其季弟给事中骋。逵故吏匿其弟子雍送洛阳，秦王兴以为太子中庶子。裕以魏咏之为豫州刺史，镇历阳，诸葛长民为宣城内史。
初，裕名微位薄，轻狡无行，盛流皆不与相知，惟王谧独奇贵之，谓裕曰：“卿当为一代英雄。”裕尝与刁逵摴蒲，不时输直，逵缚之马枊。谧见之，责逵而释之，代之还直。由是裕深憾逵而德谧。
萧方等曰：夫蛟龙潜伏，鱼虾亵之。是以汉高赦雍齿，魏武免梁鹄，安可以布衣之嫌而成万乘之隙也！今王谧为公，刁逵亡族，酬恩报怨，何其狭哉！
丁卯，刘裕迁镇东府。
桓玄至寻阳，郭昶之给其器用、兵力。辛未，玄逼帝西上，刘毅帅何无忌、刘道规等诸军追之。玄留龙骧将军何澹之、前将军郭铨与郭昶之守湓口。
丙戌，刘裕称受帝密诏，以武陵王遵承制总百官行事。因大赦，惟桓玄一族不宥。
刘敬宣、高雅之谋杀南燕王备德，推司马休之为主。雅之邀刘轨同谋，轨不从。谋颇泄，敬宣等南走，南燕人收轨杀之，追及雅之，又杀之。敬宣、休之至淮、泗间，闻桓玄败，遂来归，刘裕以敬宣为晋陵太守。
夏四月己丑，武陵王遵入居东宫，内外毕敬。迁除百官称制书，教称令书。以司马休之监荆益梁宁秦雍六州诸军事、领荆州刺史。
庚寅，桓玄挟帝至江陵，桓石康纳之。玄更署置百官，以卞范之为尚书仆射。自以奔败之后，恐威令不行，乃更增峻刑罚，众益离怨。殷仲文谏，玄怒曰：“今以诸将失律，天文不利，故还都旧楚。而群小纷纷，妄兴异议，方当纠之以猛，未可施之以宽也。”荆、江诸郡闻玄播越，有上表奔问起居者，玄皆不受，更令所在贺迁新都。初，王谧为玄佐命元臣，玄之受禅，谧手解帝玺绶。及玄败，众谓谧宜诛，刘裕特保全之。刘毅尝因朝会，问谧玺绶所在。谧内不自安，逃奔曲阿。裕笺白武陵王，迎还复位。
桓玄兄子歆引氐帅杨秋寇历阳，魏咏之帅诸葛长民、刘敬宣、刘钟共击破之，斩杨秋于练固。
玄使武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭帅数千人就何澹之等共守湓口。何无忌、刘道规至桑落洲。庚戌，澹之等引舟师逆战。澹之常所乘舫羽仪旗帜甚盛。无忌曰：“贼帅必不居此，欲诈我耳，宜亟攻之。”众曰：“澹之不在其中，得之无益。”无忌曰：“今众寡不敌，战无全胜，澹之既不居此舫，战士必弱，我以劲兵攻之，必得之。得之，则彼势沮而我气倍，因而薄之，破贼必矣。”道规曰：“善！”遂往攻而得之，因传呼曰：“已得何澹之矣！”澹之军中惊扰，无忌之众亦以为然，乘胜进攻澹之等，大破之。无忌等克湓口，进据寻阳，遣使奉送宗庙主祏还京师。加刘裕都督江州诸军事。
桑落之战，胡藩所乘舰为官军所烧，藩全铠入水，潜行三十许步，乃得登岸。时江陵路已绝，乃还豫章。刘裕素闻藩为人忠直，引参领诸军事。
桓玄收集荆州兵，曾未三旬，有众二万，楼船、器械甚盛。甲寅，玄复帅诸军挟帝东下，以苻宏领梁州刺史，为前锋。又使散骑常侍徐放先行，说刘裕等曰：“若能旋军散甲，当与之更始，各授位任，令不失分。”刘裕以诸葛长民都督淮北诸军事，镇山阳。以刘敬宣为江州刺史。
刘毅、何无忌、刘道规、下邳太守平昌孟怀玉帅众自寻阳西上，五月癸酉，与桓玄遇于峥嵘洲。毅等兵不满万人，而玄战士数万，众惮之，欲退还寻阳。道规曰：“不可！彼众我寡，强弱异势，今若畏懦不进，必为所乘，虽至寻阳，岂能自固！玄虽窃名雄豪，内实恇怯。加之已经奔败，众无固心。决机两阵，将雄者克，不在众也。”因麾众先进，毅等从之。玄常漾舸于舫侧以备败走，由是众莫有斗心。毅等乘风纵火，尽锐争先。玄众大溃，烧辎重夜遁。郭铨诣毅降。
玄故将刘统、冯稚等聚党四百人袭破寻阳城。毅遣建威将军刘怀肃讨平之。怀肃，怀敬之弟也。
玄挟帝单舸西走，留永安何皇后及王皇后于巴陵。殷仲文时在玄舰，求出别船收集散卒，因叛玄，奉二后奔夏口，遂还建康。
己卯，玄与帝入江陵。冯该劝使更下战，玄不从。欲奔汉中就桓希，而人情乖沮，号令不行。庚辰，夜中，处分欲发，城内已乱，乃与亲近腹心百馀人乘马出城西走。至城门，左右于暗中斫玄，不中，其徒更相杀害，前后交横。玄仅得至船，左右分散，惟卞范之在侧。
辛巳，荆州别驾王康产奉帝入南郡府舍，太守王腾之帅文武为侍卫。
玄将之汉中。屯骑校尉毛脩之，璩之弟子也，诱玄入蜀，玄从之。宁州刺史毛璠，璩之弟也，卒于官。璩使其兄孙祐之及参军费恬帅数百人送璠丧归江陵，壬午，遇玄于枚回洲。祐之、恬迎击玄，矢下如雨，玄嬖人丁仙期、万盖等以身蔽玄，皆死。益州督护汉嘉冯迁抽刀，前欲击玄，玄拔头上玉导与之，曰：“汝何人，敢杀天子！”迁曰：“我杀天子之贼耳！”遂斩之，又斩桓石康、桓濬、庾赜之，执桓昇送江陵，斩于市。乘舆反正于江陵，以毛脩之为骁骑将军。甲申，大赦，诸以畏逼从逆者一无所问。戊寅，奉神主于太庙。刘毅等传送玄首，枭于大桁。
毅等既战胜，以为大事已定，不急追蹑，又遇风，船未能进，玄死几一旬，诸军犹未至。时桓谦匿于沮中，扬武将军桓振匿于华容浦，玄故将王稚徽戍巴陵，遣人报振云：“桓歆已克京邑，冯稚复克寻阳，刘毅诸军并中路败退。”振大喜，聚党得二百人，袭江陵，桓谦亦聚众应之。闰月己丑，复陷江陵，杀王康产、王腾之。振见帝于行宫，跃马奋戈，直至阶下，问桓昇所在。闻其已死，瞋目谓帝曰：“臣门户何负国家，而屠灭若是！”琅邪王德文下床谓曰：“此岂我兄弟意邪！”振欲杀帝，谦苦禁之，乃下马，敛容致拜而出。壬辰，振为玄举哀，立丧庭，谥曰武悼皇帝。
癸巳，谦等帅群臣奉玺绶于帝曰：“主上法尧禅舜，今楚祚不终，百姓之心复归于晋矣。”以琅邪王德文领徐州刺史，振为都督八州诸军事、荆州刺史，谦复为侍中、卫将军，加江、豫二州刺史。帝侍御左右，皆振之腹心。
振少薄行，玄不以子妷齿之。至是，叹曰：“公昔不早用我，遂致此败。若使公在，我为前锋，天下不足定也。今独作此，安归乎？”遂纵意酒色，肆行诛杀。谦劝振引兵下战，己守江陵，振素轻谦，不从其言。
刘毅至巴陵，诛王稚徽。何无忌、刘道规进攻桓谦于马头，桓蔚于龙泉，皆破之。蔚，秘之子也。
无忌欲乘胜直趣江陵，道规曰：“兵法屈申有时，不可苟进。诸桓世居西楚，群小皆为竭力，振勇冠三军，难与争锋。且可息兵养锐，徐以计策縻之，不忧不克。”无忌不从。振逆战于灵溪，冯该以兵会之，无忌等大败，死者千馀人。退还寻阳，与刘毅等上笺请罪。刘裕以毅节度诸军，免其青州刺史。桓振以桓蔚为雍州刺史，镇襄阳。
柳约之、罗述、甄季之闻桓玄死，自白帝进军至枝江，闻何无忌等败于灵溪，亦引兵退。俄而述、季之皆病，约之诣桓振伪降，欲谋袭振，事泄，振杀之。约之司马时延祖、涪陵太守文处茂收其馀众，保涪陵。
六月，毛璩遣将攻汉中，斩桓希，璩自领梁州。
刘敬宣在寻阳，聚粮缮船，未尝无备，故何无忌等虽败退，赖以复振。冬十月，桓玄兄子亮自称江州刺史，寇豫章，敬宣击破之。刘毅、何无忌、刘道规复自寻阳西上，至夏口。桓振遣镇东将军冯该守东岸，扬武将军孟山图据鲁山城，辅国将军桓仙客守偃月垒，众合万人，水陆相援。毅攻鲁山城，道规攻偃月垒，无忌遏中流，自辰至午，二城俱溃，生禽山图、仙客，该走石城。
十二月，刘毅等进克巴陵。毅号令严整，所过百姓安悦。刘裕复以毅为兖州刺史。桓振以桓放之为益州刺史，屯西陵。文处茂击破之，放之走还江陵。
是岁，晋民避乱，襁负之淮北者道路相属。
义熙元年春正月，南阳太守扶风鲁宗之起兵袭襄阳，桓蔚走江陵。己丑，刘毅等诸军至马头。桓振挟帝出屯江津，遣使求割江、荆二州，奉送天子，毅等不许。辛卯，宗之击破振将温楷于柞溪，进屯纪南。振留桓谦、冯该守江陵，引兵与宗之战，大破之。刘毅等击破冯该于豫章口，桓谦弃城走。毅等入江陵，执卞范之等，斩之。桓振还，望见火起，知城已陷，其众皆溃，振逃于涢川。
乙未，诏大处分悉委冠军将军刘毅。戊戌，大赦，改元，惟桓氏不原。以桓冲忠于王室，特宥其孙胤。以鲁宗之为雍州刺史，毛璩为征西将军、都督益梁秦凉宁五州诸军事，璩弟瑾为梁、秦二州刺史，瑗为宁州刺史。刘怀肃追斩冯该于石城。桓谦、桓怡、桓蔚、桓谧、何澹之、温楷皆奔秦。怡，弘之弟也。
二月丁巳，留台备法驾迎帝于江陵，刘毅、刘道规留屯夏口，何无忌奉帝东还。
三月，桓振自郧城袭江陵，荆州刺史司马休之战败，奔襄阳，振自称荆州刺史。建威将军刘怀肃自云杜引兵驰赴，与振战于沙桥。刘毅遣广武将军唐兴助之，临阵斩振，复取江陵。
甲午，帝至建康。乙未，百官诣阙请罪，诏令复职。
尚书殷仲文以朝廷音乐未备，言于刘裕，请治之。裕曰：“今日不暇给，且性所不解。”仲文曰：“好之自解。”裕曰：“正以解则好之，故不习耳。”
庚子，以琅邪王德文为大司马，武陵王遵为太保，刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事，徐、青二州刺史如故，刘毅为左将军，何无忌为右将军、督豫州扬州五郡军事、豫州刺史，刘道规为辅国将军、督淮北诸军事、并州刺史，魏咏之为征虏将军、吴国内史。裕固让不受。加录尚书事，又不受，屡请归藩。诏百僚敦劝，帝亲幸其第。裕惶惧，复诣阙陈请，乃听归藩。以魏咏之为荆州刺史，代司马休之。
初，刘毅尝为刘敬宣宁朔参军，时人或以雄杰许之。敬宣曰：“夫非常之才自有调度，岂得便谓此君为人豪邪！此君之性，外宽而内忌，自伐而尚人，若一旦遭遇，亦当以陵上取祸耳。”毅闻而恨之。及敬宣为江州，辞以无功，不宜授任先于毅等，裕不许。毅使人言于裕曰：“刘敬宣不豫建义。猛将劳臣，方须叙报，如敬宣之比，宜令在后。若使君不忘平生，正可为员外常侍耳。闻已授郡，实为过优。寻复为江州，尤用骇惋。”敬宣愈不自安，自表解职，乃召还为宣城内史。
桓玄馀党桓亮、苻宏等拥众寇乱郡县者以十数，刘毅、刘道规、檀祗等分兵讨灭之，荆、湘、江、豫皆平。夏五月，诏以毅为都督淮南等五郡军事、豫州刺史，何无忌为都督江东五郡军事、会稽内史。
二年冬十月，尚书论建义功，奏封刘裕豫章郡公，刘毅南平郡公，何无忌安城郡公，自馀封赏有差。
东晋孝武帝太元十四年（389）。当初，孝武帝司马曜亲自处理朝政后，威势和大权握在自己手中，很有君主的气度。但不久他就沉溺于美酒女色，把政事交给琅邪王司马道子代管。司马道子也嗜好饮酒，日夜与孝武帝在一起以纵酒歌舞为能事。又崇信佛教，奢侈无度，为此耗费了无数的钱财，所亲近的人都是一些善于谄媚阿谀的老婆子、和尚尼姑之流。孝武帝身边的近臣，都争权夺利，互相交往勾结，请托说情，贿赂盛行于公开场合，晋升官职和赏赐财物既滥又杂，审案判刑冤错混乱。尚书令陆纳望着皇宫感叹道：“这么好的一家住宅，毛头小儿想把它撞毁了呀！”左卫领营将军会稽人许营呈上一道奏疏，说：“现在朝廷小吏、军中武官以及男仆女婢所生养的取母姓的儿子，本没有家乡的品评等第，却都能当上郡守、县令，有的还在朝廷中任职。至于和尚、尼姑、乳娘等，也争相引荐他们的亲戚朋友，并且收受金银财宝。以至于朝廷任用官吏、管辖人民、执行政令与推行教化时没有标准，对无辜的人滥施暴行，没有明确的禁令法规，以致抢劫、偷盗公然进行。前些年，皇上下达书敕命令臣僚们尽力劝谏，而臣僚们也提出了各种建议，但都没有被采纳。我听说佛祖是一位清静简远、玄虚缥缈的神祇，而现在的和尚、尼姑却往往依靠身上的僧侣服装来谋私，佛教中起码的戒条‘五戒’尚且不能遵守，更何况佛教的精妙理论呢？而那些四处游荡、煽惑民众的所谓佛教信徒，竞相大做佛事，并借此侵夺盘剥百姓，以取得财物为实惠，这也不符合佛教向人请求施舍的道理。”奏疏呈上去后，孝武帝没有看。
