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两宫太后已经忍无可忍了，她们本来想向北京派出密使，直接同恭亲王奕䜣联系。但思忖再三，感到既不安全，又耽误时间，就采取了密信联络的方法。
秘密的信函往返，是两宫皇太后和恭亲王奕䜣互通情报的基本方法。发信之地是方略馆，所用信封是方略馆的公家信封。方略馆的信函传递是保密而快速的。
西太后的妹妹是醇郡王奕譞的福晋，奕譞是奕䜣一党。因之，两宫太后通过西太后之妹，把欲速见奕䜣的想法告诉了奕譞。奕譞再把这个信息转达给其亲信某军机章京。这位军机章京用密札方式，将此信息传递给在京的奕䜣党人军机章京朱修伯。朱修伯转给了文祥，文祥直秉奕䜣。
持团扇的慈禧
奕䜣拆阅了密信，在赴热河之前已经完全掌握了两宫太后的真实意图。
本来在北京的奕䜣，对咸丰帝的遗诏就满腹狐疑。北京集团的人们愤愤不平，也跃跃欲试。恰逢两宫太后来信传见，奕䜣知道，机会来了。他做好了破釜沉舟、背水一战的思想准备。
七月二十六日，恭亲王奕䜣怀着复杂的心绪急切地踏上了北赴热河的行程。他马不停蹄，昼夜兼程，只用了四天时间就到了热河。
八月初一日，晨曦微露。恭亲王就赶到了咸丰帝的灵堂。他悲痛地祭奠了哥哥，失声痛哭，“声彻殿陛”。祭奠之后，按预先密订的计划，两宫太后迫不及待地召见了恭亲王奕䜣。本来八大臣想和奕䜣一同进见两宫太后，但两宫太后下令只召见恭亲王奕䜣。奕䜣以退为进，请郑亲王端华一同进见。端华目视肃顺，肃顺调侃道：“老六，你与两宫太后是小叔子和嫂子，何必用我们来陪伴呢！”就这样，两宫太后单独召见了恭亲王。
这次召见时间长达两个小时，谈话的主题是“密商诛三奸之策”。他们详细地密谋策划了铲除顾命八大臣的步骤和方法。
首先，他们密商了发难的地点。奕䜣认为热河是顾命八大臣的势力范围，不宜在热河发难，“非还京不可”，“坚请速归”。还一再说明：“南中将帅，数疏吁回銮。外国公使行至京师，设圣驾迟留不发，和局将中变。”意思是说，皇帝应该尽快回銮北京，这对议和谈判有好处。两宫太后采纳了奕䜣的建议。事实证明，这是一着高棋。只有摆脱顾命八大臣的控制，回到奕䜣集团控制的北京，才能达到预期的目的。
其次，他们探讨了外国的态度。两宫太后担心，在北京发动，外国是否会干涉。《祺祥故事》记道：“后（慈禧太后）曰：奈外国何？王（奕䜣）奏：外国无异议，如有难，惟奴才是问。”《热河密札》记道：“知昨见面，后（两宫太后）以夷务为问。邸（奕䜣）力保无事。”外国的干涉是两位太后最大的心理障碍。因为第二次鸦片战争的硝烟刚刚熄灭，她们仍然心有余悸。但是，奕䜣在来热河前已就这一问题同外国达成了某种默契。他向两位太后一再说明，外国“并无可怕之处，这方面他对太后回京负完全责任”。“他又劝说，只要她回到北京，则任何事情他都能办到”，“太后完全信任他的话”。
最后，他们确定了拟旨的人选。要在极端秘密的状态下，拟定拿问肃顺集团的谕旨。关键是选好拟旨的恰当人选。这个人既要绝对可靠，又要笔力雄健。
醇亲王奕譞及其福晋合影
关于拟旨的人选，史传有二：
