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从浙江秀水回川不久，李调元参加了乾隆二十四年（1759年）春天举行的“科考”。
按清制，任命的学政到省第一年为“岁考”，第二年为“科考”——凡府、州、县学之附生、增生、廪生皆须应考。“科考”是检查生员学业性质的考试，考在一等、二等及三等前十名的生员才允许参加乡试——考举人。
乾隆二十四年的科考试题有：四书文一篇、策论一道、五言八韵试帖诗一首、默经一段、默《圣谕广训》一二百字。李调元这次考得很满意，试毕回鹡鸰寺小住。一些乡亲慕名来求他的诗笺。他有一首《试毕仍归鹡鸰寺》：
归山重扫读书床，
一路寒山木叶黄。
游浙有师皆老宿，
归川无试不高庠。
扫窗已见蛛悬网，
翻盎先看鼠自忙。
一秀才回诗亦贵，
吟笺才写有人藏。
这一任的四川学政是江苏溧阳人、进士出身的史贻谟，他阅完试卷，将李调元的卷子用朱笔批点为科考第一，并召集成都府、资州府、绵州的生员会聚训话。
史贻谟说：“我来到四川两年多，今天才发现一个秀才。”边说边将李调元的试卷发给诸生公开传阅。“瞧，要像这样，才算好的文章，好的策论，好的诗句。”生员们起初还有些不服，以为是学政大人的偏爱，及至读了李调元的诗文，果见文采蔚然，识见甚高，便也心悦诚服了。
史贻谟讲完后，学道衙门的两廊下锣鼓敲响，笙箫齐奏。一个教官笑吟吟地拿起两支五寸长的红绒宫花，给李调元插在缀有银雀顶的帽子——“士人冠”上。四周响起热烈的掌声。李调元激动地拜谢，容光焕发。教官继续唱名……唱名完，按等级分别赏赐后，照惯例，李调元独自从中门出，其余一等、二等及三等前十名从两侧角门出，在喜乐吹奏下，送入坐落在南城的锦江书院——四川省的最高学府肄业，准备参加秋天举行的乡试。
这时担任锦江书院山长的是蜀中名儒高白云先生。学生中，初露头角的有罗江的李调元、崇庆（今崇州）的何明礼（字希颜）、成都的张翯（字鹤林）、内江的姜锡嘏（字尔常）、中江的孟邵（字鹭洲）、汉州（今广汉）的张邦伸（字云谷）等，被称为“锦江六杰”。
书院讲学堂的院落里，有株干粗叶密的紫桐树，绿叶簇云，团如华盖。原来，自唐代以降，遍植紫桐是成都城的特色之一。唐代李德裕所作《画桐花凤扇赋》序中写过：“成都夹岷江矶岸，多植紫桐，每至夏暮，有灵禽五色，小于玄鸟，来集桐花，以饮朝露。及花落则烟飞雨散，不知其所往。”
有天，一群桐花凤飞到锦江书院的紫桐树上，啾啾欢鸣。正在早读的生员们将目光从古书移向树间，只见枝头站着许多美丽的小鸟儿，羽毛异彩纷呈。生员们掰起指头一数，不多不少，恰好十八只。桐花凤见树下的人愈聚愈多，鸣啼一会儿，有四只领头先飞，余下的十四只相继振翅腾空，消逝在碧霄深处。
有凤来鸣，这在当时被看作很好的征兆。
这年秋闱，锦江书院的生员有十八名考中举人，李调元也在内，何希颜中了头名解元。山长高白云有诗咏及此事：
题名已应桐花凤，
几个先鸣上苑莺。
更巧的是，次年春京师会试时，在锦江书院新取的十八名举人中，恰好有三名进士及第，加上乾隆二十八年（1763年）科考及第的李调元，应了“四凤先飞”的吉兆。
乾隆二十五年（1760年）会试李调元没有考中。次年，以皇太后七旬万寿特开恩科取士，李调元中副榜。
副榜，科举考试中的一种附加榜示，亦称备榜，即于录取正卷之外，另取若干名之意。会试副榜始于明永乐四年（1406年），清初因之，中副榜者不能参加廷试，但下科仍可应会试；且咨文吏部授职出仕。康熙三年（1664年）起，不附正榜，另出一榜叫作“挑选誊录”。李调元被选充内阁中书、国子监学正，留在京师任职。“泉清莫恨出山迟”，李调元砥砺雄心，等待着下一届会试……