司马道子的权势渗透到了朝廷内外，各地的人们，无论远近，都服从司马道子。对这种状况，孝武帝心中渐渐产生了不满，但表面上仍对司马道子十分优容和尊重。侍中王国宝奸佞而擅长阿谀奉承，得到司马道子的宠信，他煽动朝中群臣用婉转的语言要求五部尚书、仆射等八座官向孝武帝上奏章，建议应该晋升司马道子为丞相、扬州牧，并特赐皇帝专用的黄钺，加授特殊的礼仪待遇。护军将军南平人车胤说：“这是周成王尊崇周公时所用的待遇。现在皇上还在位，与周成王不同，而相王司马道子任职执政，难道能够成为周公吗？”于是称病不肯在奏章上签名。奏章呈上后，孝武帝大怒，而赞许车胤有自己的节操。
中书侍郎范宁、徐邈为孝武帝所亲近和信任，他们多次竭尽忠诚，进言规劝，纠正错误，弥补缺失，指责奸邪之辈。王国宝是范宁的外甥，范宁极其痛恨他的阿谀谄媚，劝孝武帝把他罢黜。陈郡人袁悦之得到司马道子的宠幸，王国宝让袁悦之通过尼姑支妙音把一封信送给太子的母亲陈淑媛，信中说：“王国宝忠诚谨慎，应被亲近和信任。”孝武帝知道这件事后，大发雷霆，就以别的事情为由，把袁悦之杀了。王国宝非常恐惧，与司马道子一起诬陷范宁，把范宁逐出朝廷，贬为豫章郡太守。范宁临行时，向孝武帝上奏疏说：“如今边境虽没有燃起烽火，但仓库中空虚匮乏。古时候征发人民服劳役，一年不超过三天，现在的劳役极其繁重，一年之中，人民几乎没有三天的休息，以致有人生下孩子不再养育，鳏夫不敢再娶，寡妇不敢再嫁。我怕国家的忧患，用把火放在柴堆下面来比喻，也不足以说明它的严重。”
十五年（390），琅邪王司马道子倚仗孝武帝对他的恩宠，骄横强蛮，过于放纵自己，陪同孝武帝宴饮时，经常喝得酩酊大醉，有时对待君主缺少应有的礼节和尊敬。为此，孝武帝愤愤不平，越来越不满，他打算挑选一些当时有声望的人，执掌各州的军政大权，以此暗地里制约司马道子。于是他询问太子左卫率王雅道：“我想任用王恭、殷仲堪，你觉得怎么样？”王雅说：“王恭的风度神情简淡高贵，志气方正严肃；殷仲堪谨慎仔细，连小节都非常在意，并且他的文章又被人们广泛称道。然而这两个人的心胸都很狭小，自以为是，而且缺乏才干谋略。如果交付他们独当一面的重任，天下太平时还足以担当起职守，倘若一旦发生事变，一定会成为灾难的根源。”孝武帝没有听从他的劝告。王恭是王蕴的儿子；殷仲堪是殷融的孙子。二月，孝武帝任命中书令王恭为都督青、兖、幽、并、冀五州诸军事，兖、青二州刺史，镇守京口。九月，任命侍中王国宝为中书令，不久，又兼任中领军。
十六年（391）秋季九月癸未（十四日），孝武帝任命尚书右仆射王珣为左仆射。王珣是桓温的旧部下。
十七年（392）冬季十一月癸酉（初十），孝武帝任命黄门郎殷仲堪为都督荆、益、宁三州诸军事、荆州刺史，镇守江陵。殷仲堪虽有才智过人的美名，但资历威望还比较浅，议论的人认为这并不公允。殷仲堪到任后，喜欢对人施小恩小惠，但对地方的军政大计缺乏有力切实的措施。
南郡公桓玄依仗他的才干和显赫门第，以英雄豪杰自居，但朝廷对他心存疑虑，没有重用他。直到他二十三岁时，才任命他为太子洗马。桓玄曾拜访琅邪王司马道子，正碰上他喝得酩酊大醉，他睁大眼睛对宾客们说：“桓温晚年想当贼作乱，是不是这样？”桓玄伏在地上，满身流汗，爬不起来。自从这件事以后，桓玄心中更加惶恐不安，一直对司马道子极度痛恨。后来，桓玄出京任义兴郡太守，闷闷不乐，觉得自己的志向未能实现，他叹息说：“父亲是九州的领袖，而儿子却当五湖的头目。”于是舍弃官职回到自己的封国，并呈上奏疏自我辩解说：“先父效忠皇室、救助危亡、平定祸乱的功勋，被朝廷忘掉了，这我不再计较。至于先帝取得皇帝之位，陛下接着得以继承帝位，请问那些谈论朝政的人，又是靠谁得来的呢？”奏疏呈上后被搁置在一边，没有上报孝武帝。
桓玄在江陵时，殷仲堪对他十分敬重畏惧。桓氏有好几代人镇守荆州，桓玄又非常刚烈强横，士人平民对他的畏惧，超过殷仲堪。桓玄曾经在殷仲堪办理公事的大厅前面，骑马奔驰，他举起长矛，做出刺杀殷仲堪的样子。殷仲堪的中兵参军彭城人刘迈对桓玄说：“驰骏马，举长矛，威武有馀，但从情理上说，却有欠缺。”桓玄很不高兴，殷仲堪为此脸色骤变。桓玄出去后，殷仲堪对刘迈说：“你真是发疯了！如果桓玄晚上派人来杀你，我怎么能救你呢？”他让刘迈前往京城躲避桓玄，桓玄派人追杀刘迈，刘迈走得快才得以逃脱，免于一死。征虏参军豫章人胡藩路过江陵，去见殷仲堪，向他建议说：“桓玄的志趣不同于平常人，常常因未能得到一个好官职而愤愤不平，您如果对他的尊崇和优待太过分了，恐怕将来会给您带来不利。”殷仲堪听了很不高兴。胡藩的妻弟、同郡人罗企生任殷仲堪的功曹，胡藩从殷仲堪那里回来后，对罗企生说：“殷仲堪把戈倒过来将木柄授予别人，自己一定会因此而遭到灾祸。你如果不早点考虑去留，后悔就来不及了。”
庚寅（二十七日），孝武帝封皇子司马德文为琅邪王，改封琅邪王司马道子为会稽王。
太元二十年（395）春季三月，皇太子司马德宗前往东宫居住，孝武帝任命丹杨尹王雅兼领少傅。当时会稽王司马道子独揽大权，奢侈纵恣，他的亲信赵牙本是倡优出身，茹千秋本是钱塘县的捕贼胥吏，他们都通过谄媚和贿赂而得到升职。司马道子任命赵牙为魏郡太守，茹千秋为骠骑谘议参军。赵牙为司马道子兴建东宅，堆筑假山，开凿池塘，工程的费用十分巨大。孝武帝曾经到过那座住宅，他对司马道子说：“住宅内竟然有山，景色非常秀丽，但是修饰得太过分了。”司马道子无言以对。孝武帝离开后，司马道子对赵牙说：“皇上如果知道山是人工造成的，你就死定了！”赵牙说：“有您在，我赵牙怎么敢死。”于是更大规模兴建住宅。茹千秋卖官鬻爵，扩充权势，聚集起数亿的财产。博平县令吴兴人闻人奭上奏疏述说司马道子的这些事情，孝武帝更加憎恶司马道子，只是迫于皇太后的压力，不忍心废黜他。于是，孝武帝擢升当时有名望而且又是自己亲近和宠幸的王恭、郗恢、殷仲堪、王珣、王雅等人，派他们担任朝廷内外的重要官职，来防备司马道子。司马道子也选用王国宝及王国宝的堂弟琅邪内史王绪作为自己的心腹。于是，朝廷中党派竞相出现，孝武帝和司马道子之间不再有往日那种友爱欢融。皇太后经常为他们和解。中书侍郎徐邈心平气和地对孝武帝说：“汉文帝是一位圣明的君主，尚且后悔对淮南王刘长的处理；世祖晋武帝聪明豁达，也深感有愧于齐王司马攸。处理兄弟之间的关系，确实应该十分慎重。会稽王司马道子虽有因喝醉酒而对皇上不恭敬的缺失，但应该宽厚相待，予以原谅，这样才能消除大家的议论，对外是从国家利益考虑，对内可安慰皇太后的心。”孝武帝接受了他的意见，又像从前一样信任司马道子，把政事交付他办理。
太元二十一年（396），孝武帝嗜酒无度，流连于后宫之中，头脑清醒过问朝政的时候很少，宫外人很难见到他。张贵人在后宫嫔妃中最得宠，后宫中的人都很畏惧她。秋季九月庚申（二十日），孝武帝与后宫嫔妃一同宴饮，歌妓乐师都在一旁侍奉助兴。当时张贵人年龄已近三十，孝武帝和她开玩笑说：“按你的年龄，也该失宠了，我心里更喜欢年轻的。”张贵人内心愤恨，傍晚，孝武帝大醉，睡在清暑殿。张贵人赏酒给所有的宦官喝，把他们都打发走，指使婢女用被子蒙住孝武帝的脸，把他闷死，然后重金贿赂身边的侍从，声称“皇上因为做恶梦受惊吓，突然驾崩”。当时皇太子愚昧懦弱，会稽王司马道子昏庸荒淫，于是不再追究孝武帝的死因。王国宝深夜叩宫城大门，想进宫草拟孝武帝遗诏，侍中王爽拦住他说：“皇上驾崩，皇太子还没有到，有敢先进宫的人，斩首！”王国宝这才放弃了进宫的念头。王爽是王恭的弟弟。辛酉（二十一日），皇太子继承皇位，颁令大赦天下。
癸亥（二十三日），有关部门上奏：会稽王司马道子应晋升为太傅、扬州牧，特赐黄钺。皇帝下诏书命令朝廷内外的各类政事，全由司马道子裁决。东晋安帝司马德宗从小就不聪明，不会说话，甚至到了冷热饥饱也不能分辨的程度，喝水吃饭、睡觉起床也都不能自己料理。他同母的弟弟琅邪王司马德文生性恭顺谨慎，他经常在安帝身边帮忙照顾，安排照料安帝的生活，才使各种事情能够正常进行。
当初，王国宝依附于会稽王司马道子，成为他的党羽，因而骄矜放纵，横行不法，屡次受到御史中丞褚粲的弹劾。王国宝兴建起居馆舍，堪与宫中的清暑殿媲美，孝武帝很憎恶他。王国宝惶恐，就转而向孝武帝献媚，疏远了司马道子，孝武帝又对王国宝十分宠信和亲近。司马道子大怒，曾在宫中当面斥责王国宝，并用剑投掷他，多年的友好关系完全断绝。等到孝武帝驾崩，王国宝又依附司马道子，他与王绪一起用奸邪谄媚的手段奉承司马道子，司马道子又被他所迷惑，倚重他，把他当作心腹。于是王国宝参与掌管朝政，声威震动朝廷内外，同时也受到当时人的痛恨。
王恭回京参加孝武帝的葬礼，经常严肃而直言劝谏，司马道子深深地忌惮他。王恭在退朝回家时，叹息说：“屋椽栋梁虽是新的，但已有宫室中长满禾黍的感叹！”王绪建议王国宝，乘王恭进京朝见的机会，劝说司马道子埋下伏兵，把王恭杀了，王国宝不同意。司马道子想调和朝廷内外的矛盾，就对王恭推心置腹，用心结交，希望能尽释前嫌。但每当王恭谈到当时的朝政时，总是神情严厉、语气激烈地加以指责。司马道子明白，王恭是不可能与他妥协合作的，于是就产生了图谋陷害他的念头。
有人劝说王恭乘着进京朝见，派兵士杀掉王国宝，王恭因豫州刺史庾楷兵马强盛，而且又与王国宝是同一帮派，心存顾忌，不敢发动事变。王珣对王恭说：“王国宝虽然最终会成为祸害，不过，总的说来，他的叛逆罪行还未明白地显露出来，现在急急忙忙地抢先发动事变，一定会使朝野上下大失所望。何况现在掌握着强大军队，在京城私下发动事变，谁会说这不是叛逆行为？王国宝如果最后还是不肯悔改，他的罪恶就会传布天下，到那时，再顺应大众的心愿，把他铲除，就不必担心不会成功了。”王恭这才放弃了发动事变的念头。事后，王恭对王珣说：“近来我看你真像胡广。”王珣说：“王陵因为在朝廷上争执而失去官位，陈平在一旁谨慎地默不作声，后来却为安定汉朝做出了很大的贡献，任何事情只需要看它最后的结局怎么样。”
冬季十月甲申（十四日），孝武帝被葬在隆平陵。王恭返回京口，将要动身时，对司马道子说：“皇上守丧期间，宰相的重任，即使是伊尹、周公也会感到困难，希望大王能亲自处理各种军政大事，听取直率的忠言，弃去郑国的淫荡音乐，疏远邪佞的小人。”王国宝等人更加惶恐。
东晋安帝隆安元年（397）春季正月己亥，这天是初一，安帝司马德宗行加冠礼，改年号。任命左仆射王珣为尚书令。任命领军将军王国宝为左仆射，主管官吏的任免升降，仍加授后将军、丹杨尹。会稽王司马道子把东宫的守卫部队全部分配给王国宝，让王国宝统领。
夏季四月，仆射王国宝、建威将军王绪依附于会稽王司马道子，仗势收受贿赂，穷奢极侈，无法无天已经到了极点。他们憎恶王恭、殷仲堪，于是便劝司马道子裁减王、殷二人的兵权，因此朝廷内外人心惶惶，动荡不安。王恭等人各自都在整顿军备，部署军队，上奏表请求北上讨伐。司马道子怀疑王恭等人的动机，通过安帝下诏书，以盛夏出兵妨碍农业为由，命令军队全部解除严阵以待的状态。