一是领班军机章京曹毓瑛。《庸庵笔记》记载：“并召鸿胪寺少卿曹毓瑛密拟拿问各旨，以备到京即发，而三奸不知也。”
这个说法是薛福成最先提出的，《清鉴》的作者印鸾章，即采用此说。
二是醇郡王奕譞。李慈铭记道：“而醇郡王福晋，慈禧妹也，得时入宫。两宫密嘱之，令醇王草罪状三人诏，即携入，此暗藏之夹服中，无一人知也。”
因密拟谕旨是最高秘密，不是绝对相信的人是不能嘱办的。奕譞是西太后的妹夫，政治态度十分明朗，是奕䜣一派在热河行在的总代表。为此，把拟旨重任托付给他，是合乎情理的。事实也确实如此。两宫太后代皇帝于九月三十日所颁布的谕旨上即说：“朕于热河行宫命醇郡王奕譞缮就谕旨，将载垣等三人解任。”这足以证明各个谕旨是奕譞拟定的。以后的实践证明，这个决定是完全正确的。
两宫太后召见毕，奕䜣怀着极为兴奋的心情退出。但在顾命八大臣面前，奕䜣表现得异常谦卑，“以释三奸之疑”。
就在同一天，两宫太后按照计划行事，急切地发下谕旨，回銮京师。肃顺集团颇感突然，他们知道不能轻易允诺，必须坚决制止。肃顺以回京有危险为由，阻止回銮。但两宫太后说道：“回京后如有意外，不与你们相干。”说完之后，命令立刻准备车驾。
这一回合，两宫太后占了优势。
奕䜣知道时间紧迫，来不及休息。他一面同肃顺集团的人虚与委蛇，一面在悄悄地联络党人，研究对策，部署任务。
而肃顺集团以为大权在握，从总体上看轻了两宫及奕䜣，以为“彼何能为”，他们有什么能耐。因此，他们麻痹大意，失去警惕。他们没有及时地研究对策，分析敌情，而是陶醉于炙手可热的最高权力的运作上。封官许愿，加官晋爵。
这时，肃顺集团感到奕䜣在热河继续待下去，实在碍眼。他们便为奕䜣向两宫太后请示行止。两宫正好利用这个机会传旨，命奕䜣于八月初六日进见。
八月初六日，两宫太后第二次召见了奕䜣。奕䜣把这几天在热河活动的情况密报给了两宫，并把事先商定的计策提供给她们，使她们坚定了发动政变的决心。两宫太后也关切地旨命奕䜣明日迅即回京，布置一切，不可在此久留，以免事情败露。
八月初七日，奕䜣不敢久留，奉命回京。
奕䜣于八月十二日回到了北京。奕䜣回到王府后，大臣们纷纷前来拜谒。他们希图从奕䜣的口中了解热河的动向，也借机观察奕䜣的政治意图。但胸有城府的奕䜣却顾左右而言他，这使北京的大臣摸不着头脑。
当时北京的大臣们正在发动一场请求两宫太后垂帘听政的攻势。协办大学士周祖培是积极鼓动者。他的门生山东道监察御史董元醇秉承他的意图，上了一道奏章，这就是著名的《董元醇奏请皇太后权理朝政并另简亲王辅政折》。这个上书得到奕䜣的支持。
奏折于八月初八日送达热河，先报给顾命八大臣。顾命八大臣细阅了董折，很是气愤，但他们没有马上动作，而是先上报给两宫皇太后，欲等两宫皇太后阅后，再拟旨痛驳。两宫太后展开董元醇的奏折，仔细阅读，用心体会，不觉一阵狂喜掠过心头。她们深深感到董折说出了她们的心里话。董元醇给两宫太后提供了一个最佳的政权模式，就是垂帘听政。春风吹拂，阴霾尽散，暖意袭来。山东道监察御史董元醇奏折，内容主要有三点：
