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任何事物都有两面性。RPA有众多优势，也有自身的局限，正视它的局限并尽量规避，才可以最大限度地体现RPA的价值。
因为RPA机器人用于替代业务人员完成指定的任务，所以它工作时需要与业务人员使用相同的操作环境，以保证其操作步骤与真实业务情景一致。例如，在某业务中，员工需要访问特定版本的客户管理系统来获取数据，则部署RPA机器人的计算机也需要能访问同样的系统。
RPA机器人对操作环境的差异十分敏感。如果要在多台计算机中部署运行相同流程的RPA机器人，或者在单独的环境中完成RPA机器人的开发后再部署到真实业务环境中，需要特别注意不同操作环境的差异，如网段的划分、浏览器的类型与版本、Windows操作系统的版本等。环境差异很有可能导致RPA机器人无法按预期运行，所以要尽量保持操作环境一致。如果无法保持环境一致，那么在改变RPA机器人的操作环境后，必须重新测试，如存在问题则需调整代码。
此外，为RPA机器人提供一个无人干扰的稳定操作环境也很重要。当RPA机器人正常进行系统界面操作时，业务人员应避免使用同一台计算机，否则可能造成RPA机器人单击或输入失败，影响RPA机器人的正常运行。
综上，RPA机器人正常运行的前提是具有优良且完善的环境保障，其依赖操作环境的局限性也给RPA机器人的开发与推广增加了难度。
RPA机器人的运维压力远高于其他IT项目和软件产品的运维压力。RPA机器人很容易受到3个方面的影响。首先，当与RPA机器人交互的系统界面发生变化时，如系统升级、界面改版等，需要重新调整RPA机器人程序，重新捕获界面；其次，当业务逻辑发生变化时，由于RPA机器人按照固定的规则执行任务，因此需要对RPA机器人程序甚至流程架构进行相应修改；最后，受RPA开发者经验的限制，开发RPA机器人时考虑不完善、异常处理机制不健全等原因也会增加后期运维工作量。运维是一个长期工作，当投入使用的RPA机器人数量增多时，运维压力也会随之增大，运维人员要有较充裕的时间，还需具备一定的问题处理能力和相关经验，才能保障RPA机器人的稳定运行。
没有结合人工智能技术的RPA机器人无法独立思考，仅能执行机械化的重复性任务，一旦遇到未编写过的逻辑就会不知所措。它要求人们事先编写基于规则的任务代码，解释数据，并做出有关自动化的决策，以便RPA机器人能遵循这些预设指令运行。因此，RPA流程中不能包含似是而非、含糊不清的逻辑，也不能让RPA机器人代替人思考和决策。
同时，当系统不稳定或者发生变动时，RPA机器人很难像人那样机动灵活地处理各种异常情况。例如，如果在运行时出现未考虑到的程序报错弹窗或打开特殊界面，将影响RPA机器人的正常运行。