王恭派使者与殷仲堪谋划讨伐王国宝等人的事情。桓玄因为在当官的道路上很不如意，想凭借殷仲堪的军队势力发难作乱，于是向殷仲堪建议说：“王国宝与你们这些人向来是死对头，他只是担心不能很快地消灭你们。如今他已执掌了大权，与王绪内外配合，相互勾结，他们所干的事情，没有一件不能如愿以偿的。王恭是皇上的舅父，王国宝一定不会加害于他。你是先帝所提拔的，超越常规地担当一个地方的重任。人们心里都认为你虽有才情文思，但不是可以统率一方的人才。他们如果颁下诏书，征召你回京任中书令，任命殷觊为荆州刺史，你怎么来应付？”殷仲堪说：“我担忧这件事已经很久了，你觉得该怎么办？”桓玄说：“王恭疾恶如仇，你应该秘密地与他约定，发动晋阳的军队，以清除君主身边的奸恶之徒，东西两方一齐出击。我桓玄虽然没有出息，但愿意率领荆、楚地区的英雄豪杰，持矛握戈，充当先锋，这是当年齐桓公、晋文公的功勋呀！”殷仲堪心里很同意他的建议。于是，对外结交雍州刺史郗恢，在内与堂兄南蛮校尉殷觊、南郡相陈留人江绩一同谋划此事。殷觊说：“当臣僚的应该各自恪守职责本分，朝廷的是非，难道是镇守一方的地方官员所能插手过问的？晋阳出兵的事情，我不敢参与讨论。”殷仲堪执意要他参与，殷觊怒气冲冲地说：“我向前不敢与你共同做这件事，但后退也不敢反对你做这件事。”江绩也极力劝说殷仲堪不能这么做。殷觊怕江绩因此事遭受灾祸，就在座位上从中调解。江绩说：“大丈夫怎么会害怕别人用死来威胁他呢！我江仲元，年龄已六十了，只是还没有找到一个死的地方而已。”殷仲堪顾忌他的刚直方正，任命杨佺期接替他的官职。朝廷得知这一消息，征召江绩进京任御史中丞。接着，殷觊称因服用寒食散药效发作，辞去官职。殷仲堪前去探望他，他对殷觊说：“堂兄的病很让人担忧。”殷觊说：“我的病只不过使我自己死去，你的病可要使满门灭绝。你应该好好地珍惜自己，不要为我担忧！”郗恢也不肯顺从殷仲堪。殷仲堪犹豫不决，这时正好王恭的使者到达，殷仲堪同意了王恭的提议，王恭非常高兴。甲戌（初七），王恭上奏表列举王国宝的罪状，发动军队讨伐。
当初，孝武帝倚重信任王珣，等到孝武帝突然驾崩，王珣来不及接受孝武帝的临终嘱托，成为顾命大臣，于是王珣一下子就失去了权势，他虽照常办理公务，但默不作声，不再发表任何政见。丁丑（初十），王恭的奏表到达京城，京城内外，戒严备战。司马道子问王珣说：“两个藩镇叛变，你知道吗？”王珣说：“朝廷政务的得失，我都没有参与。王恭、殷仲堪反叛作难，我从哪里得知！”王国宝惊惶恐惧，不知该怎么办，他派遣了几百个人去戍守竹里，半夜遇到大风大雨，人们四散逃走，各自返回。王绪建议王国宝假传相王司马道子的命令，召王珣、车胤来，把他们杀了，以消除世人对他们的期望，然后挟持安帝和宰相司马道子，征发军队讨伐两个藩镇。王国宝同意了。但王珣、车胤来了以后，王国宝又不敢杀害他们，反而向王珣请教应付这个局面的计策。王珣说：“王恭、殷仲堪与你向来没有深仇大恨，所争夺的不过是权势利益罢了。”王国宝说：“他们想把我当作曹爽吗？”王珣说：“这是什么话呢？你难道有曹爽那样的大罪恶，而王恭难道是晋宣帝司马懿一类的人物吗？”王国宝又向车胤询问计策，车胤说：“从前，桓温包围寿阳，费时很久才攻克。倘若朝廷派遣军队进攻，王恭一定会据城坚守。如果京口未被攻破，而殷仲堪的军队从长江上游蜂拥而来，你打算怎么对付？”王国宝更加害怕，于是上疏辞去所有官职，前往宫门听候处置。但奏疏呈上后不久，王国宝又后悔了，他伪称孝武帝下诏恢复他的官职。司马道子愚昧懦弱，只想暂时平息此事，于是把罪责全推到王国宝身上，他派遣骠骑谘议参军谯王司马尚之逮捕王国宝，交给廷尉问罪。司马尚之是司马恬的儿子。甲申（十七日），有诏书下达，命王国宝自杀，将王绪斩首在街市上，派遣使者前往王恭处，对自己的过失，深表歉意。王恭这才撤退军队，返回京口。王国宝的哥哥侍中王恺、骠骑司马王愉一同请求辞职，司马道子认为王恺、王愉与王国宝不是一个母亲所生，而且向来不和，都不再追究。戊子（二十一日），颁令大赦。
殷仲堪虽然答应王恭一起声讨王国宝，但仍犹豫不决，不敢率军东下。后来得知王国宝等人已死的消息，这才开始上疏朝廷，出动军队，派遣杨佺期去屯驻巴陵。司马道子写信阻止他，殷仲堪才率军返回。
会稽王世子司马元显，年龄十六岁，才智出众，任侍中，他提醒司马道子，认为王恭、殷仲堪最终一定会造成祸患，请司马道子暗中做好防备。司马道子于是任命司马元显为征虏将军，并将自己的卫队及徐州州府的文武官员，全部配备给司马元显。
司徒左长史王廞是王导的孙子，因为母亲守丧而居住在吴国。王恭起兵讨伐王国宝的时候，自行委派王廞代理吴国内史的职务，命他在京城的东方起兵。王廞派前吴国内史虞啸父等人前往吴兴、义兴招募兵士，应募而来的有万人。不久，王国宝死了，王恭停止军事行动，通知王廞离职，返回家中继续服丧。王廞因为起兵期间，杀了很多反对自己的人，形势已不允许自己停止，于是大怒，不接受王恭的命令，派他的儿子王泰率军进攻王恭，并写信给会稽王司马道子，陈述王恭的罪恶。司马道子把他的信送给王恭。五月，王恭派遣司马刘牢之率领五千人攻打王泰，斩杀了他。又与王廞在曲阿交战，王廞军队溃败，王廞单独一人骑马逃走，不知道去了哪里。朝廷逮捕虞啸父，交付廷尉问罪，因他的祖父虞潭对朝廷有功绩，免去他的官职，贬为平民。
二年（398），会稽王司马道子忌恨王恭、殷仲堪的逼迫，因谯王司马尚之及他的弟弟司马休之有才干谋略，就把他们纳为自己的心腹亲信。司马尚之建议司马道子说：“现在地方藩镇十分强盛，而宰相的权力削弱了，应该将您的亲信分别安插到外地去，作为自己的屏藩护卫。”司马道子采纳了他的意见，任命他的司马王愉为江州刺史，都督江州及豫州的四郡军事，用作形势上的外援。司马道子日夜与司马尚之谋划商议，观察等候四方的可乘之机。
秋季七月，桓玄请求担任广州刺史一职，会稽王司马道子忌恨桓玄，不想让桓玄住在荆州，就顺着他的意愿，任命他为督交、广二州军事、广州刺史。桓玄接受任命后没有动身前往。豫州刺史庾楷因司马道子分割他的四个郡让王愉管辖，上奏疏说：“江州位于内地，而西府的北面与胡寇相连，不应分给王愉管辖。”朝廷不予准许。庾楷大怒，派他的儿子庾鸿前去游说王恭说：“司马尚之兄弟又执掌了机要大权，威势超过了王国宝。他们想借朝廷的权威来削弱地方藩镇的力量，用过去的事情作鉴戒，怕灾祸的到来难以预测。现在他们的谋划还未成熟，应早作谋划。”王恭觉得他说得对，就将上述意见转告给殷仲堪、桓玄。殷仲堪、桓玄也同意这一看法，他们推举王恭为盟主，并约定日期，一起进军京城。
当时，京城与外地藩镇之间互相猜忌，交通阻隔，渡口关卡巡逻盘问得很严格，形势十分紧张。殷仲堪用斜裁的绢帛写信，密藏在箭杆中，装上箭头，涂上油漆，通过庾楷送交王恭。王恭拆开信后，因绢帛斜角的纹路扭曲紊乱，不再能辨别出是否殷仲堪亲手所写，于是怀疑是庾楷伪造的，再说殷仲堪去年已有违背约定、不按时进军的行为，王恭认为殷仲堪今年也一定不会出兵，就决定在约定的日期以前起兵。司马刘牢之劝谏说：“将军您是国家的皇舅，会稽王是皇上的叔父。会稽王又在朝廷上执掌国政，以前曾为将军您杀了他所宠爱的王国宝、王绪，又把王廞的书信送交给您，他对将军已经十分尊敬畏惧了。最近他所做的几项任命，虽然不是很恰当，但也没有什么严重过失。割去庾楷的四个郡配给王愉，对将军又有什么损失？晋阳军队清君侧的行动，难道可以屡次发起吗？”王恭没有听从他的意见，上奏表请求讨伐王愉和司马尚之兄弟。
司马道子派人游说庾楷说：“从前，我与你的恩情如同骨肉兄弟，帷帐之中，相对酣饮，欢融结交，屈膝晤谈，可称亲密无间。如今你遗弃往日的好友，另结新的帮手，难道忘却了王恭过去凌侮你的耻辱了吗？如果你依附于王恭，当他的臣僚，一旦王恭的野心得逞了，一定认为你是个反复无常的小人，怎么肯深深地亲近你信任你。这样，连身躯和头颅尚且不能保全，更何况荣华富贵呢？”庾楷大怒说：“王恭昔日进京参加先帝的葬礼，相王你忧虑恐惧，束手无策，我知道事情紧急，不久就率军抵达京城，王恭不敢发动事变。去年事变时，我也在等候命令，准备行动。我侍奉相王，没有对不起他的地方。相王不能抵御王恭，反而杀了王国宝和王绪，从那时以来，还有谁敢再为相王效忠尽力？我庾楷实在不能将我全家一百多口人交给别人杀尽。”当时庾楷已响应了王恭的讨伐檄文，正在征集兵马。庾楷的回信送来后，朝廷上下忧虑恐惧，京城内外戒严。
会稽王世子司马元显对司马道子说：“上次不讨伐王恭，所以有今天的灾难。现在如果再满足他的要求，那么宰相的灾祸就要临头了。”司马道子不知道应该怎么办，就把军政大事全部交付给司马元显处理，自己每天只是大饮美酒而已。司马元显聪慧机警，读过很多书，通晓文章的精义，志向远大，办事果敢敏锐，把天下的安危当作自己的责任。附从他的人都说司马元显神明英武，有晋明帝司马绍的风范。
殷仲堪得知王恭起兵的消息，自己觉得有去年没有按期出兵的愧疚，就率军急速进发。殷仲堪一向不熟悉领兵作战，所以把军事事务全部交付给南郡相杨佺期兄弟。他派杨佺期率长江水师五千人作为先锋，桓玄跟随在他们后面，殷仲堪亲自率领两万士兵，相继东下。杨佺期自认为从他的祖先东汉太尉杨震直至他的父亲杨亮，九代人都以才能德行闻名于世，因此很为自己的家世门第而自负，觉得东晋的人士没有一个比得上他。有人拿他与王珣相比，杨佺期还大为愤恨。然而，当时的名士们却因为杨家渡过长江，来到江南的时间较晚，在婚姻和做官方面没有遵守血缘门第的原则，杨佺期以及他的哥哥杨广、弟弟杨思平、堂弟杨孜敬，性格都很粗犷，所以常常排斥压制他们。杨佺期心中愤恨，经常慷慨激昂、咬牙切齿地谈到这一状况，他正想利用某种机会来实现自己的志向，所以也赞成殷仲堪的计划。八月，杨佺期、桓玄突然抵达湓口，王愉没有防备，惊恐仓皇地逃奔临川，桓玄派遣偏将军追击，生擒了王愉。
秋季九月辛卯（初二），朝廷加授会稽王司马道子黄钺，任命世子司马元显为征讨都督。派遣卫将军王珣、右将军谢琰率军征讨王恭，派遣谯王司马尚之率军征讨庾楷。己亥（初十），谯王司马尚之在牛渚大败庾楷的军队，庾楷独自骑马投奔桓玄。会稽王司马道子任命司马尚之为豫州刺史，任命司马尚之的弟弟司马恢之为骠骑司马、丹杨尹，司马允之为吴国内史，司马休之为襄城郡太守，让他们各自拥有军队作为自己的外援。乙巳（十六日），桓玄在白石大败朝廷的军队。桓玄与杨佺期率军挺进到横江，司马尚之撤退，司马恢之率领的水军全部被消灭。丙午（十七日），司马道子屯居中堂指挥，命司马元显防守石头城。己酉（二十日），命王珣屯守北郊，谢琰屯驻宣阳门守备。
王恭一向倚仗自己的才能和地位欺凌别人，杀了王国宝以后，自以为他的威势已通行无阻。王恭依靠刘牢之为帮手，但只是把他当作普通的部曲将领来对待。刘牢之因有才能而自负，深感羞耻和怨恨。司马元显知道这件事后，就派遣庐江郡太守高素前去游说刘牢之，让他背叛王恭，许诺事成以后，就把王恭的官位转授给他。高素又把司马道子写的信交给刘牢之，为他陈述祸福利害。刘牢之对他的儿子刘敬宣说：“王恭昔日蒙受先帝的大恩，如今又是皇上的舅父，不能作为羽翼来拥戴、保护皇家，反而几次发兵，进军京师。我无法详尽地了解王恭的用心，到了进军告捷那一天，他一定会甘心处在天子、相王之下吗？我想尊奉国家的威势神灵，顺从朝廷的命令，讨伐叛逆，你觉得怎么样？”刘敬宣说：“朝廷虽然没有周成王、周康王那样的完美，但也没有周幽王、周厉王那样的暴虐，而王恭却恃仗他的军队威力，轻慢皇家。大人您与王恭，从亲情上讲，并不是骨肉同胞；从道义上讲，并不是君主与臣僚。虽共事过一段时间，但情意并不融洽。今天讨伐他，有什么感情道义上的顾忌？”王恭的参军何澹之知道了他们的密谋，把这件事告诉了王恭。
王恭因何澹之一向与刘牢之有嫌隙，所以不相信他的话。于是，王恭设酒宴请刘牢之，并在大庭广众之下拜刘牢之为义兄。王恭把精锐部队和精良的装备全部配属给刘牢之，派他率帐下督颜延担任大军的先锋。刘牢之到达竹里时，斩杀了颜延，向朝廷投降。他派遣他的儿子刘敬宣以及他的女婿东莞郡太守高雅之率军返回，袭击王恭。王恭正好率军出城，炫耀武力，刘敬宣派出骑兵，拦腰攻击，王恭的军队全部溃败。王恭打算逃入城中，但是高雅之已经关闭了城门。王恭只得独自一人骑马逃奔曲阿，他向来没有练习过骑马，所以大腿磨破生疮。曲阿人殷确是王恭的旧部下，他用船载着王恭，打算投奔桓玄。到达长塘湖时，被人告发，被捕获，押送到京城，在倪塘斩首。王恭临刑时，还梳理了一下胡须和鬓发，从容不迫，神态自若，他对监刑官说：“我自己糊涂，轻易相信了别人，所以落到今天这个地步。追究我的本意，难道不忠于国家吗？只希望百世以后，有人知道有个王恭。”王恭的子弟和党羽也全部被一同处死。朝廷任命刘牢之为都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬州、晋陵诸军事，以代替王恭。