其一，主张皇太后权理朝政。“臣以为即宜明降谕旨，宣示中外，使海内咸知皇上圣躬虽幼，皇太后暂时权理朝政，左右并不能干预，庶人心益加敬畏，而文武臣工不敢稍施其蒙蔽之术。”这里的“皇太后暂时权理朝政，左右并不能干预”的建言，是董折的重中之重，是全篇奏折的核心，其实质就是历史上的皇太后垂帘听政制。董折说出了两宫太后意识到但尚未明朗化的内心独白。
其二，主张另简亲王辅政。“现时赞襄政务，虽有王大臣、军机大臣诸人，臣以为当于亲王中简派一二人，令同心辅弼一切政务，俾各尽心筹划，再求皇太后、皇上裁断施行。”这是说，作为皇太后垂帘听政的补充，须要“于亲王中简派一二人，令同心辅弼一切政务”，这就是太后垂帘、亲王辅政的政权模式。这个新的政权模式完全推翻了咸丰帝的幼帝即位、八臣赞襄的政权模式。新的政权模式的实质是将政权完全交给了两宫太后，尤其是圣母太后。
其三，主张为皇帝选择师傅。“则当于大臣中择其德望素优者一二人，俾充师傅之任。”
这道奏折，既是向两宫皇太后的表忠信，也是向顾命八大臣的挑战书。这给孤苦无援的两宫皇太后以很大的安慰，也给肃顺集团以很重的打击。而董折的主要作用是政治试探，即投石问路。
董折初八日报送两宫，十日仍未发下来。两宫皇太后是在绞尽脑汁地密商对策，没有很快地发给顾命八大臣。肃顺等八大臣等不及了，主动要求召见，索要董折。内奏事处首领太监传旨，说西太后要留着阅看，仍是不给他们。怡亲王载垣冷笑一声，心想你们能看懂什么，简直是多余。
十一日两宫召见，命八大臣写旨，但没明确交代如何写。两宫太后想要试探八大臣的政治态度。八大臣主意早定，拟旨痛驳董折，而且要写明发上谕。吴姓军机章京所拟初稿语气还平和，言辞不太激烈。焦佑瀛感到不够劲，自己捉刀另作一篇，其中有斥责董元醇的“是诚何心，尤不可行”一语，其他七大臣交口称赞这道谕旨，说写得太棒了。这个谕旨坚决地驳斥了皇太后垂帘听政，理由是我朝向来没有皇太后垂帘听政之礼，主张垂帘是更易祖制。八大臣将此折上报太后。看到八大臣的拟旨，两宫皇太后非常气愤，便将这篇谕旨压了下来。两宫很不满意八大臣所赞赏的谕旨。
后来再次传旨召见，八大臣同两宫皇太后发生了激烈的争执。西太后舌战八大臣。这次共召见四个多小时。郑亲王端华上去时就“怒形于色”，根本没把两宫皇太后放在眼里，而且“是日见面大争”。军机大臣杜翰“尤肆顶撞，有‘若听信人言，臣不能奉命’”这样冒犯两宫太后的激烈言辞。两宫太后“气得手颤”。李慈铭记道：“及董御史疏上，三人纠党忿争，声振殿陛，天子惊怖，至于啼泣，遗溺后衣。”肃顺等把小皇帝的尿都吓出来了。后来在昭示肃顺等罪状的奕䜣等的奏折里也写道：“御史董元醇条奏事件，特召见载垣等面谕照行，伊等不服，胆敢面称伊等系赞襄皇上，不能听太后之命，并言伊等请太后看折亦系多余之事，当面咆哮，几至惊吓圣躬，含怒负气，拂袖而去，其目无君上情形不一而足。”可见，这次召见，双方在这个原则问题上互不相让，已呈剑拔弩张之势。
这场斗争一直延续到十二日。这一天，两宫发下其他文件，八大臣竟敢不阅看，并说：“不定是谁来看。”决意用罢工的手段，迫使两宫太后就范。这是违抗圣命的严重政治事件。两宫皇太后无法，决定暂时忍耐，不得不把董元醇原折及焦佑瀛驳旨发下照抄。八大臣这才“照常办事，言笑如初”，“怡（怡亲王载垣）等笑声彻远近”。
