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1924年，私立青岛大学成立，校址在原德国占领时期的俾斯麦兵营，当时是北洋军队的营房，军队移防之后做了校舍。校舍正门的街道叫作大学路。这是中国人在青岛设立的第一所大学，该校因经费紧张于1928年5月停办。
1929年，蔡元培的学生何思源在山东做教育工作，曲阜师范学校师生公演讽刺孔子的话剧《子见南子》，引起轩然大波，何也因此受到南京国民党政府和山东封建势力的压迫，处境极为困难。于是何便以商量在青岛设立大学为名，邀请蔡元培、马寅初等人到青岛研究应对。
6月3日，学界泰斗蔡元培携眷来到青岛小憩，住在已经停办的私立青岛大学女生宿舍小楼中。蔡元培对何思源说：“反动势力很难消灭，处处都能遇到，你应该下决心坚持抵抗，决不让步！”在他的鼓励帮助下，终于渡过了这一难关。这时，青岛正是槐花飘香的时候，但当时军阀割据、战乱频仍，济南为华北通衢，兵家必争，形势堪忧。青岛远离战乱，加之自然条件优越，蔡元培认定这里是教学育人的好地方，力主将国立山东大学迁至青岛，认真筹办。蔡元培进而为青岛大学的改建操劳，亲自参加筹备和决策工作。
南京国民政府教育部长蒋梦麟接受了蔡元培的建议，决定将拟议中的国立山东大学筹备委员会改为国立青岛大学筹备委员会，并接受私立青岛大学的校舍、校产，建设新的青岛大学即国立青岛大学。6月13日，教育部另行函聘蔡元培、何思源、王近信、赵太侔、彭百川、杨振声、傅斯年、袁家普、杜光埙等为国立青岛大学筹委会委员。
7月8日，蒋梦麟专程由南京来到青岛，参加国立青岛大学筹备委员会第二次会议，蔡元培、何思源、赵太侔、杨振声、傅斯年、王近信、彭百川、袁家普、杜光埙九位筹备委员出席了会议，研究有关建校的若干重要问题。开会地点在汇泉饭店（今汇泉酒家）。会议对经费问题进行认真研究，确定由中央政府和山东方面共同承担，中央政府和山东省政府各出24万，青岛市政府和胶济铁路各出6万，共计60万元。会上还确定了科系设置、院系人选、招生工作等一系列建校事项，还商定设工厂和农业实验场于济南。
8月3日，蔡元培致函南京政府，认为教育部决定取消山东大学和私立青岛大学，现在设一青岛大学，实则并二为一。“青岛之地势及气候，将来必为文化中心点，此大学之关系甚大”，信函由山东省教育厅长何思源面交监察院长吴敬恒，托请转财政部长宋子文，希望官方给予重视，批拨青岛大学经费。蔡元培强调，新的青岛大学一定要立足山东，立足青岛，办出自己的特点。依靠他的威望，青岛大学的创建“是无往而不利的”。蔡元培以他办北京大学的经验体会提出了许多具体意见，得到众人的尊重，特别是任命杨振声为首任国立青岛大学校长的意见，最后成为现实。
经蔡元培举荐，1930年4月26日南京国民政府国务会议决议任命杨振声为青岛大学校长，杨于6月25日到青岛，9月21日宣誓就职，大学同时成立，同日筹委会结束。学校确定以原德国兵营作为校舍，蔡元培为国立青岛大学题写了校名，制成木牌挂在校门口。后来蔡元培还为青岛市立中学题写了校名。
蔡元培一家住在学校北部的一座小楼内，后来改为女教工、女学生宿舍，著名女学者方令孺在此住过。青岛大学开学以后，因员工较多，蔡元培便搬出校园，在平原路14号买了一处住宅。蔡元培对青岛情有独钟，他多数时间住上海，每年来青岛住些时候。他爱好大海，喜好崂山，在青岛的生活使他得到很大的满足。
杨振声曾是蔡元培的学生，现在成为蔡元培教育思想的追随者，新校长继续成为老校长的学生。到青岛大学，杨振声带来的最重要的精神财富便是蔡元培先生主持北京大学时提倡的“兼容并包”“民主办学”的教学作风。他重视人才，求贤若渴，热情欢迎来自不同门第、不同流派的人才，他尊重的是人的真才实学，懂得靠人才办学的道理，并会依靠人才办学。
杨振声到校后，首先抓紧师资队伍的建设，广泛网罗人才，下气力组建得力的教学人才队伍。他热诚待人，以人格魅力吸引人才，使招贤工作比较顺利。比如杨振声南下物色教授的人选，在上海遇到闻一多、梁实秋，诚心聘请二人加盟，并分别主持中文系、外文系教务。闻、梁二人没到过这个海滨城市，便相携来到青岛，想探个究竟，再作打算。到青岛后，他们感到青岛的气候好，宜于生活。更难得的是，这里人情醇厚，校长对人亲切真诚，学校有发展前途，于是决定在青岛大学任教。
闻一多是著名诗人，他的《红烛》《死水》等早在20世纪20年代就在诗坛引起很大影响，曾在武汉大学任教，是难得的学界诗坛两栖人物。梁实秋也是著名诗人，同时对诗学很有研究，是国内屈指可数的莎士比亚研究专家，对图书馆管理也很有见地。这两个教授到校后，使国文、外文系两系的教学走上正轨。闻一多走上讲台，主讲“文学史”“唐诗”等课程，并在外文系讲授英文诗歌。梁实秋除了本系的授课外，还兼任学校图书馆馆长，在搜集莎氏著作方面，在学术界闻名一时。名教授带来了显效应，杨振声的引智工作获得显著成绩。