不久，杨佺期、桓玄抵达石头城，殷仲堪到达芜湖。司马元显从竹里快马返回京城，派遣丹杨尹王恺等人征发京城士人平民数万人据守石头城抵御。杨佺期、桓玄等人上奏表为王恭申辩，请求诛杀刘牢之。刘牢之率领北府的军队急速奔赴京城，驻扎在新亭。杨佺期、桓玄看见刘牢之前来，大惊失色，撤退到蔡洲。朝廷不知道西路叛军的虚实，殷仲堪等人部下的数万军队布满京畿地区，朝廷内有忧患，外受逼迫。
左卫将军桓脩是桓冲的儿子，他对司马道子说：“西路叛军可通过游说来使它瓦解，我知道他们的内情。殷仲堪、桓玄以下的将领，全都指望王恭，王恭兵败身死以后，西路叛军十分沮丧和惶恐。现在如果用重利去引诱桓玄和杨佺期，他们二人心中一定会暗暗高兴。桓玄能够制约殷仲堪，杨佺期也可能倒戈叛变，反军攻击殷仲堪。”司马道子采纳了他的意见，任命桓玄为江州刺史，召回郗恢任尚书，任命杨佺期接替郗恢为都督梁、雍、秦三州诸军事、雍州刺史。又任命桓脩为荆州刺史，暂时统领左卫将军府中的文武部下前往江陵，又命令刘牢之派一千人护送桓脩上任。贬黜殷仲堪为广州刺史，派遣殷仲堪的叔父太常殷茂前去宣读诏书，敕令殷仲堪撤退军队。
冬季十月，殷仲堪得到诏书，大怒，催促桓玄、杨佺期进军攻击。桓玄等人知道朝廷对他们的任命后很高兴，想接受，却又有些犹豫不决。殷仲堪得知这一消息，立即从芜湖率军向南返回，并派使者向蔡洲的将士们宣告说：“你们如果不离开营地，各自返回，等我回到江陵，就把你们留在江陵的家人全部杀光。”杨佺期的部将刘系率领二千人率先返回。桓玄等人大为恐慌，狼狈地向西返回，尾追殷仲堪，追到寻阳才追上。殷仲堪失去了荆州刺史的官职后，必须倚仗桓玄等人作为外援，而桓玄等人也要依靠殷仲堪资助兵力，虽然内部互相猜忌，不能同心同德，但形势又迫使他们不得不合作。于是他们互相交换子弟作为人质，壬午（二十三日），在寻阳缔结盟约，一同拒绝朝廷的命令，连名上奏疏为王恭申辩，请求诛杀刘牢之和谯王司马尚之，并申诉殷仲堪无罪，而被贬黜。朝廷上下大为恐慌，内外一片骚乱。于是又罢黜了桓脩，把荆州刺史的官职还授给殷仲堪，下诏书予以安慰，想求得和解，殷仲堪等人这才接受了诏书。御史中丞江绩上奏章弹劾桓脩专为自己的利益考虑，使朝廷受蒙蔽而采取了错误的措施，朝廷下诏免去桓脩的官职。
当初，桓玄居住在荆州时，所作所为都十分强横霸道，殷仲堪的亲友党羽都劝殷仲堪杀了桓玄，殷仲堪不听。等到他们在寻阳结盟时，为了利用桓家的声望门第，就推举桓玄为盟主，于是桓玄更加自尊自大，骄横傲慢。杨佺期的性格骄傲凶悍，桓玄经常把他作为门第低微的寒门人士来压制他，杨佺期心中非常忿恨，就秘密地向殷仲堪建议，说桓玄最终会成为祸患，请求在筑坛结盟的地方袭杀桓玄。殷仲堪顾忌杨佺期兄弟勇武刚健，怕杀了桓玄以后，不再能控制他们，就苦苦地加以劝阻。结盟以后，他们各自返回自己镇守的藩镇。桓玄也知道杨佺期的阴谋，暗中产生算计杨佺期的念头，于是将军队屯驻在夏口，选任始安郡太守济阳人卞范之为长史，把他作为自己主要的谋士。当时，诏书独独不赦免庾楷，桓玄就任命庾楷为武昌郡太守。
三年（399）夏季四月，朝廷任命会稽王世子司马元显为扬州刺史。司马元显任用庐江郡太守张法顺为自己的主要谋士。
冬季十二月，殷仲堪怕桓玄专横跋扈，就与杨佺期结成姻亲，互相援助。杨佺期屡次想进攻桓玄，殷仲堪每次都阻止了他。桓玄怕最终会被殷仲堪、杨佺期所消灭，就向朝廷中的执政者陈述，要求扩大自己的管辖范围。朝中执政者也想与桓玄交好，从而使他们三个人的同盟离散瓦解，于是便加授桓玄为都督荆州四郡军事，又任命桓玄的哥哥桓伟接替杨佺期的哥哥杨广出任南蛮校尉。杨佺期既愤恨又惶恐。杨广想阻止桓伟就任，殷仲堪不听从他的主意，派杨广出外担任宜都、建平二郡太守。杨孜敬先前任江夏郡相，桓玄派兵袭击并劫持了他，任命他为谘议参军。
杨佺期出动军队，建立牙旗，声称援救洛阳，其实打算与殷仲堪一同袭击桓玄。殷仲堪虽然表面上与杨佺期结盟，但内心却怀疑杨佺期的用意，所以苦苦劝阻杨佺期，还担心不能止住他，就派遣堂弟殷遹率军屯驻在州境北面，以此遏制杨佺期。杨佺期既不能单独行动，又猜不透殷仲堪的原本用意，只得停止军事行动。
殷仲堪生性多疑，办事缺少决断，谘议参军罗企生对他的弟弟罗遵生说：“殷侯他为人仁爱，但办事缺乏果断，一定会因此而遭受灾祸。我蒙受殷侯的知遇之恩，从道义上说，我不能离他而去，日后必定会为他而死。”
这一年，荆州遭受大水灾，平地水深三丈，殷仲堪拿出仓库中的所有存粮来赈济饥饿的灾民。桓玄想乘他们财力空虚、粮草缺乏的机会进攻他们，就出动军队向西挺进，也声称救援洛阳。他写信给殷仲堪，说：“杨佺期身受国家的恩惠，却背叛朝廷，我们应该共同诛讨他的罪行。现在我准备顺着沔水而上，征讨铲除杨佺期，我已将军队屯驻在江口。如果你的意见与我一致而没有二心的话，可以逮捕杨广，把他杀了；如果不然，我将即刻率军进入长江。”当时巴陵还有储存的粮草，桓玄先派军袭击夺取。梁州刺史郭铨正好前去上任，路过夏口，桓玄伪称朝廷派遣郭铨当自己的前锋，就把江夏的军队交给郭铨率领，派郭铨监督各路军队同时前进，并秘密通知他的哥哥桓伟，要他当内应。桓伟情急惊慌，不知道该怎么办，就自己拿着桓玄的来信送去给殷仲堪看。殷仲堪扣留桓伟为人质，命令桓伟写信给桓玄，信中语气非常悲苦。桓玄说：“殷仲堪为人缺乏决断能力，常常思前顾后，患得患失，他要为儿子考虑，我兄长一定不会有难！”
殷仲堪派殷遹率领水军七千人抵达西江口，桓玄派郭铨、苻宏率军攻击，殷遹等人军败退走。桓玄驻军于巴陵，食用当地的粮食。殷仲堪派杨广以及自己的侄子殷道护等人抵御桓玄，都被桓玄打败。江陵一带为此震动惊骇。
江陵城中缺乏粮食，只能用胡麻给兵士充饥。桓玄乘胜进军到零口，距离江陵仅二十里，殷仲堪急忙召杨佺期来援救自己。杨佺期说：“江陵没有粮食，用什么来抗击敌军？你可以到我这里来，共同坚守襄阳。”殷仲堪的用意在于用全部的军队来保住自己辖治的地域，不想放弃州境后退逃亡，就欺骗杨佺期说：“近来征集到了很多粮草，已经有所储备。”杨佺期相信了他，率领步兵骑兵八千人，精良的铠甲在太阳下闪耀光芒，进军到江陵，但殷仲堪只能用米饭来供应杨佺期的军队。杨佺期大怒，说：“今日我们就要在此失败了！”不再与殷仲堪见面，与他的哥哥杨广共同攻击桓玄。桓玄畏惧他们的锐气，退军驻扎在马头。第二天，杨佺期率军急速地猛攻郭铨，差一点俘获郭铨。这时正好桓玄率军到达，杨佺期大败，他单人匹马逃奔襄阳。殷仲堪出城逃往酂城。桓玄派将军冯该追击杨佺期和杨广，将他们二人都捕获并且杀了，然后将他们的人头送到京城建康，向朝廷献捷。杨佺期的弟弟杨思平、堂弟杨尚保、杨孜敬，都逃到了蛮族地区。殷仲堪听说杨佺期已死，率领数百人打算前去长安，投奔后秦。到达冠军城时，冯该率军追到，俘获了殷仲堪，返回到柞溪时，逼迫殷仲堪自杀，并且杀了殷道护。殷仲堪信奉天师道，祭祀祈祷鬼神时，毫不吝惜财物，但救济贫苦急困的人，却十分吝啬。平时喜好用小恩小惠来取悦别人。有人生病，殷仲堪亲自为病人诊脉，开药方。谋划计策时，起伏正反，面面俱到，考虑得十分琐细烦密，但缺乏精深的识见和远大的谋略，所以落到军败身亡的地步。
殷仲堪出逃的时候，文武部下没有一个人去送行，只有罗企生跟随他。罗企生路过自己家门时，他的弟弟罗遵生说：“在这样的情况下告别分离，怎么能不握一下手！”罗企生回马伸出手来，罗遵生强壮有力，就握住罗企生的手，把他拉下马来，说：“家中有老母亲，你离开家打算到哪里去？”罗企生擦去眼泪说：“遇到今天这样的事情，我必须为此而死。你们好好奉养母亲，不要丧失做儿子的孝道。一家之中，有忠有孝，还有什么遗恨！”罗遵生把他抱得更紧了，殷仲堪在路旁等候他，看见罗企生不能挣脱他弟弟的手臂，就鞭策马匹离去了。等到桓玄到达，荆州人士没有不去晋见桓玄的，唯独罗企生一人不去，而只是经营管理着殷仲堪的家事。有人说：“你这样做，大祸一定会临头！”罗企生说：“殷侯他将我作为全国推重仰望的人士来对待，我被弟弟所牵制，不能追随他共同诛灭叛逆的丑类，还有什么面目去见桓玄请求活命呢？”桓玄得知罗企生的这番话，大怒，不过他一直待罗企生很好，所以先派人对罗企生说：“如果向我道歉，我就放过你，不再追究。”罗企生说：“我是殷荆州属下的官吏，殷荆州失败而我不能救他，还有什么可以道歉的？”于是桓玄逮捕了罗企生，又派人去询问罗企生有什么话要说。罗企生说：“晋文帝司马昭杀了嵇康，而嵇康的儿子嵇绍是晋朝廷的忠臣。向明公您请求，留下我的一个弟弟，让他奉养老母亲。”桓玄于是杀了罗企生，赦免了他的弟弟。
四年（400）春季三月，桓玄攻克荆州、雍州后，上奏表请求兼管荆、江二州。朝廷下诏书任命桓玄为都督荆、司、雍、秦、梁、益、宁七州诸军事、荆州刺史，任命中护军桓脩为江州刺史。桓玄上奏疏，坚持请求兼管江州。于是晋升桓玄督八州及扬、豫八部诸军事，再兼任江州刺史。桓玄就任命他的哥哥桓伟为雍州刺史，朝廷也不能违背他。桓玄又任侄子桓振为淮南郡太守。
五年（401）冬季十二月，桓玄上奏表推荐他的哥哥桓伟任江州刺史，镇守夏口。推荐司马刁畅任辅国将军、督八郡军事，镇守襄阳。又派遣他的将领皇甫敷、冯该戍守湓口。把沮水、漳水一带的二千户蛮族迁移到长江以南，设立武宁郡。又招集流亡难民，设立绥安郡。朝廷下诏征召广州刺史刁逵、豫章郡太守郭昶之回京城，桓玄把他们都留住，不遣送他们离开。
桓玄自认为已占有东晋国土的三分之二，多次让人向自己上报吉兆瑞符，想以此来迷惑大众。又写信给会稽王司马道子说：“贼寇进逼京城，到达近郊，因风向不利而没能进军，因连日下雨而无法纵火，最后因粮食吃完的缘故离去了，并不是因为他们的力量受到挫折。昔日，王国宝死后，王恭没有乘当时的威势进入京城，接管朝廷大权，足以证明他对明公您并无欺侮之心，而您却说他不忠。现在您那些位居高官要职的心腹亲信，被时人称誉、有清高名望的，有谁呢？难道可以说没有这种声名卓著、地位显贵的人吗？只是您不能信任重用他们罢了。如此一来，朝朝夕夕，终于酿成今天的大祸。朝中官员都害怕惹祸而不敢直言，我桓玄远在外地任职，所以敢于披露事实真相。”司马元显看见这封信，非常恐慌。
张法顺对司马元显说：“桓玄凭借他的家世名望和资产，又向来有豪迈之气，吞并殷仲堪、杨佺期以后独占了荆、楚一带广大地区，阁下您所能控制的仅仅是三吴地区罢了。孙恩叛乱，东部的国土荒凉困苦，官府和民间都陷于贫穷困乏的境地中，桓玄必定会乘这个机会，大肆施展奸恶凶暴的手段，我私下为此担忧。”司马元显说：“对此该怎么办？”张法顺说：“桓玄刚得到荆州，人心还未归附他，他正在努力安抚，没有时间做其他的图谋。如果乘这个机会，派刘牢之当先锋，而阁下您率大军随后挺进，可以制服桓玄。”司马元显认为他说得对。这时正好武昌郡太守庾楷因桓玄与朝廷结怨，怕万一桓玄的企图失败，灾难会降临到自己头上，就秘密地派人与司马元显交好，称：“桓玄大失人心，部众都不肯听从他的命令。如果朝廷派遣军队讨伐，我将作为内应。”司马元显非常高兴，派张法顺到京口与刘牢之一同谋划，刘牢之认为这件事很困难。张法顺返回京城，对司马元显说：“我观察刘牢之的语气神色，觉得他一定对我们存有二心，不如把他召回京城杀了，不然的话，他会败坏大事。”司马元显没有接受他的建议。于是，大力整治水军，征发兵士，装备舰只，制定计策准备讨伐桓玄。