这一回合的斗争，显然是顾命王大臣占了上风。但他们不知道，这是两宫皇太后的韬晦之计。她们暂时收缩起来。此时的蛰伏，是为了明日的再起。这一回合的斗争，表面上是顾命王大臣胜利了，其实是为他们的倒台埋下了一颗重磅炸弹。如果说，只有前一回合的斗争，还使她们下不了搬倒对手的决心的话，那么，有了此一回合的斗争，就使她们毫不犹豫地下定了铲除顾命王大臣的最后的决心。因为，这一事件，使她们真切地看清了王大臣的庐山真面目。这场斗争，也就变得你死我活了。
但此次受挫，须总结教训，主要是董折“发之太早”，条件不具备，时机不成熟。两宫皇太后也看到了这一点，所以在局部上作出让步，以期取得全局的胜利。她们暂时藏锋敛锷，收缩起来。肃顺党人产生错觉，以为“夫己氏（西太后）声势大减”。其实，两宫皇太后此时的蛰伏，是为了彼日的再起。
九月初一日，大学士桂良等奏恭上母后皇太后钮祜禄氏徽号为慈安皇太后，圣母皇太后那拉氏徽号为慈禧皇太后。这是为酝酿垂帘做舆论准备。
咸丰帝的灵柩终于起程回京了。
九月二十三日，咸丰帝的灵柩起行归京。回程的队伍分两路：一路是两宫太后和幼帝的队伍，由间道先行，载垣、端华、景寿、穆荫各大臣扈从；另一路是梓宫队伍，自大路后发，由肃顺等扈从。这样安排对两宫太后非常有利，为他们发动政变创造了难得的契机。
两宫太后不敢松懈，急急赶路。于九月二十八日到达京郊石槽，立即“召见恭王”，两宫听取了恭亲王关于北京情况的报告，并分析了当前的形势，决定进宫后立即发动政变。
文祥
九月三十日，两宫太后召见恭亲王奕䜣及大学士桂良、周祖培、贾桢、侍郎文祥等。这些大臣都是奕䜣党人。两宫太后边痛哭流涕，“缕述三奸欺藐之状”。《翁文恭公日记》记道：“闻周相国（周祖培）昨日召对时，两宫历数载垣、端华、肃顺三人种种欺罔跋扈状，真堪发指。”
这说明，依照与奕䜣商定的原计划，两宫首先发难，表明政治态度，矛头直指顾命八大臣，尤其为首的载垣、端华、肃顺等三人。
周祖培老谋深算，此时已得到奕䜣的“讽示”，心中有数，便直言奏道：“何不重治其罪？”
两宫明知故问道：“彼为赞襄王大臣，可径予治罪乎？”
周祖培立上一计：“皇太后可降旨先令解任，再予拿问。”
两宫心想，正合吾意，急答：“善。”
这时，两宫太后便拿出由醇郡王奕譞于九月十八日在热河拟就的谕旨，交给奕䜣，当众宣示，全文如下：“咸丰十一年九月十八日，内阁奉上谕：谕王公百官等：上年海疆不靖，京师戒严，总由在事之王大臣等筹划乖方所致。载垣等复不能尽心和议，徒以诱获英国使臣以塞己责，以致失信各国。淀园被扰，我皇考巡幸热河，实圣心万不得已之苦衷也。嗣经总理各国事务衙门王大臣等，将各国应办事宜妥为经理，都城内外安谧如常，皇考（咸丰帝）屡召王大臣议回銮之旨，而载垣、端华、肃顺，朋比为奸，总以外国情形反复，力排众论。皇考宵旰焦劳，更兼口外严寒，以致圣体违和，竟于本年七月十七日龙驭上宾。朕抢地呼天，五内如焚。追思载垣等从前蒙蔽之罪，非朕一人痛恨，实天下臣民所痛恨者也。朕御极之初，即欲重治其罪。惟思伊等系顾命之臣，故暂行宽免，以观后效。