李卫重视治水。浙江东北部土质肥沃,所产稻米闻名全国,但地濒大海,川深纵横,所以治水是农业丰收的前提条件。在浙江任上,李卫着重办理了浙江海塘事宜。海塘即海堤,是江浙两省沿海居民用来抵御海潮侵袭的重要设施。海塘工程主要集中在江苏的浙江和浙江的嘉兴、杭州、绍兴四府,尤以钱塘江口的海宁塘最为险要。自唐至明,历代政府屡斥巨资修塘,但由于水流湍急,直冲塘堤,因此溃易而筑难。
李卫升任浙江巡抚之后,即着手查勘,很重视修筑海塘,几乎每年都要奏请整治,皇帝则大力支持,其请修海宁、萧山、钱塘、仁和等县坍塌海塘,都得到朝廷允准。正是因为李卫治水有经验,雍正又将两江总督辖区内的松江石塘工程交于李卫。跨省行事既预示着自己势力范围的扩大,又表明皇帝对自己充分信任,故李卫查勘松江石塘时十分卖力,不久即奏“松江海塘已筑二千四百余丈,不必拆改。未筑者应仿浙江海盐旧塘建筑,已筑实者,鳞次居中,无庸更加高厚”。海宁地形较高,属于嘉、湖、苏、松等府上游,所以,海宁海塘利害所系,非关一邑。于是雍正五年二月至十月间,李卫修了“海宁县蒲儿兜草坝、老监仓、姚家堰草塘”。雍正六年(1728)七月,皇帝令李卫赴工查勘、办理松江海塘改土易石工程,并采纳了李卫的修治方案,由李卫同江南督抚稽查治理。海塘工程系由政府财政开支,但所拨款额多不敷用且必须先经奏准,然后兴办。李卫在浙江多方面自筹资金,“除应动用正项之外,皆系每岁设法盐务等类节省额外盈余陆续抵用”。浙东鄞县大嵩港灌溉民田数万亩,然因日久淤浅,且并无支河蓄水。李卫上疏:“请疏通大嵩港,于港口建坝,分浚支河,于通河之横山头等处筑土塘并石闸六,又镇海之灵岩、太邱二乡,有浦口通流入海,闸玘废,应筑塘修闸,以资蓄泄”。李卫的建议实行后,数万亩良田得到了灌溉,对当地的农业生产起到了促进作用。同时,他还针对浙江东北部地区川渠纵横,影响稻米生产的实际情况,利用一年的时间,修葺了浦儿兜草塘、姚宁堰草塘、老盐仓草塘;修复了镇海两座已圮的通海旧闸;对上虞濒海因潮汐淹没的民田,奏请免除税额,而对湖淤成田的土地,经勘查丈量清理,许民继承为业,依律征钱粮。李卫在浙江期间,几乎每年都会修葺海塘。就连江苏松江海塘,改土为石,两江总督范时绎未能办理,雍正特命李卫勘议,将未筑仿海盐石塘后附筑土塘,明确施工标准,很快告竣。