元兴元年（402）春季正月庚午这天是初一，朝廷下诏书列举桓玄的罪状。任命尚书令司马元显为骠骑大将军、征讨大都督、都督十八州诸军事，加授黄钺。又任命镇北将军刘牢之为前锋都督，任命前将军谯王司马尚之为后部。并且颁令大赦，改年号，京城内外戒严。加授会稽王司马道子为太傅。
司马元显想把留在乐城的桓家人全部杀了。中护军桓脩是骠骑长史王诞的外甥，王诞得到司马元显的宠信，王诞极力向司马元显陈述，说桓脩等人与桓玄的志趣完全不同，司马元显这才放弃了杀桓家人的念头。王诞是王导的曾孙。
张法顺对司马元显说：“桓谦兄弟一直为长江上游的桓玄充当耳目，刺探消息，打听军情，应该把他们斩首，以杜绝类似奸邪阴谋的发生。而且大事能否成功，关键在于前锋，但刘牢之反复无常，万一发生事变，那么灾祸和失败就会立即到来。可以命令刘牢之斩杀桓谦兄弟，以此表示没有二心，如果他不肯接受命令，我们就应当在灾祸还未来临时，先谋划对策。”司马元显说：“如今除了刘牢之，没有人能与桓玄匹敌。再说，军事行动刚开始就诛杀大将，容易使得人心不安。”张法顺再三要求，而司马元显最终也没同意。又因桓家世代都受荆州民众的拥戴，荆州地区一直顺附桓家，其中桓冲尤其在当地留下了使人感怀的恩惠，而桓谦正是桓冲的儿子，于是司马元显将桓谦从骠骑司马擢升为都督荆、益、宁、梁四州诸军事、荆州刺史，想以此来笼络西方民众的心。
东部国土遭到孙恩叛乱的影响，于是出现了大饥荒，通过水路往京城运粮食也无法继续。桓玄又封锁了长江水路交通，商贩和旅客都被阻截，不论官府和民间，物资都非常匮乏，朝廷只能把麸皮、橡子发给士兵充饥。桓玄认为朝廷正有多种忧患，一定没有时间来讨伐自己，这样就可以养精蓄锐，等待时机。等到朝廷大军将要出动，桓玄的堂兄太傅长史桓石生秘密地送信告诉他。桓玄大吃一惊，他打算修好城郭，集聚军民，坚守江陵。长史卞范之说：“明公您英名威望远近传播，司马元显乳臭未干，刘牢之大失人心，如果您率军逼近京畿，向他们讲明祸福利害关系，朝廷军队土崩瓦解的形势，举足之间就可见到，为什么要请敌入境，自寻绝路呢？”桓玄接受了他的意见，留下桓伟防守江陵，上奏表申辩，并向各地传布檄文，列举司马元显的罪状，举兵东下。檄文传到京城，司马元显大为恐惧。二月丙午（初七），晋安帝在西池为司马元显饯行，司马元显登上战船，但不出发。
桓玄从江陵出发后，担心事情不能成功，常作向西返回的打算。等到过了寻阳，仍没有见到朝廷军队，桓玄心中非常高兴，军中将士的士气也振作起来。庾楷的阴谋败露，桓玄囚禁了他。
丁巳（十八日），朝廷下诏派遣齐王司马柔之携带“驺虞幡”前去向荆、江二州宣告，命令二州休战。桓玄的前锋把司马柔之杀了。司马柔之是司马宗的儿子。丁卯（二十八日），桓玄率军抵达姑孰，派他的将领冯该等人进攻历阳，襄城郡太守司马休之绕城布防，据城固守。桓玄的军队切断了洞浦的对外交通，焚毁了豫州州府属下的船舰。豫州刺史谯王司马尚之率领步兵九千人在洞浦布阵，派遣武都郡太守杨秋率军屯驻在横江。杨秋向桓玄的军队投降。司马尚之的军队溃败，逃到涂河边上，桓玄军队捕获了司马尚之。司马休之出城迎战，被打败，弃城逃走。
刘牢之一向厌恶骠骑大将军司马元显，担心桓玄被消灭后，司马元显会更加骄横纵恣，又担心自己的功劳名望越来越高，不能被司马元显所容忍。而且刘牢之自恃雄才威武，拥有强大的军队，因而想借桓玄之手除掉司马元显等朝中执政者，再寻找桓玄方面的漏洞，伺机除掉桓玄，取而代之，所以不肯尽力讨伐桓玄。司马元显日夜狂饮昏睡，任命刘牢之为前锋，刘牢之突然上门求见，没有见到，等到晋安帝出宫为司马元显饯行时，二人才在宴会的座位上见了一面。
刘牢之率军驻扎在溧洲，参军刘裕请求进攻桓玄，刘牢之不准许。桓玄派刘牢之的堂舅何穆前去游说刘牢之，说：“自古以来的臣僚，拥有了震慑君主的威势，建立了无法再加赏赐的功勋，而能保全自己的，有谁呢？越国的文种，秦国的白起，汉朝的韩信，都事奉英明的君主，为他们效忠尽力，等到大功告成的时候，仍免不了被诛灭，何况是被凶暴愚昧的主人所任用呢？你现在如果战胜了，家族毁亡；战败了，家族覆灭。你难道还打算就这样平安地回去？不如反过来改变自己的主意，另做其他打算，那么就可以长久地保持荣华富贵了。古代人有射中君主带钩，砍断君主衣袖的，但仍不影响他们成为君主的辅佐大臣，何况桓玄与你并无旧恨宿怨呀。”当时，谯王司马尚之已军败被擒，人心更加惶恐，刘牢之认为何穆说得很对，于是便与桓玄联络交往。东海中尉东海人何无忌是刘牢之的外甥，他与刘裕一起极力劝谏刘牢之，刘牢之不接受。刘牢之的儿子骠骑从事中郎刘敬宣劝谏说：“现在国家衰弱危急，天下兴衰治乱的关键，在于大人您和桓玄。桓玄凭借他父亲、叔父的声望地位，占据着原楚国的全部地盘，割据了三分之二的晋朝国土，一旦放纵他，让他凌辱朝廷，桓玄的威望就会更高，到那时，恐怕就难以对付他了，董卓发动事变的历史，将在今天重演了。”刘牢之发怒，说：“我难道不知道这一点！今日要制服桓玄，易如反掌，但平定了桓玄以后，让我怎么对付骠骑大将军司马元显？”三月乙巳这天是初一，刘牢之派遣刘敬宣去见桓玄，请求投降。桓玄内心想杀掉刘牢之，就设酒宴与刘敬宣共饮，并陈列名人书画与刘敬宣一同观赏，以此来安抚刘敬宣的心，取得他的好感。刘敬宣没有察觉桓玄的用意，而桓玄手下的辅佐官吏无不相视暗笑。桓玄暂时任命刘敬宣为谘议参军。
司马元显将要出发的时候，听说桓玄已经到达新亭，于是弃船退军，屯驻在国子学。辛未（初三），在宣阳门外排列军阵。军中将士惊慌失措，传言桓玄已抵达南桁，司马元显想要率军回宫。桓玄派出的先头部队拔刀突击，在朝廷军队后面紧紧追击，并大喊：“放下武器！”朝廷军队全部崩溃，司马元显骑马逃入东府，身边只有张法顺一人骑马跟随。司马元显询问司马道子有什么办法来应对，司马道子只是对着他哭泣不止。桓玄派太傅从事中郎毛泰逮捕司马元显，押送到新亭，然后把他捆绑在船头上，历数他的种种罪状。司马元显说：“都是被王诞、张法顺迷惑耽误罢了。”
壬申（初四），恢复隆安年号。晋安帝派遣侍中到安乐渚慰劳桓玄。桓玄进入京城，宣称奉诏书解除戒严。朝廷任命桓玄总管文武百官，都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，兼徐、荆、江三州刺史，加授黄钺。桓玄任命桓伟为荆州刺史，桓谦为尚书左仆射，桓脩为徐、兖二州刺史，桓石生为江州刺史，卞范之为丹杨尹。
当初，桓玄起兵时，侍中王谧曾奉诏前往江陵到桓玄那里，桓玄以礼相待，对他十分优厚。等到桓玄掌握朝廷大权，就任命王谧为中书令。王谧是王导的孙子。新安郡太守殷仲文是殷觊的弟弟，桓玄的姐姐是殷仲文的妻子。殷仲文得知桓玄攻克京师的消息后，放弃新安郡前来投奔桓玄，桓玄任命他为谘议参军。刘迈前去见桓玄，桓玄说：“你不怕死吗，还敢来见我啊？”刘迈说：“射带钩的管仲，斩衣袖的勃鞮，加上我刘迈，正好是三个人。”桓玄很高兴，任命他为参军。
癸酉（初五），有关部门上奏会稽王司马道子酗酒、不孝，应当斩首，弃尸示众。晋安帝下诏，把司马道子贬逐到安成郡。把司马元显及东海王司马彦璋、谯王司马尚之、庾楷、张法顺、毛泰等人斩首于建康街市上。桓脩极力为王诞求情，王诞才免于一死，得以流放岭南。
桓玄任命刘牢之为会稽内史。刘牢之说：“一开始就要剥夺我的兵权，恐怕大祸就要临头了。”刘敬宣向桓玄请求回京口劝告刘牢之，要他接受任命，桓玄就放刘敬宣回去了。刘敬宣回到京口后，却劝说刘牢之袭击桓玄，刘牢之犹豫，拿不定主意，于是移军屯驻于班渎，私下里告诉刘裕说：“现在我将率军北上，到广陵与高雅之会合，起兵挽救国家，你能跟随我前去吗？”刘裕说：“将军您率数万精兵，望风迎降，归附桓玄，桓玄他就在最近实现了心愿，威望震动天下，从朝廷到民间，人心都已经归顺到他那里去了，您怎么能到得了广陵呢？我刘裕将脱下军服，穿上普通服装，返回京口。”何无忌对刘裕说：“我该怎么办呢？”刘裕说：“依我看，镇北将军刘牢之一定难逃一死，你可以跟随我返回京口。桓玄如果遵守臣僚的节操，我将与你一起事奉他；如果不那样，我将与你一起想办法对付他。”
于是，刘牢之召集部下，商议占据长江北岸来讨伐桓玄的计划。参军刘袭说：“在不能做的事情中，没有比谋反更大的了。将军您前几年反叛王恭，最近反叛司马元显，现在又要反叛桓玄，一个人三次反叛，还用什么自立于世上？”说罢，急步走了出去，其他辅佐官吏也多四散离去。刘牢之害怕了，派刘敬宣前去京口迎接家眷，约定的时间已过，家眷还未到。刘牢之以为反叛的事情已经泄露，家眷已被桓玄杀害，就率领他的部下向北逃走，到达新洲时，刘牢之自缢而死。刘敬宣到达时，来不及哭泣，就渡过长江投奔广陵。刘牢之手下的将领吏员们共同装殓刘牢之，将灵柩运回丹徒。桓玄下令劈开棺木，斩下刘牢之的头，暴尸于街市。
桓玄辞让了丞相和荆、江、徐三州刺史的职位，改任太尉、都督中外诸军事、扬州牧，兼豫州刺史，总管文武百官。司马休之、刘敬宣、高雅之一同投奔洛阳，向后秦请求救援。
夏季四月，太尉桓玄出京城，屯驻于姑孰，辞去录尚书事一职，晋安帝下诏同意。但朝中有重大政务，都要到姑孰向桓玄请示，日常小事则由尚书令桓谦及卞范之决定。从晋安帝即位的隆安元年以来，各地人士都很厌恶祸患战乱。当桓玄刚刚来到京城的时候，罢黜奸佞，擢升英杰贤才，京城中呈现出一派喜悦的气氛，人们希望能有个稍微安定一些的局面。但不久，桓玄骄奢侈横暴，恣肆纵逸，政令多变化无常，朋党纷纷出现，凌辱朝廷，裁减皇家车马轿舆等用具，晋安帝几乎要挨饿受冻，因此民众大失所望。三吴地区发生大饥荒，户口数目减少一半，其中会稽郡减少十分之三四，而临海郡、永嘉郡的百姓几乎全部死亡。富豪之家都穿着绫罗绸缎，怀里揣着金玉珠宝，关闭大门，守在家中活活饿死。
秋季八月，太尉桓玄用含蓄的语言暗示朝廷，让朝廷以他平定司马元显有功为理由，封他为豫章公，又以平定殷仲堪、杨佺期有功为理由，封他为桂阳公，并保持他原来受封的南郡公的爵位。桓玄将豫章公的爵位转封给他的儿子桓昇，将桂阳公的爵位转封给他的侄子桓俊。
冬季十月，太尉桓玄杀了吴兴郡太守高素、将军竺谦之以及竺谦之的堂兄竺朗之、刘袭以及刘袭的弟弟刘季武，这些人都是原来刘牢之北府军的旧部将。刘袭的哥哥冀州刺史刘轨邀请司马休之、刘敬宣、高雅之等人共同据守山阳，想要起兵进攻桓玄，不能取胜，因而退走。将军袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等人都前去追随他们，打算投奔北魏。到达陈留南面时，这些人分为两路，刘轨、司马休之、刘敬宣投奔南燕，袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭投奔后秦。
冬季十二月，太尉桓玄派御史杜林前往安成郡监护会稽文孝王司马道子，杜林按照桓玄的指示，让司马道子喝下毒酒，把他杀了。
袁虔之等人到达长安后，后秦王姚兴询问他们说：“桓玄的才能谋略比他的父亲怎么样，最终能成功吗？”袁虔之说：“桓玄乘晋朝廷衰弱混乱的机会，窃据宰相的职位，猜忌成性，刻薄残忍，刑罚赏赐都不公平，依臣下我看来，桓玄远远不如他的父亲。桓玄现在已经执掌大权，从他的趋势看，日后肯定要篡夺皇位，谋逆犯上，而这正好为其他人驱除他提供了机会。”姚兴认为他的分析很精辟，就任命袁虔之为广州刺史。
二年（403）二月乙卯（二十二日），晋朝廷任命太尉桓玄为大将军。丁巳（二十四日），桓玄杀了冀州刺史孙无终。