孰意八月十一日，朕召见载垣等八人，因御史董元醇敬陈管见一折，内称请皇太后暂理朝政，嗣数年后朕能亲裁庶务，再行归政；又请于亲王中简派一二人，令其辅弼；又请在大臣中简派一二人，充朕师傅之任。以上三端，深和朕意。虽我朝向无皇太后垂帘之仪，朕受皇考大行皇帝付托之重，惟以国计民生为念，岂能拘守常例？此所谓事贵从权。特面谕载垣等，著照所请传旨。该王大臣奏对时，哓哓置辩，已无人臣之礼。拟旨时，又阳奉阴违，擅自改写，作为朕旨颁行，是诚何心？且载垣等每以不敢专擅为词，此非专擅之实迹乎？总因朕冲龄，皇太后不能深悉国事，任伊等欺蒙，能尽欺天下乎？此皆伊等辜负皇考深恩。朕若再事姑容，何以仰对在天之灵？又何以服天下共论？载垣、端华、肃顺，著即解任，景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛，著退出军机处。派恭亲王会同大学士、六部、九卿、翰、詹、科、道，将伊等应得之咎，分别轻重，按律秉公具奏。至皇太后应如何垂帘之仪，著一并会议具奏。特谕。钦此。”
奕䜣（右）与奕譞合影
这道谕旨实为两层意思。
其一，是解除赞襄政务王大臣的职务。为此，宣布了他们三大罪状：一是“筹划乖方”，失信各国，咸丰帝被迫巡幸热河；二是三奸交结，阻碍回銮，致使咸丰帝圣躬违和，龙驭上宾；三是阳奉阴违，擅改谕旨，反对垂帘。因此，将载垣、端华、肃顺解任，命景寿等五人退出军机处。
其二，是命奕䜣会议两宫太后如何垂帘。这里明确表态，董元醇奏折“内称请皇太后暂理朝政，嗣数年后朕能亲裁庶务，再行归政；又请于亲王中简派一二人，令其辅弼；又请在大臣中简派一二人，充朕师傅之任。以上三端，深和朕意。虽我朝向无皇太后垂帘之仪，朕受皇考大行皇帝付托之重，惟以国计民生为念，岂能拘守常例？此所谓事贵从权”。两宫太后借小皇帝载淳的上谕道出了自己的心声。谕旨已经明白宣布“虽我朝向无垂帘之仪”，但是“岂能拘守常例”？强调“事贵从权”，即要面对现实，事物贵在根据具体情况应对权变。规矩是人制定的，老祖宗没有这样做，不等于我慈禧不能做。
奕譞骑马像
谕旨是在八大臣不在场的情况下宣布的。刚宣读完，载垣、端华就闯入宫内。一见奕䜣等王大臣都在场，颇感意外，大声质问道：“外廷臣子，何得擅入？”奕䜣冷静地答道：“皇上有诏。”不明就里的载垣等人，竟然指责皇太后不应召见外臣。两宫太后极为愤怒，又命传下另一谕旨，将载垣等三人革职拿问。同时，又下了一道谕旨，将走在路上的肃顺革职拿问。肃顺被抓时大骂道：“悔不早治此贱婢！”奕譞把肃顺押回了宗人府。肃顺看到了载垣、端华，瞪大眼睛斥责道：“若早从吾言，何至有今日？”
载垣、端华、肃顺先后被逮，羁押宗人府，命悬一线。其对立面奕䜣、周祖培、赵光、潘祖荫等，私下集议，欲将其置于死地。但是碍于清朝祖制，往昔顾命大臣皆亲承皇命，地位崇隆，且顾命八大臣预政仅三月，错误实不明显，故一时难以下手。然而，政治斗争有时是并不讲理的。十月初五日，宗人府及内阁大学士、六部九卿科道等内阁集议，一时拿不定主意。此时，刑部尚书赵光抗论，以载垣等罪大恶极，应照大逆不道罪，凌迟处死。既然有人出头，之后意见一边倒，遂定议。