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李卫在任浙江总督时，一方面促进并规范了中日海上贸易，另一方面，出于巩固国防的需要，也秘密地向日本派出了间谍人员，这一段传奇至今很少有人提起。
雍正帝即位之讯于日本天皇享保七年（1722）十二月二十二日，寅二十九号李昌谋南京船驶入长崎港，第一次带来了康熙帝崩于十一月十三日，留下遗诏让第四子雍亲王即位的消息。雍正帝时代的《雍正帝硃批谕旨》，是珍稀且记载详细的史料，它为中、日关系史的研究提供了非常重要的依据。浙江总督李卫与雍正朝中日关系，其主要内容反映在当时官至总督的李卫的奏折中。
由于防卫倭寇是浙江总督的重要职责之一，因此李卫的很多奏折都涉及了日本。这些奏折共计上奏七次，年代跨度为三年，日期分别是：日本享保十三年（雍正六年，1728）八月八日、十月十七日、十一月三日、十二月十一日，日本享保十四年（雍正七年，1729）九月二十日，日本享保十五年（雍正八年，1730）三月十日，日本享保十六年（雍正九年，1731）。
唐马的输入，在当时是一个重大问题。唐马就是清帝国出产的战马，对于它的出口，清政府有严格的限制：“凡将马牛、军需、铁货（未成军器）、铜钱、缎匹、绸绢、丝棉私出境外货卖及下海者，杖一百……若将人口军器出境及下海者，绞”。这是清律中有关禁止私自出海贸易的严厉规定。这一律条的打击对象，实际是清朝的敌对“反清复明”势力，即不允许他们利用海外贸易与清朝抗争。如果是属于纯粹谋求利益的商业活动，清律也给予承认，而且展海令的实施，使这一承认显得更为宽大。但尽管如此，马匹和武器仍属严禁出口的对象。
李卫在雍正六年（1728）八月八日上奏之际，耳中已传入了各种各样的情报，据其奏折反映：苏州余姓商人言，据日本人说，将军在日本收留中国内地人，令其教习弓箭藤牌，并购买中国盔甲。福州百姓王应如本不精通天文战法，但在彼地却炫耀不已，最初还能以此获利，但终于在解说阵法一年后伏诛。籍贯广东、姓名不详之长髯退休千总，在日本每年得金数千，造战船二百余艘传习水军之法。钟觐天、沈顺昌本是长期从事贸易的商人，但钟却携带杭州武举人张灿若赴日，张在日本教习弓箭，每年得银千两。沈顺昌则将苏州宋姓兽医带往日本，宋在彼地行医治马。商人费赞侯曾推荐绍兴退职官吏在彼地讲解律例，只是因其不懂才又带回……由于这些消息无不与军事有关，因此自然引起了浙江总督李卫的戒备与紧张。
据李卫十月十七日的奏文反映，调查取得了很大的进展。首先是八月八日奏文提到的俞姓商人，经确认名为俞孝行。其次是在这一阶段，李卫得到了发现重要人物的报告，这一重要人物就是当地名医朱来章。李卫闻讯后佯称有病，让身为医师的朱来章来官府为他治疗。随后他和颜悦色地反复向朱来章晓以是非大义、国法利害，结果朱来章太受感动而吐露实情，将日本的位置、长崎奉行、山城之郭、“土库”唐人屋敷等逐一做了交代。又述自己因治愈了长崎奉行的疾病，所以被允许居住在唐人屋敷之外，并在返航时领得信牌。当时长崎奉行还通过通事向自己转达了载来弓箭教师的要求。以后因对方需要黄牡丹和宽二尺紫檀木而载来一株牡丹，结果牡丹花开后为紫色，致使夷人大怒，下令载原货返航，对此海关和口岸出入处均可做证。自己虽“贸易多年，家渐丰盈”，但此次却损失了数以万计的资本。这以后便不再航海，只是将少量货物委托给他船交易，以此糊口。从朱来章的述词可见，其兄朱佩章承舶来骑射者和马医之命而归，复因沈大成等人未及时到来而被勒令就此返回的情节，他只字未露，取而代之的却是牡丹的谎言。此后李卫交给朱来章银500两，又给秘密从苏州叫来的俞孝行银200两，令其购买夷人喜好的食物，装船东渡，探听详细情报。又令朱来章入港后，向居住在土库的唐人搜集情报。