桓玄上奏表请求率领各军北上扫平关中、河洛地区，但随后又暗示朝廷下诏不准许，于是就声称：“遵照诏书的指示，所以停止北伐的行动。”桓玄开始时还打算整治行装，先下令建造轻便的快船，装载服饰玩物、名人字画，有人问他为什么这样做。桓玄说：“军事行动充满凶险，战事危机四伏，万一发生意外，如果船只轻便，更容易运走东西。”众人都笑话他。
秋季八月，荆州刺史桓伟去世，大将军桓玄任命桓脩替代他。从事中郎曹靖之提醒桓玄说：“桓谦、桓脩兄弟分别占据着朝廷内外的重要官位，权势太大了。”桓玄就任命南郡相桓石康为荆州刺史。桓石康是桓豁的儿子。
九月，侍中殷仲文、散骑常侍卞范之鼓动大将军桓玄早点夺取皇位接受禅让，暗中撰写加授九锡以及让位的册命文书。朝廷任命桓谦为侍中、开府、录尚书事，王谧为中书监、兼司徒，桓胤为中书令，加授桓脩为抚军大将军。桓胤是桓冲的孙子。丙子（十六日），朝廷下诏任命桓玄为相国，总管文武百官，封为楚王，封地有十个郡，加授九锡，他所辖的楚国可设置丞相以下文武官员。
桓谦暗中询问彭城郡内史刘裕说：“楚王功高德重，朝廷上下的心愿，都认为应该实行禅让了，你认为怎么样？”刘裕说：“楚王是南郡宣武公桓温的孙子，功勋恩德，超绝当世。晋皇室衰朽微弱，民心早已改变，顺从天意，接受禅让，取代晋朝，自为皇帝，有什么不可以？”桓谦高兴地说：“你说可以就一定可以。”
新野人庾仄是殷仲堪的党羽，听说桓伟已死，而桓石康还未到达荆州上任，于是发动军队，在襄阳袭击雍州刺史冯该，赶走了冯该。庾仄有部众七千人，他设立祭坛，祭祀晋皇室七世宗庙，声称“准备讨伐桓玄”，江陵为此震惊骚动。桓石康到荆州上任后，出动军队进攻襄阳，庾仄战败，投奔后秦。
冬季十月，楚王桓玄上奏表请求准许他返回封国，随即又让晋安帝亲笔书写诏书，极力挽留他。又伪称钱塘临平湖水突然盈满，江州天上降下甘露，指使文武百官集体道贺，作为自己接受天命的吉符祥兆。又因为以前改朝换代时，都有名望很高的隐士不出来做官，桓玄为自己这个时候偏偏没有隐士而感到羞愧，于是寻求到西晋隐士安定人皇甫谧的第六世孙皇甫希之，供给他钱财物品，让他隐居在山林中。随后让朝廷下诏书征召他进京任著作郎，同时又让皇甫希之坚决推辞，不肯就职，然后再下诏书褒扬，称他为“高士”，但当时人都称他为“充数的隐士”。桓玄又打算废除钱币，改用谷米、丝帛作为实物货币，并且还打算恢复肉刑，各种法令政规纷纷纭纭地拟定出来，但没有固定的想法，所以翻来覆去，不断改变，最终没有一项真正施行。桓玄生性又非常贪婪卑鄙，别人有法书、好画及好的园林住宅，他必定借用蒲博等赌博手段攫取，占为己有。尤其喜爱珍珠宝玉，整日把玩，从不离手。
十一月，晋安帝下诏书，命楚王桓玄使用天子的礼乐，王妃称为王后，世子称为太子。丁丑（十八日），卞范之草拟晋安帝禅让的诏书，派临川王司马宝逼迫晋安帝亲笔抄写这份诏书。司马宝是司马晞的曾孙。庚辰（二十一日），晋安帝司马德宗来到正殿外的平台上，派兼太保、兼司徒王谧手捧玉玺绶带，禅让皇位给楚王。壬午（二十三日），晋安帝搬出皇宫，居住在永安宫。癸未（二十四日），将晋皇室太庙中的祖先牌位迁到琅邪封国。穆章何皇后及琅邪王司马德文都迁居于司徒府。文武百官都前往姑孰拜见桓玄，劝桓玄即皇帝位。十二月庚寅这天是初一，桓玄在九井山北麓筑起高坛。壬辰（初三），桓玄即皇帝之位。即位的册文中对晋皇室有很多指责，有人加以劝谏，但桓玄说：“禅让皇位的文书，正是说给天下平民百姓听的，难道能欺骗上帝吗！”大赦天下，改年号为永始。将南康郡的平固县封给晋安帝，封他为平固王，将何皇后降为零陵县君，将琅邪王司马德文降为石阳县公，将武陵王司马遵降为彭泽县侯。桓玄追尊他的父亲桓温为宣武皇帝，庙号为太祖，追尊他的母亲南康公主为宣皇后。又封他的儿子桓昇为豫章王。任命会稽内史王愉为尚书仆射，王愉的儿子相国左长史王绥为中书令。王绥是桓家的外甥。戊戌（初九），桓玄进入建康宫，坐上皇帝御座时，御座突然塌陷，群臣大惊失色。殷仲文说：“肯定是因为陛下的圣德深厚沉重，连大地也负载不住了。”桓玄非常高兴。梁王司马珍之的封国臣僚孔朴保护司马珍之逃奔寿阳。司马珍之是司马晞的曾孙。辛亥（二十二日），桓玄将晋安帝迁到寻阳。癸丑（二十四日），桓玄将桓温的牌位送进太庙。桓玄亲自到听讼观审查囚徒，不论罪行是轻还是重，大多得到宽恕释放。有拦住车马求乞的人，有时也能得到他的怜悯和赏赐。桓玄就是喜欢像这样施行小恩小惠。
元兴三年（404）春季正月，桓玄立他的妻子刘氏为皇后。刘氏是刘乔的曾孙女。桓玄因为他祖父桓彝以上的祖先，名望地位都不显赫，不再追加尊号、建立宗庙。散骑常侍徐广说：“‘尊敬他的父亲，做儿子的自然高兴’，请按照前代惯例，建立七代祖先的宗庙。”桓玄说：“按照礼制规定，太祖庙面向东方，接下来的先帝庙，左边三庙称‘昭’，右边三庙称‘穆’。晋皇室建立祖先七庙，晋宣帝司马懿却不能处在面向正东的位置上，有什么值得效法的！”秘书监卞承之对徐广说：“如果宗庙中的祭祀真的不将祖先列进去，就可以看出楚国的国运不会长久。”徐广是徐邈的弟弟。
桓玄自从即位后，经常心神不安。二月己丑这天是初一，夜晚，江水掀起波涛，灌入石头城，淹死很多人，呼救叫喊之声震动天地。桓玄听到后非常恐惧，说：“奴才们造反了！”
桓玄生性苛刻琐细，喜欢炫耀自己的才能。主管某部门的官员上奏章陈述政事，只要有一个字写得不合规范，或者有一句话表达有错误，他一定要挑出来加以纠正，以显示自己的聪明。尚书回复诏书时误将“春蒐”写作“春菟”，自左丞王纳之以下，凡是看过这份文书，或在文书上签过名的官员，全被降职或免官。桓玄有时亲自书写诏书给宫中值班的官员，有时亲自指派低级的令史干一些具体的事，诏书命令纷纭烦琐，有关官员来不及应答回复。而朝廷中的重要政务却没有加以治理，奏章公文因没有时间处置层层积压，他却根本不可能知道。桓玄又生性爱好出游打猎，有时一天外出好几次。迁到东宫居住，重新修缮宫殿，大兴土木，督工严厉紧迫。从朝廷官员到老百姓都为此骚动不安，想作乱发难的人越来越多。
桓玄派使臣加授益州刺史毛璩为散骑常侍、左将军。毛璩拘捕扣留了桓玄的使臣，不接受任命。毛璩是毛宝的孙子。桓玄任命桓希为梁州刺史，分别命令各将领戍守三巴以防备毛璩。毛璩向远近地区传布檄文，列举桓玄的罪状，派遣巴东郡太守柳约之、建平郡太守罗述、征虏司马甄季之打败桓希等人，于是率部众进驻白帝。
桓玄任命桓弘为青州刺史，镇守广陵；任命刁逵为豫州刺史，镇守历阳。桓弘是桓脩的弟弟；刁逵是刁彝的儿子。
当初，太原人王元德及他的弟弟王仲德，响应苻氏前秦的号召聚众起兵，进攻后燕国主慕容垂，不能取胜，前来投奔东晋，朝廷任命王元德为弘农郡太守。王仲德看见桓玄称帝，对人说：“自古以来，改朝换代，革去前朝国命的确实不止一个家族，但今天崛起的那一个，恐怕不足以完成大事业。”
平昌人孟昶担任青州主簿，桓弘派孟昶前往建康，桓玄接见他以后，非常欣赏他，对刘迈说：“我在出身寒门的人士中找到了一位尚书郎，你与他是同乡，你可认识他？”刘迈平常与孟昶的关系很不融洽，就回答说：“我在京口时，不曾听说孟昶有什么特殊的才能，只是听说他们父子之间频繁不断地写诗互相赠送罢了。”桓玄听后大笑，于是打消了擢升孟昶的念头。孟昶听到这件事后，非常怨恨刘迈。孟昶回到京口后，刘裕对孟昶说：“草莽之中将有英雄崛起，你听到什么消息了吗？”孟昶说：“今天的英雄还有谁，正应该是你呀！”
于是刘裕、刘毅、何无忌、王元德、王仲德、孟昶以及刘裕的弟弟刘道规、任城人魏咏之、高平人檀凭之、琅邪人诸葛长民、河内郡太守陇西人辛扈兴、振威将军东莞人童厚之，互相联合起来，密谋起兵。刘道规担任桓弘的中兵参军，刘裕派刘毅前去长江北面与刘道规和孟昶会合，共同击杀桓弘，占据广陵。诸葛长民担任刁逵的参军，刘裕命诸葛长民击杀刁逵，占据历阳。王元德、辛扈兴、童厚之都在建康，刘裕命他们聚集部众进攻桓玄，作为内应。约定日期，一起发动政变。
孟昶的妻子周氏家产富有，孟昶对她说：“刘迈在桓玄面前诋毁我，使我一生沉沦落寞，我决定将要当叛贼。你最好早点与我断绝关系，万一以后我能得到荣华富贵，再迎接你回来也不晚。”周氏说：“夫君你的父母都在世，想实行一个特殊的计划，难道是我一个妇人所能劝谏的！如果大事不能成功，我即使沦为奴婢也会奉养公婆，从道义上说，我绝无回娘家的念头。”孟昶怅然若失，坐了很久才起身出去。周氏追出来，叫孟昶回屋坐下，说：“看你的举止，并不是遇事要与妇人商量的那种人，你告诉我这件事，只不过想得到财物资助罢了。”于是她指着怀中的儿子让孟昶看，说：“如果他可卖钱，我也将不珍惜。”随即，她把全部的家产交给了孟昶。孟昶弟弟孟顗的妻子是周氏的堂妹，周氏骗她说：“我昨天夜晚做了一个梦很不吉祥，你最好将家里的红布全部给我，用来作厌胜物品，镇住鬼魅。”堂妹信以为真，把红布全交给了堂姐，周氏就用这些的红色布帛全部缝制成军士战袍。
何无忌深夜躲在屏风里面草拟檄文，他的母亲是刘牢之的姐姐，她爬上凳子偷看儿子的举动，哭着说：“我不如东海吕母那样明事理。你能够这样做，我还有什么遗恨！”询问儿子与他同谋的还有谁，何无忌回答说：“刘裕。”他的母亲更加高兴，于是又向儿子论述了桓玄一定失败、兴举大事一定成功的道理，以此勉励儿子。
乙卯（二十七日），刘裕伪称出外游猎，与何无忌集合部众，共有一百多人。丙辰（二十八日），清晨，京口城门打开，何无忌身穿传递诏书的使者的服装，自称是朝廷信使，走在前面，部众跟在他身后一齐进入城门，就这样斩杀了桓脩，砍下他的首级示众。桓脩的司马刁弘率领州中的文武官员及助手前来救难，刘裕登上城头，对他们说：“江州刺史郭昶之已拥戴皇上在寻阳恢复正统皇位，我们都接受了皇上的密诏，诛杀叛逆之党，现在叛贼桓玄的人头可能已经被悬挂在建康的大航桥上了。各位不都是大晋朝的臣僚吗？如今前来想干什么？”刁弘等人相信了刘裕的话，召集众人回去了。
刘裕询问何无忌说：“现在急需要一位府中主簿，从什么地方可以请到这样一个人？”何无忌说：“没有比刘道民更合适的人选了。”刘道民是东莞人刘穆之的别名。刘裕说：“我也认识他。”于是就派人快马送信，前去召他来任职。当时刘穆之听到京口方向人声喧哗，因此一大早起来，走上街头了解情况，恰巧与送信的人相遇。看了刘裕的信以后，刘穆之两眼发直，不言不语地呆站了很久，随后返回家中，撕破了布衣服，打好裹腿布，前去见刘裕。刘裕说：“刚开始兴举起义大事，正处在事事艰难的初创阶段，非常急切地需要一名军中吏员，你说谁是合适的人选？”刘穆之说：“您的军府刚刚建立，军吏的任用确实要选到合适的人才，在仓促的情况之下，恐怕没有人比得上我。”刘裕笑着说：“你能委屈自己担任这个职位，我们的事就能成功了。”于是就在座位上任命刘穆之为主簿。
孟昶劝说桓弘在这一天出城打猎，天还未亮，就打开城门，放打猎的人出城。孟昶与刘毅、刘道规率领精壮武士数十人，径直闯入州府，桓弘正在吃粥，他们就此斩杀了桓弘，随即召集部队，渡过长江。刘裕又派刘毅前去诛杀了刁弘。
在此以前，刘裕派遣同谋的周安穆前去建康将起兵的事情告诉刘迈，刘迈虽答应参与起兵，但心里却非常惶恐。周安穆担心事情泄露，就快马返回。桓玄任命刘迈为竟陵郡太守，刘迈想赶快离开京城，前往竟陵上任，但当天晚上，桓玄写给刘迈一封信，说：“北府那里的人心怎么样？你最近见到刘裕时，说些什么话？”刘迈以为桓玄已经知道他们的密谋，早晨起来，就把密谋起兵的事情报告了桓玄。桓玄大吃一惊，封刘迈为重安侯。随后又怨恨刘迈没有拘捕周安穆，让他得以逃走，就杀了刘迈，并将王元德、辛扈兴、童厚之等人全部诛杀。