意见奏上，略有更改，即日发下上谕，谕云：“辛酉（十月初五日），谕内阁：宗人府会同大学士、六部九卿、翰詹科道等，定拟载垣等罪名，请将载垣、端华、肃顺照大逆律，凌迟处死等因一折。载垣、端华、肃顺，朋比为奸，专擅跋扈，种种情形，均经明降谕旨，示之中外。至载垣、端华、肃顺，于七月十七日皇考升遐，即以赞襄政务王大臣自居。实则我皇考弥留之际，但面谕载垣等，立朕为皇太子，并无令其赞襄政务之谕。载垣等乃造作赞襄名目，诸事并不请旨，擅自主持。即两宫皇太后面谕之事，亦敢违阻不行。御史董元醇条奏皇太后垂帘等事宜，载垣等非独擅改谕旨，并于召对时，有伊等系赞襄朕躬，不能听命于皇太后，伊等请皇太后看折，亦系多余之语，当面咆哮，目无君上情形，不一而足。且每言亲王等不可召见，意存离间。此载垣、端华、肃顺之罪状也。肃顺擅坐御位，于进内廷当差时，出入自由。目无法纪，擅用行宫内御用器物。于传取应用物件，抗违不遵。并自请分见两宫皇太后，于召对时，词气之间，互有抑扬，意在搆衅，此又肃顺之罪状也。一切罪状，均经皇太后面谕，议政王、军机大臣，逐款开列，传之会议王大臣等知悉。兹据王大臣等按律拟罪，请将载垣、端华、肃顺，凌迟处死。当即召见议政王奕䜣、军机大臣、户部左侍郎文祥、右侍郎宝鋆、鸿胪寺少卿曹毓瑛、惠亲王、惇亲王奕誴、醇郡王奕譞、钟郡王奕
、孚郡王奕譓、睿亲王仁寿、大学士贾桢、周祖培、刑部尚书绵森，面询以载垣等罪名，有无一线可原。据该王大臣等佥称，载垣、端华、肃顺，跋扈不臣，均属罪大恶极，于国法无可宽宥，并无异辞。朕念载垣等均属宗支遽以身罹重罪，悉应弃市，能无泪下。惟载垣等，前后一切专擅跋扈情形，实属谋危社稷，是皆列祖列宗之罪人，非独欺陵朕躬为有罪也。在载垣等未尝不自恃为顾命大臣，纵使作恶多端，定邀宽宥。岂知赞襄政务，皇考并无此谕。若不重治其罪，何以仰副皇考付托之重，亦何以饬法纪而示万世。即照该王大臣等所拟，均即凌迟处死，实属情真罪当。惟国家本有议亲议罪之条，尚可量从末减，姑于量无可贷之中，免其肆市，载垣、端华著加恩赐令自尽。即派肃亲王华丰、刑部尚书绵森，迅即前往宗人府空室，传旨令其自尽。此为国体起见，非朕之有私于载垣、端华也。至肃顺之悖逆狂谬，较载垣等尤甚。亟应凌迟处死，以申国法而快人心，惟朕心究有所未忍，肃顺著加恩改为斩立决，即派睿亲王仁寿、刑部右侍郎载龄前往监视行刑，以为大逆不道者戒。至景寿身为国戚，缄默不言。穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛，于载垣等窃夺政柄，不能力争，均属辜恩溺职。穆荫在军机大臣上行走最久，班次在前，情节尤重。该王大臣等拟请将景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛革职，发往新疆效力赎罪，均属咎有应得。惟以载垣等凶焰方张，受其嵌制，均有难与争衡之势，其不能振作，尚有可原。御前大臣景寿，著即革职，加恩仍留公爵并额驸品级，免其发遣。兵部尚书穆荫著即革职，加恩改为发往军台效力赎罪。吏部左侍郎匡源、署礼部右侍郎杜翰、太仆寺卿焦佑瀛，均著即行革职，加恩免其发遣。”