到青岛大学这所新成立学校任教的名流还有：教育家黄敬思博士，担任了教育系主任；生物学家曾省之博士担任了生物系主任；数学家黄际迁博士担任理学院院长兼数学系主任；化学家汤腾汉博士担任化学系主任；物理学家王恒守博士任物理系主任；戏剧学家赵太侔担任教务长。此外，还有诗人陈梦家、文学家沈从文、古典文学家游国恩、物理学家任之恭、化学家傅鹰等，都是年富力强的一时之彦或后起之秀。杨振声倾力邀请名家来青岛大学任教，一时间，青岛大学人才云集，灿若群星，使一些名牌老校对这所新校不敢小觑。
学校还利用青岛气候环境优越的条件，热情邀请到青岛开会、度假的学者来学校做学术报告。蔡元培就到青岛大学讲授过美学，受到师生的欢迎。
杨振声明确办学宗旨：“本大学设立于青岛，定名为国立青岛大学……以提高民族文化、研究高深学问、养成健全品格及专门人才为宗旨。”国立青岛大学设文学院和理学院，文学院下分中文、外文、教育学三系，理学院也分设数系。9月21日，在首届新生的开学典礼上，杨振声做题为《打基础，重质量，务实际，艰苦创业》的讲话，为学校定下了务实苦干的创业精神。青岛大学规模不大，初建时只有100多人，学科设置也很有限，但经过大家努力，学校在短短几年就取得显著进步，如1935年中央研究院成立首届评议会，这是最高学术评议机关，由国内学术界推选产生。由青岛大学改建的山东大学校长作为选举会成员之一，与北京大学、中央大学等知名老牌大学的十几名大学校长参与选举评议员，可见这所成立仅几年的新型大学受到学界同行高度重视，这是很不容易的。
1930年秋，中国科学社在青岛召开第十五届学术年会，蔡元培、李石曾、杨杏佛、竺可桢、翁文灏、蒋梦麟以及蒋炳然、宋春舫等一批著名学者聚集青岛。蔡元培认为青岛市环境好，是国内少有的滨海城市，不像上海、天津、广州等要经过一段江河才抵海，他奔走呼吁建立一座研究海洋、进行海洋知识宣传、推动海洋科学发展的机构。在他的倡议下，中国科学会募集资金在莱阳路进行建设，推举胡若愚（当时任青岛市长）、蒋炳然、宋春舫为筹委会常务委员，胡若愚为主任，馆址选定在汇泉湾畔的海滨公园内，由青岛观象台负责设计并组织施工，建成后由该台负责管理。
这一举措得到社会各界的关心和支持，教育部、实业部、东北海军司令部、中央研究院、青岛大学等部门和团体纷纷捐款，宋春舫、蒋炳然、朱润生等人也竞相解囊，共募集资金29800元。青岛市政府在海滨公园划出15亩地作为馆址，分两期建设，参考欧美各国的水族馆，宋春舫负责设计施工，第一期先建水族馆，于1931年1月开工，1932年2月建成，5月8日举行开馆典礼。当时这是中国人自己建造的第一座饲养海产动物、向人们宣传普及海洋知识进行海产试验的场所，是亚洲唯一的一座水族馆。馆内有活动海水玻璃展池18个，标本室4个，露天鱼池2座，并附设研究室、解剖室、陈列室等。
1932年5月8日，水族馆开馆时蔡元培再次来到青岛，在开馆仪式上致词：“此馆当为吾国第一矣，比年国家多故，百事尽废，独此馆得二二君子之力……”此馆长期是中国最大的水族馆，深受青岛市市民和外地游人的欢迎，开馆第一年就接待参观者74000多人。其建筑形式是中国民族风格、古代城堡式建筑，浑厚的城墙，飞檐斗拱，红柱绿瓦，在众多欧美建筑的衬托下，引人注目，成为著名的景点。
蔡元培继续促成该机构第二期的建设，1937年主楼建成。因日本侵华，抗战爆发，主要建筑落成后没有进一步设计建设。
蔡元培对建设水族馆花费了无数心思，还专门写了名为《水族馆》的诗：
水族馆中窗窈窕，
海滨园外岛参差。
惊涛怪石互吞吐，
正是渔舟稳渡时。
抗战期间，蔡元培在香港。1940年3月5日，蔡元培病逝于香港，他为中华民族的进步和发展奋斗了40余年，为发展中国教育文化事业做出了卓越的贡献。毛泽东高度评价蔡元培为“学界泰斗，世人楷模”，他是中国近代最重要的资产阶级教育家和中国教育改革的先驱。
蔡元培对青岛大学的成立和青岛市文化教育事业的发展，做出了重要贡献，青岛人民铭记这位文化大师的功劳，1994年青岛市文物局和《青岛晚报》联合为在青岛生活过的文化名人故居设立铭牌时，蔡元培名列其中，但因当时未查清具体地址而作憾。近年青岛市人民政府为名人故居和历史优秀建筑设标志铭牌，已为这位文化大师的青岛故居设牌，以此作为对蔡元培先生的最好的纪念。
（选自《蔡元培与青岛》，载于《青岛文史资料》第15辑，青岛市政协文史资料委员会编，题目为编者加）