大家推举刘裕当盟主，总督徐州军政事务。任命孟昶为长史，镇守京口，任命檀凭之为司马。彭城应募参加义军的人，刘裕把他们都交给郡主簿刘钟统领。丁巳（二十九日），刘裕率领兖、徐二州的军队一千七百人，驻扎在竹里，向远近各地传布讨伐桓玄的檄文，声称益州刺史毛璩已平定了荆、楚地区，江州刺史郭昶之已在寻阳拥戴皇上恢复皇位，镇北参军王元德等人一同率领部下据守石头城，扬武将军诸葛长民已占据了历阳。
桓玄从东宫迁回皇宫，召侍从官吏都住进宫中。加授扬州刺史新安王桓谦为征讨都督，任命殷仲文替代桓脩为徐、兖二州刺史。桓谦等人请求急速派遣军队进攻刘裕，桓玄说：“他的军队锐气很盛，考虑到此次起兵是万死一生，如果有什么失误，那么他们的气势就形成了，而我们的大势就失去了。不如将大军屯驻在覆舟山，严阵以待。他们一路进军，空跑二百里，没有什么收获，锐气已遭到挫伤，忽然发现我们的大军在前面，一定会大为惊愕。我们按兵不动，坚守阵地，不与他们交战，他们求战而不能战，自然会军心动摇，四散退走，这是克敌制胜的上策。”桓谦等人极力请求攻击刘裕，桓玄就派顿丘郡太守吴甫之、右卫将军皇甫敷先后率军北上，前往京口。
桓玄极其忧虑恐惧。有人说：“刘裕等人是乌合之众，力量微弱，反叛一定不会成功，陛下您为什么如此忧虑？”桓玄说：“刘裕确实是一代英雄；刘毅家中穷得连一石的储粮也没有，但赌博时却一次下注百万；何无忌酷似他的舅父刘牢之。这些人共同兴举大事，怎么能说不会成功呢？”
当初，袁真诛杀朱宪，朱宪的弟弟朱绰逃奔桓温。桓温攻克寿阳后，朱绰就掘出了袁真的棺材，砍杀袁真的尸体。桓温大怒，想要杀掉朱绰，桓冲为他求情，桓温才免他一死。朱绰像侍奉父亲一样地侍奉桓冲，后来桓冲去世，朱绰伤痛过度，吐血而死。刘裕攻克京口，任命朱绰的儿子朱龄石为建武参军。三月戊午这天是初一，刘裕军队与吴甫之的军队在江乘相遇。将要交战时，朱龄石对刘裕说：“我朱龄石一家世代受桓家厚恩，不想用刀枪与他们相对，请求您允许让我跟在大部队的后面。”刘裕认为他这样做符合道义，同意了他的要求。吴甫之是桓玄手下的勇将，他的军队锐气很盛。刘裕手握长刀，身先士卒，大声呼喊，向前冲锋，吴甫之的部众都溃败逃散，于是斩杀了吴甫之。刘裕军队挺进到罗落桥，皇甫敷率领数千人迎战，宁远将军檀凭之战败身死。刘裕更加猛烈地进攻，皇甫敷把刘裕包围了好几层，刘裕背靠大树奋力苦战。皇甫敷说：“你打算怎么死？”拔出长戟想直刺刘裕，刘裕怒目痛斥皇甫敷，皇甫敷被他的勇猛镇住，退避下来。不一会儿，刘裕的部众赶到，用箭射中皇甫敷的额头，皇甫敷坠下马来，刘裕提刀直逼上去。皇甫敷说：“你有上天授予的大命，我想把我的子孙托付给你。”刘裕斩杀了皇甫敷，然后优厚地抚恤他的子女。刘裕把檀凭之率领的士兵分配给参军檀祗指挥。檀祗是檀凭之的侄子。
桓玄得知两员大将战死，非常恐慌，他召请许多术士巫师为他推算命运吉凶，并希望用厌胜的法术镇住刘裕军队。桓玄询问大臣们说：“我难道要失败了吗？”吏部郎曹靖之回答说：“人民怨恨，神灵愤怒，我确实感到很害怕。”桓玄说：“人民或许可能怨恨，但神灵为什么愤怒？”曹靖之回答说：“晋皇室的宗庙，漂泊流落在长江之滨，大楚皇朝的祭祀没有将自己上代的祖先包括在内，这就是神灵愤怒的原因。”桓玄说：“你为什么不加以劝谏？”曹靖之回答说：“朝廷上的达官显宦们都认为现在是唐尧、虞舜的太平盛世，我怎么敢说话！”桓玄沉默不语。他派桓谦以及游击将军何澹之率军屯驻东陵，侍中、后将军卞范之率军屯驻覆舟山的西面，部众合起来有两万人。
己未（初二），刘裕军队吃完饭以后，把剩馀的粮食全部扔掉，进军到覆舟山东面，派瘦弱的士兵登上山头，竖起旗帜作为疑兵，几路军队齐头并进，布满了山谷。桓玄派出的侦探返回，报告说“刘裕军队布满各处，探不清究竟有多少人”。桓玄更加忧虑恐慌，他派武卫将军庾赜之率领精兵前去援助各路军队。桓谦等人军队中的士兵有很多是北府军的旧人，他们一向敬畏佩服刘裕，没有斗志。刘裕与刘毅等人将士兵分成几队，进军突击桓谦的阵地。刘裕身先士卒，将士们都殊死决战，无不以一当百，喊杀之声震天动地。当时，东北风骤起，刘裕乘风势纵火焚烧敌军，烟火冲天，擂鼓喊杀之声震动了京城，桓谦等各路军队大败溃散。
桓玄当时虽然派遣军队抵御刘裕，但已决定逃走，他暗中派遣领军将军殷仲文在石头城准备好船只。听说桓谦等人战败后，桓玄率领亲信数千人，声称要赶赴前线作战，随即带着他的儿子桓昇和侄子桓濬出南掖门。路上遇见前相国参军胡藩，胡藩抓住桓玄的马笼头劝谏说：“现在羽林射手还有八百人，都是感怀您恩义的老部下。西方的荆州军人受桓家几代的恩德，不挥令他们决一死战，一旦舍弃了他们，您还想求得安生吗？”桓玄没有回答，只是举鞭指了指天，就鞭打马匹，急速离去。他向西奔往石头城，与殷仲文等人乘船顺着长江向南逃走。桓玄一整天没有吃饭，左右侍从送上粗饭，桓玄咽不下去，桓昇抱着父亲按摩他的胸口，桓玄悲伤得无法控制自己。
刘裕进入建康，王仲德抱着王元德的儿子王方回走出家门，在路旁等候刘裕，刘裕在马上抱过王方回，与王仲德相对哭泣。刘裕追赠王元德为给事中，任命王仲德为中兵参军。刘裕住进桓谦原来的大营中，派刘钟占领东府。庚申（初三），刘裕移驻于石头城，设立留守官衙的文武百官，在宣阳门外焚烧桓温的牌位，另行制作晋皇室祖先的新牌位，送入太庙中。派遣将领们追击桓玄，尚书王嘏率领文武百官奉迎晋安帝司马德宗，诛杀仍留在建康的桓玄家族成员。刘裕派臧熹到皇宫中去收检图书、珍宝器物，查收封闭库房。其中有各种金银饰品和乐器等，刘裕问臧熹：“你难道不想得到这些东西吗？”臧熹严肃地说：“皇上受到幽禁和迫害，流落到他不该去的地方，将军您首先倡建大义，为皇家辛勤劳累，我虽然不能像您一样，但也实在没有心思去享乐。”刘裕笑着说：“我与你开个玩笑罢了。”臧熹是臧焘的弟弟。
壬戌（初五），桓玄的司徒王谧与众官员商议推举刘裕兼掌扬州，刘裕坚决推辞。于是任命王谧为侍中、兼司徒、扬州刺史、录尚书事。王谧推举刘裕为使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、徐州刺史；刘毅为青州刺史；何无忌为琅邪内史；孟昶为丹杨尹；刘道规为义昌郡太守。
刘裕刚到建康时，各种重大事务都交付给刘穆之处理，刘穆之虽然在仓促之间加以裁决办理，但没有一件事不办得恰到好处的。于是，刘裕将他作为自己的心腹，凡有行动，都要征求他的意见。刘穆之也竭尽忠诚，没有什么遗漏和保留。当时，东晋朝廷政治法令宽缓松弛，纲常纪律很不健全，豪门大族强横骄纵，小民百姓穷困窘迫，又因为司马元显的政令荒谬杂乱，桓玄虽然想加以整顿治理，但法规条目过于烦琐细密，百姓无所适从。刘穆之根据当时的实际情况，斟酌考虑，随时因事加以矫正。刘裕本人以身作则，先用威势在朝廷内外确立法禁，文武百官勤谨地严守自己的职责。不到十日，官风民俗大为改观。
当初，诸葛长民前往豫州，错过了约定起事的日期，不能发动起义。刁逵逮捕了诸葛长民，用囚车送往建康桓玄处。囚车到达当利时，桓玄已兵败出逃，押送囚车的人一同打破囚车，放出诸葛长民，急速返回历阳。刁逵弃城逃走，被他的部下擒获，斩首于石头城，刁逵的儿子、侄子等，全家不论老幼，都被处死，仅赦免了他的小弟弟给事中刁骋。刁逵的老部下把刁逵的侄子刁雍藏起来，送往洛阳，后秦王姚兴任命刁雍为太子中庶子。刘裕任命魏咏之为豫州刺史，镇守历阳，诸葛长民为宣城内史。
当初，刘裕名望卑微，官位低贱，生性轻浮狡狯，品行不端，社会上层的显贵人士都不同他交往，只有王谧认为他是个奇才，对他十分推重爱惜。王谧对刘裕说：“你将会成为一代英雄。”刘裕曾与刁逵赌博，赌输了不及时还赌债，刁逵把他绑在拴马柱上。王谧看见了，责备刁逵并释放了刘裕，并代刘裕偿还了赌债。因此，刘裕深深地怨恨刁逵，对王谧感恩戴德。
萧方等评论说：蛟龙在水底潜伏的时候，鱼虾也会轻慢它。所以汉高祖刘邦赦免了雍齿，魏武帝曹操赦免了梁鹄，怎么可以因平民时的怨恨而用帝王的威势来加以报复呢！如今王谧位居三公，而刁逵被灭掉了家族，酬还恩惠，报复怨仇，度量是何等的狭小啊！
丁卯（初十），刘裕将军府迁往东府。
桓玄逃到寻阳，郭昶之供给他各种物品用具，补充兵力。辛未（十四日），桓玄逼迫晋安帝与他一同向西逃窜，刘毅率领何无忌、刘道规等各路军队紧紧追击。桓玄留下龙骧将军何澹之、前将军郭铨和郭昶之一起防守湓口。
丙戌（二十九日），刘裕声称接受了晋安帝的秘密诏书，让武陵王司马遵承奉皇上制命总管文武百官，主持朝政。于是大赦天下，只有桓玄一族不予宽恕。
刘敬宣、高雅之密谋杀掉南燕国主慕容备德，推举司马休之为国主。高雅之邀请刘轨一同谋划举事，刘轨不肯听从他们。密谋的内容有所泄露，刘敬宣等人向南逃走，南燕人逮捕了刘轨，把他杀了，又派人追上高雅之，也把他杀了。刘敬宣、司马休之逃到淮河、泗水之间，听到桓玄失败的消息，于是返回东晋，刘裕任命刘敬宣为晋陵郡太守。
夏季四月己丑（初二），武陵王司马遵入住东宫，朝廷内外全都恭敬听命。司马遵任免文武百官的命令称为“制书”，行政命令的公文称为“令书”。任命司马休之为监荆、益、梁、宁、秦、雍六州诸军事、兼荆州刺史。
庚寅（初三），桓玄挟持晋安帝到达江陵，桓石康接纳了他们。桓玄重新设置文武百官，任命卞范之为尚书仆射。桓玄自己认为失败奔逃以后，怕臣下不服从他的权威和命令，于是变本加厉，增加了许多峻刻的刑罚，大家更加怨恨他，人心愈益离散。殷仲文加以劝谏，桓玄大怒说：“如今是因为将领们作战不听调度，天象又有所不利，所以才返回大楚的旧都江陵。而小人们议论纷纷，乱发奇谈怪论，正应当采用严猛的手段加以纠正，不可实行宽和的政策。”荆州、江州所属各郡听说桓玄流亡在外，有人上奏表请安问候的，桓玄全不接受，反而命令各地将上表改成恭贺皇帝迁居新都。当初，王谧是辅佐桓玄夺取皇位的首要功臣，桓玄接受禅让时，王谧亲手解开晋安帝身上的玉玺绶带。等到桓玄失败，大家都说王谧应当被诛杀，刘裕特地出面保全了他。刘毅曾借着朝会的机会，向王谧询问玉玺印绶的下落。王谧内心惶恐不安，逃奔到曲阿。刘裕写信给武陵王司马遵，向他说明情况，把王谧接回来，恢复原来的官位。
桓玄的侄子桓歆引导氐族首领杨秋进攻历阳，魏咏之率诸葛长民、刘敬宣、刘钟共同把他们击败，在练固斩杀了杨秋。
桓玄派遣武卫将军庾稚祖、江夏郡太守桓道恭率领数千人前去会合何澹之等人，与他们一起守卫湓口。何无忌、刘道规率军挺进桑落洲。庚戌（二十三日），何澹之等人率领水军迎战。何澹之平常所乘的指挥舰，仪仗旗帜十分壮观。何无忌说：“逆贼统帅一定不在这艘战舰上，他们是想欺骗我们罢了，我们应当急攻他们。”众人说：“既然何澹之不在舰上，攻夺此舰也没有什么用处。”何无忌说：“现在我们寡不敌众，作战很难取得全胜，既然何澹之不在这艘战舰上，此舰士兵的战斗力一定比较弱，我们用精壮的士兵进攻他们，一定能够夺得此舰。夺得后，他们的气势就会低落，而我们的气势就会倍增，然后乘势进逼攻击，一定能够打败逆贼。”刘道规说：“好主意。”于是上前猛攻夺得此舰，随即互相传话，大喊道：“已经擒获了何澹之！”何澹之军中的士兵听见喊声后，震惊骚乱，何无忌的部众也信以为真，乘胜进攻何澹之等人，把他们打得大败。何无忌等人攻克湓口，又进军占领寻阳，派遣使者奉送晋皇室宗庙中的祖先牌位和装牌位的石盒返回京城。朝廷加授刘裕为都督江州诸军事。
在桑落洲之战中，胡藩所乘的战舰被何无忌等人的朝廷军队焚烧，胡藩全身穿着铠甲，跳入水中，在水中潜行三十馀步才登上河岸。当时，通往江陵的道路已被切断，胡藩就返回豫章。刘裕一向听说胡藩为人忠良正直，就任用他为参领诸军事。