雍正六年十二月十一日，李卫上奏云：据朱来章供述，其曾携500册书籍东渡。李卫复云，派出的朱来章、俞孝行返航后，即可获知实情。雍正七年（1729）九月二十日李卫奏文云，本月六日在自宅和朱来章见面，听取了他的汇报，俞孝行已于八月十二日返回浙江。上述时间表明，朱来章和俞孝行奉李卫之命东渡，是在日本享保十三年十一月三日后至日本享保十四年九月六日前。
不过据李卫奏文反映，朱来章此次赴日本，未能离开土库外出行医，原因是倭人已对他抱有极大的怀疑。其实朱来章的被怀疑可能是缘于未能如约带来骑射手和马医一事，但李卫并不知道此事。此外还有情报报告，朱来章在参拜唐寺时，曾借福建僧人全岩之力窥测萨摩辖内的区域。清政府以防御倭寇为重点的用心，由此可窥一斑。
李卫的上奏提到，令在日商人之父给商人写信，令其刺探日本情报，以赎死罪。他还提议，择商人中身份高、家境优裕者任总商，实行贸易监督管理制。
李卫同年十二月十一日的奏折中指出：从安南运去大象，完全是为了满足夷人（日本人）的好利之心。夷人因此在商船回棹之际，指明要求带来违禁物，如不带来，便实行令商船载原货返航的处分。商人们为了得到信牌，贪图贸易之利，便一再从命行事。对此若不严厉取缔，以后必将不可收拾。因此应自福建、浙江选出李君泽等八人任总商，分省严加管理，相互监督，使恣意运送禁物的行为绝迹。经与江南督抚范时绎、尹继善商量，招来洋商，选出殷实干练之八名商人任总商，由其负责检查航海商人的装载货物。如发现违禁物品和人物，即刻向官府报告，怠者连坐。总商间也应互相监督，以避奸弊。据李卫于雍正八年上奏反映，经总商和浙江总督李卫商议，对日本所需的《太平圣惠方》（中医书籍）和《顾氏勾股全书》（数学书籍）二书不做限制，中国商人如私自运出，可不做处理，雍正皇帝对此表示许可。
可是李卫当年四月十五日的奏文却提出了严厉的禁止措施，即李卫将总商召至官府，令其慎重地履行手续，医药等书籍如未经过亲自检查不许装船出海。这一禁措施的结果，明显地体现在历年新舶来书籍的数字对比之中。即：日本享保十年（雍正三年）195部，日本享保十一年（雍正四年）306部，日本享保十二年（雍正五年）170部，日本享保十三年（雍正六年）58部，日本享保十四年（雍正七年）6部，日本享保十五年（雍正八年）14部，日本享保十六年（雍正九年）84部，从中可见，在李卫就与日本相关事项上奏的雍正六、七、八三年内，日本新舶入的中国古籍呈剧减的趋势。
又据李卫雍正九年六月十九日的奏文载，五月四日乍浦游击柳进忠已将遵李卫之令回国的商人押解到案，受到了李卫的审讯。经审核，这些商人并无特别作奸之事，故交与原籍地方官发落，由总商邻族出具保结，今后永远不许再行出海。这项措施于雍正十一年李卫转任直隶总督后有所宽缓，华商得以再次东渡。
如今的日本学者，曾利用浙江总督李卫的奏折做过精细的研究。他们的评价是：“严厉的取缔政策，使日本享保时期受雇的中国人和将军家的御用唐商不寒而栗。”浙江总督李卫对对日贸易的规范和限制，在当时是有利于清政府统治的正确行为，随着时间的流逝，研究的深入，如何逐步正确把握李卫奏文中的关键内容，对于历史学者来说是一个不容忽视的问题。