当天，依据上谕，载垣、端华自缢而死。肃顺也被押赴刑场。薛福成记道：“肃顺以科场、钞票两案，无辜受害者尤多。都人士闻将杀肃顺，交口称快。其怨家皆驾车载酒，驰赴西市观之。肃顺身肥面白，以大丧故，白袍白靴，反接置牛车上。过骡马市大街，儿童欢呼曰：‘肃顺亦有今日乎！’或拾瓦砾泥土掷之。顷之，面目遂模糊不可辨云。将行刑，肃顺肆口大骂，其悖逆之声，皆为人臣子者所不忍闻。又不肯跪，刽子手以大铁柄敲之，乃跪下，盖两胫已折矣。遂斩之。”
载垣、端华、肃顺三人成为这次政变的牺牲品。
以事实观之，这乃是一场冤案。
上谕给出的罪名大抵有三，实属勉强。
罪名之一，造作赞襄名目。这是说，咸丰帝遗命顾命八大臣之事是子虚乌有的，是载垣等的“造作”。其实，历史事实是咸丰帝确实在弥留之际，遗命顾命八大臣赞襄政务。其一，宫中档案留有咸丰帝七月十六日上谕全文；其二，《清穆宗实录》也存有关于此次上谕的全部记录；其三，翁同龢等当事人的日记也有详细记载。上谕屈服皇权，抹杀史实，颠倒是非，信口雌黄，从而造成了一个冤案。
罪名之二，抗拒垂帘听政。载垣等抗拒垂帘之事是确实的，他们曾抵制慈禧欲行垂帘听政的意愿，曾代为拟旨曰：“我朝圣圣相承，向无皇太后垂帘听政之礼。朕以冲龄仰受皇考大行皇帝付托之重，御极之初，何敢更易祖宗旧制？”平心而论，这个代拟的上谕，是完全合乎清朝祖制的。清朝在顺治、康熙两朝，曾实行摄政，实行辅政，作为先是皇太后、后是太皇太后的庄妃，始终躲在幕后，而没有走到前台。咸丰、同治间的情形，与顺治、康熙朝大同小异，无大差别。两宫皇太后欲实行垂帘听政制，确实违背了祖制。载垣等抗旨不遵，有其道理。
罪名之三，礼节行为不检。上谕曰：“肃顺擅坐御位，于进内廷当差时，出入自由。目无法纪，擅用行宫内御用器物。于传取应用物件，抗违不遵，并自请分见两宫皇太后，于召对时，词气之间，互有抑扬，意在搆衅。”这是指责肃顺行为不检，礼节不遵，触犯宫律，冒犯皇威。其实，这是鸡蛋里挑骨头，故意找碴儿。
总之，载垣等三人被指为“三奸”，实在冤枉。肃顺其人精明强干，识人善断，重用汉人，铁腕惩贪，有他成功的一面。但是同许多强势人物一样，他也刚愎自用，醉心重典，因此也得罪很多人。在这场政治斗争中，肃顺过于忠于咸丰皇帝，过于忠于清朝祖制，而轻视了孤儿寡母，轻视了两宫太后，尤其是慈禧太后，从而犯下了一个历史性的错误，意外地走上了断头台。这是肃顺们根本没有料到的。
“御前大臣景寿，著即革职，加恩仍留公爵并额驸品级，免其发遣。兵部尚书穆荫，著即革职，加恩改为发往军台效力赎罪。吏部左侍郎匡源、署礼部右侍郎杜翰、太仆寺卿焦佑瀛，均即行革职，加恩免其发遣。”对这五人，基本是从宽处理的。
此外，又处分了礼部尚书陈孚恩、吏部右侍郎黄宗汉。陈孚恩与肃党关系密切，咸丰帝死后，在京满汉大臣中，只命陈孚恩一人赴热河行在奔丧。查抄肃顺家产时，发现不少陈孚恩亲笔书函，中有暗昧不明之语。可见，陈孚恩是肃顺一党的心腹。黄宗汉在咸丰帝召见时，力阻回銮，咸丰帝梓宫回京时，他又力阻，意在迎合载垣等。因此，谕旨将陈孚恩、黄宗汉革职，永不叙用。同时，查抄陈孚恩家产，将其发往新疆效力赎罪，并收回道光帝为陈孚恩的御书“清正良臣”匾额，收回咸丰帝为黄宗汉的御书“忠勤正直”的匾额。侍郎刘昆、侍郎成琦、太仆寺少卿德克津太、候补京堂富绩，因与载垣等往来密切，或由其保举为官，或拜认师生，因此均行革职。