桓玄征发召集荆州的兵马，不到三十天，就得到两万人，楼船战舰和武器装备也很齐全充足，阵容十分壮观。甲寅（二十七日），桓玄又率领各路军队，挟持晋安帝向东挺进，任命苻宏兼梁州刺史，作为前锋。又派散骑常侍徐放先行出发。前去劝说刘裕等人，说：“倘若能撤军遣散士兵，将与各位一起除旧布新，从头开始，分别授予各位高官显位，绝对不会让你们失望。”刘裕任命诸葛长民为都督淮北诸军事，镇守山阳；任命刘敬宣为江州刺史。
刘毅、何无忌、刘道规、下邳郡太守平昌人孟怀玉率领军队从寻阳向西挺进，五月癸酉（十七日），与桓玄的军队在峥嵘洲相遇。刘毅等人的军队不满一万人，而桓玄的军队有数万人，众人惧怕桓玄，想退回寻阳。刘道规说：“不能撤退。敌军人数众多而我军人少，强弱的气势本来就很明显，现在如果我们畏惧懦弱，不敢进攻，一定会被他们乘势追杀，即使回到寻阳，又怎么能自保固守！桓玄虽然窃取了英雄豪杰的名声，但内心其实非常怯懦，再加上他已经失败奔逃过一回，部众没有坚定的斗志。两军决战，将领勇猛的一方取胜，并不在于士兵人数的多少。”于是刘道规指挥部众率先进攻，刘毅等人紧随在他们后面。桓玄常让一条快船漂随在指挥舰旁边，准备一旦失败，就可以快速逃走，因此他的部众都没有斗志。刘毅等人乘着风势纵火焚烧敌方战舰，投入全部精锐部队进行攻击，将士争先恐后，奋勇拼杀。桓玄的军队大败溃散，焚烧了辎重军械，趁夜逃走。郭铨前往刘毅军中投降。
桓玄的旧部将刘统、冯稚等人聚集起同党四百人，攻破寻阳城。刘毅派遣建威将军刘怀肃率军讨伐平定了寻阳。刘怀肃是刘怀敬的弟弟。
桓玄挟持晋安帝，乘着一艘船向西逃走，将永安何皇后及王皇后留在巴陵。殷仲文当时正在桓玄的船上，他请求乘另外的船只出去招收聚集被打散的士兵，于是背叛了桓玄，护送两位皇后，投奔夏口，随后返回建康。
己卯（二十三日），桓玄与晋安帝回到江陵。冯该建议桓玄再次率军东下决战，桓玄没有接受，他打算投奔汉中与桓希会合，但这时人心沮丧，离心离德，桓玄的号令已不能实行了。庚辰（二十四日）半夜，桓玄下令准备出发，但城内已十分混乱，桓玄于是与他的心腹亲信一百多人骑马出城向西逃走。到达城门时，桓玄的左右侍从中有人在暗中用刀砍桓玄，没有砍中，于是桓玄的部下就互相残杀，乱作一团。桓玄只身逃到船上，左右侍从已四散离去，只剩下卞范之陪在他身边。
辛巳（二十五日），荆州别驾王康产奉迎晋安帝进入南郡府舍之中，太守王腾之率领文武官员作为侍卫。
桓玄打算前往汉中。屯骑校尉毛脩之是毛璩的侄子，他诱骗桓玄前往蜀地，桓玄听从了。宁州刺史毛璠是毛璩的弟弟，死在官任上。毛璩派他哥哥的孙子毛祐之及参军费恬率领数百人护送毛璠的灵柩返回江陵，壬午（二十六日），他们在枚回洲与桓玄相遇。毛祐之、费恬率众人迎面攻击桓玄，射出的箭如同下雨，桓玄宠爱的心腹亲信丁仙期、万盖等人用自己的身体遮挡乱箭，保护桓玄，都被射死。益州督护汉嘉人冯迁抽刀在手，逼上前去，想击杀桓玄，桓玄拔下头上的玉导送给他，说：“你是什么人，竟敢杀天子！”冯迁说：“我杀的是天子的叛贼。”于是斩杀了桓玄，又斩杀了桓石康、桓濬、庾赜之，擒获桓昇并将他送往江陵，在街市上斩首。晋安帝在江陵复位，任命毛脩之为骁骑将军。甲申（二十八日），大赦天下，因受威逼而被迫跟从桓玄叛逆的各名官员，一律不加追究。戊寅（二十二日），奉迎晋皇室宗庙中的祖先牌位返回建康，送入太庙。刘毅等人把桓玄的人头送到建康，悬挂在大桁上示众。
刘毅等人在峥嵘洲战胜桓玄后，认为大事已定，没有随着桓玄的行踪紧追不舍，又遇上大风，船只不能前进，所以，桓玄死后差不多有十天了，刘毅的各路军队还未抵达江陵。当时，桓谦躲藏在沮中，扬武将军桓振躲藏在华容浦。桓玄的老部将王稚徽戍守巴陵，他派人向桓振报告，说：“桓歆已经攻克了京口，冯稚又攻克了寻阳，刘毅各路军队都在中途失败退走。”桓振非常高兴，聚集起同党二百人，袭击江陵，桓谦也聚集部众响应。闰五月己丑（初三），又攻陷了江陵，杀了王康产、王腾之。桓振到行宫去见晋安帝，跃马举戈，一直闯到台阶下，向晋安帝询问桓昇的下落。听说桓昇已死，桓振怒目圆睁，对晋安帝说：“我们桓家有什么地方对不起国家，竟然被屠灭成这个样子！”琅邪王司马德文下床对桓振说：“这样做难道是我们兄弟的意思吗？”桓振想杀掉晋安帝，桓谦苦苦地阻止他，桓振才下马，克制住怒气，向晋安帝行拜礼后退出。壬辰（初六），桓振为桓玄举行哀悼仪式，设立丧礼庭堂进行祭奠，定谥号为“武悼皇帝”。
癸巳（初七），桓谦等人率领群臣将玉玺绶带奉还给晋安帝，说：“皇上效法唐尧禅位给虞舜，现在楚国的国运已经终止，百姓之心又归附于晋皇室了。”晋安帝任命琅邪王司马德文兼徐州刺史，桓振为都督八州诸军事、荆州刺史，桓谦恢复侍中、卫将军的原职，加授江、豫二州刺史。晋安帝身边的侍从仆役，都是桓振的心腹亲信。
桓振年幼时就品行不端，桓玄不把他作为自己的子侄辈对待。等到了这个时候，桓振叹息着说：“桓公昔日不早点任用我，终于导致这样的溃败。如果桓公还在世，我当前锋，要平定天下是不在话下的。如今我独自支撑大局，我的归宿又在哪里呢？”于是纵情任性，沉溺于美酒女色，肆无忌惮地大行诛杀。桓谦劝桓振率军东下攻战，自己镇守江陵，桓振一向轻视桓谦，没有听从他的话。
刘毅抵达巴陵，诛杀了王稚徽。何无忌、刘道规在马头进攻桓谦，在龙泉进攻桓蔚，把他们都打败了。桓蔚是桓秘的儿子。
何无忌想乘胜直扑江陵，刘道规说：“兵法上说，退却和进攻，都有一定的时机，不可以苟且冒进。桓氏家族世代居住在原楚国的西部地区，当地民众都为他们效忠尽力，桓振的勇猛为三军之冠，很难与他争胜。如果可以休军息兵，养精蓄锐，慢慢地使用计谋来牵制他，不怕不能战胜他。”何无忌没有听从他的话。桓振在灵溪迎战何无忌，冯该率军与桓振会合，共同作战，何无忌等人大败，战死千馀人。撤军退回寻阳，何无忌与刘毅等向刘裕上书请罪。刘裕让刘毅协调节度几支军队的主帅，免去他的青州刺史一职。桓振任命桓蔚为雍州刺史，镇守襄阳。
柳约之、罗述、甄季之听说桓玄已死，从白帝进军到枝江，得知何无忌等人在灵溪战败的消息，也率军退回。不久，罗述、甄季之都患了病，柳约之去见桓振，假装向他投降，想密谋袭击桓振，计划泄露，桓振把他杀了。柳约之的司马时延祖、涪陵郡太守文处茂召集柳约之剩馀的部众，退保涪陵。
六月，毛璩派遣将领进攻汉中，斩杀了桓希，毛璩自兼梁州刺史。
刘敬宣在寻阳聚集粮食，修缮船只，并不是没有防备的，所以何无忌等人虽然败退，但得到了刘敬宣的后勤补充以后，又重振了军威。冬季十月，桓玄的侄子桓亮自称江州刺史，袭击豫章郡，刘敬宣打败了桓亮的军队。刘毅、何无忌、刘道规再度从寻阳向西进军，抵达夏口。桓振派遣镇东将军冯该防守长江东岸，派遣扬武将军孟山图据守鲁山城，派遣辅国将军桓仙客据守偃月垒，各路军队合起来共有一万人，水中与陆上互相呼应支援。刘毅进攻鲁山城，刘道规进攻偃月垒，何无忌控遏江中水军，从早晨激战到中午，鲁山城和偃月垒的守军全都溃败，孟山图、桓仙客被活捉，冯该逃奔石城。
十二月，刘毅等人进军攻克巴陵。刘毅号令严明统一，军人经过的地方，百姓安定喜悦。刘裕又任刘毅为兖州刺史。桓振任命桓放之为益州刺史，率军屯驻在西陵。文处茂击败了桓放之，桓放之逃回江陵。
这一年，东晋民众躲避战乱，背负幼儿，搀扶老弱，逃往淮河以北的人，在道路上接连不断。
义熙元年（405）春季正月，南阳郡太守扶风人鲁宗之起兵袭击襄阳，桓蔚逃奔江陵。己丑（初七），刘毅等各路军队抵达马头。桓振挟持晋安帝出江陵，屯驻在江津，并派遣使者去见刘毅，要求以割让江、荆二州为条件，送还晋安帝，刘毅等人不同意。辛卯（初九），鲁宗之在柞溪击败了桓振的部将温楷，进军屯驻于纪南。桓振留下桓谦、冯该防守江陵，自己率军与鲁宗之交战，大败了鲁宗之的军队。刘毅等人在豫章口击败了冯该，桓谦放弃江陵城出逃。刘毅等人进入江陵，拘捕卞范之等人，将他们斩首。桓振率军返回，远远望见江陵城中火光冲天，知道江陵城已经失陷，他的军队全部溃散，桓振逃往涢川。
乙未（十三日），晋安帝下诏，将朝廷重大政事的处理权全部交付给冠军将军刘毅。戊戌（十六日），颁令大赦天下，改年号，只有桓氏一族不予宽恕。因桓冲忠诚于晋皇室，所以特别赦免他的孙子桓胤一人。任命鲁宗之为雍州刺史；任命毛璩为征西将军、都督益、梁、秦、凉、宁五州诸军事；任命毛璩的弟弟毛瑾为梁、秦二州刺史，另一个弟弟毛瑗为宁州刺史。刘怀肃追击冯该，在石城斩杀了冯该。桓谦、桓怡、桓蔚、桓谧、何澹之、温楷都逃奔后秦。桓怡是桓弘的弟弟。
二月丁巳（初五），建康的东晋留守政府备齐了皇帝专用的车驾仪仗，前往江陵迎接晋安帝，刘毅、刘道规留军屯驻于夏口，何无忌护送晋安帝向东返回建康。
三月，桓振从郧城出兵，袭击江陵，荆州刺史司马休之战败，逃奔襄阳，桓振自称荆州刺史。建威将军刘怀肃从云杜率军急速奔赴江陵，在沙桥与桓振交战，刘毅派遣广武将军唐兴前去助战，就在两军对阵中斩杀了桓振，重新夺回了江陵。
甲午（十三日），晋安帝抵达建康。乙未（十四日），文武百官前往宫门请罪，晋安帝下诏书，命百官恢复原来的官职。
尚书殷仲文因朝廷的音乐设施不够完备，向刘裕述说，请求加以整治。刘裕说：“现在没有时间来使它完备，而且我生性不懂音乐。”殷仲文说：“如果你喜爱音乐，自然就会懂了。”刘裕说：“正是因为懂了就会喜爱它，所以我才不去学习它。”
庚子（十九日），朝廷任命琅邪王司马德文为大司马；任命武陵王司马遵为太保；任命刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事，徐、青二州刺史的官职仍然保留；任命刘毅为左将军；任命何无忌为右将军、督豫州、扬州五郡军事、豫州刺史；任命刘道规为辅国将军、督淮北诸军事、并州刺史；任命魏咏之为征虏将军、吴国内史。刘裕坚决辞让，不肯接受任命。朝廷加授录尚书事，刘裕又不肯接受，屡次请求返回他的属地。朝廷下诏，命文武百官恳切地劝说刘裕留在朝中，晋安帝也亲自前往刘裕的宅第中劝说。刘裕心中惶恐害怕，再次到宫门陈述理由，请求返回，朝廷这才同意他返回属地。朝廷任命魏咏之为荆州刺史，来接替司马休之的职位。
当初，刘毅曾担任宁朔将军刘敬宣的参军，当时有人赞许刘毅是英雄豪杰。刘敬宣说：“和平常的人才不一样，自然会有卓绝的才能和宽宏的度量，怎么能够随口就说刘毅这个人是英雄豪杰呢？这个人的性格，外表宽厚而内心忌刻，喜欢自我夸耀，总是想高人一等。一旦有机会掌握了权势，准会因犯上而招致灾祸。”刘毅得知刘敬宣所说的这番话后，非常怨恨刘敬宣。等到朝廷任命刘敬宣为江州刺史时，刘敬宣以自己没有功劳，不应先于刘毅等人接受任命为理由而向朝廷推辞，但刘裕没有准许。刘毅派人向刘裕进言说：“刘敬宣当初没有参与我们的起义行动。现在正需要对勇猛的将领和劳苦的臣僚的功劳加以整理，按功劳大小确定次序，上报朝廷，像刘敬宣这类人，应当让他们排在后面。如果使君您不忘记过去的交情，那么可以任他为员外散骑常侍就行了。听说已任命他为郡太守，确实过于优厚了，随即又任命他为江州刺史，这就更使人惊骇叹息了。”刘敬宣心中更加不安，自己上奏表，要求解除他的职务，于是朝廷将他召回京城，改任他为宣城内史。
桓玄剩馀的党羽桓亮、苻宏等人仍拥有一部分军队，他们四处攻击，侵扰了十数个郡县，刘毅、刘道规、檀祗等人分别率领军队讨伐并消灭了他们，荆州、湘州、江州、豫州都被平定了。夏季五月，朝廷下诏，任命刘毅为都督淮南等五郡军事、豫州刺史，任命何无忌为都督江东五郡军事、会稽内史。
二年（406）冬季十月，尚书评定起义勤王的功劳，奏报晋安帝批准，封刘裕为豫章郡公，封刘毅为南平郡公，封何无忌为安城郡公，其馀有功人员，也按照等级分别封爵或赏赐。