此外，又处治了同肃顺交结较密的总管太监杜双奎、袁添喜、王喜庆三人及太监张保桂、刘二寿等。
此时北京的气氛相当紧张。与肃顺等有正当来往的王公大臣们，也感受到很大的压力。甚至连睿亲王仁寿和醇郡王奕譞，也连忙上一奏折，意在表明自己清白。十月二十一日，睿亲王仁寿和醇郡王奕譞等七位王大臣上一《奏前议郊祀配典并非附会载垣之意折》，说明他们前一奏折和现在奏折有矛盾之处，是受到陈孚恩的蒙蔽，并不是有意附会载垣。从中不难看出，当时查办之激烈，气氛之紧张，甚至连仁寿、奕譞这样的奕䜣党人，也要加以剖白了。当然这是他们多虑了。
事实上，两宫太后在谕旨中，一再申明要讲政策，不兴大狱。十月初七日，谕旨对载垣等三人所属诸臣说明：“何能与之绝无干涉，以后朕惟以宽大为心，不咎既往。尔诸臣亦毋许再以查办党援等事，纷纷陈奏，致启诘告诬陷之风。”十月十八日，在从重惩办太监杜双奎的谕旨上，再次申明：“此外，自毋庸再事诛求，以昭宽大。”
而最得人心之举是烧毁从肃顺家中查抄出的账目及书信。十月二十九日，谕旨第三次申明：“因思载垣、端华、肃顺权势熏灼，肃顺管理处所尤多。凡内外大小臣工赠答书函，均恐难以拒绝。当兹政令维新，务从宽大，自今以后，诸臣其各涤虑洗心，为国宣力。朕自当开诚相待，一秉大公，断不咎其既往，稍有猜疑。所有此次查抄肃顺家产内账目书信各件，著议政王、军机大臣，即在军机处公同监视焚毁，毋庸呈览，以示宽厚和平，礼待臣工至意。”
这一出人意料的举动产生了极好的反响，变人人自危为个个感恩。两宫太后，尤其是慈禧的政治家的风度可见一斑。
总之，这一大的政变，处理得十分圆满。原顾命八大臣，处死三人，处分五人；与其关系密切的处理了陈孚恩等六人；处分太监五人。总计受处分的仅十九人。这与肃顺办理之戊午科场案动辄处分牵连数百人，不可同日而语。
政变从发动到处理完毕，仅一个多月时间。时间之短促，也足令人吃惊。
《慈禧外纪》评道：“慈禧恢廓大度，出之以宽恕。训政之初，即定为首者之罪，其余一概不问，以免株连。因之，人人称颂，以得宽大美名。”
这是符合当时实际的。又说：“揣太后之意，苟己之目的达，地位固，则不妨示以宽容。即如载垣一案，太后深知载垣不得京中大员之助，决不能如此胆大。但太后虽明知同谋者多，苟非罪状大著，公然抗逆，则宁藏铁腕于剪绒手套之中，而不施行于外。因之遂得仁慈圣母之名。京中人民，尤称颂不已。太后性情，宽严并施，此等美称，实非溢誉也。”慈禧因处理得法，得到了朝野的称颂。她一箭双雕，既夺得了大权，又博得了美名。
这次政变，上下呼应之巧妙，舆论准备之完善，军力配合之恰切，行动掩盖之周密，爆发时间之准确，善后处理之明快，无不令观者瞠目结舌。1861年是辛酉年，这次政变，史称辛酉政变。这是慈禧太后一生中发动的三次成功的政变的第一次。这次政变，使那拉氏握取了中国最高的皇权，成就了第一次垂帘听政。